在耿昇看來，鄭和船隊所從事的是國家的統制貿易，永樂開創的不是一個貿易時代，而是一個對外交和貿易嚴加控制的時代。鄭和遠航之後，世界的未來便取決於海洋，當西方國家正準備沖向全球的時候，中國卻在自我退縮。中國皇帝自願地使其顯赫的海軍失去輝煌，大明王朝那先進的技術和工藝，被封存進歷史暗道中，永遠停滯。
由於缺乏持續性和傳承性，鄭和的英雄史詩已是曾經滄海難為水。在之後相當長一段時間內，明朝的海外貿易進入海盜群起的無政府狀態。明清時期相當長時間的海禁政策，讓中國海商一直處於非法非主流的邊緣商人角色。明朝輿論控制的民間化和文官集團的親商化，又讓明政府對於禁海的態度較為分明，由此釀成了一批主戰派官員的悲慘人生。
1433年鄭和航海活動中止後，馬六甲繼續興旺昌盛，古吉拉特商人越來越多地來到馬六甲。作為東南亞和東亞貿易中心，馬六甲成為世界上最大的香料市場，其中大部分香料銷往中國。
除了海盜商人，葡西商人也試圖擠進明朝的朝貢貿易圈。 1143年葡萄牙從阿拉伯人領土上獨立出來，13～14世紀，葡萄牙里斯本和西班牙波爾圖的商人壟斷了從直布羅陀海峽至北海的香料貿易，但這是整個香料貿易鏈的最末端，葡西商人尚沒有勢力與控制前端地中海貿易的威尼斯和熱那亞商人相抗衡。
馬可·波羅所處的時代（1254～1324）是威尼斯商人由盛轉衰的時代。他出身於是威尼斯商人家庭，父親和叔叔在元朝曾通過中國古代“絲綢之路”到中國見過中國皇帝。馬可·波羅在獄中的口述史《馬可·波羅遊記》，在歐洲廣為流傳，激發了歐洲人對東方的狂熱嚮往。當威尼斯商人日漸式微時，葡萄牙人接過了歐洲人對東方狂熱的接力棒。
隨著蒙古帝國的崩潰，伊斯蘭國家和蒙古各部封鎖了從歐洲由陸路通往中國的道路。 1390年，埃及馬木路克王朝建立，開羅成為伊斯蘭世界的中心。
馬木路克王朝扼紅海之口，壟斷香料貿易，阻斷了歐亞商人從西漢張騫通西域之後所形成的“絲綢之路”，於是，葡萄牙和西班牙商人對打通亞洲新線路，包括海上香料貿易航線的態度更加積極。
1396年，西班牙人入侵東歐，到16世紀初，他們先後打敗伊朗沙法維王朝、埃及馬木路克王朝，佔領敘利亞、巴勒斯坦（1516年）和埃及（1517年）等阿拉伯地區，成為地跨亞歐非三洲的世界大帝國。
1509年，葡萄牙人在環大西洋航行一圈後進入了印度洋，擊潰阿拉伯艦隊，確立了在印度洋上的歷史地位。同年，葡萄牙的船隊駛抵馬六甲，並與當地經商華人展開交往。
華人運往馬六甲的主要貨物為麝香、絲綢、樟腦、大黃等，以換取胡椒和丁香。葡萄牙人千方百計向華人打探中國的情況，但因艦隊已在馬六甲逗留數月，無法補充給養而撤退。
1510年，葡萄牙人強佔印度西海岸的果阿，第二年攻陷馬六甲，此舉等於扼住了威尼斯的咽喉，也意味著明朝的朝貢貿易圈被葡萄牙撕開了一道口子。就這樣，在時間的流逝中，歐洲早期殖民者的商業擴張一步步蠶食和肢解了大明王朝織就的朝貢貿易體系，同時將這種體系嫁接到了更為廣闊的世界貿易體系之中。
葡萄牙人托梅·皮里在其《東方諸國記》中寫道：“如果它們要十分富裕繁榮的話，那麼，馬六甲沒有坎貝（位於印度西部）就不行，同樣，坎貝沒有了馬六甲也不行。”
儘管此時坎貝與馬六甲的經貿關係更為親暱，但馬六甲王國還是派使節向明朝皇帝控訴了葡萄牙人的入侵。
1520年，當托梅·皮里以葡萄牙大使和葡屬馬六甲總督大使的身份從廣州前往北京時，明朝御史義正詞嚴，要求其歸還馬六甲王國領土，否則將驅逐在澳門的葡萄牙人。托梅·皮里不僅沒有見到明朝皇帝，還被禮部下層官員一頓訓斥，悻悻而歸。
1523年，明朝發生了兩起頗有意味的事件：一是發生在浙江寧波的“爭貢事件”，二是發生在廣東新會（東莞）的“西草灣之戰”。
1511年佔據馬六甲之後，葡萄牙人一直想在中國近海找到另一個落腳點以開展貿易，“西草灣之戰”就在這種背景下發生。結果，葡萄牙人對廣東新會的入侵被中國水師擊敗，托梅·皮里被俘，這是中國與西方在近代史前期所發生的第一次武裝衝突。
所謂“爭貢事件”，是說兩個日本貿易使團爭相來華朝貢，後來一方暗中行賄太監賴恩，得以先進港驗貨。在歡慶貿易團宴會上，雙方因先來後到和席位安排而激起武鬥。這兩大使團在日本國內就分屬互相敵對的兩派，結果先來一方將後來一方的正使殺死，後來一方的副使、寧波人宋素卿逃走。
