很難用一句話來概括秦曉鷹的思想風格，但用排除法，則可以如他自己所說，我這個人沒有霸氣、沒有小氣、沒有酸氣、沒有邪氣，可能還有一點銳氣。且不說他在1979年到1989年扔出的一系列重磅思想炸彈多麼振聾發聵，他從那時以後的文章也一篇比一篇精彩入味。
人們一定還記得1996年在中國風起雲湧的“說不”思潮，秦曉鷹也加入了“說不”的行列。是他在第一時間意識到“神州反美情緒的發酵”，以一種理性的態度把《中國可以說不》介紹到海外，並熱情地為續集《中國還是能說“不”》寫了序言。人們看到此時的秦曉鷹以更多的理性來看待中國知識分子在政治感情上的煎熬和發會性洩：“生活中的不幸者在回眸一生時常常這樣嘆息：我的失敗就在於不會說'不'。生活中的幸運者在評判人生時總是如此總結：我的成功就在於隨時敢於說'不'。不，無疑是拒絕；但這種'不'所拒絕的並不是真理。因此，正確的、沒有偏見的'不'本身就是真理，至少具有真理的成分，具有真理的軌跡。”
秦曉鷹是新時期中國第一個提出“社會主義民主少數原則”的學者。傳統的民主是多數原則，即少數服從多數。但秦曉鷹認為，社會主義要想發展，還要遵循另一個原則，就是少數原則，保護少數人的意見，因為少數人的意見有可能是正確的。從“有可能正確”變成“正確”，中間有一個探索與印證的過程。社會應給它一個機制，讓它發出一個聲音，並讓這種聲音始終存在，只不過它不能是最強大的聲音，不能成為主導。這樣，一旦出現社會政治需要轉化的契機的時候，這個聲音就有可能變化為主要的聲音，這時所有的人就能迅速來理解。如果讓這個聲音消失的話，要使它再出現，那麼付出的代價就太大了，而這種代價常常是不可挽回的。所以社會必須建立一種機制，使少數人在行為模式上不能成為主導，但在思想上必須存在。比如“實踐是檢驗真理的惟一標準”是多年前爭議不休的一個問題，現在如果有人反對這個論斷，那它不能成為社會的主流，但應該讓這樣的聲音存在。但是不要忘記所有的真理都有時代局限性。他說，維護經過實踐檢驗過的真理，不等於一切現實都是合理的機械唯物論和庸俗史觀。
曾經有一個長期研究秦曉鷹的學人發現秦曉鷹是一個難以用一句話概括的人，在思想上你也很難把他劃為左派或右派。他無限忠於黨，但常是個思想鋒芒犀利的人；他與高層政界、理論界過從甚密，也對民間思潮知根知底並且戮力維護。這使得極具個性的他，不盲從、不膽怯，敏銳又理性，忠誠而無私。
2003年5月，在《實踐是檢驗真理的惟一標準》的文章發表25年的時候，秦曉鷹在《中國財經報》上發表了《思想解放的三座里程碑》的評論文章，鮮明指出“三個代表”的重要思想是“新時期思想解放運動的第三座里程碑”。
他說，25年前，《實踐是檢驗真理的惟一標準》這篇檄文吹響了中國思想解放的號角，也是這篇文章引發了一場關於真理標準的大討論、大爭論。這篇文章針對林彪、“四人幫”加在人們身上的精神枷鎖，針對十年動亂中盛行的蒙昧主義、唯心主義和文化專制主義，針對“兩個凡是”，旗幟鮮明地指出，科學無禁區，真理的標準不能到主觀領域內去尋找，不能到理論領域內去尋找，它只存在於千百萬人民的社會實踐中。
秦曉鷹認為，《實踐是檢驗真理的惟一標準》所引發的大討論與鄧小平在當年12月所做的《解放思想，實事求是，團結一致向前看》的講話，為我們黨把中心工作轉向經濟建設奠定了牢固的思想基礎和廣泛的社會群眾基礎，也由此拉開了中國改革開放這一新的歷史時期的序幕。他把它們稱為我國新時期思想解放運動的第一座里程碑。
