回到大陸不到半年的余克禮，怎麼也沒想到他再次在台灣成為熱門話題。
2000年12月初，台灣“國安局”副局長在民進黨團會議上稱，年內來台的大陸社科院台研所副所長余克禮不僅是大陸對台政策的高層智囊，實際身份還是“中共國安部”15局副局長。這個說法經民進黨立委王幸男向媒體轉述後，島內一片嘩然。
立委王幸男同時也稱，據他自己掌握資料，現任台灣中央大學物理系教授的吳國禎除了學者身份外，“本身還是中共人大常委”。因此他說“台灣有匪諜”的說法是相當確定的。
台灣當局一直對大陸人員及與大陸有一定關係的赴台人員的身份和行踪相當敏感，總是懷疑他們有著不同尋常的蒐集情報的任務。
1999年，發生在台灣的所謂“許希哲、葉裕鎮間諜案”就是臺情治人員一手“導演”出來的鬧劇，弄得往返於兩岸的人員人心惶惶。當時台“國安局”發現愛尹喜科技公司老闆葉裕鎮多次進入中山科學研究院第三所參觀。由於葉裕鎮經常在兩岸間往來，“國安局”開始懷疑葉的動機。經過幾年偵控，“調查局”指控葉裕鎮買通波音公司退休工程師許希哲，許希哲又以承包中山科學院網上招標項目為由，與中山科學院負責反潛機上的部分器材採購案的第5組組長陳士良搭上線，策反其收集情報。
“調查局”在偵控時獲悉許希哲將於某日與葉裕鎮會面後同赴大陸的消息後，立即召開專案會議，決定“收網”。於是許希哲、葉裕鎮等3人被臺情報人員以“間諜罪”逮捕。台灣多家電視台爆炒這起“間諜案”。立法院“反賣台聯盟”警告說，台灣的“高科技孤男”千萬不要被大陸的“女色戰術”迷昏了頭。
台有關部門給葉裕鎮初步定了三宗罪：利用陳士良收集台軍機密情報；通過許希哲收集美台合作軍事機密；偽造中山科學研究院證明，向美國購買戰鬥機使用的尖端設備。
但台灣媒體認為，這些罪名不能令人信服。首先，中山科學院電腦系統有明確的機密等級管理制度，什麼級別的人有權查看什麼級別的機密文件，都有詳細規定。陳士良一個低級文職人員，不可能從單位的電腦數據庫中獲取重要情報。其次，P-3C反潛機採購方面的情況，島內媒體早就進行了大量報導，還用得著大費周折去“竊取”嗎？最經不起推敲的是，美國尖端武器裝備對外軍售的限制相當嚴格，就算葉裕鎮偽造了中山科學院的證明，美國方面又怎麼會傻到不經核實，就隨隨便便把“戰略性高科技軍用管製品”賣給別人呢？
許希哲委屈地申訴道：台灣情報部門在他那裡找到的所謂軍事機密，都是他在網上下載的，根本不是什麼秘密，台當局加在他頭上的是莫須有的罪名。
此事弄得臺情報部門也下不了台。
自大陸實施改革開放政策後，台灣人進入大陸比較自由，台灣軍情人員也利用這種方便以各種身份作掩護在大陸自由活動。而大陸人要到台灣卻受到種種限制，除了偷渡者外，幾乎每一個到台灣的大陸人都受到台灣有關當局的嚴格審查。即便如此，台灣當局還是對所有進入台灣的大陸人或與大陸有關係的人都心生疑慮，與此同時台當局諜報人員不斷向大陸滲透。
一位國際問題專家曾說，台灣向大陸大派間諜，其中有一些很有趣的規律。他們自己嚇唬自己，認為大陸在準備攻打台灣，便派出大批特務，企圖摸透大陸的軍事、政治動向；絕大多數台灣特務收集的情報只講“大陸的威脅”，於是，“大陸威脅台灣的證據”越堆越多，台灣當局越來越害怕，就越要派出特務，從而形成惡性循環。
一位對臺情治人員熟悉的分析人士說，台當局四處招募間諜潛伏大陸，蒐集情報，卻動輒對大陸訪客說三道四，亂扣帽子，表明了台灣當政者的陰暗心理。這位分析家進一步說，台灣“國安局”指責余克禮是大陸間諜其實只是一個說詞，實際上他們不願意看到余克禮再踏上台灣島。因為余克禮不但是大陸兩岸政策智囊團中的核心成員，而且是大陸學者中對“台獨”勢力持強硬態度的人士，餘的強硬姿態無不影響著大陸的對台政策。所以台灣一旦宣布余克禮有大陸國安部背景，那他今後再以學者的身份訪問台灣幾乎是不可能的。
台當局信口開河，胡亂猜疑已不是第一次了，早年台灣“國安局”就指控前社科院台研所所長姜殿銘是中國國安部笫15局局長，並稱台研所所長許世銓也有公安部的背景。其實姜殿銘原來是新華社的記者，1990年進入台灣研究所任職前，擔任《光明日報》副總編；而當時的台研所所長許世銓在擔任所長前是《人民日報》駐聯合國的記者。
面對台當局的刻意栽贓、憑空捏造，余克禮在對媒體發表談話時強烈質疑台灣“國安局”指控他為大陸情治人員到底有何目的，他認為這可能與他訪問台灣時堅持大陸政策立場引發與呂秀蓮論戰，讓台灣情治部門不滿意，所以故意對他亂扣帽子。
對於社科院台研所的屬性和與大陸國台辦的關係，余克禮解釋說，社科院是中國國務院最高的部級研究機構，台研所是社科院下轄30多個研究所中最晚成立的一個研究所，所有經費是由財政部撥款給社科院，再下發給台研所；台研所與國台辦都是國務院的機構，雙方並未有從屬關係，由於社科院台研所成立最早，研究人員最多，自然成為國台辦最倚重的諮詢和研究單位，國台辦也會將一些重要研究課題交給該所處理。
為了給自己的胡亂猜測尋找依據，台方設法通過各種管道摸清余克禮的真實身份。但得到的信息使他們失望：“國安部”與余克禮沒有任何關係。台新聞局一位官員事後說，連他們都不認識余克禮這個人，余克禮怎麼會和國安部扯上關係？
余克禮指出，台灣有關方面對大陸對台研究學者的指控，是抱著冷戰和僵化的思維來處理兩岸關係，把學術交流“政治化”，現在兩岸關係正陷入僵局中，如此做法是變相地阻撓兩岸關係的正常發展，不但得罪大陸方面，台灣內部也會有許多人不滿。