2000年4月19日，也就是中國政府“台灣問題”白皮書發表一個多月後，余克禮一行6人應台灣政治大學國關中心邀請對台灣進行訪問，沒想到這次學術訪問卻引爆一場“余克禮風波”。
余克禮此次來台前曾於1983年5月和1995年11月兩次到台灣考察訪問。 1999年10月間台灣政治大學國關中心向余克禮發出邀請並決定了次年的行程。由於余克禮是《一個中國的原則與台灣問題》白皮書的主要起草人，又被視為中央政府對台工作的重要智囊，且此行正值台灣領導人交替之際，因此深受矚目，成為媒體採訪的焦點人物。
面對台灣記者的窮追不捨，余克禮就兩岸關係發表談話。他說，當前兩岸關係的發展，卡在台灣新領導人對“一個中國”原則的態度上。如果陳水扁接受一個中國原則，兩岸什麼問題都可以談，兩岸的前途也是光明的，包括“三通”、經貿交流等都可迎刃而解；但如果不接受一個中國原則，兩岸關係的前景是不容樂觀的。
余克禮稱，大陸的“一個中國”原則很清楚，“台灣問題”白皮書中也有詳細闡述，“不管台灣領導人怎麼變，大陸方面不會改變這項基本原則；兩岸發展方向必須統一，大陸12億人民和台灣絕大多數民眾，也會支持兩岸走往統一方向”。
他認為，北京在1979年提出“和平統一”的對台方針，是基於國民黨時期蔣氏父子堅持“一個中國原則”的基礎；同時，北京在1978年底與美國建交的公報中，美國也支持“一個中國”政策。
余克禮對陳水扁的應有表態提出兩個期待：一、作為台灣的新領導人應該公開說他是中國人，到目前為止，還不曾聽見陳水扁說過；二、即中國祇有一個，台灣是中國一部分。他強調這兩個是“基本點”，都要有一個態度，否則，只談其他改善兩岸關係的言論，卻在發展兩岸關係的基本原則前提上予以迴避，效果將是有限的。
余克禮闡述中央政府的“一個中國”原則被台灣支持“台獨”的媒體視為一種強硬態度。談話第二天，台灣3家晚報的頭版頭條新聞就登出了余克禮的談話內容。此後台灣“立法院”、政治人物、報章輿論開始圍攻余克禮。
“副總統”呂秀蓮通過台灣媒體，惡毒咒罵余克禮有關台灣新領導人應認同自己是“中國人”的講話是“放肆”，並堅稱，如果中國大陸堅持一個中國是中華人民共和國，那麼台灣人當然就不是中國人，而是華人。
她指摘大陸中央政府說要對陳水扁“聽其言、觀其行”，其實是放煙幕彈，情報顯示中國在東南沿海地區已經加強軍力的部署，同時，9位中國重要領導人分別訪問20多個國家，把台灣問題變成國際問題。
與此同時，國民黨發言人胡志強說，余克禮在台灣的發言，完全是一副“天下都是我的家的樣子”；“陸委會”副主任委員林中斌竟煞有介事地說，雖然台灣社會是自由開放，但對於“余先生最近在我們這裡的所作所為，我們覺得做客人的還是應有做客人之道”。
部分支持“台獨”的媒體和個人還對余克禮作出猛烈抨擊，甚至以他的名字大作文章，指他名為“克禮”，但卻是不知“克”己复“禮”，在台灣的行徑有如潑婦罵街，建議當局對他下逐客令。
一幅刊登在有“台獨”傾向的報章上的漫畫，以余克禮及呂秀蓮間的爭論作為題材。畫中，滿臉怒氣的呂秀蓮指著被醜化成野獸、張著大口的余克禮說：“中國的'叫獸'（教授）來了！”
余克禮在大陸並非高官，只是一個學者，僅僅在台灣表明了中央政府對兩岸關係的原則和立場，就遭到如此炮轟和惡毒攻擊，許多人深感困惑。
但消息人士透露，大陸學者余克禮在台灣受到不公平的對待是跟呂秀蓮與大陸結怨有關。
