山西票商真正發達是在太平天國運動以後，起義軍切斷了清政府的運銀官道，清政府被迫在1862年12月允許票號匯兌京餉。戰爭讓清政府增加了對票商的信任，並在事實上形成了這樣一個結果：票商先於外資銀行成為官方最大的金融及理財合作夥伴，官僚們也會將自己的錢放到票號生息，這拓寬了票號的吸儲範圍。票商從原來的草根起家時代進入到了政商結合時代。
1851年，太平天國運動（1851～1864）爆發，兩年後，一次因銀根緊縮而造成的物價上漲，在北京悄悄爆發。
1853年1月太平軍攻克武昌，人數增加到50萬。 3月，太平軍攻占南京，將南京改名為“天京”。同年，另一支農民軍——捻軍也揭竿起義（1853～1868）。一時，風聲鶴唳，舟楫不通，南北商船，聞風裹足。
日昇昌票號較早對戰爭做出反應，時任日昇昌大掌櫃的程清泮，首先收撤了中南部成都、重慶、廣州、漢口等地分號。 1853～1856年，山西票號第一次出現大規模的撤莊行為，各號收撤了長江流域漢口、蕪湖、揚州、南京等地的分號，並在太平軍北征逼近京津地區時，暫時從京津地區撤莊或收縮業務。
1853年3月，繁華的北京城幾乎在一夜之間陷入蕭條，一半以上的商舖歇業，幾萬名百姓失去生計。之所以會出現這種局面，是因為北京的賬局、票號收緊了銀根。當時清政府並沒有自己的金融中樞可資調控，市場的金融信息主要通過民間的反應得以體現。
1853年，北京共有賬局268家，其中山西商人開設的有210家，其次為順天府商人。在清朝宗室惠親王綿愉看來，“伏思天下之廣，不乏富庶之人，而富庶之省，莫過廣東、山西為最”。他估計，在京貿易的山西商民因戰爭歇業回家，讓京城一下子少了數千萬兩資金。
由於山西人開的票號、錢鋪、賬局，只收不放，或索性收業返鄉，商戶周轉資金發生困難，大部分陷入停業狀態，而太平天國起義以來，清政府的大量財政被挪用到了戰事上，僅到1853年就已經支出了2700多萬兩白銀，而戶部銀庫到這一年的6月中旬，存銀僅剩下22.7萬多兩。
於是，民間捐輸提上日程。 1853年，程清泮捐給清政府750兩銀子。這場全民捐款活動，從1852年2月開始持續了多年。到1853年正月底，各省督撫將軍及所屬文武官員捐銀129萬兩，紳商士民捐銀424萬餘兩。最為搶眼的還是山西各界的表現，捐銀159.93萬餘兩，居各行省之首，佔捐款總額的37.65％。為此，山西還與陝西、四川在鄉試、生員招生上獲得了增加名額的獎勵。
這次捐輸持續到1855年11月，山西紳商共捐銀303萬兩，實際交銀287萬餘兩。平遙日昇昌李氏家族這一年內捐了1萬兩，從財東李箴視到其弟弟、三個本家兄弟，每人捐輸都得了一個官銜。
不僅如此，李箴視還為故去的父親、祖父、曾祖父都捐了官銜，兄弟72人及家族同輩男子12人均捐了文武頭銜，而李家的女性也都請封“宜人”、“夫人”頭銜。毛鴻翽家裡從父親到玄孫上下五代31名男子，也都捐得“將軍”、“大夫”官銜。
因賠款所需，第一次鴉片戰爭時山西紳商派捐200多萬兩白銀，但民間的捐輸並不能從根本上解決問題。另一方面，鴉片貿易使白銀大量外流，導致銀貴錢賤，以銅錢計算的物價不斷上升。
為解決皇室和財政危機，從1853年起，清政府開始在北京集中濫鑄濫發大面額的銅鐵大錢，加劇了由於票號、賬局等撤離京城所導致的混亂。銅錢面額價值劃分為15個等級，咸豐元寶甚至當百上千，物價猛漲。
作為一個龐大的消費城市，北京的糧食、雜貨均靠外地運入，農戶運農產品進城，換回的大錢回到本地便不能使用，自然不願再進京販運。外地商人運貨到京，銷售而得的銅鐵大錢，七八千文才能換銀一兩，而京城外面不過4000文即可換銀一兩，商人利益明顯虧折，由是貨物不能源源運入，京城貨價自然昂貴。 1斤麥麵京城外鄉鎮售價不過十六七文，城內則需三十七八文。到1853年年底，1兩銀與京票的兌付比例已經從1∶2000飆升到1∶4000。
