還是在多年前，許多中國學者都拜倒在西方腳下的時候，房寧曾用三種顏色來解釋他成為一個馬克思主義的民族主義者的必然。
這三種顏色中，其一是紅色，這代表他所接受的社會主義、馬克思主義的系統教育，這是他的底蘊；其二是藍色，代表著憂鬱，這是他對美國所見所聞後的一種思想積澱。他堅持認為美國的文明不具有普遍性，因為美國文化的本質是無限擴張的“一次性文化”，它和自然生態是衝突的，而這種衝突必然通過人與人、國與國、民族與民族的社會關係表現出來。第三種顏色是綠色，就是超越現代意識和現代社會體製本身，尋求一種未來的人與人和諧、人與自然和諧發展的道路。
房寧身上具備的這三種顏色實際上是他個人身上多種思想綜合的一個隱喻。他所談論的“民族主義的底蘊”具有深沉的社會主義色彩。他曾說過，全球化條件下的當代民族主義，實際上是一種功能社會主義，它的結構與社會主義不一樣，但功能是一樣的。因而從這個意義上說，他本質上還是一個社會主義者。
房寧一位很要好的朋友說他內心裡是一個憂鬱社會主義者。而他的一個學生談到自己這位老師的時候，竟說她覺得在老師謙和儒雅的外表下隱藏著一種馬克思主義的狂熱。更有人描述當代中國左翼思想光譜時，把房寧歸入了“斯大林主義”。房寧的社會主義思想的突出表現不是他為社會主義進行的辯護，恰恰相反是他作為一個馬克思主義者對於現代社會主義的深沉的反思和批判。這樣的反思和探索一直貫穿著房寧學術思想的始終。早在1995年，他在《現代資本主義發展引論》中對資本主義和社會主義進行了探索性的比較和分析，指出蘇聯解體和東歐巨變對人類的深刻啟示是“社會主義與資本主義是兩種總體性的較量”。
1997年，房寧一篇在中國左翼思想界具有強烈衝擊的論文《社會主義是一種和諧》在“中國與世界”網站上首次全文發表，也使他成為中國新一代社會主義學人中的領軍人物。
房寧在這篇文章中以相當大的篇幅，從蘇聯解體和東歐巨變的沉痛教訓中，論述了他所認為的社會主義的本質特徵，提出“社會主義是一種和諧”的嶄新思想，也提出一條被海內外不少左翼思想家認為是值得探索的實現社會主義的現實途徑。這是房寧第一次十分集中地專門闡述他對當代社會主義理論與實踐的看法，其中處處透露著他的痛苦反思。他的和諧社會主義觀念對人的需要和社會發展的關係進行了不同以往的新的註解。
房寧指出，“斯大林模式”使蘇聯及前東歐國家的社會主義實踐從一開始便陷入了“赶超”的陷阱。按照當時的理解，只要有了社會主義制度，一個國家在經濟上就能超過資本主義，特別是超過發達資本主義國家。他認為這是教條主義的表現。因為從邏輯上講，社會主義、公有製、計劃經濟應當比資本主義、私有製、市場經濟更有效率。但是，邏輯不等於現實。影響經濟發展的實際因素遠遠不止於製度。在房寧看來，在當代具體的歷史條件下，資本主義的西方已經壟斷了全球的大部分資源與市場。在現存世界經濟格局不發生根本改變的情況下，社會主義國家是不可能在經濟上全面趕上和超過西方發達資本主義國家的。因此他提出不應把社會主義促進生產力發展方面的某些優勢，作為社會主義制度的本質特徵。他的這種挑戰成見的眼光和勇氣受到了不少人，尤其是年輕人的讚賞。
市場經濟導致人的“異化”問題是房寧重點論述的一個問題。這方面他顯然借助了西方新左派和新馬克思主義的思想資源。他指出，社會主義需要建立在一定的物質基礎之上，並通過不斷地滿足人民群眾的物質、文化需求來鞏固和發展自己。但人的需要分自然性和社會性兩種屬性。它的自然屬性是人的動物性需要，需要的社會屬性反映了人的社會性。他認為需要的社會性包含“人存在其中的社會關係製造著人的需要”和“社會性需要要在社會關係中得到實現和滿足”。由於需要的社會性在本質上是精神性的，它意味著個人自我價值的實現，物質財富的佔有與運用僅僅是其形式而已。而在現代西方社會中，人類需要的異化被推到極致，“人不是消費的主人，而是消費的奴隸”。由此他認定，社會主義不僅要滿足人的需要，它更深刻的本質在於改變人的需要。滿足需要與改變需要不能彼此分離，它們是一個過程的兩個方面，互為條件、互為因果、相輔相成。在改造客觀世界的同時，必須使人們的主觀世界也得以改造，否則就不能算是社會主義。
現在可以看出，房寧認可的社會主義更本質的意義是“人與自然的和諧”。因為這“將是未來新價值體系的核心概念”“發展生產、擴充財富並不等於對人和人類命運的終極關懷，甚至也並不總是與人類進步的方向一致”。他認為，實現社會和諧是實現人與自然和諧的第一步。只有消除人類之間的生存競爭，消除人的物化，才能對整個社會生活及經濟活動作出自主與自覺的調控，才能實現人類的自我克制、自我超越，返璞歸真，才能引導出人與自然的和諧關係。
房寧這種對馬克思主義的“修正”，明顯帶有“空想色彩”和“左”字號的思想特徵，在學界引起了爭論，有人認為，房寧的這個“方子”的本質與各種宗教相似，不含多少科學的成分，救不了社會主義。
對房寧的理論爭議最多的是他在“和諧社會主義”中流露的消極的經濟觀。持異見者質問道：既然在現有的條件下社會主義在經濟上不能超過資本主義，那社會主義還有什麼用？如果是這樣，便只剩下一件事可做：那就是，改變人的需要！每人每月發30斤糧票足矣，穿灰布衣裳也盡可滿足蔽體保暖的“自然需要”。
面對各種爭議，房寧在一次與網友的交談中表露了他對未來社會主義的信心，他說：“我認為社會主義的思想體系支配下的某種社會運動，還會在未來的某一個時刻廣泛興起，我絲毫不懷疑這一點。但是，我關於'社會主義是一種和諧'的思考恰恰是在考慮未來的社會主義運動的樣式。”
爭論是正常的，房寧似乎很喜歡各種善意的批評、討論。這是他做人和治學的一貫立場和風度。回首20多年來，房寧哪一篇重頭文章沒有引起過爭議？但有誰像他這樣心平氣和地對待批評和誤解？他的真誠和虛懷若谷使他的許多論敵後來成了他的朋友。
由於“和諧論”在網上引起反響，許多媒體找到房寧要求在平面媒體公開發表。 1998年此文以《當代世界與社會主義》為題摘錄了部分章節在《時代變遷與社會主義》雜誌上發表，旋即被《新華文摘》《東方》等多家雜誌轉載。 “和諧論”引起廣泛關注。中國的許多意識形態部門都把該文作為重點研究的資料，此文在中國的意識形態專家中幾乎無人不曉。
還有論者這樣說：房寧提出的“和諧社會主義”思想，有力地剔除了西方霸權語系的影響，再次展示了人類另一種促進生產力發展的方式和途徑。從這樣一個角度去把握，儘管“和諧論”不提“赶超”，但它對社會主義生產力和社會進步的促進解放作用，是無論如何都無法低估的。