第8章 第二章唐王與魯王之爭
馬士英與弘光皇帝在溧水失散之後，護送朱由崧的母親鄒太后前往浙江。途經廣德州時，馬士英要進城休息，知州趙景和見這一行人狼狽不堪，哪像是要護送太后去杭州的隊伍，懷疑其中有詐，關閉城門不讓進城。馬士英大怒，攻破該城，把趙景和處斬，大肆搶掠之後才離去。
1645年五月二十二日，馬士英奉鄒太后到達杭州，“武林沸騰”（清·徐芳烈·《浙東紀略》）。潞王朱常淓以及在杭州的官員都來朝見。杭州在南宋時曾是中國的國都。
不久，黃得功兵敗自殺、弘光帝被俘的消息傳來。杭州的文武官員請命潞王監國。然而，這時的形勢已經同1644年南京立國時大不一樣，曾經跟弘光帝搶當皇帝的朱常淓惟恐出任監國將成為清方打擊的主要目標，拒絕接受。弘光太后流著眼淚反复勸說後，他才勉強答應。
朱常淓出任監國後，實權仍在馬士英一夥手中。黃道周認為民心可用，主張召募義兵。可是，朱常淓卻是個扶不起的阿斗，監國的第二天就根據馬士英的意見，派陳洪範去同清軍講和，以割讓江南四郡為條件。
陳洪範在弘光朝廷初立時曾隨同左懋第去北京通好，暗中投降了清朝，被派回江南充當內奸。他回到江南以後寫了一篇名為《北使紀略》的文章恬不知恥地宣揚自己效忠於明朝廷，背後卻到處散佈清軍勢大難敵，勸人及早投降，被人稱為“活秦檜”。這次，又在馬士英主持下作為監國潞王的代表，乘坐懸掛著“奉使清朝”旗幟的船隻，去同清方密商賣國事宜了。
初十日，朱常淓命黃道周為大學士入閣辦事；馬士英卻惟恐黃道周入閣將影響自己攬權，把監國的令旨繳回不予公佈。
就在朱常淓、馬士英仍夢想苟且偷安的時候，清軍卻迅速地向杭州逼進。
陳洪範同清軍談判後，回到杭州就勸朱常淓投降。朱常淓貪生怕死，決定奉表降清。總兵方國安和侄兒方元科原先打算率領兵馬護送弘光帝到蕪湖，朱由崧被俘以後，他們又來到杭州，所部兵馬還有一萬名左右，準備擁立潞王保衛杭州。沒想到朱常淓已決意降清，在方軍同清軍戰於湧金門下時，朱常淓竟喪心病狂地“以酒食從城上餉滿兵”。方國安等極為憤慨，東渡錢塘江，後來參加擁立魯監國的行列。馬士英在混亂中被方國安軍隊挾持而去。
六月十四日，清軍不費吹灰之力佔領杭州。
1645年七月，多爾袞得到潞王朱常淓等投降，江、浙一帶不戰而定的捷報後，認為南方用兵已經基本結束，起自塞北的滿洲兵將又難以忍受江南暑熱，於是他下令豫親王多鐸等班師回朝，同時任命內院大學士洪承疇為“招撫江南各省地方總督軍務兼理糧餉”，接管江南各地。
豫親王多鐸滿載而歸地北返，所攜帶的金銀財帛不在話下，同時還帶了一名擄來的江南婦女，名叫劉三季。
劉三季是虞邑黃亮功的繼妻。清軍南下前，黃亮功病死，劉三季一直守孀在家，後來被清軍擄掠，獻給了多鐸。多鐸見她天然秀媚，不同凡艷，便要逼她侍寢。不料劉三季是個烈性子，拼死不從，情急下用頭去撞柱子，幸虧被別的婢女攔住，才沒有變成血污美人。據說劉三季有一頭烏黑油亮、光可鑑人的秀發，大哭大鬧下，弄得披頭散發，反倒顯得更加楚楚可憐。多鐸自南下以來，頭一次見到如此風情的女子，倒對劉三季多了幾分佩服，動了幾分真情，不敢再強行相逼，只讓婢女小心服侍。
劉三季被多鐸帶回北京後，居以大廈，被以華縠，奉以珍饈，但她依然不肯見從，對多鐸始終是冷顏冷語。多鐸頗通兵法，自然知道攻心為上的道理，他打聽到劉三季跟亡夫黃亮功有個女兒叫黃珍兒，在兵亂中失落江南，於是派人到江南尋訪到黃珍兒，安排與劉三季見面。劉三季見到愛女，又驚又喜，果然從此對多鐸態度大為改變。
事有湊巧，多鐸的正福晉忽喇氏突然病死，多鐸於是派能說會道的婢女去勸劉三季，承諾讓她作正福晉。多鐸是多爾袞的親弟弟，當時是滿清朝中的第二號實權人物，稱得上是天下最搶手的“鑽石王老五”。劉三季究竟是婦女心腸，事情到了這般地步，不由得化百煉剛為繞指柔，從此下邑孤孀，居然做了極品命婦。這就是歷史上著名的孀姝奇遇的故事。
重新回到江南南明政權的話題。從六月初八到六月十四，潞王朱常淓的監國總共只有六天，時間極短，且毫無作為，成為南明史上的一個可笑的小插曲。
投降的潞王和福王等人後來被多鐸帶到北京，潞王等人充分展現出了種種厚顏無恥的諂媚滿清的醜態。不過，在1646年，清廷為絕後患，藉口在京明朝諸王與外地明大臣勾結，蓄意謀反，下令將所有的投降的或被俘的明朝藩王一概處死。
這些人的不幸命運，不論多少原因，都是時代悲劇的大環境下的小氣候，也都是咎由自取。
南明弘光朝覆亡後，投降的南明官員錢謙益勸清軍統帥豫親王多鐸說：“吳地民風柔弱，飛檄可定，毋須再煩兵鋒大舉。”錢謙益此話水份不是太大。除了太倉農奴為了搶奪先前的主人造過幾次反外，一時還真沒什麼對清軍太大的襲擾。各地鄉紳為了自保，也紛紛在城牆上大書“順民”二字。錢謙益與各地鄉紳的信中也稱大清“名正言順，天與人歸”。尤其是對揚州大屠殺的恐懼，一向生活安逸的江南人民在心理上確實產生了極大的震撼，開始認真思考頑強抵抗後的毀滅後果。
讓人極其駭震的是南京和揚州的結果昭然在目——“揚州十日”殺了八十萬人；南京在弘光跑後由趙之龍、錢謙益等人手捧明境圖冊和人民戶口向清豫王多鐸行四拜禮獻降，二十餘萬兵馬束手投兵。清軍兵不血刃，果然沒有大行殺戮——這兩種截然不同的遭遇確實為江南士紳民眾在心理上打上了深深的烙印。
偏偏就在此時，清廷忽然下了一道“剃髮令”。本來，在1645年六月，清豫王多鐸還下過一道命令：“剃頭一事，本國相治成俗。今大兵所到，剃武不剃文，剃兵不剃民，爾等毋得不遵法度，自行剃之。前有無恥官員先剃求見，本國已經唾罵。特示。”但僅僅過了一個多月，多爾袞下令所有漢人都必須剃髮，“留頭不留發，留發不留頭。”
而這一忽然而來並導致數百萬人頭落地的命令，竟源於一個漢族降臣孫之獬。
孫之獬，山東淄川人，明朝天啟年間中進士。此人因人品低下，反复無常，一直鬱鬱不得志。清軍入關後，孫之獬求官心切，是第一批搖尾乞降的漢官，並當上了禮部侍郎。為報新主提拔之恩，一時間又想不出什麼平定大計，孫之獬就走個“偏門”，主動剃髮。孫之獬前腦門一溜精光，後面也拖個大辮子，並穿上一套四不像的滿服，施施然來，上朝時想博個滿堂採。但當時漢人官員人仍是博冠大袖，漢人裝束，見這麼一個老狗不倫不類，都心中覺得可笑又可鄙，揚袖把他排擠出班。滿族官員自恃是統治征服民族，也都紛紛腳踢笑罵，把他踹出滿班。惱羞成怒加上氣急敗壞，孫之獬下了朝後就立馬守了一道奏章，向清世祖建議在全境範圍內給漢人剃髮，其中有幾句話直撓清帝（也就是多爾袞）心窩：“陛下平定中原，萬事鼎新，而衣冠束髮之製獨存漢舊，此乃陛下從中國，非中國之從陛下也！”