呂秀蓮是台灣“新女性主義”創始人，1969年，赴美國伊利諾大學攻讀比較法學，獲碩士學位。回台後，任“行政院法規委員會”科長，後改任《中國時報》《台灣時報》專欄作家，拓荒者出版社社長；曾在高雄、台北設立“保護你”專線，倡言維護婦女權益，塑造“新女性”形象。 1979年，她出任《美麗島》雜誌社副社長，成為黨外運動後起骨干人物，後因“高雄事件”被捕，被判12年徒刑，1985年假釋出獄。 1991年9月她自任“台灣加入聯合國宣達團”團長，1992年12月當選為“立法委員”。寫有《新女性主義》《新女性何去何從》《數一數拓荒者的腳步》《幫他爭取陽光》等著作。 2000年成為陳水扁的搭檔任“副總統”，是一個堅持“台獨”主張的頑固分子。
呂秀蓮在競選台灣領導人期間在一家香港傳媒大放厥詞，公然聲稱：台灣與祖國大陸是所謂“遠親與近鄰”的關係，“在血緣方面，在歷史上是遠親”“在地理上是近鄰”，遭到了大陸及世界華人的砲轟，《人民日報》《解放軍報》等報章紛紛發表文章，批駁了呂透蓮的“台獨”言論，她一直懷恨在心，對大陸充滿敵意。
余克禮在接受台灣《中國時報》記者專訪時也透露個中細節。事實上林中斌所稱的“余克禮隔空與呂秀蓮言語爭執”，並不是余克禮挑起的，當余克禮還在北京時，呂秀蓮就透過台灣電視媒體，要求余克禮就大陸媒體批她一事道歉；余克禮一抵達台灣桃園機場，台灣記者就問他是否要向呂秀蓮道歉。余克禮說，大陸媒體批判呂秀蓮，是因為她的“台獨”言論，她還在搞“台獨”，要他道歉毫無道理。於是呂秀蓮第二天便在媒體大罵余克禮“放肆”“人還在台灣作客，卻批評她在搞'台獨'”。余克禮氣憤地說：“我還沒有到達台灣前，就要我道歉，這難道就是待客之道？”
余克禮在台灣抨擊了林中斌對他的誣衊，指出，林中斌作為“陸委會”副主委，應知道是呂秀蓮挑起爭執，不應該一味地討好台灣新領導人，否則就像台灣學者所形容的“西瓜靠大邊”。他認為他在台灣成為媒體追踪採訪的對象，主要是呂秀蓮所造成的。而作為台灣大陸政策主管部門的“陸委會”，也有意將他短暫的參訪活動政治化，嚴重干擾了他在台灣的學術活動。
對於國民黨人士胡志強批評他“不要以為天下都是我的家”，余克禮毫不含糊反擊說：“我從北京到台灣，就像從北京到廣東、福建出差一樣，沒有感覺不是在自己家裡，沒有感覺離開自己家。”
事實上余克禮訪台期間感受到同胞的深情厚意，他與台灣政治大學國關中心主任何思因、副主任吳釗燮及多位研究員，就台灣大選後的兩岸情勢和陳水扁當選後的大陸政策走向，閉門進行座談；與親民黨有關人員見面，還拜會了台灣和統會會長梁肅戎。不但接待單位熱情招待，一般民眾對他也相當友善。
儘管如此，這場學術活動還是因台灣政客的泛政治化演變成一場口水風波。余克禮只能表示遺憾。
新加坡一位對“余克禮風波”進行跟踪報導的新聞界人士說，余克禮有關兩岸關係問題的談話，其實自始至終都是在記者的再三追問下作出的回應，並非主動表達意見；再說餘的言論一直是堅守大陸對台的“一個中國原則”政策的範疇，也就是大陸的一貫立場。面對錯綜複雜的兩岸問題，情緒化絕非好事，既然客人來了，也表達了他的立場了，作為主人的，何不也心平氣和地表達自己的立場，與他充分交流。至於呂秀蓮，就如一名國民黨立委所說的，余克禮以本來的立場發言，並沒有錯，但呂秀蓮卻以“副總統”的名分和一個大陸客人“叫罵”，生怕別人不懂什麼叫“潑婦罵街”。