秦曉鷹1994年從中宣部調入國有資產管理局，任宣教中心主任，後任《中國資產新聞》報總編輯；1997年4月起擔任《中國財經報》社長兼總編輯。
《中國財經報》是中華人民共和國財政部主辦的在財政經濟領域的權威性日報。它重在宣傳我國以財政、金融為主的經濟政策，報導和評述世界財經動態、市場行情以及世經熱點新聞，在財政、經濟、貿易等領域深受歡迎，發行量在首都發行的500家報紙中居第四名。
這是秦曉鷹學術上步入經濟領域後的一個轉折點，為此他享受國務院有突出貢獻專家特別津貼。於是也有人把他列為“中國五十個經濟學家”之一。
對於別人稱他是經濟學家，秦曉鷹頗為不安。在他看來，他只不過像許許多多的中國知識分子一樣，是中國經濟發展的一個關注者和參與者，在經濟學上談不上有任何建樹，只是感到大有做好經濟宣傳工作之必要和緊迫罷了。而事實上當組識部門決定讓他主持《中國財經報》時，顯然考慮過他對中國經濟發展有著相當成熟的理解，對中國的經濟改革有著強烈的責任感和巨大熱情。
且不說他在1979年發表的那篇有關列寧新經濟政策的論文的影響多麼深入人心，其後他的許多有關中國經濟改革的建議也同樣發人深省。
早在1988年，秦曉鷹在《經濟學周刊》上對中國政治和經濟發出聳人聽聞的警示：中國在政治上和經濟上有兩個“遺產”該告別20世紀了，一個是“政治巨人”的遺產，另一個是人改造自然的神話。
從歷史上看，20世紀工業化的巨大摧毀力量造就了世界“政治巨人”，如毛澤東、斯大林、羅斯福、丘吉爾，甚至小國也有卡斯特羅、納賽爾等。秦曉鷹認為，“巨人政治”的社會基礎是英雄傳說，神話和英雄是同時出現的，農耕社會與工業化同時存在，使得“政治巨人”有著神一般的強大；而這應該是20世紀的產物，在即將進入新世紀的時候，人們對英雄主義的崇拜應該停留在過去的時代。 “巨人政治”的消失“說明人類的價值取向正在發生著質的飛躍，由一個人主宰一群人的時代進化到了每個人都來主宰自己命運的時代”。
秦曉鷹還認為，隨著巨人時代的結束，人改造自然的神話也應該結束。他看到，在物理學和現代力學出現之前，自然在改造人，人要適應自然，所以出現了三種生活方式：一種是採摘，出現在非洲；一種是農耕，出現在中國；一種是漁獵，出現在歐洲。但他同時發現，當生活條件的反作用出現的時候，人類將受到懲罰；同時，一旦人自以為其能力與自然力形成對稱式抗衡的時候，產生的最強烈的願望就是改造社會。在秦曉鷹看來，人與自然應該是和諧相處的，人類在20世紀初所抱有的征服自然的信念和所作所為，其結果必將導致大自然對於人類的毫不留情的懲罰。
在這裡，秦曉鷹其實是闡釋了人與自然的“可持續發展”的話題，而此時是距今15年前的1988年，4年後，中國可持續發展才被提上議事日程。
秦曉鷹到了《中國財經報》後，一直關注中國經濟最敏感的三個方面：農村稅費改革，地區收入平衡，國有企業發展。
1998年12月，中央首次提出“走出去”的思想。一個月後秦曉鷹就以“走出去”為題，組織了大規模的採訪，領全國新聞界之先。 1999年他又組織了大規模的採訪西部“北中國萬里行”活動，為開發西部大造聲勢。此項活動比2001年後全國媒體開始大規模報導開發西部早兩年。
為了引起社會對東北工業的關注，他在《中國資產新聞》和《中國財經報》都開闢一個系列長篇報導專欄，名曰“共和國長子”，報導共和國第一個五年計劃中的東北老工業基地的歷史和現狀。此專欄的開闢比2002年以後社會關注東北老工業基地問題早5年時間。