先來一方縱火焚毀了嘉賓堂和宋素卿所乘之船，並追殺宋至紹興城下，在折回寧波時，又沿途殺掠，然後奪船逃走，備倭都指揮劉錦、千戶張捏率軍追趕，不幸戰死。
在此事件中，先來一方來使先後扮演了外交使者、商人和海盜的角色。朱元璋曾定下祖制，日本朝貢以10年為期，每次200人和兩艘船。儘管日本使團多次交涉，明政府也沒有鬆口。在“爭貢事件”發生時，明政府廢除與日本的勘合貿易已達17年，此時正值日本戰國時代（1467～1566），部分大名、土豪、寺院乃至部分失去藩主的日本浪人，實際不為將軍和天皇控制，之後流落為倭寇。
這一南一北兩個事件，成為明朝對外貿易轉向的標誌性事件。 1523年，給事中夏言上奏“倭患起於市舶”，另一給事中張沖也有類似建言，這直接導致1523年浙江、福建兩地的市舶司被停罷，只留廣州的市舶司到1566年。
當時浙江的市舶司負責管理對日貿易，如此一來，官方對日貿易停滯，但處於地下狀態的中日民間貿易，由於中外官商的勾結而更趨活躍，也變得更為糾結。對此，柏楊在其《中國歷史年表》中有如下表述：
凡日本貨至，皆委託商家，商家負其債，故不付，多者至數万金，少者亦數千，索急則避去。日商無奈，轉委託貴官家，而貴官之姦，尤甚於商。日人於近島坐索欠債，日久不得，乏食，乃出沒抄掠，貴官誣之為“倭寇”，命官府發兵驅之，复先洩於日商以示惠。他日貨至，又復如此，日商大憤，乃據近島不去，海民及衣冠之士多與之通。
1524年，托梅·皮里被明政府處死，標誌著葡萄牙人想在廣州海域尋找的努力暫時畫上了一個句號。與明政府正面交鋒受挫後，葡萄牙人逐漸放棄了武力攻華之野心，並慢慢學會了與明政府打交道。
16世紀初，明政府規定，凡造兩桅以上帆船者處死。 1525年，明政府命令海防官吏立即查處、拆毀所有這類船舶，並逮捕任何繼續使用這種船隻的海員。到1551年，在內外勾結海盜猖獗之時，任何乘一桅以上船出海者，都會被視為間諜，但對於擺脫了大西洋羈絆而進入印度洋、進而闖入這個體系的葡萄牙和西班牙商人來說，明政府的箝制之力逐漸變成了強弩之末。
“西草灣之戰”後，葡萄牙人銷聲匿跡於廣海，卻出現在了當時隸屬於浙江寧波的雙嶼島。
舟山群島位於對日實行朝貢貿易的寧波港外圍，由千餘島嶼組成，島與島之間的海灣錯綜複雜。雙嶼位於舟山群島東南百里，懸居海洋之中，為倭夷貢寇必經之路，扼南北航線和中日航線之要衝，是海洋天險。
最初，雙嶼不過是中外私商的一個季節性貿易場所，他們每歲夏季而來，望春而去。在1524年前，這裡還是一個不太為人關注的地方，但之後，海盜、倭寇、殖民者攪和在一起，讓這裡不再平靜。
葡萄牙人之所以能在東亞和東南亞撕開朝貢體系的裂口，與明朝走私商人的外部推動也不無關係。從某種程度上說，葡萄牙人通過明朝走私貿易網絡，完善和延展了他們日後所需要的網絡。對此，葡萄牙人加斯帕爾·達·克路士在《中國志》中曾這樣敘述：
因被朝廷禁止回到中國，而不得不居住在馬六甲、大泥（今北大年）等南洋群島的海外中國人，與葡萄牙人互相勾結，私下和中國進行走私貿易，最終造成了在廣東進行貿易的葡萄牙人也失去了做合法貿易的資格。為了能將貿易繼續下去，進行走私貿易的海外中國人又將葡萄牙人帶到了他們的親戚朋友所居住的雙嶼島。
當時浙閩海上通番之人，多從寧波雙嶼出洋到日本，從漳州月港出海到南洋。 1517年，葡萄牙人來到漳州互市。較早來雙嶼從事走私貿易的主要是福建漳州、泉州商人，他們所坐的海上商船，被寧波人稱為“漳船”，漳船進入寧波海域的時間大概也在這前後。
1526年，從監獄中逃出的福建人鄧獠下海經商，鼓動葡萄牙商人來到雙嶼港，與寧波商人盧黃四等私下開展交易，這成為葡萄牙商人到寧波經商的開始。
久而久之，葡萄牙商人就在雙嶼定居下來。翁佳音在《十七世紀的福佬海商》中認為，浙海私商自鄧獠誘使葡萄牙人到寧波進行朝貢體制外的走私貿易揭開序幕。據日本小葉田淳的研究，到1541年，漳州海面商船往來不絕，留居漳州的葡萄牙商人達500多人。
舟山群島走私貿易的發達，是以漳州龍溪地方為主的福建人所帶動的，其他各股福建海盜也是這樣，譬如1548年的漳州海寇阮其實，1562年賊首洪獠、林獠、郭獠、魏獠等。