清帝順治當時年僅七歲，全權大事全部由攝政王多爾袞一人裁決。多爾袞等人本來就是北方武人性格，被孫之獬這一陰激，也覺其言甚是有理。而且，早在比1644年多爾袞入關之前，滿人大學士希福已在盛京向朝廷進獻了滿文寫的遼、金、元三朝史料，想使這些過往“異族”入主中原的歷史經驗“善足為法，惡足為戒”，其中最主要的警示就是防止上層“漢化”。特別遼、金兩朝，“漢化”最終導致了皇族的消沉和委瑣懦弱。孫之獬的進言，正好挑起多爾袞的警惕之心，想先從形式上消除“漢化”的潛在危險——好！我先下手為強，先給全體漢人先來個“滿化”，強迫剃髮！
中國地廣人多。以家族宗法儒學為源的中國人，大多將朝代興迭看成是天道循環明清之際。尤其是明清之際，中國仍處於封建性農業社會，佔人口絕大多數的農民和相當一部分官紳地主居住於鄉村。這些人一般和當地的政府關係很淺，和中央政府更是毫無直接關係，所以改朝換代從通常的意義來說很難刺激百姓的感情。也就是說，一朝天子一朝臣，誰當皇帝對這些人來說都無所謂。衣服裝飾雖然看似無關緊要，但是習俗千百年的相沿，本身就是一種文化的表徵。像滿清這樣用兵力侵略的異族，強使原來的漢族放棄原有的服飾而仿效自己，就不啻摧毀其文化，而且強行加上了一種屈服的標識，是一種對人格尊嚴的侮辱。如果從文化、財產、等級等等方面在士大夫和平常民眾還存有歧異的話，在這種保衛自身精神和風俗的立場方面所有漢人幾乎都表現出驚人的一致性。 “身體發膚，受之父母，不得毀傷”。無論官紳還是普通百姓，都不能接受自己在形像上變成野蠻的“夷狄”。原本已經降附的地區紛紛反抗，整個中國大地陷入血雨腥風之中。
連真心歸附清朝的漢人學者也在筆記中紛紛不平地記述道：“我朝（清）之初入中國也，衣冠一仍漢制。凡中朝臣子皆束髮頂進賢冠，為長服大袖，分為滿漢兩班。有山東進士孫之獬，陰為計，首剃髮迎降，以冀獨得歡心。乃歸滿班則滿以其為漢人也，不受。歸漢班則漢以其為滿飾也，不容。於是（孫之獬）羞憤上書……於是削髮令下，而中國之民無不人人思螳臂拒車斗，處處蜂起，江南百萬生靈盡膏野草，皆（孫）之獬一言激之也。原其心，止起於貪慕富貴，一念無恥，遂釀荼毒無窮之禍！”（《研堂見聞雜記》）
不過，孫之獬後來的下場並不好。三年多以後，因為受人錢財賣官，孫之獬受彈劾，被奪職遣還老家淄川。恰好趕上山東謝遷等人起義，攻入淄川城，孫之獬一家上下男女老幼百口被憤怒的民眾一併殺死，“皆備極淫慘以斃”。孫之獬本人則被五花大綁達十多天，五毒備下，頭皮上被戮滿細洞，人們爭相用豬毛給他重新“植髮”，最後還把他的一張臭嘴用大針密密縫起，肢解碎割而死。 “嗟呼，小人亦枉作小人爾。當其舉家同盡，百口陵夷，恐聚十六州鐵鑄不成一錯也！”此種下場，連仕清的漢人士大夫也不免幸災樂禍。
多爾袞剃髮令下後，太倉、秀水、崑山、蘇州、常熟、吳江、嘉定等廣大地區義民紛起，紛紛殺死清軍安排的地方官吏，開始了反清復明的抵抗運功。但是百姓們無組織已久了，臨時的集合，如何能敵得久經征戰的軍隊？所以江南的義兵，大都不久即敗。
清軍佔領南京後，立即派出使者招撫南直隸各府縣。絕大多數地方都懾於清朝兵威，納土投降。只有楊文驄（即那位畫桃花扇的才子）帶領一支軍隊闖入蘇州，將滿清派來招撫蘇淞地區的黃家鼎等處斬。但楊文驄卻沒有組織當地紳民據城固守，而是在清軍來到之前退往浙江。
此時，清軍基本上已經控制了江南，就連多爾袞也驕狂地以為天下已定，下令多鐸等回師北京。但隨後導致長期的政局不穩以至生靈塗炭的卻是滿清的剃髮令，這是多爾袞的重大失策。
多爾袞在接到攻占南京的捷報後，即遣使諭豫親王多鐸，命令“各處文武軍民盡令剃髮，儻有不從，以軍法從事”。在民族危難關頭，江南各地的漢族紳民迫於剃髮令，群情激奮，紛紛自發舉兵抗清。其中的一個地方就是上海與南京之間的美麗水鄉——江陰。它抵抗清軍達八十天之久。陷落的時候，有七萬多人死於清軍將領下令進行的血腥屠殺之中。
滿清委派的知縣方亨到江陰上任後，遵照清廷法令張貼佈告，令百姓剃髮。方亨叫書吏把府文寫成佈告張貼，其中有“留頭不留發，留發不留頭”的話，書吏寫到這句話時，義憤填膺，把筆扔到地上說：“就死也罷！”消息很快傳遍全城，一時人人群情激憤。
方亨見士民不從，秘密報告常州府請上司派兵“多殺樹威”。這封密信在送出城時被義民搜獲，義民自發地將方亨逮捕，推典史陳明遇為首，以“大明中興”為旗號，自稱江陰義民正式反清。
陳明遇自感到缺乏軍事組織才能，在他推薦下，江陰士民將鄉居的原任典史（弘光時調升廣東英德縣主簿，未赴任）閻應元迎接入城擔負守城重任。
閻應元這個人因為江陰抗清而名垂青史，他之前名不經傳。後面我們可以看到，無論從哪方面來說，他都是一個相當傑出的人才，軍事才華遠在史可法之上。但就是這樣一個人才，竟然在明朝只是一個小小的典史！由此也可見陳明遇此人的眼光不凡。
閻應元入城後立即把全城的戶口分別丁壯老幼詳加調查，挑選年輕力壯的男子組成民兵，會合鄉兵二十餘萬人分班上城，每個城垛十名，按時換班。由武舉人王公略守東門，汪把總守南門，陳明遇守西門，應元自任守北門。他和陳明遇兼負晝夜巡查四門的責任。對城中過往行人嚴加盤詰，肅清內奸。為了解決軍械糧餉供應，閻應元同紳民商議後，委任擅長理財人士負責把城內公私所藏物資分類徵集，統一分配使用。在閻應元的領導下，很快就做到了人盡其才，物盡其用，各方面的工作做得井井有條。
清兵聞訊後，只派了三百人趕來鎮壓。可見清軍統帥多鐸根本沒有將江陰這個小城放在眼中。但隨後清軍三百人都被江陰義民殲滅於秦望山下，多鐸大為憤怒，派降將劉良佐領部兵數万來攻。劉良佐即當初的江北四鎮之一，被弘光皇帝封為廣昌伯，結果清軍南下時不戰而降。
劉良佐率軍包圍了江陰縣城後，屢攻不利，一再派使者用弓箭射書信入城招降，甚至親自來到城下現身說法，要閻應元投降。閻應元在城頭痛斥劉良佐的背叛明朝，說：“有降將軍，無降典史！”劉良佐無言可對。
多鐸先派恭順王孔有德“率所部兵協攻”，接著又派貝勒博洛和貝勒尼堪帶領滿洲兵攜帶紅衣大砲前往攻城。這些紅衣大砲都是明朝之物。博洛來到江陰城下，認為劉良佐曾任明朝伯爵，手握重兵，卻連一個江陰縣城也攻不下來，一定是沒有盡心盡力，於是下令打了他一頓板子。劉良佐慚恨不已，督促部下拚命攻城。
