楊麼佔據湖湘，已成氣候，可謂是宋朝的心頭大患，岳飛僅用了兩個半月的時間，就輕鬆地將之瓦解，朝野拍手稱快。
平定楊麼，無論是對南宋朝廷還是對岳家軍，都是值得慶祝的事情。
此後，南宋國內再未出現類似規模的叛亂，生產得以保障，社會矛盾也得以緩和，反對外侮的戰爭也終於有了一個安定的大後方。
而岳飛也因此收編了五六萬身強力壯的士兵，大大地擴充了岳家軍的兵力。岳飛在經過朝廷同意的情況下，整編了二十二名統制、五名統領和二百五十二名將官。
有宋一代，各支大軍都有軍、將、部、隊等編制單位。軍一級的統兵官有統制、同統制、副統制等名目。此外，還有統領、同統領、副統領等，屬於統制的助手，或者在統制之下分統軍馬。將一級的統兵官有正將、副將、準備將等名目，總稱“將官”。將官之下，有訓練官、部將、隊將、隊官等。
二百五十二名將官中，又分設正將、副將和準備將各八十四名。將軍隊編為十二軍，分別是：背嵬軍、前軍、右軍、中軍、左軍、後軍、遊奕軍、踏白軍、選鋒軍、勝捷軍、破敵軍、水軍。這十二軍中，以背嵬和遊奕、選鋒三軍最為精銳。
“背嵬之名，始於西番”，岳飛將自己最精銳的部隊號以背嵬，用意深遠。首先，背嵬軍的戰士全部經過優先選拔，“犒賞異常，勇健無比”，作戰凶悍，無堅不摧；另外，這支軍隊全部由騎兵組成，無論是長途奔襲還是短距離發動衝鋒，均是來去如風，以至於日後金兵提起岳飛的背嵬軍，無不為之色變，誇張地稱“背嵬一來，寸草不留”、“背嵬軍馬戰無儔，壓盡當年眾列侯”。
遊奕軍是一支機動的輕騎兵師，選鋒軍中全是鋒銳之士。
水軍是岳家軍中新成立的部隊，原先的岳家軍“並無舟船”，全是清一色的陸戰隊，平定楊麼後，軍中一下子增添了大批泳壇健兒，又繳獲一千多艘戰船，其中還有幾十艘作為主力艦的大車船，於是便多了水兵這一兵種。岳飛後來將之安置在與鄂州（今湖北武昌）隔江相望的漢陽軍城，兵威赫赫，威震一時，史稱“鄂渚水軍之盛，遂為沿江之冠”，岳飛也因之自比昔年扼守荊襄的關雲長。
岳飛本人也不無自豪地說：“我身居要位，定當收復神州，迎回二帝，讓後人知道岳飛與關羽張飛齊名。”（“要當克復神州，迎還二帝，使後世史冊知有與關張齊名。”）可惜劉備之後再無劉備，那種視將士如手足、待謀臣如肱股的君主已經再也看不到了。
岳飛初平襄漢六郡，趙鼎就對趙構說：“湖北的鄂州、岳州堪稱沿江戰略要地，我請求安排由岳飛鎮守這兩個地方，不但淮西可以憑藉他的聲援，湖南、兩廣、江浙一帶也得安居樂業。”
趙構深以為然，命岳飛改駐鄂州。自魏晉以來，鄂州城即是長江流域的重要城鎮之一，地處今湖北武漢市武昌區老城區一帶，是長江與漢水交匯之所。
“吳孫權赤烏二年修築舊壘，謂之夏口城。”這夏口城就是鄂州城的前身，其“依山傍江，開勢明遠，憑墉藉阻，高觀枕流”。經過數百年發展，在北宋年間已躍居長江中游最大的城市，是區域性政治、經濟、文化中心。而隨著政權南遷，鄂州成為荊湖北路的首府。
從湖湘返回鄂州（今湖北武昌）的路上，岳飛接受了幕僚黃縱的建議，效仿諸葛亮七擒孟獲的故事，“耀兵振旅而歸”，十萬軍隊整裝而行，浩浩蕩盪，地動山搖，沿途而過，“軍律嚴整，旗幟精明，觀者無不咨嗟嘆息”。
戰後論功，趙構讓岳飛兼任淮南西路蘄州（今湖北蘄春縣）和黃州（今安徽黃州市）制置使，並在兩鎮節度使以外，另加檢校少保的虛銜，隨後，又將他封為荊湖北路、襄陽府路招討使，將唐州、鄧州、隨州、郢州、均州、房州、信陽軍劃到了他的管轄範圍內，統一管理。
招討使是大戰區的高級長官，南宋初年，招討使“定位在宣撫使之下，制置使之上，著為定制”。
趙構在抗戰鬥士張浚的鼓舞和勸說下，也有了讓岳飛北上“招討”的心思，他親手起草了一份詔書給岳飛，說：“楊麼心腹大患已經剪除，北伐中原的構想可以著手開展。”
