春秋戰國時期，儘管諸侯紛爭，戰亂不已，但思想文化卻是異常活躍，各種思想流派競相出現，異彩紛呈。當時社會上流行的有儒家、法家、道家、墨家、陰陽家、縱橫家、雜家、兵家等學派，學術思想空前繁榮，史學家讚譽這一時期為“百花齊放、百家爭鳴”。
秦始皇統一中國之後，為了更好地傳承中華文化，他曾專門派人從六國的宮廷和民間蒐集了大量的古典文獻，收藏於大秦宮殿，並且授予七十多位聲望很高的博學之人之官，同時召集天下學子對文獻進行清理甄別。
公元前213年的一天，秦始皇在咸陽宮內大擺筵席，宴請群臣，慶祝北伐匈奴和南平百越雙雙獲得勝利；同時，這一天也是秦始皇四十六歲的生日，秦始皇亦有為自己慶賀壽誕之意。
宮殿內，俊才賢士濟濟一堂，讓秦始皇頓生天下之士皆為我所用之感。他意氣風發地向群臣說道：“諸位都是我大秦的棟樑，朕的左膀右臂，朕治理天下，今後還得仰仗諸位全力輔佐，以使國家太平、人民安康。”
僕射周青臣乘機上前道：“昔日秦國地不過千里，今仰賴陛下神威，掃平六合，安定海內，驅逐蠻夷；但凡日月之光所照之處無不向我大秦稱臣，諸侯國的土地也已成為我大秦的郡縣；黎民百姓安居樂業，再也沒有戰爭，大秦帝國傳承萬世而不滅；陛下的神威和恩德，自古以來無人可比。”
周青臣的頌揚之詞，秦始皇聽得是心花怒放。而這一切，都全看在博士官淳于越的眼裡，他對周青臣的阿諛奉承深感不滿，於是滿臉鄙夷地向始皇道：“週僕射當面阿諛陛下，並非忠臣。”
周青臣氣憤地道：“淳于越，你不要無緣無故誣陷本官！”
淳于越白了周青臣一眼，沒有答理，轉而向始皇奏道：“匡正君過，乃臣等職責，陛下請容臣禀奏。”
“愛卿但說無妨。”秦始皇道。
“禀陛下，周朝的天下之所以能持續八百餘年，主要得益於分封子弟功臣。如今，陛下擁有的土地遠超歷代君王，但陛下的子弟功臣卻是平民百姓，沒有封號和封地。朝廷萬一出現意外，將無人救援。如果不師法古代，國家不會得到很好治理，希望陛下不要因為周青臣等人的阿諛逢迎而加深自己的過錯。”
淳于越的話，令四座皆驚。早在秦王朝建立之初，朝廷中就有過一次關於分封制和郡縣制的爭論，後來由於秦始皇力排眾議，堅決實行郡縣制才作罷。今天在朝堂之上，淳于越公然再提分封制，無疑是否認秦始皇當初的決定。群臣紛紛戰戰兢兢地註視著秦始皇，宴會融洽熱烈的氣氛頓時變得很緊張。
秦始皇沒料到，在這樣喜慶的場合竟還有人敢重彈分封天下的老調，內心早已怒火中燒，但為了保持君王的風度，秦始皇平靜地道：“有關分封和郡縣制，在當初就引起了爭議。當年老丞相王綰力舉分封天下，被朕否定，沒想到現在淳于博士仍反對郡縣制。朕不是獨斷專行的皇帝，諸位還有何意見，不管反對與支持，大可全部說出來。”
秦始皇的反應大出群臣所料，他們本以為秦始皇會大發雷霆，卻沒想到陛下鼓勵他們說出自己的想法。早就按捺不住的儒生們於是活躍起來，紛紛參與了辯論。一個個旁徵博引，爭得面紅耳赤，發展到後來，他們好像全然忘記了秦始皇的存在，竟將平日對朝政的不滿全部發洩出來，涉及大秦的國家製度、刑罰與賦稅、徭役等諸多方面。
秦始皇內心十分憤怒，雖然平日對儒生們非議朝政之事已有所耳聞，今日親耳聽見，仍令秦始皇震驚無比，他沒想到，儒生們已“猖狂”到如此地步。他揮了揮手，制止了儒生們的辯論，意味深長地看了李斯一眼，道：“李丞相對此有何看法？”