守城的閻應元、陳明遇也鼓勵城鄉義勇扼守危城，並派徽商程璧等人出城聯絡各地義師來援，卻始終沒有得到江浙救兵。堅持了八十天后，清軍集中大砲轟擊城東北角，城牆崩塌，清軍蜂擁而上，江陰因此失守。陳明遇巷戰而死，閻應元負傷後投湖自殺，卻被清軍及時從水中拖出，因不肯投降遇害。
清軍屠城兩日後才“出榜安民”，城內百姓僅剩“大小五十三人”，大概有將近七萬人死於清軍的血腥屠殺中。當時人士寫了一副對聯讚揚江陰百姓的英勇犧牲精神：“八十日戴發效忠，表太祖十七朝人物；六萬人同心死義，存大明三百里江山。”
《江陰城守後紀》的作者總結道：“有明之季，士林無羞惡之心。居高官、享重名者，以蒙面乞降為得意；而封疆大帥，無不反戈內向。獨陳、閻二典史乃於一城見義。向使守京口如是，則江南不至拱手獻人矣。”在福州繼統的隆武皇帝聽說涇縣和江陰百姓的堅貞不屈，深為感動，說：“吾家子孫即遇此二縣之人，雖三尺童子亦當憐而敬之。”在江南各地望風披靡之時，閻應元、陳明遇以微末小吏的身份，憑藉江陰百姓的支持，竟然面對強敵，臨危不懼，堅持了近三個月，實在是南明史上光彩奪目的一頁。
與江陰百姓抗清同時，嘉定縣民也因清政府強迫剃髮起兵。滿清委派的知縣頒布剃髮令後，嘉定百姓憤憤不平，拒不從命。有人徵詢著名鄉紳侯峒曾（天啟五年進士，弘光時任通政司左通政使）的意見。他毅然回答：“聞徐太史汧護髮自裁，何不奮義？即不可為，乃與城存亡，未晚也。”就是說，他反對劉宗周、徐汧的只顧自身名節的消極抵制，主張積極地起兵抗清。
於是侯峒曾帶領兩個兒子侯玄演、侯玄潔，進士黃淳耀及其弟黃淵耀入城倡義反清復明。他們同當地士紳會議後，決定率領百姓上城畫地而守，並城上樹立白旗，上面寫著“嘉定恢剿義師”。
嘉定紳民起義反清後，清吳淞總兵李成棟立即領兵五千來攻。
李成棟原為高傑部將，曾任明朝徐州總兵。這個人是個極為複雜的人物，他的一生歷程很難用忠或是奸加以定奪，更難以用好或是壞來對他個人加以形容——“揚州十日”的大屠殺中有他為清兵賣力殺戮的前驅身影，“嘉定三屠”則完全是由他一人屠刀上舉發號施令而造成的慘劇，後來他還是擊滅南明諸帝之一隆武帝朱聿鍵的首功之將，是生擒紹武帝朱聿粵的不替功臣，又是滿清攻滅南明江浙，福建、兩廣廣大地區的第一功臣。但最不可思議的是，也恰恰是忽然之間，這個人良心發現，搖身一變，又成為南明永曆帝的不貳忠臣，與金聲恆、王得仁一起在南中國“反正”，重新成為明朝的“忠臣義士”，而且蹈死不顧，死而後已。促使李成棟反正的原因跟吳三桂引清軍入關如出一轍，竟然也是“衝冠一怒為紅顏”。這位曾經殺人不眨眼的三心二意的將軍最後竟能置安危於不顧，亂流趨敵，赴水而亡，被南明天子親口諡“忠烈”二字，贈太傅、寧夏王。他一生反复的大起大落，比吳三桂有過之而無不及。歷史原本就是一個神秘的作坊。關於李成棟，我們在後面的篇章中還會有專文講述。
嘉定城在黃淳耀的領導下，重新用土石加固了城牆，並且派了一個密使前往在蘇州與松江一帶活動的複明分子吳志葵那裡，請求立即給予增援。八天后，盼望已久的吳志葵的援軍終於趕到了。然而，這支由蔡喬率領的隊伍只有三百人，而且裝備極差，轉眼間就被李成棟的部隊攔截擊潰了。嘉定城的老百姓現在意識到，他們只有完全依靠自己了。
侯峒曾、黃淳耀等人本來想藉用城外鄉兵扼阻清兵。可是，四鄉鄉兵都是臨時組織起來的農民，根本沒有作戰經驗，人數雖多，實際上處於一種無序無領導的狀態，難以同正規清軍作戰。雙方才一交鋒，鄉兵就不戰自潰，“走者不知所為，相蹈藉而死”，許多人被擠入河中淹死，“屍骸亂下，一望無際”。
不過鄉兵經常能消滅一些小股的清兵，李成棟的弟弟就在鄉兵的一次伏擊中被殺死。李成棟惱羞成怒，親自率領全部人馬進攻城北的婁塘橋，大部分鄉兵都聚集在這個地方，於是有上萬的農民在這裡被殺死了。
三天后的黎明時分，在紅衣大砲的隆隆炮聲中，李成棟下令攻城。次日城破，侯峒曾奮身投入池中，被清兵拖出斬首，他的兒子侯玄演、侯玄潔同時遇害。黃淳耀躲進一座寺廟，在牆上寫下一段悲壯之辭後，上吊自殺。
出於野蠻的報復之心，李成棟下令屠城，清軍“家至戶到，小街僻巷，無不窮搜，亂草從棘，必用長槍亂攪”，一心要殺個雞犬不留。當時的慘景，有親歷者朱子素的《嘉定屠城略》作證：“市民之中，懸樑者，投井者，投河者，血面者，斷肢者，被砍未死手足猶動者，骨肉狼籍”，一幅活的人間地獄圖。
就像揚州的情況一樣，婦女們慘遭強姦。如遇抵抗，這些前南明軍隊就用長釘把抵抗婦女的雙手釘在門板上，然後再肆行姦淫。一頓殺戮過後，李成棟屬下又四處劫掠財物，見人就喊“蠻子獻寶”，隨手一刀，也不砍死，被砍人拿出金銀，前南明軍隊就歡躍而去；腰中金銀不多者，必被砍三刀，或深或淺，刀刀見骨。當時“刀聲割然，遍於遠近。乞命之聲，嘈雜如市”。大屠殺持續了一天，直到屍體堵塞了河流，大約有三萬多人遇害。這就是史冊上臭名昭彰的嘉定屠城。最後，這五千拖著大辮子的漢人清軍竟搶奪三百大船的財物，統統在李成棟的指揮下運離嘉定。
但嘉定城的劫難仍然沒有結束。李成棟大屠殺後的三四天，僥倖逃脫的嘉定的倖存者開始溜回城裡。中國人普遍有種強烈的鄉土情結。黃河邊的原住民寧可坐以待斃，也不原一喬遷他鄉；即使政府強令遷徙，沒多久，他們也會回來，不管當地多窮多苦。嘉定的紳民也是如此，他們回城後看到如此慘狀，立即在一個叫做朱瑛的義士領導下，重新集結起來，共兩千多人。朱瑛領導著倖存者們在這座殘破的城市展開了一場反屠殺運動，處死了歸降清軍的漢奸和清軍委派的官吏。
同時，在嘉定城外，一支被打散的鄉兵隊伍聚集在葛隆和外岡，他們一旦發現那些剃了發的人，就將這些人當場處死。李成棟的一支小分隊也被這群鄉兵殲滅。李成棟狂怒下派了一支大軍進入葛隆和外岡，屠殺了所有的居民。這兩個城鎮也被夷為平地。
李成棟任命的新縣令浦嶂為虎作帳，又領著李成棟軍士直殺入城裡，把許多還在睡夢中的居民殺個精光，積尸成丘，然後放火焚屍。浦嶂不僅把昔日幾個朋友婁复文等人整家殺盡，還向李成棟進言：“若不剿絕，必留後患！”清軍殺得興起，嘉定又慘遭“二屠”。據說，在“二屠”之後，嘉定的富人和窮人間已無區別。