參加沿海走私貿易的寧波人主要是鹽場的“灶丁”。灶丁生活在沿海地區，他們負責採辦漁課，可以藉採辦之名，私下製造大船下海，幫雙嶼港走私分子搞物資運輸，有的則直接參與交易。到了1532年左右，海上私人貿易公開化。寧波人萬表在《海寇議》中稱：“十數年來，富商大賈，牟利交通，番船滿海間。”
海商勢起並非一朝一夕，用明朝範表《玩鹿亭稿》中的話說，原來浙東海上無寇，“漁民也遵紀守法，不敢越雷池半步”，後來冒出一兩個膽大的海商，在福建、廣東的近海幹起了海上漁鹽的買賣。他們賄求地方官或託鄉官說關，得以以小船早晚進貨，“祖宗之法尚未破”，到嘉靖時，這些人勾引番船，海上寇盜紛紛而來。
1541年之前，是海上私人貿易自由發展的階段。起初，大多數海商自買自賣，承攬貨物，尚未成群，後由於強弱相凌的競爭，慢慢形成了“或五隻，或十隻，或十數只，成群分黨，紛泊各港”的海上貿易集團。他們不但僱用本地的舵工、水手，又“哄帶”日本貧窮的倭奴，“藉其強悍以為護翼”，有的還與富實倭奴合夥做買賣，行跡遍布日本、暹羅、南洋等地，又兼在沿海伺機劫掠。
1538年，福建海商金子老以番舶主身份（相當於現代的國際航運公司的大老闆），“據寧波之雙嶼”，這裡才漸成氣候。金子老招來了李光頭和徽州人許棟、王直等人共同經營雙嶼，並相繼引來日本私商和葡萄牙商人，雙嶼才逐步發展成為東亞海域最大的海上貿易中心和中外私商、海寇最大的據點。所以，德國學者弗蘭克對明朝自鄭和下西洋之後實行“閉關鎖國”的看法表示質疑，“東南的海上貿易活動從來沒有停止過。非法貿易很快就與'日本人'（其實更多的是中國人）的海盜活動交織在一起，發展得十分興旺，其交易量遠遠超過官方的'納貢'貿易”。
當“番舶以禁嚴而不至”，而“私舶以禁馳而轉多”之時，政府控制的朝貢貿易慢慢讓位於海上私人走私貿易。之後，許氏兄弟、李光頭兩大海商集團逐漸形成，成為雙嶼港發展史上的轉折點。
1544年，王直與同鄉徐惟學、葉宗滿等人一同投靠在許棟門下。王直“少落魄，有任俠氣。及壯，多智力，善施與，以故人宗信之”，成年後，先與徐惟學等人販鹽，後和葉宗滿等人南下廣東，收帶硝黃、絲綿等違禁之物到達日本、暹羅等國，往來互市。 1542年，他首航日本成功，並在次年為日本商人效力。在許氏集團內，他先由“管庫”而至“管哨”，逐漸成為手握軍權的實力派人物。
據費爾南·門德斯·平託的《遠遊記》記載，1540年，葡萄牙人就在雙嶼和浯嶼建立了比較固定的“臨時居留地”，搭棚交易、存貨，並建有堡壘房屋，當時在雙嶼駐紮有1200多葡萄牙人，浯嶼則有500多人，直到1549年被逐出。除葡萄牙人、華人外，用《葡萄牙同明朝的早期關係》中的觀點，在雙嶼港居住的至少還有日本人（倭夷）、馬來人（彭亨人）、琉球人與暹羅人，甚至還有遠至東非、印度的黑鬼番。
1543年，葡萄牙人到達日本九州，爾後便開展了對日直接貿易。在馬六甲與日本之間，雙嶼成為他們理想的臨時停駐和補給點，從而形成了以日本、閩浙、馬六甲為支點的一個三角貿易區。在這個鏈條中，他們從馬六甲等地販賣胡椒、香料等東南亞商品，在雙嶼或者月港與當地商人交換絲綢、棉布，然後運往日本銷售，換回白銀，再到中國買絲或布，賣到馬六甲。葡萄牙人甚至還通過果阿將貨物販賣到了歐洲，這條線成為澳葡獲利最豐的黃金航線。 1636年，澳葡與日貿易仍處歷史的最高點，達到314萬兩白銀。
日本白銀的大量開采和出口，是在16世紀40年代以後，也就是晚明嘉靖年間。經過陝西、江南、山西等地以周忱、李敏、葉淇為代表的納糧、租稅、鹽稅、開中折銀改制之後，中國白銀貨幣化進程已經由稅賦納銀演變到了徭役納銀階段，市場迫切需要更多白銀以滿足流通的需求。因此，日本銀礦出產的突然急劇增長，應該說不是孤立存在的，而是在中國巨大需求的刺激下促發的。日本對中國絲與絲織品的巨大需求，構成了日本銀產量激增的動力。
就這樣，在供求關係的作用下，日本成為以中國為軸心的世界白銀貿易中的重要一翼，處於海盜身份背景下的海商與澳葡商人則一起搭起了這一黃金通道。
葡萄牙人是1542年在漳州人領航下，從澳門轉泊漳州，沿閩南經琉球到達日本的。同年，寧波知府曹浩以“通番船招致海寇”為名，逮捕了一些通番商人。