李斯知道，始皇此舉意味著要他表明自己的態度。郡縣制是當初自己向皇帝力荐實行的，淳于越反對郡縣制，實質就是在針對自己，自己身為百官之首，豈能沉默不語？於是他不慌不忙地道：“回禀陛下，世情隨著時代的更替而改變，國家的製度當然應順乎世情的變化。分封制在周朝也許有效，但其也是後世戰禍的根源。為大秦千秋萬世的安危著想，豈能分封天下？再說郡縣制乃陛下親手所製，其優點正逐漸顯現，又豈能隨意更改？儒生們自恃讀過些所謂的經典，不考慮實際情況，只知一味照搬古制，非議朝政，實乃妖言惑眾。”
李斯的話，引起了儒生們的極大不滿，於是他們又開始了一輪對李斯的反擊。秦始皇見此情景，連忙揮手製止到：“各位愛卿不要再爭論了，郡縣制已行，朕無意更改。天色已晚，朕要休息了，諸位請回吧。”一場爭論宣告結束。
李斯回府後，心中一直忐忑不安。他認為，以淳于越為首的一幫儒生頑固不化，鼓吹陳腐之見。若陛下真依他們之見，帝國滾滾向前的車輪必然倒退。他思考良久，突然心生一計，何不藉機向陛下上書，建議焚燒《詩》、，嚴禁儒家迂腐思想氾濫，獨尊我法家思想，以實現帝國在思想上的高度統一，進而強化中央集權。他挑燈夜戰，奮筆疾書，不一會兒的工夫就寫就了一篇洋洋灑灑近萬言的奏疏，看著自己辛苦的結晶，李斯略顯蒼老的臉龐上浮現出了一絲笑容。
李斯在這篇奏疏裡，向秦始皇建議：除《秦記》外的史書全部燒毀；除博士官外，普通人收藏的《詩》、及諸子百家著作，一律燒毀；相互談論《詩》、的，一經發現，在鬧市處死；以古非今的，誅殺全族；官員知情不報的，以同罪論處；法令下達三十天后仍不執行的，處以刑罰；醫藥卜筮種樹方面的書，則不必銷毀；如果想學法令，須拜官吏為師學習。
當李斯的奏疏呈給秦始皇之後，秦始皇也感到，焚燒天下《詩》、、史籍，勢在必行，於是召李斯來到皇宮內殿密談。正是此次密談，堅定了秦始皇焚書的決心，也標誌著秦朝思想文化領域一場大劫難的來臨。沒過幾日，李斯的奏疏即以大秦法令《焚書令》的形式昭告天下，身為丞相的李斯不遺餘力地執行著最高統治者的命令。在李斯的大力推動下，各個郡縣政府都嚴格執行著焚書命令。一時間，大秦帝國內烽煙四起，不是代表戰爭的狼煙，而是焚燒書簡所留下的煙霧。
公元前220年，自從最愛的皇后過世後，秦始皇感到人生無常，於是他漸漸痴迷上求仙問道之事。由於這次焚書令的下達，他發現那些術士漸漸不願與他接近。這些術士本來就是儒生，對秦始皇的焚書政策極為不滿，因此都不願再為秦始皇煉製仙丹。李斯於是乘機向秦始皇進諫，說明那些術士只是在利用鬼話欺騙他，世上本來就沒有長生不老。恰巧這時，御史大夫姚賈也向秦始皇呈上一捆簡冊，這捆簡冊是彈劾老臣王綰的。簡冊上說，王綰篤信儒學方術，與儒生方士來往甚密，焚書令下達後，王綰偷偷告知儒生方士讓其將禁書秘藏好，後來終被發覺，這些方士只好逃之夭夭。
儒生方士的紛紛逃離令秦始皇異常憤怒，他令李斯嚴加審問那些已經抓捕到的儒生。儒生們受不了嚴刑拷打，於是紛紛誣告和牽連他人，結果竟有四百六十餘名儒生被捕入獄。秦始皇在一氣之下，下令將所有儒生全部坑殺，製造了一起歷史上駭人聽聞的坑儒事件。
秦始皇實行的焚書坑儒，是士大夫政治抗爭的第一次大慘劇，也是中國思想文化史上的首次大劫難。它不但沒有給秦朝帶來穩定，恰恰相反，秦始皇在天下儒生和學者眼裡，變成了一位慘無人道、獨斷專行的暴君。