二十多天后，原來南明的一個名叫吳之番的將軍率餘部猛攻嘉定城，周邊民眾也紛紛響應，竟在忽然之間殺得城內清兵大潰出逃。不久，李成棟整軍反撲，吳之番所率兵民大多未經過作戰訓練，很快就潰不成軍，吳將軍自己也提槍赴陳而死。李成棟軍第三次攻城，不僅把吳將軍數百士兵砍殺殆盡，順帶又屠殺了近二萬剛剛到嘉定避亂的民眾，血流成渠，是為“嘉定三屠”。
“三屠”留給這座城市是徹底的毀滅，以及不知道德為何物的寥寥倖存者。
無論如何，長江下游地區的抗清運動減慢了清軍進軍的勢頭，從而給南方其他地區明朝抵抗力量的組織和準備贏得了時間。但是，很難說這會是明朝的轉機。
1645年六月十一日，即杭州落入清軍之手前三天，唐王朱聿鍵見潞王朱常淓已經決定投降，不勝憤慨，在一批文官武將的支持下，離開杭州前往福州籌辦監國。
朱常淓降清以後，局面非常混亂，只有皇帝的號召力才能振奮精神，重新組織起力量。但封建時代帝位的繼承，血統的親疏是個重要條件。唐王朱聿鍵是朱元璋第二十二兒子安王朱楹的八代孫，在譜系上同崇禎皇帝相距很遠，按常規是輪不到他的。但此時朱由檢的叔父、兄弟只剩下在廣西的桂王（即後來的永曆皇帝），當時的南明政治中心在東南，東南士紳急於解決繼統問題，不得不就近從疏藩中推選。
朱聿鍵本人雖然貴為王孫，從小卻飽經憂患。他是太祖朱元璋九世孫。朱聿鍵的爺爺唐端王嫌世子（朱聿鍵之父，後來被追封為裕王）嘴舌上長個大瘤子，又愛小妾生的兒子，就常年將裕王囚禁在內官宅。朱聿鍵生下來後，八歲才由曾祖母請師父教他讀書寫字，“僅辯句讀”。他十二歲的時候，曾祖母病死，朱聿鍵失去了最後的保護，被跟父親關在了一起。唐端王還暗中命人不給朱聿鍵父子送飯，想活活餓死他們，幸虧暗中有人幫忙送飯，父子在囚房中過了十六年。崇禎二年（1629）二月，裕王被急切想襲唐王王位的弟弟鳩死。同一年，唐端王病死。朱聿鍵總算苦盡甘來，以長子長孫的身份襲封南陽。
崇禎九年，唐王朱聿鍵殺了害死他父親的叔叔。但他的苦難在這一年又開始了，崇禎因清軍叩關，詔令各地勤王。唐王朱聿鍵接到詔令後，立即北上趕去勤王，剛到裕州，便接到崇禎聖旨，說他擅離封土，居心叵測，勒令退還。朱聿鍵摸不著頭腦，只好遵旨南歸。後來部議加罪，竟然將朱聿鍵廢為庶人，幽錮在鳳陽高牆內。一直到1644年，崇禎皇帝自殺，朱聿鍵才被南明弘光皇帝朱由崧下旨放出，但已經又被關押八年多。這位金枝玉葉真是倒霉，活到四十三歲的年紀，在囚牢裡倒有二十四年之久。
由此可以知道朱聿鍵和其他藩王的經歷有很大的不同，在出生後的四十三年裡除了從崇禎二年到崇禎九年的七年奉藩生活外，其餘歲月都是在逆境中度過的。多災多難的經歷使他受到了其他藩王所沒有的磨煉，增加了許多閱歷，在國家處於危難時期正是充當最高統治者的有利條件，所以他得到了黃道周等人的大力推舉。
於是，朱聿鍵在衢州宣布了即監國位的決定，然後這一行人繼續南行，穿翻越仙霞嶺，前往福州。
1645年六月初六日，朱聿鍵由南安伯鄭芝龍等迎接入福州。次日，正式就任監國。二十天以後，又在臣僚的擁戴下於閏六月二十七日即皇帝位，以福州為臨時首都，政府名為天興府，以原福建布政使司作為行宮。這就是南明史上第二個政權，一般稱為“隆武政權”。
舉行登基大典儀式當天，“大風霧起，拔木揚沙”，尚璽官的坐騎受驚，玉璽摔落，碰壞一角。雖然兆征不祥，君臣還是很有平復天下的決心，銳意恢復。由於身世坎坷，隆武帝和弘光帝迥然不同，他善於撫慰群臣，樂於納諫，甚至同意招納“大順軍”（李自成軍）餘部，以共同抵抗清軍。同時，針對南明軍殺害剃髮的平民一事，他也予以阻止：“兵行所至，不可妄殺。有發為順民，無發為難民。”這一諭旨使得一般百姓歡呼鼓舞，紛紛來投。
朱聿鍵以明朝宗室遠親即位稱帝，實是時勢使然。但他一年以前還是高牆中的罪宗，既缺乏自己的班底，又沒有足夠的名分，儘管他頗想有一番作為，重建明朝江山，可先天的弱點使他不能不依賴福建的實權人物鄭芝龍、鄭鴻逵兄弟。即位後，朱聿鍵就以擁戴功加封鄭芝龍為平虜侯，鄭鴻逵為定虜侯。為了收攬人心，朱聿鍵任命黃道周等二十餘人為大學士，入閣人數之多，在明代歷史上從未有過。
隆武朝廷建立後，頒詔各地，得到了兩廣、贛南、湖南、四川、貴州、雲南殘明政權的承認。
1645年（清順治二年）六月，潞王降清，浙江省會杭州被清軍佔領，不少州縣也遞上降表，歸順清朝。但隨著滿清頒布了剃髮之令後，“人護其發，道路洶洶”。在這種情形下，亡國之痛以強迫剃頭為引線迅速點燃了一場反清的熊熊烈火，浙東各地紛紛起兵抗清。
寧波府起兵反清後，原太僕寺卿謝三賓為了保住身家性命，派人攜帶親筆書信前往定海請王之仁出兵鎮壓。同時，佔領寧波的錢肅樂（原刑部員外郎）也派倪懋熹為使者前往定海策反王之仁。兩位負有完全相反使命的使者幾乎同時到達定海。
當時，駐於定海的浙江防倭總兵王之仁已經投降滿清，貝勒博洛命他繼續擔任原職。倪懋熹到達定海後，聽說頭天有位姓陳的秀才上書王之仁，斥責其降清，已經被王之仁處斬，仍毅然入見。一見面，王之仁說：“君此來，大有膽。”倪懋熹大講了一通人心思漢的道理，王之仁連忙制止他說下去，讓兒子陪他去東閣吃飯。
然後，王之仁又接見謝三賓的使者，答應幾天后就發兵到寧波。幾日後，王之仁統兵來到鄞縣，召集諸鄉老聚會於演武場。謝三賓欣欣然赴會，以為錢肅樂等必定濺血於眼前。不料，坐定之後，王之仁從靴子裡取出謝三賓的密信，當眾朗讀。謝三賓大驚，不顧一切衝上去想奪回原信。王之仁喝令部下士卒把謝三賓拿下，對錢肅樂說：“是不是應該殺了他祭旗？”謝三賓“哀號跪階下，請輸萬金以充餉。乃釋之”。王之仁兵員較多，參與反正後，寧波的反清局勢迅速穩定。
浙東各地反清運動興起後，明原任管理戎政兵部尚書張國維和在籍官僚陳函輝、宋之普、柯夏卿商議，認為急需迎立一位明朝宗室出任監國，此時，他們全然不知道唐王朱聿鍵已經在福州建立了隆武政權。當時在浙江的明朝親、郡王只有在台州的魯王朱以海沒有投降清朝，自然成了浙江復明勢力擁立的惟一人選。六月十八日，張國維等奉箋迎朱以海出任監國。朱以海到達紹興後，於七月十八日就任監國。
明第一代魯王朱檀是朱元璋的第十個兒子，封於山東兗州，因吃丹藥毒瞎了眼睛，朱元璋很不高興，他死後，朱元璋給的他諡號為“荒”。朱檀的九世孫朱以派嗣封魯王，1642年（崇禎十五年），清兵南下山東，攻破兗州，朱以派被殺。其弟朱以海死裡逃生後，於1644年（崇禎十七年）二月襲封魯王；同年三月，大順軍攻克北京，進兵山東，朱以海南逃，寓居浙江台州。
