黨性教育使甄小英獲得了聲譽，但是她感到，重視思想建設是中國共產黨的一個特點和優點，思想教育固然很重要，但是，教育不是萬能的。建設一個充滿生機活力而又穩定有序的現代化的馬克思主義政黨，還必須建立一整套科學的製度，從體制機制上保證黨的先進性。於是，甄小英在研究黨的思想建設的同時，也非常重視對黨的製度建設的研究。鄧小平1980年8月18日在中共中央政治局擴大會議上關於《黨和國家領導制度的改革》重要講話發表後，她就開始了黨的製度建設的研究。她比較系統地研究了黨的製度建設的歷史和現狀，經驗與教訓，主持編印了20多萬字的《中國共產黨法規文件選編》，研究收集了國外一些政黨的製度、法規，在全國黨校率先開設了黨的製度建設課題。
1988年，她講的《十一屆三中全會以來黨的製度建設的理論和實踐》和參加編寫的《黨的製度建設新路》，引起了學員和社會的關注。
甄小英認為，中國共產黨一成立，就開始進行製度建設，也制定了不少的製度，但三中全會以前卻始終沒有形成完整的製度建設理論，在實踐上，也始終沒有形成一個比較完整的、相互配套的黨內製度體系。十一屆三中全會以來，黨中央拔亂反正，在總結歷史經驗的基礎上，首先抓了黨的根本製度的建設。比如十一屆六中全會通過《關於黨內政治生活的若干準則》，總結了“文化大革命”的教訓，並加強了新的製度建設，使黨建從理論和實踐上都進入了一個嶄新的歷史階段。
在她看來，十一屆三中全會及六中全會開創了新時期黨建工作的良好開端，但是，還必鬚根據新形勢、新任務的要求，不斷把黨的建設的理論和實踐推向前進。於是，她大膽地提出黨建工作的一些新的想法。
她提出要理順黨政關係，主張黨政分開並形成製度；認為健全黨的集體領導制度和民主制必須從中央做起。建議實行中央政治局常委向中央政治局、中央政治局向中央委員會定期報告工作的製度，使中央委員會更好地發揮集體決策作用。她還建議建立中央政治局、政治局常委、中央書記處的工作規則和生活會制度，使集體領導制度化等等。另外，她在幹部管理制度改革、完善黨內選舉制度、保障黨員民主權利方面也提出了建議。
1987年，她在《理論動態》上發表了《努力增強黨員民主意識》一文，提出“健全黨的民主集中製，發展黨內民主，已經成為一個很迫切的問題。解決這個問題的關鍵是要改革政治體制，主要是改革黨的領導制度。只有建立和完善了符合民主集中製原則的體制，才能有效地保證和發揚黨內民主”。
1989年，她又在《黨建文匯》上發表一篇名為《對黨的領導人的監督設想》的文章，立意是總結“文革”教訓，完善體制機制，從制度上防止“文革”重演，引發眾多讀者對這一問題的熱烈討論。
她從前蘇聯的教訓中證明了“不受監督和製約的權力是一種危險的權力”的觀點。她說，資本主義國家實行多黨制，通過反對黨對執政黨進行監督，或採用多黨聯合執政形式，聯合執政的各黨派之間也進行相互監督。我國的國情與西方不同，我們不能照搬他國多黨制的形式。但健全黨內的監督制度，完善對黨的領導人的監督和製約，對於實現黨的最高領導層決策的民主化和科學化，保持黨的公正廉潔，具有重要意義。
她提出要研究列寧設想和曾要求實施的監督體制，即由黨的全國代表大會選舉出中央委員會及與之平行的中央監察委員會。中央監察委員會可對中央委員會及政治局成員進行監督。以上兩個委員會發生意見分歧時，召開兩個委員會的聯席會議加以解決，或由黨的全國代表大會進行裁決。她認為對黨的領導人監督的主要內容應該包括政治、經濟及道德作風三個方面，並提出“監督不僅如'防腐劑''消毒劑'一樣有防錯糾錯機制，有'除惡'之功能，同時還有樹立榜樣的功能，有'揚善'的效果”。
甄小英教授在《以黨內民主推進人民民主》一文中具體提出疏通民主監督的渠道：一是黨內監督。強化黨員對黨的組織、全委會對常委會、黨的下級組織對上級組織、黨委領導班子各成員之間以及黨的紀律檢查機關對黨員、幹部和黨組織的監督，保證黨的各級領導幹部依法行使手中的權力。二是群眾監督。在進一步健全各級人民代表大會制度的同時，積極推行政務公開、廠務公開、村務公開和領導幹部述職述廉、社會公示、民主評議、質詢聽證等民主形式，強化對決策過程和權力運行的監督。三是法律監督。各級人民代表大會負有對憲法和法律執行情況實行監督的最高權力，黨的各級組織和全體黨員都必須在憲法和法律範圍內活動，自覺接受人民代表大會的監督；同時，要充分發揮司法機關和行政監察、審計等職能部門的監督作用。四是加強民主黨派的監督。按照“長期共存、互相監督、肝膽相照、榮辱與共”的方針，加強與各民主黨派的合作，自覺接受他們的監督。五是輿論監督。通過切實有效的輿論監督，確保黨員和各級黨組織時刻聽民聲、察民情、知民意。
理論界人士說，甄小英能在20世紀80年代末勇敢提出對黨的領導者進行監督的建議，的確是一種難能可貴的思想突破。
甄小英教授不是個坐而論道的人，她很重視調查研究，特別關注黨的建設中出現的新情況和新問題。從20世紀90年代，特別是黨的十五大之後，她到過不少省市去搞調研。為給黨的十六大召開做準備，中央黨校聯合全國黨校開展了黨建問題大調研。她參加了關於社區黨建問題和改革完善黨的領導方式問題的調研，在《求實》雜誌發表了《社區黨建大有可為》的文章，總結闡述了上海社區黨建對黨建理論和實踐的新發展。
她作為調研組長，帶領調研組下基層研究非公有製企業的黨建問題，以及對黨的一把手的監督問題。在調研基礎上，她執筆寫的《非公有製企業黨的建設調研報告》被評為全國黨校黨建調研一等獎。在浙江省調研時，她發現浙江省70個縣市一把手在5年之中，受處分的就有39個，其中因經濟問題受處分的有27個，因非經濟問題受處分的有10個，還有兩個免於處分。這個調查結果使他們感到非常震驚。這說明黨內對黨政一把手的監督制度仍有很多漏洞，亟待加強完善。
由調查組高新民執筆寫的《對黨政一把手監督的思考》的調查報告，深刻分析了一把手屢屢出問題的原因，總結了浙江加強對一把手監督的經驗，提出了完善對一把手進行監督的思路。這篇調研報告也被評為全國黨校黨建調研優秀獎。這兩篇調研報告，都被選入中央黨校編的調查報告集，報送中央政治局。中組部、中宣部等部門都對這個調查報告給予了很高的評價。