清政府對各省的財政收支，歷來用京餉和協餉的辦法來進行宏觀調控。上解朝廷的稱京餉，它是對各地承擔的清政府的官吏俸祿、八旗軍費、皇室費用等支出的總稱；而由戶部指定有盈餘的省份將財政收入的一部分，調撥給那些需要但入不敷出的省份，叫協餉。
但是，無論是京餉還是協餉，歷來奉行的都是各地官府的解餉委員會裝鞘運解，但1828年，浙江省盈餘餉項的解京發生了一點小變化，沿途還是由解餉委員會押解，但到部投文領批、銀鞘交庫都由票號商人辦理，結果浙江省受到懲處。道光帝為此重頒上諭，凡解押京餉，每個環節都不得假借商人之手。
那時，山西票號誕生的時間不長，根基尚淺，由票商辦理銀鞘交庫，還難以贏得清政府的信任。 1854年，第二批官銀錢號，即“五宇官號”（宇升、宇恆、宇謙、宇泰、宇豐）設立。清政府仿效民間票號、錢莊用銀票來兌付會票或期票的做法，用發行的“京錢票”來收兌寶鈔。這種辦法被都察院左都御史和淳稱做“不必抑勒驅迫，而財源已裕於不覺”，但由此引發了京城的金融混亂和物價上漲。 1861年，銀票兌付比高達1∶30000。
隨著票鈔日益貶值，清政府不得不下令京錢票“一概停發”，並限令在1867年前收回。 1853～1861年期間，大錢和票鈔的發行量共合銀6024.9萬兩，佔這一時期清政府國庫收入8667.3萬兩的69.5%。
因太平天國農民軍起義和上海的崛起，廣東省財政陷入了非常窘迫的境地，撥解京餉的資金多向票號借墊。到1864年太平天國起義被鎮壓，粵海關因關稅徵收無幾，不夠湊撥，就向山西協成乾、志成信票號各借銀5萬兩匯兌，由稅收項下提撥歸償。
1857年，英法聯軍在第二次鴉片戰爭中佔領廣州，1859年6月占領天津，1860年10月攻入北京。此前後太平軍佔領蘇州，石達開轉戰四川，北至京師，南至廣州，東至蘇州，西至成都，山西票號出現了更大範圍的撤莊。開設票號最多的平遙幫，損失嚴重，日昇昌開設的日新中及聚發源、義興永、隆盛長、萬成和、萬盛成、光泰永、隆和永等票號，無法維持，相繼關閉，程清泮被迫辭退員工19人，收撤京師、張家口、開封、長沙等5個分號。
1861年，各省應解京餉700萬兩白銀，直到當年農曆8月時，北京戶部僅收到100多萬兩白銀。這時，太平軍與清政府進入決戰階段，戰爭阻塞了交通，使清政府爆發了嚴重的財政危機，清政府被迫在1862年12月允許殷實票號匯兌京餉。從此，在官方主動的情況下，票號與清政府扯上了千絲萬縷的聯繫。
在解禁令到達各省之前，江西巡撫沈葆禎在1863年4月首次交給新泰厚票號匯兌10萬兩京餉進京。江西的先行和清政府的解禁，讓廣東、湖南、湖北等地紛紛效仿。
但好景不長，1863年9月，戶部認為，部庫多收一批匯兌，京城就少一批實銀，以此奏請同治帝批准禁止用票號匯兌京餉的命令。同年，在杭州經商的徽州商人胡雪巖在上海開設阜康銀號，從此票號業有了所謂西幫（山西幫）和南幫兩大派系。
此後戶部又先後三次禁止商人匯兌官餉，但從來沒有被真正禁止過。也就是從1863年開始，山西票號進入了一個快速發展的時期。在此後的10年時間裡，票號數量從14家發展到28家，票號的主要業務逐漸由匯總經營民間銀兩轉向巨額公款。
這些存放在山西商人手中的公款是不計利息的，通過匯兌和經營這種沒有成本的資金，山西商人獲得了巨大的收益。直到1903年10月，因為庫款見絀，甚至連戶部尚書鹿傳霖也從銀庫中提取白銀100萬兩，放在京師票號裡生息。就這樣，政府庫銀交給商人生息的做法應運而生。到1904年4月16日，上海關稅收入和賠償款，也被清政府准許拿出70%，外放生息。
與其他地方商人向上海轉移一樣，1861年前後，山西票號進入上海。同年漢口開埠，錢莊和票號成為維繫上海與漢口之間資金周轉的橋樑。因為戰爭，票商對在漢口存放較多資金心有餘悸，這使得漢口的錢莊和票號無力支持西南地區商人的信用需求。上海較為豐裕的資金市場，直接促使西南地區商人直接轉向上海進貨，上海洋貨很快輻射到西南地區。