1644年國變前，朱以海就已經親身經歷了國破家亡，顛沛流離的患難生活，所以他對清廷的仇恨遠勝其他藩王。但是，此人過慣了腐朽荒淫的貴族生活，既缺乏治國之才，又不肯放棄小朝廷的榮華富貴，一任監國後就大搞腐敗，一幅太平天子要及時行樂的樣子。李寄有《西施山戲佔》詩描繪了朱以海監國時的狀況：“魯國君臣燕雀娛，共言嘗膽事全無。越王自愛看歌舞，不信西施肯獻吳。”據說魯王朱以海與守江諸將置酒唱戲，吹拉彈唱的聲音聲連百餘里。
魯監國政權的腐敗還表現在任用皇親國戚上面。魯王元妃張氏的哥哥張國俊招權納賄，任用匪人。著名的例子如謝三賓這樣鮮廉寡恥的小人，被迫參加魯監國政權後，竟然走國舅的後門出任大學士。其用人行政由此可見。
張岱對朱以海的評論是：“從來求賢若渴，納諫如流，是帝王美德。若我魯王，則反受此二者之病。魯王見一人，則倚為心膂；聞一言，則信若蓍龜，實意虛心，人人向用。乃其轉盼則又不然，見後人則前人棄若弁毛，聞後言則前言視為冰炭。及至後來，有多人而卒不得一人之用。附疏滿廷，終成孤寡，乘桴一去，散若浮萍；無柁之舟，隨風飄蕩，無所終薄矣。魯王之智，不若一舟師，可與共圖大事哉！”大意是納諫如流在一般帝王是美德，倒了魯王這裡就成了禍病，他聽了後面人的話，就認為前面人說的話不對，是個典型的軟耳朵，沒有判斷力，智商還不及普通的船夫。
不久後，隨著情況的明朗化，擁立魯王的官紳知道唐王朱聿鍵已經在福州繼統，他們立即處於進退兩難的境地。魯王和唐王一樣，都是崇禎最遠的堂族，但唐王在時間上佔了優勢，而且已經由監國稱帝。另外，隆武政權得到了除浙東以外各地南明地方政權的承認，魯監國政權只局促於浙東一隅之地。
唐魯並立是在消息不靈的混亂狀態下出現的一國二主局面。按道理說，在國難當頭的時候，朱以海應該退位，使南明政權至少在名義上實現統一；然而朱以海黃袍加身容易，要退位則有些不甘心了。這正是弘光以來的普遍現象——無論是皇族還是官僚，都熱衷於亂中竊權。唐、魯之爭無疑使南明業已經呈現的劣勢進一步惡化了。
福建和浙江的人口稠密地區之間，綿亙著幾座大山，阻塞了直接的交往，即使在最好的時期，福州與紹興之間也不可能有迅速的交通。
直到1645年十月，隆武政權才知道在浙江建立了另一個政權。隆武帝立即派遣兵科給事中劉中藻為使者，前往紹興頒詔，宣布兩家無分彼此，魯監國委任的朝臣可以到隆武朝廷中擔任同等官職。
劉中藻的到來在魯監國的大臣中引起了分裂，贊成開讀詔書和反對開讀的大約各佔一半，甚至還有人出“憑江數十萬眾，何難回戈相向”的話，不惜動武爭奪帝位。
魯監國性格比較軟弱，見朝臣中有不少人主張尊奉隆武帝，有些憤憤不平，宣布退歸藩位，支持他在福建的“皇叔父”，並立即返回了台州。魯監國離開後，主張承認隆武朝廷為正統的大臣開讀了詔書。然而，大學士兼兵部尚書張國維堅持認為，說福州“鞭長莫及”；如果監國退位，浙東脆弱的抵抗運動就會瓦解；在這個時候改換朝廷，將使君臣之間失去信任。於是終於決定拒絕接受隆武政權詔書，重新迎回了魯監國。
1646年正月，隆武帝命都御史陸清源攜帶白銀十萬兩前往浙東犒師，卻被魯監國部將殺害。魯監國上書福州，稱皇叔父，不稱陛下，隆武帝大怒，殺其使者陳謙。唐、魯爭立從此愈演愈烈，兩個同姓朱的政權之間的關係變成了“水火不相容”。
由於魯監國政權中許多文官武將向隆武朝廷上疏效忠，隆武帝也加意籠絡，給他們進官封爵。魯監國針鋒相對採取挖牆腳措施，派人到福州封鄭芝龍兄弟為以公爵。隆武帝聞訊大怒，將來使囚禁。不久，又殺了魯監國所遣使者總兵陳謙，但卻引起了鄭芝龍的不滿。
鄭芝龍二十歲不到就因為勾引後媽被父親驅逐出家門為盜，數十年橫行福建、廣東、浙江一帶沿海，兼商兼盜，是遠近聞名的大海盜頭子。崇禎初年，鄭芝龍接受明朝招安後，趁天下大亂之際一直忙於擴大地盤，充實實力。鄭芝龍之推舉唐王登基稱帝，其實也是看上了隆武帝的“奇貨可居”，朝中一切實權都掌握在鄭家手裡。
隆武帝為了籠絡鄭芝龍，以無子為名，將鄭芝龍的長子鄭森過繼為自己的兒子。鄭森的母親為日本女子田川氏，又稱翁氏。隆武帝第一次見到鄭森，見他風度翩翩，一表人材，對答如流，非常賞識，深憾自己沒有女兒嫁給他，於是收為自己的兒子，賜姓朱，取名成功，號稱“國姓爺”，命為御林軍都督，儀同駙馬都尉，不久又被封為“忠孝伯”。隆武帝和這位“國姓爺”（即中國歷史上著名的鄭成功）的關係，後來對南明事業產生了深遠的影響。
唐、魯爭立不僅是兩個南明政權的對立，而且在兩個政權內部也引起了嚴重紛爭。朱以海既自外於隆武朝廷，不惜以高官厚爵收買支持者，流風所及，官職紊濫。在這樣大量內耗的情況下，兩個政權都不是變得更強，而是更弱了。
這個時候，因為清朝再次宣布薙發令，江南一帶掀起了反薙發的抗清鬥爭，清軍後方發生動亂，一時無力繼續南進。尤其多鐸主力北返之後，江南留守兵力相當單薄。但魯、唐二王政權不但沒有利用這種有利形勢，發展抗清鬥爭，反而在自己人之間為爭正統地位而形同水火，所以才使清方得以有限兵力集中使用，達到各個擊破的效果。
黃道周是福建人。聖賢的傳統道路，是治國平天下。但如果我們翻開黃道周的履歷表，就會發現他這條路走得極為艱難，以閩人固有的固執身處大廈將傾的末世，毫無成功的可能。自從黃道周天啟二年中了進士以後，因為幾次上疏奏事為倒霉的大臣求情，自己也跟著倒霉，屢調屢降，其中有幾年還被斥為民。
崇禎十一年，黃道周因為彈劾大學士楊嗣昌，當面頂撞崇禎皇帝，被連貶六級趕出京城，到江西按察司當小小的照磨。過了兩年，江西巡撫解學龍在評價所部官員時，偏偏對黃道周推崇備至。崇禎皇帝聞言大怒，說他們兩個以黨邪亂政，削了解學龍的學籍，把黃道周逮進刑部要求處死。如果黃道周就這麼死了，不過是崇禎皇帝所隨意屠戮的無數大臣中毫不起眼的一個，至多留下個忠諫的聲名。幸好刑部尚書敢於抗旨，爭辯說只有封疆或貪酷大臣才能以黨邪亂政論死，以言論得罪，最多只能判處充軍。審了兩年，最後是判處黃道周永戍廣西。還沒走到廣西，聖旨又下來了，皇恩浩蕩，赦免复官。但是黃道周已不再做治國平天下的夢了，一獲赦免，便告老還鄉，在龍海鄴侯山背山臨江蓋了一座鄴山講堂開壇講學。這時候，他已是公認的儒林領袖、一代宗師，被時人推崇為“字畫為館閣第一，文章為國朝第一，人品為海內第一，其學問直接週、孔，為古今第一”（徐霞客語），全國各地來聽講的人絡繹不絕，門前的九龍江，號稱因為有黃道周才千帆相競。重返家鄉這一年，他已五十八歲了，他的打算，就是以傳道授業了此殘生了。