他把鄧小平1992年“南巡講話”定為新時期思想解放運動的第二座里程碑。因為鄧小平把判斷姓“資”姓“社”的標准定為“應該主要看是否有利於發展社會主義社會的生產力，是否有利於增強社會主義國家的綜合國力，是否有利於提高人民的生活水平”，並得出著名論斷“發展才是硬道理”。這一論斷的正確性至今還在被中國人民的偉大實踐反复證明，使中國改革開放的事業再一次在健康的方向上加速推進，標誌著鄧小平建設有中國特色社會主義理論的基本竣工。
江澤民提出的“三個代表”的重要思想被秦曉鷹稱為中國新時期思想解放運動的第三座里程碑。秦曉鷹認為，面對紛紜複雜的國內國際形勢，江澤民以徹底的大無畏的唯物主義態度，以與時俱進的精神，積集體之智慧，提出了“三個代表”的重要思想，是中國改革開放事業進入新階段的科學總結，是全黨集體智慧的結晶，是新時期思想解放運動的必然結果，更是指導我國政治、經濟、社會發展等各項工作取得勝利的正確方針和根本保證。
秦曉鷹的這篇邏輯嚴謹的理論文章，最重要的學術價值在於其為我國252個月的經濟持續增長，找到了一個極具說服力的理論支撐點。
秦曉鷹曾說，中華文明延續到今天，一定有它生存的道理，中國共產黨絕不是中華文化的反對者，不管以什麼樣的形式出現，它是中華文化的代表者，這是不能否認的。第二個不能否認的是，中國共產黨是第二次世界大戰以來經濟增長延續時間最長的執政黨。中國共產黨如不能促進生產力的發展，生產力早跟它較勁了。因此他認為中國共產黨的漸進式改革是成功的。
“里程碑”的提法，雖然是一種具象的表述，但是秦曉鷹作為一個思想理論家，能夠如此客觀而生動地把中國人民25年來所經歷的從封閉走向開放、從貧窮走向富裕、從夢想走向現實的深切體驗，高度抽象和概括起來，並且把握得如此準確，表述得如此精當，確實需要相當豐厚的功力和銳氣。
理論是無邊界的，身為一位優秀的、具有理論思維又不斷捕捉時代氣息的學者，今天已是55歲的秦曉鷹身上的銳氣仍然不減，他思想中的批判光芒也永無邊界。最近，他看到一份某學者在中南海講歷史學的講稿，不禁勃然色變，認為這是在用極為錯誤的觀點誤導黨和國家的決策者。於是，便奮筆疾書，寫下了《叛徒史觀是英雄史觀的翻版》一文。他以一種很特殊的角度批判了對蘇聯東歐解體原因研究上的唯心主義。他痛斥了在這個問題上仍很“時興”的外因論和叛徒史觀。他說：蘇東劇變是因為經濟體制、內外政策和黨的執政階層蛻變的綜合結果。舊有的蘇式經濟體制是一種嚴重製約生產力，並在不突破、不轉型的停滯狀況下最終誘發生產力造反的體制，是一種決策體系和治國理念的崩潰。戈爾巴喬夫的作為只是這個崩潰過程中的一幕、一個歷史符號，充其量是加速了這個過程。如果我們不能從這個角度認識問題，那麼中國社會主義改革就毫無意義。叛徒史觀是歷史唯心主義的新旗號，把大動蕩的原因簡單歸罪於個人，是把大教訓戲劇化了，是把具有普遍意義的東西局部化了，把必然當成了偶然，把值得長鳴的警鐘變成了使人昏昏欲睡的入夜打更聲！
當我們這篇文章就要結尾時，突然想起秦曉鷹近日說過的一段話。他說：“自十一屆三中全會以來已經25年了。在這1／4世紀中，我們與共和國的思想同步，痛苦歡樂同步，真可謂改革開放唱大風，一路《大風歌》！”說這話時，他的眼睛亮亮的，閃動著什麼。
秦曉鷹，不就是一個高唱《大風歌》的人嗎？