到19世紀60年代中期，江南各地及漢口票號資本力較以前大為削弱，上海成為票號勢力增長最快的地方。大約在1871年，山西票號的業務中心從武漢轉到上海。 1880年，光平遙票號分號在上海就有14家。
到1881年，在漢口的山西票號分號很快恢復到32家。其中，平遙票號分號16家，佔據半壁江山。這一年，重慶進口洋貨量接近上海進口量的1/9，地位僅次於上海、漢口和天津。在許多進口商品中，重慶作為貨物集散中心，數量上甚至超過漢口。上海票號對向重慶內銷洋貨的商人所提供的信用，是它在重慶所收的款項的兩倍。依靠票號信用經營這類貿易的商號，其經營額常常為其資本額的5倍，而在重慶設立的山西票號也已多達十幾家。
山西票號進入上海後，並沒有借助財雄勢大而與上海錢莊搶生意爭地盤，而是在細細觀察一番後便找到了自己的定位。對於票號與錢莊的關係，著名經濟學家馬寅初有過這樣的描述：“從表面視之，大有兩雄對峙勢不兩立之狀，但實際上相處正善，毫無衝突之慮。”
之所以形成這種格局，在於本地錢莊資本薄弱。有記載稱，那時上海錢莊資本一般都在2萬～6萬兩白銀之間，大錢莊的資本一般在5萬兩白銀左右，個別的達到8萬～10萬兩白銀，即便寧波幫的方家和李家也是如此，而早在19世紀60年代，山西票號貸放給上海錢莊的資金就高達200萬～300萬兩白銀，票莊委託殷實錢莊為其代理處，錢莊則依賴票莊借貸民間取得信用。錢莊的性質是兌換，票號是匯兌。票號的存款以官款為大宗，放款只借給錢莊、官吏及殷實商號，錢莊存放款則以一般商人為對象。在上海，從事進出口貿易的商人在金融調度上主要是使用錢莊莊票，藉以把自己與外商之間的債務關係轉變為錢莊與外商之間的債務關係，慢慢地，票商與錢莊劃清界限，互不侵犯，“本地之事，錢莊任之；各省之事，以票莊任之”。
在1862～1893年，上海票號匯款額佔全國25個地區總匯款的百分比最高為10%，而從1865～1895年，上海進出口貿易總值從1.09萬兩白銀，增加到了3.15億多萬兩白銀。
在上海金融風潮中，由紅頂商人胡雪巖開辦的阜康錢莊倒閉，虧空了清政府上千萬兩的白銀，為此，清政府再一次下令禁止票號匯兌官方銀兩，並且在禁止匯兌的聖旨中宣布，官員一旦違禁，嚴懲不貸，強調各省督府要“知所敬懼”，但這種情況在1894年中日甲午戰爭和1900年八國聯軍侵華期間，再次得到改變，並在至少十多年時間裡再沒有發生變化。
中日甲午戰爭後簽訂《馬關條約》，清政府在戰爭中籌集軍費的借款、戰後給日方的賠款以及由此的借款，都由各省海關按期匯交到上海江海關道衙門，再交付各國在華銀行，其中匯兌業務由票號承擔。其中，所有的賠款都要在上海交割。這意味著，原來解餉到北京的進項，一律要滯留在上海，中國的金融格局開始發生微妙的變化。
外交官是一個令人羨慕的職業，但在意大利人薩爾瓦戈·拉吉侯爵看來，在1900年被派駐到北京擔任駐華公使，並非一件好差事。他甚至覺得，駐在北京的外國人正“克盡厥職”地生活在世界上最糟糕的地方。這座城市凋零破敗，街道臟得無處下腳，沒有電燈，嚴冬奇冷，夏天悶熱。 “更重要的是，尾大不掉、散發著腐爛氣味而且充滿敵意的王朝，不僅外國人對它信不過，甚至連它自己的臣僕都懷有異心。”這位公使大人從熱那亞登船前，曾這樣寫下他的期待：
他們（指駐在北京的外國人）夢想著去東京度假，那裡已經有了電燈，或者去長崎的小山上，住在俯瞰海灣的舒適的小別墅裡度過愜意的幾天。最差的是去上海，那裡最起碼看上去像一個歐洲城市，有著黃浦江邊的外灘大道。
西方列強用砲艦脅迫清政府讓外交使節長駐北京。象徵屈辱印記的跪叩之禮被廢除，大清帝國在起碼的禮節上實現了與西方的對等，但作為帝國頑固的象徵，北京仍以其古板的生活和靜止的節奏，給意大利公使薩爾瓦戈·拉吉侯爵的外交旅行留下了不甚愉快的回憶。