然而大明的氣數已經玩完。崇禎十七年（1664年），崇禎吊死在煤山，吳三桂打開山海關放進清兵，大明的國土很快只剩下了半壁江山，國難當頭，黃道周的官運卻忽然好了起來。福王（即弘光帝）在南京即位後，馬上下了詔書，命黃道周赴南京擔任吏部左侍郎。
弘光帝的任命下來，黃道周本來不打算去赴任，但當政的馬士英派人逼迫：“先生德高望重，不出來作官，是打算跟隨史可法擁立潞王嗎？”軟硬兼施之下，他也就只好上南京去了。
到了南京，黃道周就被升為禮部尚書，地位不可謂不崇高，卻仍然是擺設。弘光小朝廷，只在醉生夢死中殘存了一年，當多鐸的鐵騎殺到南京來的時候，如果黃道周人在朝廷，絕無可能跟從錢謙益冒著大雨跪在城門口恭迎清兵，自然只有一死殉國，那樣也不過是南京陷落時自殺的大臣中的一個。但上蒼卻不願這麼快就把他趕下悲壯的歷史舞台，南京陷落的時候他恰好被派到浙江祭奠禹陵，無意中又躲過了一劫。
弘光小朝廷一倒，黃道周平天下之心卻更熾了。先是準備去杭州跟隨潞王，不料潞王才監國六天，就向清兵投降。然後是唐王監國，立即跑往福州投奔鄭芝龍、鄭鴻逵兄弟。黃道周深知福建的地勢易防守難出擊，一進了福建，最多是關起門來當小朝廷，萬難恢復故土。而且當時的福建乃是鄭家的天下，去了那裡，就是去當傀儡了。他寫了一封信勸阻唐王入閩，可是信還沒寄到，唐王已過了仙霞嶺進了福建了。黃道周只好也回了福建，打算走小路回漳浦老家去，在半道上被唐王派人截了下來，迎到福州。唐王也在福州正式登基，即隆武帝。
隆武帝見到黃道周，大喜說：“得此商彝周鼎，當為廊廟羽儀。”於是封黃道周為武英殿大學士兼吏、兵二部的尚書，黃道周轉眼成了宰相了。但戰時的宰相並不值錢，鄭芝龍擁兵自重，挾制朝廷，無意進取。隆武帝與黃道周君臣相見，對此只有相對而泣。
這時候清廷已下了剃髮令，為此在江南製造了一系列慘絕人寰的屠城慘案。江南人民一面奮起反抗，一面向隆武朝廷求援。但鄭芝龍卻不准備發一兵一卒。鄭芝龍原先是海盜，受明政府招撫後，在崇禎年間曾奉命鎮壓福建、江西、廣東的“山寇”和“海寇”，由參將逐步升到總兵官。弘光時加封南安伯。他的人生哲學很簡單，明廷招降了他，給他高官厚祿，以後清兵來了，再投降就是了，還會有高官厚祿的。黃道周名為兵部尚書，卻調動不了一兵一卒，只能到家鄉發動子弟兵了。
隆武帝無法給黃道周一件武器，一分軍餉，一擔軍糧，他給黃道周的，只有幾百張空白文書。黃道周就帶著這幾百張空白文書上了路，每到一地，就用它來寫獎狀，誰參了軍，就送一張親筆書寫的獎狀，最後竟然也給他拉起了一支幾千人的隊伍，籌到了一個月的兵糧。
1645年九月十九日，這支以鋤頭扁擔為武器的“扁擔兵”，這支只有不到十匹馬、只帶了一月兵糧的烏合之眾，這支完全靠忠義之氣糾結起來的家鄉子弟兵，在一位毫無作戰經驗的文人率領下，浩浩蕩蕩開出了仙霞關，永別了家鄉，去跟兇殘的征服者做最後的決戰。
當黃道周的妻子蔡夫人在老家聽到丈夫出關的消息，長嘆一聲：“哪有將在內相在外而能成大事的？道周死得其所了！”
施郎（後改名施琅，即後來領清兵攻陷台灣鄭氏的那位吒叱風雲的人物）當時充當偏裨，隨同黃道周出征，他自稱“十七歲作賊”，憑軍事眼光看出依靠這樣一支隊伍同清朝正規軍作戰必敗無疑。因此，他向黃道周建議，遣散隊伍，只帶少數經過挑選的人由小路直接進入贛州，以首席大學士督師的名義節制和調遣南贛、湖廣、廣東、廣西等地總督、巡撫、總兵，會師進取。黃道周為人迂執，不達權變，以為自己有這麼一支鬆鬆垮垮的軍隊總比沒有好，又把自己的聲望估計過高，認為所到之處必將群起響應；何況在他心目中施郎不過一介卑微末將，哪能有什麼奇謀良策。施郎見黃道周不採納自己的意見，不願陪著他送死，徑自返回福建。
黃道周出關後，又一路招募新兵，江西的義師也都趕來匯合，加起來有上萬人。十月初抵達廣信（今上饒），一進了廣信就開壇講學，藉機募捐，又籌到了三個月的兵糧。幾天之後，分兵三路，向清兵發起了進攻，一路向西攻撫州（今臨川），另外兩路北上分別攻婺源和休寧。
這是一場在軍事史上沒有留下任何影響的決戰。 《明史》的編撰者甚至不承認這是一場決戰，對整場戰役的敘述只有十九個字：“由廣信出衢州，十二月進至婺源，遇大清兵，戰敗。”彷彿是稀里糊塗在路上碰上了清兵而被收拾了的。
這是一場任何軍事分析家都會嗤之以鼻的決戰。黃道周所面對的，並不是八旗子弟，而是洪承疇的隊伍。這支以前大明最精銳的部隊，掉轉刀口殺向自己的族人時，一點也不比八旗子弟遜色。一方是沒有受過任何軍事訓練的烏合之眾，一方是身經百戰、橫掃大半個中國的勁旅，其結果如何，還沒開戰就已決定了。
但是我們還能指望有更精彩的對壘嗎？幾個月前幾十萬南京守軍不戰而降，現在又有幾十萬正規軍龜縮在關內準備幾個月後不戰而降，保家衛國的責任被推卸到了平民百姓肩上，這與其說是患得患失的兩軍交戰，不如說是義無反顧的垂死反抗。
婺源離得最近，這一路首先戰敗，隨後休寧、撫州之師也被擊潰，這麼一來，連廣信也守不住了。向朝廷求援吧，請兵不至，請餉不給，黃道周召集諸將計議：與其坐而待斃，不如傾巢而出做一決戰，不能讓清兵笑中國無人！婺源縣令本是黃道周的門人，這時捎來一信說願意棄暗投明當內應，不管是真是假，就再打一次婺源吧。
十二月六日，黃道周親率部隊向婺源進發，走到了童家坊，聞報說前面的樂平已陷落了，下一個就該輪到廣信了。廣信的士民要求回去保衛家鄉，黃道周就讓他們回去，自己帶著門人們和樂平、德興兩縣的鄉勇千餘人，繼續前進。二十四日，抵達明堂裡，深入谷中，遭遇到了埋伏在那裡的清兵。參將高萬容不受節度，率兵往山上逃去，全軍崩潰。黃道周把招徵印交給中書陳駿，命他突圍逃回，自己留下繼續督戰，直到兵盡矢窮，被俘。被俘之前他曾想自刎，被門人、兵部主事趙士超所製止：“這裡離南京不遠，不如等一下死在太祖高皇帝身旁！”
這一等，就意味著要到獄中去遭受更重大的痛苦和更嚴酷的考驗。
黃道周落到了徽州守將張天祿的手裡。張天祿如獲至寶，他知道，擒獲一名以忠義聞名的人，要比攻下數十州郡更能博得洪承疇的歡心。大概在洪承疇看來，如果能夠勸得忠義之人投降，就可以減輕自己叛國投敵的恥辱吧。
順治三年（1646）二月初二日，黃道周被客客氣氣送到了南京。獄中的生活似乎和平時也沒有什麼兩樣，繼續著書立說，跟門人講習吟詠如常。每天來探望他的人非常多，有的是來求教的，他就在獄中開了講堂，有的是來求字的，他也是有求必應。
