董卓死了，朝政由王允主持，照理說，天下應該走向太平了。然而，事情往往不會按照人們的預期發展。前面我們曾經介紹過，王允是一個善於向生活學習的學生，然而這個學生未免太容易翹尾巴了。董卓在的時候，王允還能按捺住自己剛烈的性格，耐心周旋，小心應對，一旦董卓不在了，心頭的巨石放下，再加上自恃功高，王允就漸漸開始驕橫起來。
董卓被殺的時候，名士蔡邕正在王允家做客。聽到消息後，不禁發出一聲嘆息，王允馬上呵斥他道：“董卓是亂臣賊子，殺害幼主，殘害忠良，你是國家重臣，世代受漢室恩祿，朝廷危難的時候，你不倒戈，董卓被除，你卻替他悲痛，真是漢室的叛徒。”完成義正詞嚴的演講後，王允就將蔡邕收監。
蔡邕博學多才，是當時著名的學者，曾經編撰《漢史》，又作《靈帝紀》、個人列傳四十二篇，雖然多數毀於戰火，依然有一百多篇文章傳世。蔡邕還非常精通書法，據唐代張彥遠說，蔡邕的書法是神人所授，他後來傳給女兒蔡文姬，蔡文姬傳給鍾繇，鍾繇傳給衛夫人，衛夫人傳給王羲之，王羲之傳給王獻之，算來書法大家王羲之、王獻之都是他的徒孫。當時董卓看中蔡邕的才華，極力拉攏，被拒絕後，便給了他兩個選擇，要么受命來我這里當官，要么等著滅族。蔡邕一聽，哪裡敢不來，於是和王允一樣，在董卓手下服務。
蔡邕聽到董卓死訊，發出嘆息，也是人之常情，誰知這就觸怒了王允。當時蔡邕正在編撰《漢史》，就向王允哀求，只要留他性命寫完此書，寧願接受臉上刺字、剁掉雙腳的懲罰。士大夫和朝廷有識之士憐惜蔡邕的才華，請求王允網開一面，沒想到王允嚴詞拒絕說：“當年漢武帝沒殺司馬遷，結果世上多了一部謗書。如今要是留下蔡邕，不是又要多一部謗書來迷惑天子，誹謗你我嗎？”皇皇《史記》，“史家之絕唱，無韻之離騷”，在王允看來居然只是一部“謗書”，人們還能說什麼呢？
就這樣，一代才子蔡邕就這樣稀里糊塗地見了閻王。史書記載，王允曾與蔡邕在一起會談辯論，王允常常理屈詞窮，敗於蔡邕，於是心中忌恨，借誅董卓之機，殺掉蔡邕以泄私怨。無論出於什麼原因，殺掉蔡邕都是一個敗筆，因為這就等於給城內城外曾經追隨過董卓的人發出一個信號——你們的命運也和蔡邕一樣。
這樣一來，城內士人重臣人人自危，馬日磾憤憤地說：“王允恐怕是快斷子絕孫了，賢良之人是國家的命脈，制度和著作是國家的經典，斬經脈，廢經典，豈是能長久的啊！”那麼，城外的人反應如何呢？
董卓被殺的時候，他的部將牛輔、李傕、郭汜正在陳留等地奉命劫掠，聽到長安變故，都像驚弓之鳥，慌亂失措。對待董卓餘部，呂布的態度是，把他們全給殺了，以絕後患。王允倒是顯示出了難得的寬容，認為他們沒罪，怎能傷及無辜。然而在具體處理的時候，王允卻又反复無常，先下詔赦免這些人，轉而又覺得不對，追回了詔書。
一來二去，如何處理牛輔等人，詔書遲遲未定，謠言倒是先一步傳到涼州，說王允要誅殺所有的涼州人。牛輔等人越想越怕，蔡邕只因一件雞毛蒜皮的小事就被殺頭，自己跟隨董卓多年，焉能躲過這一劫？
正在這個時候，呂布自作主張，派李肅去誅殺董卓的女婿牛輔，牛輔自然不肯束手待斃，反戈一擊，將李肅打敗。但牛輔最終沒能逃脫一死，被自己手下倒戈殺掉。李傕、郭汜見到這種情況，就請求王允高抬貴手，放他們一馬，被王允拒絕。李傕、郭汜這時候已經嚇得六神無主，準備放棄隊伍，逃回老家。賈詡，這位後來大名鼎鼎的曹操的謀士給他們出主意說：“你們就這麼走了，半路上一個小官就可以把你們繩之以法，不如召集軍隊殺上長安賭個勝負。勝了，就把持朝政，敗了，再逃命不遲。”李傕等人聽到這話，恍然大悟，立即糾集幾千人馬向長安進發。
這時候王允還沒有意識到已經大難臨頭了，他派了兩位涼州名士前去向李傕等人招安，然而言語裡沒有任何撫慰的意思，口口聲聲稱呼李傕、郭汜“小兔崽子”。結果，兩個使者不僅沒有招安，反而投靠了李傕，臨走還拉去了一批人馬當見面禮。王允又派董卓舊部胡軫、徐榮前往鎮壓，可徐榮戰死，胡軫投降。
就這樣，李傕、郭汜一路招降納叛，隊伍像滾雪球一樣越滾越大，本來不過幾千人馬，到長安城下時已經成為十萬大軍，將都城團團圍住，這也說明王允太不得人心了。
王允、呂布這才意識到大難已至，仗著長安城池堅固，苦守幾月。誰知呂布軍中有人反叛，長安失守，呂布奮力拼殺也無濟於事，只好匆匆逃走，臨走還招呼王允同行。這時候王允倒又體現出了自己一貫的氣概，謝絕說：“安邦立國，是我平生心願，即使不能如願，我也甘願以身殉國。皇上年幼，還需要我扶持，災難一來，我自己逃了，留下皇上，於心不忍。還望你此去關東，勉勵關東諸公一定要心系皇上啊！”呂布只好自己逃離長安，投奔了袁術。
說完一番擲地有聲的話，李傕也已兵臨城下。王允被捕，與妻兒十多口人共赴黃泉，時年56歲，長安城中的兵荒馬亂終於告一段落。李傕、郭汜重新任命百官，把持了朝政。
董卓覆滅後，正是要收攏人心、避免恐慌的時候，王允卻白白放棄了這樣的機會，先為泄私憤殺蔡邕，失去了士大夫的支持，後來對於董卓舊部是剿是撫左右搖擺不定，硬生生將李傕、郭汜逼上了造反之路。王允若能以大局為重，應對有方，長安就不會再度陷於戰亂，東漢的命運也許有機會改寫。王允忠於朝廷，為人剛正，都是值得肯定的，但他剛愎自用，一意孤行，做事刻板，不夠靈活，終究不是駕馭亂世的人，所以雖有匡扶社稷之功，卻不能躋身名臣之列。