2003年，房寧的新作《新帝國主義時代與中國戰略》出版，再次引起關注。
這是伊拉克戰爭後，房寧對世界的又一次深刻反思。他斷言，和平與發展的時代已經走到盡頭，隨著資本國際大循環出現障礙，新帝國主義時代已經來臨。
房寧關於“新帝國主義”的概念可追溯到1995年《現代資本主義發展引論》和1999年的《全球化陰影下的中國之路》，在這兩本書中，他提出了“再殖民化”和“後殖民主義”的概念。他把世界資本主義的歷史分成三段式：殖民主義時代，表現為直接統治，超經濟的掠奪；二戰後，世界政治、經濟格局發生變化，舊殖民主義瓦解，社會主義陣營出現，世界經濟進入全球化，新殖民主義產生，一種有利於西方的世界經濟秩序出現；但隨著“發展的陷阱”使全球化出現障礙，西方國家不得不對第三世界國家進行越發直接的控制和乾涉，其手段日益向殖民主義時代復歸，房寧把它稱為“後殖民主義”或“再殖民化”。
在房寧看來，後殖民主義與新殖民主義的最大區別是：後殖民時代，西方將不再滿足於間接地通過跨國公司、國際經濟組織控制第三世界經濟，進行價值轉移。西方將直接控制第三世界國家的經濟，部分或全面接管第三世界國家的經濟主權，直接掌握第三世界國家的宏觀經濟調控的權力。房寧所稱的這種“後殖民主義”就是他後來所說的“新帝國主義”。
房寧分析了老帝國和新帝國的異同。其共同點主要表現在內容上，如擴張領土及勢力範圍、強大軍隊、尚武精神等；不同點主要表現在形式上，如軍力的量和質的方面，侵略野心的膨脹程度，戰爭藉口的不同等等。因此他把“新帝國”歸納為5大特質：超強的軍力，強權政治，文化帝國主義，恐怖加民主的帝國意識，先發製人的戰術手段等。
著名戰略家張文木對房寧的“新帝國主義時代”的提法很感興趣，他認為這是房寧的“最重要判斷”“因為它打破了人們關於'和平與發展'的一廂情願”。
事實上若干年來，尤其是冷戰結束後，包括中國在內的政治家們都認為，世界總的趨勢是和平與發展，世界不會發生大的軍事衝突。就像房寧所描述的：“20世紀後半期的和平與發展，又給人類一種歷史進步的印象。人們以為世界、歷史徹底改變了，全球化給人一種似是而非的感覺，人類社會在經濟、政治、文化等各個方面結為一體。”但科索沃戰爭、阿富汗戰爭以及伊拉克戰爭讓人們警醒：“和平與發展的時代作為一種歷史要結束了。”
中國如何面對新帝國主義時代，是房寧著重解答的問題。他認為，鑑於時代的變化，鑑於美國的戰略，鑑於美國的行動態勢，我們應該對時代、對戰略、對經濟與國防的關係進行全面的反思。
房寧一直強調，中美關係不取決於中國的態度。他認為，無論是從歷史的角度，還是從現實的角度看，中美之間的衝突是顯而易見的，也是無法迴避的。鑑於這樣的情況，中國需要自己的發展戰略。
中國政策中經濟優先的思路使房寧感到擔擾。按照那樣的思路，似乎“經濟建設搞上去，政治就穩定了，精神文明也發展了，道德也進步了，國防也會搞上去”。他承認從抽象的意義上說，這是有道理的。但問題是，“發展經濟再搞國防，但中間會有個過程，不是一蹴而就的。經濟發展上去以後，再轉化為國防實力，但假如這個過程中斷了，我們的前途就不堪設想”。
房寧注意到，美國的戰略與此正好相反，美國認為，綜合國力最突出的表現就是軍事實力。美國這個實用主義的國家向來奉行實用主義的文化，它的眼中只有實力，而且它認為這種實力的集中表現不是GDP，更不是文化中國，而是軍事實力。房寧還看到，美國如果不能夠用炸彈跟你對話的話，才能以文明方式，把對手當文明人對待。反過來，如果你沒有這個實力，那美國就認為你是野蠻人，用不著跟你平等對話。他認為，“只有加速實現我們國防的現代化，只有具有了反侵略戰爭的能力，我們才能防止美國用新帝國主義的辦法削平對方，只有有了國防現代化的強大保障，我們才有資格、有本錢去和世界平等地交往”，因此，“加速國防現代化才是中美和平共處的基礎”。