於是，駐守鄂州期間，岳飛除了嚴格進行軍隊的整編和操練工作外，還在襄陽府、唐州、鄧州、隨州、郢州、信陽軍、復州（治今湖北天門市）、漢陽軍等地安排駐防軍隊，興建“山城水寨”，同時，又繼承了宗澤的遺志，實施“連結河朔之謀”，和太原、絳州（今山西新絳縣）、懷州（今河南沁陽縣）和河東路的澤州、隆德府、平陽府（今山西臨汾市）等地的義軍取得聯繫，積極為下一次北伐作準備。
然而，就在各項工作都在如火如荼地展開時，岳飛卻病倒了。
他得的是眼病。
其實，這病從跟隨杜充南撤建康時就有了，可能跟氣候有關。南方氣候濕熱，尤其是夏天，陽光底下，強光耀眼，眼睛容易發炎，而南下六年，每年岳飛都在暑期用兵，所以，每年盛夏眼睛都會發病。發病時，兩眼病情嚴重程度不一，右眼輕，左眼重，岳飛看東西時，不得不右開左閉，久而久之，人們稱之為“大小眼將軍”。
紹興五年（1135年）六月，從湖湘回到鄂州，病勢加重，“兩目赤昏，飯食不進”，“四肢墮廢”，這種情況下，顯然不再適合執掌兵權了。
於是，他第一次向趙構提出了辭職，理由是：以帶病之軀執掌兵柄，關係到國家的生死存亡，如果貪圖榮華富貴，戀棧不去，勢必耽誤恢復故疆大計（“職掌兵戎，系國利害”、“若貪冒榮寵，昧於進退”）。
趙構對岳飛越來越倚重，怎肯由他退隱？斷然拒絕，“岳愛卿肩負重任，責任重大，正應該激勵忠憤之心，一雪國恥，幫助我建成大功，不許退休！”（“愛卿措置上流事務，責任繁重”“卿當厲忠憤之素心，雪國家之積恥，勉副朕志，助成大勳”“勿複有請。”）
岳飛勉為其難，只好收回了申請，把軍務交給參謀官薛弼和參議官李若虛兩人。
在岳飛養病期間，軍中發生了一件惡劣的反叛事件。
鼓動反叛的頭目叫王缺子，原先是楊麼手下的得力干將，在山寨裡慣享酒肉，自投入了岳家軍，一直難以適應軍中的清苦生活，早有反心。
老實說，這時候的南宋小朝廷初建，財政緊缺，軍士們的待遇的確很差，他們缺衣少食，生計艱難。而由於錢糧供應不足或不及時，軍中斷炊的事時常發生。
根據史料記載，紹興二年（1132年），岳飛破曹成後屯軍江州，因為“錢糧闕乏”，竟然發生了“本軍殺馬，剪髮，賣鬻妻、子”，以“博易米斛”的事件。
岳飛作為軍隊中的最高長官，對此痛心疾首，經常“仰天橫泗，氣塞莫能語”，“奉己至薄”，和士卒一起共渡難關。酒肉嚴格和部屬均分，軍士露宿，自己絕不入館舍。
平定楊麼，軍士的待遇提高了很多，可是王缺子還是覺得跟自己的理想差得太遠，決定趁岳飛患病不能掌兵之機，開始行動。
他四下串聯，秘密鼓動舊部跟隨自己一起造反。
兄弟們，跟我幹吧，咱們重新回到山寨中去，吃香的，喝辣的，不比在這兒整天清湯寡水的強？王缺子以他的人生觀和人生追求來說服手下的弟兄，滿以為會得到熱烈的響應和支持。可是，他失敗了。
雖然岳家軍生活清苦，雖然岳飛治軍嚴苛，但他對士兵極好，同甘共苦，對歸順之人也一視同仁，不分彼此。經過這一段時間的相處，並沒有多少人願意跟隨王缺子造反。
主管機宜文字的幕僚黃縱曾在嚴寒的天氣裡看到一名兵士衣著單薄，便試探著問他：“軍營待遇這麼差，你心裡一定會有很多怨言吧？”
這個兵士回答：“有什麼可以抱怨的呢？和其他軍區的兄弟相比，他們雖然身穿棉襖不會受凍，但他們的糧餉都被剋扣了相當一部分，家裡的老少生活在飢寒交迫之中。而在岳宣撫軍中，每月的軍餉分毫不減，我身上穿得雖然少，那是因為我兒女眾多，父母又在，家庭負擔實在太重的緣故，並不是嶽大人薄待於我，所以並無怨言。”
這個士兵的回答代表了岳家軍中很多人的心聲。
王缺子瞎忙乎了數天，響應者寥寥無幾，甚至連他的母親也反對他這麼幹。
母親對其反复勸誡無果，大義滅親，連夜向薛弼舉報了自己兒子的反情。
薛弼得訊，大驚，來不及向岳飛禀報，立即行動，將王缺子抓了起來。一場動亂，就這樣兵不血刃地解決了。