政論片《世紀行》給秦曉鷹帶來了聲譽，但其寫作的曲折過程卻鮮為人知。
1989年春夏之交的政治風波使中國共產黨人面臨著自改革開放後最嚴峻的考驗。這場意識形態的交鋒具有深刻的社會和歷史背景，從一開始就表現出資產階級自由化同四項基本原則的尖銳對立。風波平息後，國內那股否定四項基本原則的思潮受到了遏制。但與此同時，“左”的思潮又有所抬頭，有人提出“改革開放要收一收，該抓階級鬥爭了”，也有人提出“要把知識分子再送到農村接受教育”，還有人提出了“特區還要不要辦下去”的疑問。人們的思想陷入混亂。
就在這一嚴峻時刻，鄧小平在6月9日的講話中強調“十二大”確定的路線不能改，旗幟鮮明地堅持以經濟建設為中心，堅持四項基本原則和改革開放。
這年的6月，黨的十三屆四中全會選舉江澤民為中共中央總書記，從組織上實現了由第二代領導集體到第三代領導集體的平穩過渡。 11月，五中全會通過了《中共中央關於進一步治理整頓和深化改革的決定》，提出用3年或者更長一點的時間基本完成治理整頓任務。
在這樣的背景下，為了統一國人的思想，深入解析四項基本原則的理論，總結社會主義100年的經驗教訓，繼續堅持改革開放的政策，中央高層有意以電視專題片的形式進行四項基本原則的教育，並把這個任務交給了處於改革開放前沿的深圳特區——這就是後來風靡海內外的《世紀行》的緣起。
1990年9月，深圳特區有關部門舉薦秦曉鷹擔任此專題片的總撰稿人，陳荻芳任總編導。老一代理論權威鄧力群同志應邀出任該片的總顧問。
秦曉鷹是1985年調到中宣部的，此前他在社科院世界所工作了5年，不僅寫下前文提到的那篇有關“列寧新經濟政策”的具有探索意義的先驅文章，還先後參加了“非洲歷史”“世界現代史”的大型學術研究活動，30歲後擔任《世界歷史》《外國史知識》和《世界史動態》三個雜誌的編輯部副主任，業績有目共睹。此時他已過“不惑之年”。
在確定他為總撰稿時，有人提到了秦曉鷹在社科院向胡繩“發難”的故事。
當時胡繩剛擔任社科院院長不久，他邀請了幾個青年學者，想通過談心的方式了解一下青年研究人員的思想和精神面貌，秦曉鷹也在被邀之列。聽完了秘書長的介紹之後，胡老指著秦曉鷹說，你是“老同志”了，到院里工作這麼多年，有什麼意見？
初生牛犢不怕虎的秦曉鷹馬上接上話：“有！我覺得院里當前應該解決四方面的問題：一是理論脫離實際；二是嚴重的論資排輩現象；三是我國學術研究深受蘇聯觀點的影響，思想僵化；四是學術成果沒有向大眾普及的渠道，學者不注意普及工作。”
會場頓時鴉雀無聲，氣氛顯得緊張。胡繩說，我剛到任，情況還不了解，但有一條卻明白，就是年輕人不要心浮氣躁，要耐得住寂寞。一個科學工作者要不怕坐冷板凳，吃冷豬肉。這件事流傳很廣，傳著傳著就走了樣，竟變成秦曉鷹向院長“發難”。
但是，在鄧力群這樣的理論前輩看來，秦曉鷹是一個思想解放、才華橫溢、對黨有深厚感情又對社會有較深思考的青年學者，能夠勝任這樣一部有份量的電視片的寫作任務。
當時秦曉鷹向鄧力群提出兩個請求：一是不涉及“八九”風波，二是要正面談四項基本原則。
秦曉鷹的想法是，在當時的情況下，這種電視片不宜給觀眾以肅殺的感覺，而應該是以說理見長，通過成熟的理論和大量生動的史實來讓觀眾口服心服，這樣才會有深度。
鄧力群同意了秦曉鷹的想法。
《世紀行》屬於政論片，重在闡釋重大理論，不像紀實性作品那樣有故事貫穿而有趣，如何使之不枯燥，如何使之有生動活潑的可視性，這是擺在秦曉鷹面前的一個難題。
秦曉鷹以他那紮實的理論功底、豐富的歷史知識和超乎尋常的想像力，大膽採用對白、歷史資料、理論闡述及詩化哲理相互交融推進的方式，使全片充滿鮮活的看點，給人以耳目一新的感覺。比如“智慧篇”開頭就是一段男女對話：“男人的品質是什麼？”“剛強。”“女人的品質是什麼？”“溫柔。”“你最喜歡的格言是什麼？”“懷疑一切。”“你的缺點呢？”“人所有的我都有。”就在人們感到有點莫名其妙的時候，解說詞告訴人們，這不是心理測驗，而是100多年前，馬克思和他女兒的一次有趣的對話。 《世紀行》成片後，分別送鄧小平、王任重、鄧力群等中央高層審示，大多數人對初稿都比較滿意。據說，鄧力群在審看時流下了眼淚，鄧小平在百忙之中僅用一周就審看完畢，一字未改。
很快，電視片後期製作完成並經有關部門批准開始在中央電視台播放，引起了海內外的強烈反響，美國、英國、俄羅斯、日本、法國、澳大利亞等多國媒體紛紛加以報導和評論。在海內外觀眾的強烈要求下，中央電視台又安排了重播。