中國農村稅費改革試行於2000年，輿論大多認為，通過這種改革，減輕了農民的負擔，使農村改革邁出了關鍵的一步。但秦曉鷹從更深的角度理解認為，減輕了農民負擔不等於就解決了農村問題，真正解決農村問題就是要廢除加在農民頭上的沉重稅制。
對於秦曉鷹的大膽放言，人們為他捏了一把汗。他自己說，我在這個問題上，比不了李昌平。
李昌平是原湖北監利縣棋盤鄉黨委書記，2000年上書國務院總理，反映“農民真苦，農村真窮，農業真危險”，由此引發該縣一場被稱為“痛苦又尖銳的改革”。
在秦曉鷹看來，李昌平提出的問題是對的，但展現的前景卻非常有限，解決的方法、路子也不徹底，甚至有些混亂。
早在1979年，秦曉鷹就曾花了大量時間研究非洲社會主義。當時他做這種研究並不是為了研究非洲，而是為了研究社會主義在前資本主義國家的歷史命運。
非洲社會主義在20世紀80年代末遇到嚴重挫折，在此之前，非洲曾有24個國家宣布實行社會主義制度。秦曉鷹在研究中發現，非洲社會主義有一種村社社會主義的性質，嚴格說就是農業社會主義，它是拿落後的前資本主義的意識形態來看待社會主義，這使得人們從並不純粹的社會主義模式中產生了對社會主義的誤解。
在他看來，村社社會主義也是站在落後的角度來看待資本主義，而不是站在工人階級的角度來看待資本主義，更多地是對資本主義一種道德的批判，而不是從根本製度上的批判。這是村社社會主義的劣根性。聯繫到中國的現實，秦曉鷹認為，中國社會主義相當一部分是帶有村社社會主義特色的。由於他在這裡隱約地批判了以中國人民公社為首的村社社會主義，所以引起社會強烈關注。
他意識到，目前稅費改革，讓農民少交點錢，這種出發點是好的，但最重要的是研究農業稅對不對，合理不合理。在他看來，如果不合理的稅就應該廢除。因為既然農民也是中國的公民，為什麼農民要交農業稅？農民為什麼不能與城市居民享受統一的稅制？城市居民的稅是個人所得稅，收入超過800元得繳稅，而農民沒有多少能達到這個水平，如達不到就應免掉。
如果按這種設想，不少人擔心，一旦農民不交稅了，國家的稅收就自然會受影響。秦曉鷹認為，不種地的農民可以免交稅，但土地還是這麼多，誰種土地誰交稅，這並不影響國家的稅收。農民自由離開土地，一方面使他們徹底擺脫土地的束縛，另一方面土地也開始集中到有錢人手裡，有錢人開始規劃，農村的產業結構就發生了變化，就可能實現高效的農業。
秦曉鷹注意到，目前中國農村的壓力很大程度上不僅來自於國家政策的缺失，而且來自於國家各級機構的重疊和人浮於事。
另外黨和政府機構重疊，使得行政人員充斥政府和黨政部門，無形中增加了農民的壓力，也不利於整個社會經濟的發展。
聯繫當前農村、農民和農村社會發展等問題，秦曉鷹針對當前廣泛提到的以人為本的口號，尖銳地指出：以人為本，絕不是以農為本，更不是站在落後的生產方式立場上抵禦工業化城鎮化的民粹主義。真正的人文思想應該是在統一市場中促進勞動力自由流動的思想，應該是在解決城鄉二元化基礎上農業從傳統模式解放出來的思想。他指出，農民進城是一種失望與希望兼有的抉擇，城市化、工業化和居民化才是三農的正確出路。秦曉鷹相信，如果真正解決了“三農”問題，那中國將會經歷一次深刻的政治體制改變。當農業人口在人口總數中下降到30%以下時，一場更加深刻的政治體制改革就會到來。中國的市場化將無可逆轉地展現出民主化的前景。他稱這又將是“一場千年革命”。