地方士紳因獲利豐厚，為之說情解脫；豪門權貴因貪戀海外奢侈之物，為之庇護；狡吏黠官也奔走引線，以至於曹浩說：“今日也說通番，明日也說通番，通得血流滿地方止。”
因為懼怕倭番，官兵前去剿滅，反為之所敗，但這事並沒有掀起波瀾，倒是1547年海商內部一次帶有黑惡性質的殺人放火事件，被縣令以“倭賊入寇”為名倉促上報，震驚朝野。
《嘉靖實錄》記載說：“餘姚謝氏某者”與王直、徐海等走私商有著合作關係，他習慣拖欠貨款，遭到走私商的催逼，就恐嚇說，“吾將首汝於官”，走私商一不做二不休，就糾集一干人馬和“番客”，夜裡攻入謝家，殺人放火，燒了謝家，並掠財而去。 “餘姚謝氏某者”是寧波典型的參與走私的官宦之家，餘姚縣令一時不能查清緣由，就張冠李戴上報了這一事件。
這次事件直接成為嘉靖皇帝決意抗倭的導火索，副都御史朱紈隨後被授予“巡撫浙江兼制福、興、漳、泉、建寧五府軍事”的身份，前去抗倭。
朱紈，蘇州人，在嘉靖帝登基的當年（1522年）中了進士，此時被賦予兩省抗倭之職，旨在“通攝”各處，以對付“出沒無常”的海寇，且他握有“王命旗牌”，具有因地制宜的行事大權，文官五品以下，武官四品以下，可以自裁軍法從事。自此到1566年近20年間，海盜商人遭遇了滅頂之災。
換句話說，在1548年朱紈平定舟山雙嶼港以前的26年間，是舟山海域基本無寇亂的時期。但這時的雙嶼被抗倭派稱做“根抵窟穴”，“倭寇”其實基本上都是中國武裝走私商人。
在朱紈看來，抗倭至少可以剿除通倭的內鬼。當朱紈暗中調兵遣將之時，在雙嶼島上的海盜商人們尚不知覆巢之危將至。
因為海盜擁有武裝力量，雙方在九山洋發生激戰，許棟被擒殺，自此，中國武裝走私商人及葡萄牙人在雙嶼的據點被拔掉。朱紈下令，以木石築填通往雙嶼港的南北各水口，使所有船隻無法進入內港，中外私商苦心經營多年的雙嶼遂成廢墟。
之後，經過大小數十戰，這些私商被趕出浙江海域，部分殘餘逃往福建浯嶼，沒有死心的葡萄牙人糾集大量中國海盜南下福建，進犯漳州、月港、招安、走馬溪，浙江最早的軍事長官盧鏜與巡海副使林喬，率領明朝官軍迎擊葡萄牙人的進犯。
在走馬溪之役中，明軍生擒葡萄牙人16名，並便宜行事將96名明朝海盜就地問斬，拔除了倭寇在福建的侵略據點。朱紈在報捷奏摺中寫下了“全閩海防，千里肅清”八字，宣告福建抗倭鬥爭取得勝利，但在此時的北京政壇，主張通番與反對通番卻上升為一場政治鬥爭。
1547年，伴隨抗倭還發生了一件事情。日本以周良為代表的使團提前近一年來華朝貢，並且所來人數和貢船數量都超過了限制，即便據理力爭，但仍被阻隔在舟山群島停泊了10個月之久，直至次年春天貢期到後，才准入貢。在處置日本貢使問題上，朱紈與專門掌賓禮及接待外賓事務的主客司、福建籍的林懋和發生了矛盾，招致閩人官僚仇恨。
1548年，根據福建籍御史周亮及負責監察六部諸司、彈劾百官的給事中葉鏜之言，吏部上奏將朱紈由巡撫改為巡視，以弱其權。 1549年年初，福建籍另一名御史陳九德上奏朝廷，彈劾朱紈擅殺，專門針對其未經朝廷批准便殺死96名涉嫌走私的福建百姓事件。對於其擅殺，朝中眾多官僚，尤其是閩浙籍官員極為不滿。兵部侍郎詹榮、兵部尚書翁萬建等人因此相繼上奏彈劾朱紈。
對於眾人指責，朱紈先後上章辯解，“臣看得閩中衣食父母盡在此中，一時姦宄切齒，稍遲必貽後悔”，“浙閩大姓素為倭內主者，因失利而怨聲四起”。尤為要害的，朱紈公開上奏他所說的通倭的官宦之家，並在《甓餘雜集》中點名批評林希元等地方官紳，“不惜名檢，招亡納叛，廣布爪牙，武斷鄉曲，把持官府。下海通番之人，藉其貲本、藉其人船，動稱某府出入無忌，船貨回還，先除原借，本利相對，其餘贓物平分”。
市舶司廢除之後，對於海盜的管理、緝拿之鬆緊，全在地方官紳的把握，當地官僚睜一隻眼閉一隻眼，也都是事實。當地紳商望族，交結官僚，向海商借本或者轉用船隻，利益共享，這種情況也並非無中生有。
林希元比朱紈年長11歲。早在嘉靖二十年（1542年），林希元就被黜歸家，此時他是一個閒人。 1530年，林希元升任南京大理寺丞，次年遼東兵變，他上書說“兵變起於姑息政策”，與權臣夏言意見相左，被貶為欽州知州，之後他仍屢次上書，對主撫派大加抨擊，直到被夏言罷官，返鄉精研理學。 1558年倭寇進犯同安時，78歲高齡的他，仍上書提出抗倭保境之策。