但是令房寧這類民族主義者氣餒的是，中國人是一個缺乏尚武精神的民族，總是講究“以德服人，有容乃大”。這樣的一種文化其實潛移默化地影響了中國歷代的政策走向。他認為，有尚武精神的民族並不一定總是要通過戰爭解決爭端，但總是把戰爭看成解決問題的積極方式。沒有尚武精神的民族並不是不發動戰爭，而是他們不能從戰爭和武力對抗中獲得民族振興的力量，也不把戰爭看成是解決問題的積極方式，只把它當成迫不得已的最後選擇。
有人認為，中華文明能夠歷數千年而不滅就要歸功於和平主義的中庸思想。當尚武的西方文明遇到麻煩時，他們便會注意到中國文明的價值。比如第一次世界大戰後西方學者號召西方人學習中國的和平主義。這些似乎證明了“有容乃大”是可以勝過武力的。房寧認為，這種看法在當前對中國十分危險。當中庸文明與尚武文明相遇時，吃虧的總是前者。雖然西方一些學者可能欣賞中庸思想，但關鍵的是西方政客對此毫無興趣。因此當你的對手崇尚武力時，你仍然死抱著有容乃大的思想，那不是智慧，而是迂腐。 “拿槍指著敵人的額頭，效果無疑超過一百部。”
房寧對時有露頭的“綏靖主義”也進行了理性的分析和批評。在他看來，儘管綏靖主義從歷史上看不失為一種策略，但是我們不應該被綏靖主義表面的歷史現象所牽動。關鍵要搞清楚綏靖主義背後的歷史條件是什麼，在什麼條件下綏靖主義可以作為一種策略使用，在什麼條件下不能。綏靖主義作為政策是有條件的。這個條件就是對手對你的利益欲求是有限還是無限。當對手對你的企圖無限時，無論怎麼妥協都不行。
房寧認為，不應鼓吹和宣揚武力，但卻決不能放鬆武力防備。 “花錢在國防就像是對國家財產和人民生命安全付保險費。表面上沒有創造價值，但防止了可能的損失。”
我們可以把《新帝國主義時代與中國戰略》看作房寧對當代中國民族主義思想的又一次集中闡述，又一次像《全球化陰影下的中國之路》一樣把鮮活的民族主義思想具象化了。戰略專家張文木稱，讀《新帝國主義時代與中國戰略》，使人有了“於無聲處聽驚雷”的敏銳感覺，進而感到，看到危險逼進卻無力阻止的感覺更讓人心碎！他認為，該書對那些沉浸在新的和平與發展的高歌中，對險象環生的周邊安全環境熟視無睹的人敲響了警鐘。
曾經有人給身處體制之內的具有官方學者身份的房寧出了一個難題：“您是怎麼成為一個民族主義者的？”
房寧當時笑答：“我覺得'左'和'右'或'世界主義'與'民族主義'，實際上是說給圈外人聽的，戴上這樣的標籤，別人容易了解，否則不好定位。而我作為圈內人從來沒有考慮過這些，我不會先給自己定位，然後再讓自己的言行、理論都與之相符。我是從實際出發，面對具體問題，研究具體問題的，並不在乎'左''右'。”
這樣的回答可以把房寧理解為一個執著於思考和探索的人。事實上房寧從沒有把民族主義當成一個符號，而是在努力探尋其具體的內容。他曾說，一旦民族主義變成了一堆教條，被編成“四言八句”，寫到教科書裡，民族主義大概也就到了晚期，快變成化石了。從《現代資本主義發展引論》到《全球化陰影下的中國之路》，再到《新帝國主義時代與中國戰略》，房寧對當代中國人民族意識的最大貢獻在於，把中華民族主義的時代背景和經濟基礎揭示了出來，那就是全球化自身運動的規律。
房寧或許並不承認自己是一個中國民族主義的思想家，那就讓歷史來做結論吧。