黃道周是明末首屈一指的大書法家，與倪雲璐、王鐸並稱晚明三大家。三個人的結局卻完全不同：倪雲璐在李自成攻陷京師時自縊而死，王鐸則投靠清廷，官至禮部尚書。黃道周的書法，“他的真書如斷崖峭壁，土花斑駁；他的草書，如急湍下流，被咽危石”（沙孟海《近三百年的書學》），其行草大字，更以“險怪”而為世所重。此時南京士人都知道他來日無多，爭相向他索書，得到了就當成寶貝收藏起來。
清廷對黃道周如此客氣，固然是敬重其儒林一代宗師的身份，更重要的，是抱著感化、勸降的用心。洪承疇親自出馬勸降，黃道周先是裝聾作啞，根本不認這位同鄉的老朋友：“洪承疇？早就在松山戰死了，先帝賜祭九壇，帶領百官親自哭臨，怎麼還會活著？一定是無賴小人冒充的。”
洪承疇又羞又愧，但仍然給清帝上疏，請求免黃道周一死：“道周清節夙學，負有重望，今罪在不赦，而臣察江南人情，無不憐憫痛惜道周者。伏望皇上赦其重罪，待以不死。”但攝政王多爾袞忌憚的正是這“負有重望”、“江南人情”，下令盡快處決。
處決令下來的時候，黃道周已經絕食十二日了。他剛被俘的時候，蔡夫人即派人送來書信：“忠臣有國無家，勿內顧。”有這樣深明大義的妻子，他還有什麼放心不下的，這時候也用不著寄家書去告知死期了，只在門人賴繼謹的家書後面，添了十六個字：“蹈仁不死，履險如夷；有隕自天，捨命不渝。”
順治三年（1646年，隆武二年）三月五日，黃道周被押到了東華門，想起孝陵（朱元璋陵墓）就在附近，又見到一塊福建門牌，就走到牌下，指著“福建”兩字說：“我君在焉，我親在焉，死於此可也。”向著南方——家鄉的方向一一再拜，不願再往前走。監刑官只好命令在門牌下施刑。門人蔡春落、賴繼謹、趙士超和毛玉潔從後面趕上來告別：“老師先走一步了，我們馬上就來跟老師的魂魄匯合。”四人在同一天被殺，合稱黃門四君子。
隨從請黃道周給家眷留幾句遺言，黃道周撕裂衣衿，咬破手指，以鮮血寫下了最後一幅大字：“綱常萬古，節義千秋；天地知我，家人無憂。”
隆武帝得到黃道周殉難的消息，非常痛惜，追贈為文明伯，諡忠烈。
一百年後，黃道周所抗拒的征服者的皇帝乾隆推崇他為古今完人。
魯王政權和隆武政權起初都採取防禦姿態。但對魯王來說，形勢更為嚴峻，因為從地理位置上說，魯王政權處於抗清前線，給福建提供了屏障。
魯王的兵力約二十萬人，基本上沿錢塘江布防。在魯王的將領中，有的讚成迅速攻打杭州，有的提出應首先加強紹興的防禦，意見不一。但對魯王來說，卻有他獨特的私心。他和忠於他的大臣知道隆武朝廷得到了南方絕大部分明朝地方政權的承認，卻希望能仗著地利攻克杭州，然後進取南京，先去拜謁孝陵（朱元璋的墳墓），這樣他就能建立起超過隆武朝廷的威望。於是，為了保住浙東，進而恢復失地，魯王政權先後兩次進攻杭州。
1645年八月，方國安、王之仁進攻杭州，沒有得手。
1645年十一月，魯監國築壇拜方國安為大將，節制諸軍。十二月十九日，朱以海親自到錢塘江邊西興犒軍，每名士兵賞銀二錢，“責限過江，攻取杭城”。二十四日，方國安、馬士英、王之仁派總兵三員領兵二萬多名過江，迫近杭州府城。清軍分兵三路迎擊，明軍大敗，被俘的副將有十一人，參將、游擊、都司、守備四十八人。
本來這兩次跨過錢塘江的進攻對杭州造成了威脅。但是由於魯王軍隊之間配合很差，基本上在很短的時間內就被清軍各個擊破。
1645乙酉年十二月攻杭州戰役是魯監國政權的一件大事。這次渡江攻杭戰役失敗後，魯監國政權的將領壯志頓消，基本上轉為劃江扼險的守勢。
對於隆武政權，隆武帝朱聿鍵銳意恢復，頗有中興之主的氣概，但他處境困迫，難以施展抱負，因為鄭芝龍的跋扈比弘光時的江北四鎮和左良玉都有過之而無不及。隆武帝為了提高朝廷的威望，特別注意網羅人才，以禮敦聘各地名聲較高的官員入朝任職，延請入閣的大學士名額超過了明代任何時期。但鄭芝龍卻憑藉實力根本不把這些文官看在眼裡。朝廷建立不久，就發生了朝班事件。
鄭芝龍自以為帝由己立，朝見時自然應當排於文武諸臣的前面，首席大學士黃道周卻以祖制勳臣從來沒有位居班首的先例為理由，堅持不讓。在隆武帝親自乾預下，黃道周贏得了表面上的勝利。接著在一次朝見群臣的時候，鄭芝龍、鄭鴻逵當著皇帝的面揮扇去暑，戶部尚書何楷上疏劾奏他倆“無人臣禮”。隆武帝嘉獎何楷敢於直言，立即給他加了左僉都御史的官銜。鄭氏兄弟懷恨在心，處處加以刁難，何楷被迫請求致仕回籍，隆武帝在鄭氏兄弟的威逼下，不得不違心地同意他暫時回鄉養病。
但鄭芝龍仍不肯罷休，派人在半路上化裝成盜匪，截殺何楷。何楷見“盜匪”拿著白晃晃的刀子跳了出來，知道一定是鄭氏指使，鎮靜如常，站出來說道：“知君所欲得者，吾頭耳，毋及他人。”並主動將脖子伸出去，等著被“盜匪”砍。伸頸命取之。 “盜匪”反倒愕然不知所措，半天才說：“好一個都院，且取若耳可矣。”於是只割了何楷的耳朵，回到福州向鄭芝龍報告說已經殺了何楷。隆武帝聽說何楷被盜匪所殺，哭了好幾天。當時有人作對子諷刺說：“都院無耳方得活；皇帝有口只是啼。”
鄭芝龍的跋扈由此可見一斑。黃道周的死對隆武帝是一個很大的打擊，之後隆武帝已經明白除非離開福建，擺脫鄭芝龍兄弟的控制，否則不可能有任何作為。於是，他決意親征，目的是第一步把行在移到江西贛州。按照理想的情況，如果江西用兵得手，可以西連湖南何騰蛟部，東接福建鄭芝龍部，南靠廣東。從這樣的戰略部署來看，江西的地位就格外突出。
但十分可惜的是，隆武帝調不動鄭芝龍的軍隊由福建入江西，他寄於厚望湖廣長沙的何騰蛟一樣私心自用，並沒有派精兵強將從湖南入江西迎駕。滿清方面的洪承疇卻已經看出了隆武帝的部署，抽調了大量兵力赴江西，先後攻陷吉安、贛州、南安等府，江西戰局為此逆轉。
1646年（清順治三年，明隆武二年）二月，清軍再次南下，經蘇州進抵杭州，預備先取浙東。
恰好這一年浙江久旱不雨，錢塘江水流緩慢，泥沙淤積。清軍到達江邊時，見有人在江中洗澡，水深不過馬腹，於是分兵兩路，涉水過江。渡江後兩路會合，大舉進攻。方國安等部署的錢塘江防線頓時瓦解，各部明軍損兵折將，紛紛逃竄。魯監國在水師提督張名振等護衛下離開紹興，經台州乘船逃往海上。
紹興陷落後，魯監國所封的絕大部分文武官員紛紛投降。興國公王之仁見大勢已去，率領部分兵員乘船數百艘，攜帶大批輜重由蛟門航海到舟山，打算同隆武帝所封的肅虜伯黃斌卿會師共舉。
王之仁是直隸保定人，明朝崇禎朝大太監王之心的弟弟，後來累官定海總兵。