對於朱紈的批評，林希元在《與翁見愚別駕書》中說：“佛郎機之來，皆以其地胡椒，蘇木，象牙，蘇油，沉、束、檀、乳諸香，與邊民交易，其價尤平，其日用飲食之資於吾民者，如米麵豬雞之數，其價皆倍於常，故邊民樂與為市，未嘗侵累我邊疆，殺戮我人民，劫掠我財物。”
林希元不是一般的主戰派，他堅決反對外敵入侵及官方的綏靖政策。他雖主張用兵，但在海禁與通商政策的選擇上，又是積極的通商主義者。他的觀點也並非沒有局限，甚至為佛郎機人辯解，說他們初來時，也曾擔心海盜掠奪自己，為此，他們也曾驅逐橫行海上連官府也不能治的強盜林剪。據此，林希元認為，“佛郎機未嘗為盜，且為御盜，未嘗害吾民，且有利於吾民也”。林希元也坦承，佛郎機人收買華人子女有罪，但在他看來，“罪未至於強盜。邊民略誘賣與，尤為可惡，其罪不專在彼”。對此，《提督之死》作者李遠江寫道：
與朱紈只管埋頭做官不同，林希元十分關注國計民生。他自幼生長在福建海濱，對家鄉百姓泛海求生的艱辛深有體會，因而對求食海上的走私貿易有著深切的理解與同情。在他看來，保護和資助當地百姓下海通番，甚至從中獲利雖不合天朝法度，但絕不是什麼傷天害理的事情。
面對福建官僚的群起彈劾，朱紈被暫行解職，回原籍聽候處理，同時朝廷派兩位非閩浙籍官僚兵部給事中杜汝禎和福建巡按御史陳宗夔調查事情真相。調查後得知：所謂葡萄牙人其實是馬六甲王國的商人，每年私招沿海無賴之徒，往來海中販賣外國貨物，未嘗有僭號流劫之事。之後，被俘虜的葡萄牙人都被認為是馬六甲王國的來市者，而非佛郎機行劫者，遂被流放到廣西桂林。
嘉靖皇帝遂下詔要拘捕朱紈到北京詢問，朱紈得訊，悲憤交加，上書給嘉靖皇帝說，“縱天子不欲死我，閩浙人必殺我”，“去外夷之盜易，去中國之盜難，去中國之盜易，去中國衣冠之盜難”。
1549年1月底，他寫好《都察院右副都御史秋厓朱公紈壙志》，服藥而死，終年57歲。明末著名史學家談遷的《國榷》說朱紈作為十年中丞，“田不畝闢，家徒壁立”。
朱紈死得剛烈，死得傲氣，他在《壙志》中表明心跡說，一不負天子，二不負君子，“命如之何？丹心青史”。
朱紈用服藥自殺的方式了結自己，對明政府的忠誠天地可鑑，但他沒有兼顧到朝廷上下閩浙官僚及其身後以海洋為生的百姓情緒。在宦官集團和文官集團之間，那些既能把握政府（某種程度上是宦官）意圖，又能號准民間輿情脈搏的文官，才能博得民間好評，從而在官位上行之既遠。明朝的輿論氛圍有參政群體擴大化和輿論控制民間化之勢，從這種意義上，與其說朱紈是被閩浙人逼死，不如說他是逆了一種趨勢而死。
後來，企圖私吞船上貨物的抗倭將領盧鏜以及朱紈的另一位副手柯喬也被定為死罪，關在按察司獄裡，直到另一位蘇州人王忬就任浙閩巡撫後，才得赦出，而此時，浙閩巡撫一職已經空了4年。
盧鏜出獄後，與隨後亮相的戚繼光、俞大猷等一起面對的對手，就是在上述戰役中僥倖逃脫的王直。
王直在雙嶼戰役後，率餘部北上定海的烈港，也就是烈表山，距舟山縣城30公里。 1549年，因官方在遣散剿殺雙嶼港的福清捕盜船時不支糧餉，導致大半兵船投奔王直麾下，使王直集團成為舟山海域獨一無二的大勢力，名聲大作，並逐步成為繼李光頭、許棟之後獨霸江湖的走私商人集團首領。
1550年，海盜盧七集團搶劫戰船，攻擊杭州江頭西興壩堰，劫掠婦女、財貨。浙江的海道副使丁湛以“拿賊投獻始容互市”為條件，要王直前去剿滅盧七集團，王直遂打垮盧七、沈九等海盜，繳獲船隻十餘艘，消滅千餘人。
1551年，海道副使李文進命令負責寧波府監察之職的通判唐時雍、把總張四維（此四維非彼四維）前去和王直商議，希望合力消滅陳思盼海盜集團。陳思盼曾將帶船前來投奔他的海商王丹殺死，吞併其船隊，王直就與原來屬於王丹的陳部取得聯繫，以海道官兵以及寧波慈溪縣柴美德及其家丁數百人為外援，裡應外合，斬殺了陳思盼，並將其侄子陳四及屬下400多人押送海道。
此數役後，王直確立了自己的海上霸主地位。他自號“五峰船主”，海上船隻只有插上“五峰旗”方能進退。在實力最為鼎盛時，他擁眾20萬人，巨艦百餘艘，並讓毛海峰、徐碧溪等分領船隊，往來日本、暹羅諸國，自稱徽王。
朱紈搗毀國際走私基地雙嶼港後，舟山的走私海商分裂成互市派與寇掠派。王直便是主張通商的互市派，儘管海上快意縱橫，但他始終沒有放棄“開放海禁”的願望，以謀取“合法經商”的地位。在捕殺陳思盼時，他以此為功，再次向朝廷提出開放海禁的要求，但只得到百石米的饋贈，互市之求被擱置一旁。