與公使大人百無聊賴的公使生活一樣，作為北京金融窗口的恆利、恆和、恆興、恒源四大錢莊也已經雨打風吹去。 “四大恒”聲譽大震於1853年太平天國北伐軍攻入直隸之時。當時北京城人心惶惶，200多家錢鋪倒閉，“四大恒”卻沒有受到影響。此後，幾乎所有官宦往來存款及九城富戶顯宦放款都要經“四大恒”之手。 《道咸以來朝野雜記》載：“當時京師錢莊首稱四恆號……市面繁榮蕭索與之有關係。”
到清朝末年，北京民間流傳著一句諺語：“頭戴馬聚源，身披瑞蚨祥，腳踏內聯昇，腰纏四大恒。”其意是說，當時北京人以腰纏“四大恒”錢莊的銀票為富有的體現，但世事無常，1909年，清政府因宮中庫銀不足向“四大恒”借銀300萬兩，內務府出借據，答應日後償還，但僅隔兩年，滿清王朝土崩瓦解，借出去的銀兩如肉包子打狗，有去無回。
期間的1900年，八國聯軍侵入北京大肆搶掠，北京“四大恒”錢莊遭受滅頂之災。修訂多版的《中國金融簡史》一書描述了當時的過程及其對北京乃至對中國金融界的影響：
1900年八國聯軍入侵，沿途燒殺擄掠，京津一帶錢莊亦不能倖免，遭到侵略者的大肆搶劫，繼以焚燒，庫銀、房屋、契據蕩然無存，北京的300餘家錢莊幾乎無一倖存，其中最大的4家錢莊，亦稱所謂的“四大恒”現銀全被侵略者洗劫一空。從此北京的錢業一蹶不振，中國的金融中心也從北京移到上海。
山西票號總部地處內陸，直到1937年之前，幾乎沒有遇到過戰亂。八國聯軍進京，毀滅性地打擊了北京的銀號、當舖業。儘管票號也有波及，但根基未動。韓業芳在《山西票莊皮行商務記》中記載：“庚子之亂，雖在內地，而受傷者不過直魯二省，肢體之傷，仍非心腹之害。”由於各家票號都非常重視信譽，“官商士庶，皆知票號之殷實”，於是官款（包括稅款、軍餉、協款、丁漕等）、私家儲蓄，“無不提攜而來，堆存號內，大有揮之不去之勢”。
親歷了這場嚴峻考驗的蔚豐厚北京分號經理李宏齡回憶說：“庚子內亂，天子西行，大局岌岌，各商停滯，而票商之持券兌現者，上海、漢口、山西各處雲合霧集，幸賴各埠同心，應付裕如。至是之後，信用益彰，即洋行售貨，首推票商銀券最足取信，分莊遍於通國，名譽著於全球。”
李宏齡所說的“天子西行”即慈禧太后攜帶皇帝西逃事件。西逃的線路，由內務府大臣桂春安排，山西票商因此獲得了一次絕佳的接近清朝最高層的機會。喬家大德通票號高鈺和桂春私交甚篤，桂春把路線安排好之後，就寫了一封信告訴高鈺，說慈禧太后幾月幾號到山西，準備住在祁縣，讓他作好準備。
高鈺得信後就向東家通報，在慈禧路過太原時，讓大德恒票號太原分莊經理賈繼英為代表，孝敬慈禧往西安的路費30萬兩白銀，但同時要求西行之財賦收入暫由大德恒經管。
慈禧太后到祁縣時的行宮，就安放在喬家。逃抵西安後，慈禧傳旨各省，令所有上解京餉款項，一律改為電匯山西總號。回到北京後，慈禧太后再次作出一個決定：將根據《辛丑條約》中國要賠給西方國家的10億兩白銀款項，分配到各個省、關和鹽道籌集，由各省交由當地晉商票號負責保管和匯劃給外資銀行，再轉交給各國政府。
一時間，山西平遙、祁縣等地票號成為清朝戶部的臨時代理金庫和總出納，山西票號的聲譽空前高漲。李宏齡在《同舟忠告》中指出：“自庚子之變回京後，獨我西號聲價大增，京中各行推重，即如官場大員無不敬服，甚至深宮之中亦知西號之誠信相符，誠為商務之大局，最為同鄉極得手之時也。”
甚至，山西祁縣合盛元票號將分號設到日本，並在《神戶新聞》、《神戶又新日報》登出廣告。 1893～1910年，受益於戰爭賠款的存匯，山西票號達到了鼎盛。作為全國的金融調撥中心，山西平遙、祁縣、太谷三縣，通過分佈在國內外的100多座城市的400多家分號，形成了蜘蛛網般的金融匯兌網絡，並以自己“聚散全國金融主權，而能使之(資金)川流不息”的巨大能力，為山西票號獲得了“匯通天下”、“九州利賴”的美名。