但黃斌卿據守著舟山群島，有割據自雄之意，以前對隆武帝都一直不大尊重，更不要說魯監國的人了。史書上說黃斌卿這個人“怯於大敵，而勇於害其同類”。他對王之仁不僅無恤憐之義，反而乘人之危落井下石，打算派兵攻殺，擄掠其財物，收編其軍隊。黃斌卿先是假裝答應了王之仁，得到了大批輜重，隨即在出海的時候發炮攻打王之仁的船隊。
王之仁不及防備，兵船損失慘重。他對黃斌卿的背信棄義痛恨不已，下令將自己家屬乘坐的船鑿沉，家眷共有九十三人，全部溺海而死。王之仁隨即將魯監國頒發的敕印也投進大海，自己留下一條大船，豎立旗幟，鼓吹張蓋，直駛吳淞江口。當地清兵以為他是前來投降的明朝高官，送王之仁到松江府，吳淞總兵李成棟不敢怠慢，立即將王之仁轉送南京。於是，戲劇性的一幕上演了。
洪承疇親自接見王之仁。王之仁突然間態度全然變了，慷慨陳詞，說自己是“前朝大帥，國亡當死，恐葬於鯨鯢，身死不明，後世青史無所徵信，故來投見，欲死於明處耳！”洪承疇這才恍然大悟，這個人根本就不是來投降的，而是來捨身取義的。
洪承疇開初還希望王之仁回心轉意，以禮相待，婉言勸他剃髮投降。王之仁斷然拒絕，大罵洪承疇“反面事仇，先帝贈若官，立廟祠若、祭若，蔭若子；若背義亡恩，操戈入室，平夷我陵寢，焚毀我宗廟，若通天之罪，過李陵、衛律遠矣”。洪承疇無地自容，惱羞成怒，下令將他以亂刀砍死，葬在雨花台僧舍中。
清軍進占浙東府縣後，唯有督師大學士朱大典據守金華，誓死不降。清軍統帥博洛親自統率滿、漢軍從紹興前往金華，把該城四麵包圍。由於明軍在朱大典指揮下憑城頑抗，博洛不得不從杭州調來紅衣大砲，浙閩總督也奉命帶兵參加攻城。清軍以絕對優勢的兵力猛攻了二十天，金華才被攻破。朱大典帶領家屬和親信將校來到火藥局，用自己繩索捆在火藥桶上，然後點燃了引線，轟地一聲，壯烈成仁。有人評價說：“蓋浙東死事之烈，未有如大典者。”但這位朱大典卻是明末官場上著名的貪官。
朱大典，字未孩，浙江金華人，萬曆丙辰進士。史書上說朱大典“饒有才，而性奇貪，多行暴虐”。他督師鳳陽的時候，“括取財賄，四府僚屬，囊橐皆盡，人擬其富且敵國”。朱大典的貪婪由此可見一斑，然而當民族危難之時他卻能破家紓難。
張岱在淮揚的時候，親眼看見朱大典貪橫，“真如乳虎蒼鷹”；然而張岱又親眼看見朱大典“嬰城守婺，破家從忠，繼之以死”，實在是嘆息他的為人。
清軍進入金華後，藉口“民不順命，因屠之”，又炮製了一場慘絕人寰的“揚州十日”。
順便提一句，黃宗羲最早在魯監國政權中擔任過兵部主事，已經在魯監國政權處境艱難時離開，轉入清方統治區，並且遵制剃頭，開始以明朝“遺民”的身份自居。而浙東兵敗後，為黃宗羲甚至天下人所不恥的馬士英這次沒有像在杭州那樣搶著投降，而是逃入了四明山，削髮為僧；後來被清軍搜捕，被俘後不屈殉難。馬士英曾經兩次參加渡錢塘江會攻杭州之役。歷史人物的複雜性由此可見一斑。
延平的隆武朝廷聽到清軍渡過錢塘江的消息後不久，鄭芝龍藉口對付海盜襲擊，離開了延平。此時鄭芝龍已經決定投降滿清，秘密下令仙霞關守將放棄天險，自動撤退，這就給清將李成棟和佟養甲的率兵進攻讓開了道路。佟養甲是遼東“舊臣”，他的職責就是嚴密監視李成棟。
魯監國政權瀕於瓦解後，隆武朝廷面臨真正的危險，他們盡一切努力挽救局勢。
畫桃花扇的楊文驄所守仙霞關告急後，隆武帝決定去江西贛州。贛州的守衛此刻具有關鍵意義，因為以贛州為中心的江西南部是連接福建、湖南的要區，又是廣東的屏障。
如此危難緊急關頭，酷嗜讀書的隆武帝並沒有意識到噩運已經臨頭，仍然“載書十車以行”，邊走邊讀，邊讀邊走，根本沒有輕裝前進。不久，一行人得知清軍迫近，隆武君臣大驚狂奔。此時的“御駕親征”變成了“御駕親逃”的意思，一邊是隆武帝臣下的眾叛親離，離心離德；一邊是清軍將領的馭兵有方，指揮若定，此間情形，讓人慨嘆。
隆武帝到達汀州的時候，隨行的五百多名士卒。 1646年八月二十八日凌晨，有大隊身穿明軍軍服的人急叩汀州城門，聲言護駕。守門士兵不知是計，城門一開，原來都是清將李成棟派出化裝的清軍。隆武帝聞亂驚起，持刀剛入府堂，為清軍亂箭射殺，同時遇難的還有其皇后曾氏和不滿月的皇子。
當清軍不戰而進入福州時，這座城市幾乎空了，城中百姓紛紛逃竄，留下的人則立即開始剃髮留辮。鄭芝龍已經同清軍談判在先，但事到臨頭，心中開始沒譜，於是他派人摧毀了福州的火藥庫，自己帶人退往家鄉安平鎮。不過，一個月後，鄭芝龍不顧他的兒子鄭成功和部下許多將領的反對，在福州正式向清軍統帥貝勒博洛投降，博洛答應他任福建和廣東總督。
不久後，鄭芝龍就在“朝見新皇帝”的藉口下被清軍派重兵送往北京。 1648年（順治五年），清廷食言自肥，僅授予他一等精奇尼哈番的空頭官銜，撥入旗下，實際上遭到軟禁。
鄭芝龍的兒子鄭成功則與父親分道揚鑣，與叔叔鄭鴻逵一起率部退往金門。而在鄭芝龍自投羅網以後，清軍立即背信棄義地攻入安平鎮，大肆搶劫淫掠，鄭成功的母親田川氏也被姦污，憤而自縊。鄭成功聞訊後，痛不欲生，更堅定了武裝抗清的信念。清兵飽掠而歸後，鄭成功回到安平，料理了母親的喪事，用黃金鑄造了一尊田川氏的坐像，飾以珠寶，朝夕上供，從此開始了他獨擋一面的長期抗清鬥爭。
這個時候，二十二歲的鄭成功的力量並不大，但在同清方反复較量的過程中，他成功地將東南沿海地區的抗清勢力匯合成一支勁旅，鄭成功也逐步在歷史的大舞台上嶄露頭角。
1646年，魯監國和隆武政權相繼崩潰。此時東南一帶抗清勢力按地理位置分為兩大塊：在浙江沿海，最強的是黃斌卿；在福建沿海，則是潰散的鄭芝龍部下的將領。沿海地區還有眾多的海盜組織。實際上，許多明水師將領都是海盜出身，南明在浙江和福建的政府垮台後，他們相互間常常為爭奪好水手、基地和給養而爭鬥。
1646年（順治三年，魯監國元年）六月，魯監國朱以海在張名振等保護下乘船渡海到達舟山。駐守在這裡的肅虜侯黃斌卿藉口自己是隆武朝廷所封，不承認魯監國的合法性，拒絕魯監國進城。魯監國在舟山群島上借住了兩三個月，無依無靠。
九月間，據守金門、廈門一帶的永勝伯鄭彩（鄭芝龍的族人）、定波將軍周瑞帶領舟師四百艘來到舟山，見魯監國處境困難，決定把他迎往福建。魯監國到達廈門的時候，鄭芝龍已經由安平赴福州博洛軍前投降，並派人通知鄭彩獻出魯監國向清廷請賞。鄭彩不願降清，就把魯監國藏了起來，另找一個相貌類似的人充當替身，叮囑部將如