1552年，王直公然在舟山開市貿易，傅衣凌在《明代徽州商人》一文中提到，王直曾言倭國缺絲棉，必須開市，海患乃平，但這僅是王直的一廂情願，1552年，王忬抵達浙東之時，標誌著王直與官府“合作”的短暫“蜜月期”結束，一場新的血雨腥風即將來臨。
之後，王忬遣俞大猷等人率兵夜襲烈港。王直猝不及防，於慌亂中乘船突圍而出。有人說王直在日本避了4年，也有人說王直勾結日本浪人，派部屬回來進行了極端報復，導致1553年的“壬子之變”，史書稱海寇“蔽海而來，浙東西，江南北，濱海數千里，同時告警”。
海盜來勢洶洶，勢不可擋，閩浙海道，由暗中走私惡化為公開武裝對抗，並另行開闢了日本—台灣—澎湖—福建大金、浯嶼和粵東南澳的海上通道。在明政府眼中，他們的做法已經不是一般的出格。
相反，學得乖巧的葡萄牙人在1553年取得了在澳門的居住權，這也是明政府化解倭亂的一大舉措。 4年後，葡萄牙人以租借澳門的方式，獨享了之後百餘年間澳門作為廣州外港的獨特優勢。在倭亂期間，葡萄牙人通過澳門和日本平戶等港直接貿易，這是東海海域唯一不受海禁影響的航線。
在荷蘭霸占馬六甲的1641年之前，澳門逐漸發展成為世界貿易體系中的重要一環。葡萄牙史學家儒塞斯記載了這個貿易鏈條：
歐洲與東洋的貿易，全歸我國（葡萄牙）獨占。我們每年以大帆船與圓形船結成艦隊而航行至里斯本，滿載上毛織物、緋衣、玻璃精製品、英國及富朗德兒出的鐘錶以及葡萄牙的葡萄酒而到各地的海港上換取其他的物品。船從哥亞航行至愛琴得到香料與寶石，又從愛琴至嘛喇甲（馬六甲）更得香料與宋大島的白檀。其次，再把此等物品，在澳門換取絹加入為船貨。最後，又把以上的貨物到日本換取金銀塊，可得到投下資本的二三倍利潤。然後，再在澳門滯留數月，則又可滿載金、絹、麝香、珍珠、象牙精製品、航器、漆器，細工木器以及陶器而返回歐洲。
從王忬到繼任者徐州兵備副使李天寵、楊宜，浙江倭患還是沒有得以平息的跡象。閩浙總督張經、浙江巡撫李天寵、蘇松副總兵湯克寬等人先後因不服領導、貽誤戰機等存在爭議的原因而被處決，棄屍於市，參將湯克寬坐牢。兵部員外郎楊繼盛因彈劾嚴嵩“五姦十大罪”，慘遭毒手。
徽州人胡宗憲接替任職不過半年，同是徽人的楊宜便出任了浙江、南直隸總督。經過陶宅之敗，胡宗憲及權臣趙文華認識到，單靠明軍脆弱的武力難以剿滅飄忽不定的倭寇。在這種判斷下，1555年，趙文華與胡宗憲在“當事諸君與之籌劃不敢出一語”的情況下，派辯士蔣洲、陳可願等前往日本招撫倭首王直。此時，胡宗憲已經將王直的母親與妻兒接到杭州作為人質。
王直讓其養子毛海峰答复說，“願意聽從胡公的命令，但要開放海禁”。胡宗憲一口答應。
1556年，王直將胡宗憲手下的指揮夏正扣下，部隊交給毛海峰，自己孤身一人，於嘉靖三十五年十一月入胡宗憲府邸。
胡宗憲對王直早有收歸己用之心，使請皇帝饒其死罪，令其戍守海上，但浙江巡按御史王本固堅持要殺王直，雙方爭執不下。不久，朝廷有人懷疑胡宗憲收受了賄賂，群情激憤。胡宗憲為替自己辯白，將王直交給王本固，王直遂入獄。王直在死前於獄中以帶罪犯人的口氣曾寫了這樣一份上書：
連年倭賊犯邊……劫掠滿載，致使來賊聞風仿效，紛至沓來，致成中國大患……此臣拊心刻骨，欲插翅上達愚衷，請為說客遊說諸國，自相禁治。日本雖統於一君……其國尚有六十六國，互相雄長。其犯中國之賊，大致出於沿海九州，其他十有二島，臣已遍歷，勸自約束……經臣撫諭，必不敢仍請攻犯。臣當自五島徵兵剿滅，以夷攻夷，此臣之素志，事猶反掌也。如皇上慈仁恩宥，赦臣之罪，得效犬馬之微勞馳驅，浙江定海外港，仍如粵中事例，通關納稅，又使不失貢期；宣諭諸島，其主各為禁制，倭奴不得複為跋扈，所謂不戰而屈人兵者也。敢不捐軀報效，贖萬死之罪。
在遲疑兩年後，王直被斬首，這等於判了王直死刑緩期兩年執行。 《週末》雜誌曾刊發吉青文章《明代舟山抗倭二十年》，用情景式描寫簡要記述了王直死前的情形：
那天，王直被一頂小轎抬到杭州官巷口法場。臨刑前，他提出要求：與兒子見最後一面。王直把束髮金簪交給兒子，父子相擁而泣。然後，他拭去眼淚，不發一言，伸頸受刀，就此斃命。
在整個抗倭鬥爭中，朱紈不是鬥爭的唯一犧牲者。同時代的主戰派官員，譬如提攜朱紈的首輔大臣夏言，以及王忬、曾銑等，也是被殺的殺，免的免，好一個慘烈的下場。
夏言是江西人，儘管他先後4次出任首輔，也沒能逃脫被誣殺的命運。夏言在1538年首次出任首輔，到1548年的10年間，明政府換過7次首輔，夏言得任4次。
在16世紀40年代，夏言是主戰蒙古、收復河套和抗倭的靈魂人物。 1547年，夏言最後一次任首輔的第三年，在他的組織下，中國南北同時興兵。
在北方，明朝發動了驅逐蒙古、收復河套的戰役，這場戰役由三邊總督曾銑上書而提上日程，他一度將蒙古人趕出河套。在南方，夏言推薦朱紈前去閩浙平倭，主張要像對待“北虜”那樣以強硬手段剿滅倭寇。朱紈不負眾望，以強悍之態，肅清了盤踞在浙閩多處的中外私商乃至海盜。
但隨後發生的事情扭轉了全局。 1548年，北邊韃靼首領阿勒坦汗又入境侵擾。對此，魏斐德寫道：“人們對夏言的進攻之策喪失了信心。”靖嘉帝的態度也發生了很大轉變，他下詔對驅逐蒙古提出質疑：“今逐套賊，師果有名乎？兵食果有餘，成功可必乎？一銑何足言，如生民荼毒乎？”
或許夏言也認識到，戰爭並不能解決北部邊疆的安寧問題，湖北專業作家熊召政曾在演講中指出，夏言晚年也曾提出和蒙古人改善邊關貿易，但被嚴嵩借題發揮說破壞了祖制，並污夏言收受了蒙古王的賄賂，要里通外國。
夏言與嚴嵩是同鄉，且對嚴嵩有引薦之恩，但兩人關係處得很僵。夏言對嚴嵩傲慢無禮，並以門客視之，這是兩人關係惡化的重要原因。夏言不近女色，不貪不佔，不畏權貴，早在入閣前就參過弘治皇帝的小舅子張延齡。
得勢的時間一長，夏言也多少有些驕橫氣盛。他甚至答應了嚴嵩的宴請，卻刻意不到，藉此羞辱嚴嵩。他視太監為奴才，而嚴嵩看到太監甚至會讓座，走前必給紅包，見者有份。
因拒服道冠法服等事，夏言招致嘉靖帝不滿，而此時嚴嵩則以謙恭之姿維持著嘉靖帝的恩寵。嘉靖帝不滿、做人傲慢、與蒙古關係緊張，使得夏言在1548年被嚴嵩設計致死，妻子兒女被流放。之後，嚴嵩第二次出任首輔，受寵22年不衰。
在夏言被斬的第二年（1549年），朱紈失去庇護，以“擅殺罪”被群起彈劾，最終沒等到明政府對其追究就自殺而去。王忬也是在與蒙古作戰失利後被殺。 1449年土木堡之變後，于謙掀起北京保衛戰。 100年後的1550年，蒙古再次兵臨北京城下，之後明朝北邊繼續受到蒙古侵擾，王忬因在抗倭中任用了俞大猷、湯克寬等人而立有戰功，被以副都御史的身份調離去巡撫大同，後加兵部右侍郎，代蘇遼總督。
1559年，因灤河失事，王忬在次年被嚴嵩構言而殺。王忬有兩個做官的兒子，在王忬被殺前，他的大兒子王世貞解官趕到京師與其弟王世懋每天在嚴嵩家門外自罰，請求寬免，但沒有如願。後王世貞累官至刑部尚書，王世懋則官至南京太常寺少卿。隆慶元年（1567年），王氏兄弟終為其父平反。
與夏言不同，嚴嵩對攻守並沒有直接表現出鮮明的態度，更多是通過他的代理人趙文華體現其意圖。趙文華是寧波慈溪人，是嚴嵩的學生兼義子，他生活作風奢靡，為人詬病，但也頗有些才幹。
早在朱紈全權總督閩浙軍務時，趙文華就建議朱紈應審時度勢，不要危害海外貿易。 1554年，趙文華又請開市舶，但因戶部阻撓而未果。到達江南後，趙文華又結合實地考察的情況，向朝廷上奏《陳海防事宜六事》，明確提出“馳海禁”的主張，“宜令督撫等官，止禁通番大船，其餘各聽海盜官編成排甲稽檢出入，照舊捕採”。
歷史上的嚴嵩、趙文華，是“權奸”到只知貪權納賄、陷害忠良之人。在謝禾生看來，嚴嵩當政多年，政績並不突出，其主要作為體現在對待“南倭北虜”的民族政策上。趙文華主张驰海禁、開市舶、輕民賦，他與嚴嵩在倭寇的起因、成分及其對策上是基本一致的。
對於倭寇，嚴嵩有較為清醒的認識，他認為：“倭寇之起，因閩浙人下海通番得利，聚徒眾盛，遂起狂謀。去歲只在沿海侵犯，今則各地深入。據報，真倭數不滿千，皆係漳溫近海賊徒結夥導引，一如北虜我逆之導也。”
在趙文華保薦下，胡宗憲當上浙江、南直隸總督，招撫開市之事就是胡宗憲的主意。在胡的幕僚鄭若曾執筆的《籌海圖編》中曾提到嘉靖時的主事唐樞對商寇的認識，“寇與商同是人也，市通則寇轉而為商，市禁則商轉而為寇；始之禁禁商，後之禁禁寇”。
顯然，胡、趙等人對唐樞的話深表認同。嚴嵩不主戰的思想背後，已經初步具有推動通商互市的傾向，只是這種思想更多由趙文華出面來主張。嚴嵩在文官中的名聲不佳，似乎讓這種傾向缺少落地生根的外在環境，趙文華雖是其代言人，但其本身的分量卻不足。
碧血汗青在《明朝海禁以及倭患、王直和海商》中提到，王直在臨刑前的公開遺言中曾長嘆：“吾何罪，吾何罪，死吾一人，恐苦兩浙百姓！”死後，他的話很快得到應驗。倭寇的活動並沒有如明政府一些官吏們所想像的那樣，因為王直這個“倭寇”頭目的被殺而消弭下去，而是在王直死後達到高峰。
1562年冬天，倭寇猖獗達到極點。以前倭寇充其量攻陷一座縣城，這次動靜大到直接攻陷了興化府。曾被胡宗憲陷害入獄的俞大猷，這時升任浙江總兵，戚繼光副之。早些時候，俞大猷有賴陸炳賄賂嚴世蕃和取得大學士徐階的擔保才得以脫身。
此時徐階已取代嚴嵩而位居首輔之位。當年，張璁為鬥倒夏言，開啟了明朝黨爭的時代。 27歲的翰林徐階違逆張璁，說其出身不正，張璁揚言要將其正法。逃過一劫的徐階，最終被發配福建為官。夏言在斗倒張璁之後，舉薦提攜了徐階。之後的故事是嚴嵩把夏言整死，徐階又將嚴嵩扳倒。後來，三起三落的高拱又將曾對他有舉薦之恩的徐階鬥了下去，但沒想到高拱又被徐階提拔的張居正趕下了台。
在俞大猷被委以重任的同年，胡宗憲以“嚴黨”之流被捕下獄，其被彈劾至少有兩處：一是倭亂，二是阿諛嚴嵩。胡宗憲曾多次寫信乞求羅小華（又稱龍文）在嚴世藩面前為自己說好話，而這羅小華可不是一般人，否則犯不著胡宗憲來求他。在傅衣凌所寫的《明代徽州商人》一文中，我們得知，羅小華的身份是徽州墨商，他善用桐油煙製造上品墨，年輕時就取得了在製墨業的執牛耳地位，他拜了嚴嵩做乾爹，與嚴嵩的兒子嚴世蕃關係密切，而且還是王直的親戚。
在懲處“嚴黨”時，嚴世蕃先是發戍，後以通倭罪被殺。因一連串的關係，羅小華以同樣的罪名被抄家。而胡宗憲在強大的政治壓力之下，萬念俱灰，1565年在獄中橫刀自殺。 1572年，他的死得到昭雪，並被國史錄入平倭功勳名單中。有一種說法，胡宗憲是將釣魚島劃歸中國領土的第一人。
1566年，勾結倭寇多年的大海盜吳平，從海路竄逃安南（今越南）途中被閩、粵官軍全殲，至此，中國沿海倭寇巢穴被全部蕩平，大股倭寇基本肅清。舟山史志辦撰寫的文章《明朝舟山海商研究》這樣評價明朝舟山民間海外貿易發展的意義：
糾番與誘倭私市貿易是明朝中葉民間海外貿易活動發展的兩大進程……在糾番私市貿易活動中有以許氏兄弟為首的雙嶼港私市貿易活動，在誘倭私市貿易中則有以王直為首的烈港私市貿易活動，並進而發展到以日本平戶為根據地的海外貿易集團，從而把舟山海商的海外貿易活動推進到一個前所未有的鼎盛階段，這在中國民間海外貿易史上有其重要的一席之位。值得一提的是，以王直為首的誘倭私市貿易活動的開發，加速了明朝中日官方貿易向民間貿易的演變。自王直以後，日本的平戶港一直是明末清初中國民間海商往來日本的一個主要據點。此外，據日本《鐵炮記》所載，葡萄牙人與日本的通商貿易往來以及西洋鐵炮傳入日本，均與王直有關。
同年，新任皇帝隆慶上台，日本戰國時代結束。之後，真正在政府的戰略及執行層面有毫無掩蓋的通商互市傾向的，是高拱、張居正內閣。
整個明朝，把政治權威與民意傳達拿捏得最為嫻熟的年代，當數高張內閣時代。 1570年，張居正以封王和開放邊市貿易為手段，重新恢復了對北方邊疆游牧民族的和談綏靖政策，並在1571年削減了2/3以上的軍隊，從此基本結束了明朝與蒙古韃靼各部近200年兵戈相加的局面。而之前，每次蒙古族俺答長驅直入所侵擾的地區，如晉中汾陽、介休、太原、祁縣、太谷等地，生靈塗炭，蒙受了很大的生命財產損失。也是在這期間，漢蒙邊境出現了很多明朝在塞外的固定村落“板升城”，最大的“板升城”呼和浩特，就是在1566年建成的。
與夏言、朱紈等主戰派官員被彈劾而死不同，1571年前後，因蒙漢關係及官商關係交織引發的對張四維、王崇古家族的彈劾，卻造成了被彈劾一方的政治大地震。但兩次彈劾都有一個共同的特點，那就是勝利的一方都主張通商開市。
高張內閣時期，南方海疆祥和，海商獲得合法身份，與大明社稷、輿論兩相無事，迎來了一段難得的發展機會，中國海商獲得了史無前例的發展。