勳貴們的問題屬於潛在的問題，這些問題關係著大明王朝的將來，所以朱元璋不念舊情，不顧異議，堅決處置了大批老將和功臣。朱元璋明白，他的王朝依然還有很多問題，經過近二十年勵精圖治，大明王朝的發展漸趨穩定，穩定的環境下，官員們最容易犯的錯誤就是玩忽職守，貪污腐化。而此前，朱元璋忙於清理對朝廷有威脅的功臣老將，現在他以為是嚴懲官吏的時候了，大明王朝剛剛建立，要能承續千秋萬代，必須在他這裡對文武百官嚴加要求，樹立典範，以警後世。
農民出身的朱元璋，一心替農民著想，因為他一直奉行著得民心者得天下的警言，才取得如今的大業，所以朱元璋覺得要想坐穩天下，不讓老百姓造反，就得讓他們有飯吃、有衣穿，得讓他們活下去。相對應的，朝廷應該有好的政策，使農民安於勞作，發展生產。然而光有好的政策還不夠，這些政策還得靠官員們去執行，所以官員要清正廉潔、為民辦事。只有這樣上通下達，才能使百姓安居樂業，江山才能坐得穩，有了這樣的思維邏輯，朱元璋的政府中，財政便成了焦點所在。
因為在朱元璋看來，平民求的是安居樂業，飽餐無疾，而知識分子的慾望就多得多，他們寒窗苦讀，為的就是升官發財，光耀門楣，真正胸懷天下、剛正不阿的官吏是少之又少啊。所以，在明朝初年，朱元璋對政府的財政把控嚴謹，他以為掌控了各級政府的財政，就可避免官員們貪污。
朱元璋規定，每年各府必須把財政收支賬目上報給布政司，然後布政司上報給戶部，一級一級上報，直到戶部審核合格，同意報銷，整個過程才算結束。如果萬一有數字對不上，那整個報銷冊便作無效處理。各布政司還得重新填寫，然後蓋上原衙門的印章才能生效。各布政司離京城路途遙遠，近的也有千里上下，一個來回就得幾個月。
為了達到戶部的要求，同時又能免去來回奔波，各布政司官吏在來京時身上都帶著蓋過官印的空白文冊。萬一有什麼地方不合格，他們就在這些空白文冊上隨時填寫改正。對於這種情況，戶部也很清楚，在他們看來這樣做雙方都省了不少麻煩，合情合理。
洪武十五年（1382年）的一天，朱元璋視察戶部，無意中聽到兩個官員在爭吵。
“劉大人，你們今年是怎麼回事，這賬目太亂了，一點也對不上。必須拿回去重新填。”一個官員道。
“賬目我們已經改了一次了，還請大人高抬貴手，寬容寬容啊。”那劉大人道。
“不行，這規章制度都在這明寫著呢。還是請劉大人拿回去好好修改吧。”
朱元璋聽到此心裡暗自高興，想我大明的官員還真是奉公守法、鐵面無私，看來咱的努力沒有白費啊。
可就在第二天早朝之上，戶部尚書向朱元璋禀報了上一年的財政。
朱元璋甚是詫異，問道：“昨天你們還有一個布政司的賬目不合格，你今天竟向我匯報全年的財政狀況，這怎麼可能？”
朱元璋追問之下得知了事情的真相。他龍顏大怒，立即向戶部尚書問罪：“你們真是好大的膽子，上下一心合起夥來欺騙咱。咱朝法令明文規定，賬目不符者必須打回重做，你們都視而不見嗎？你們眼裡還有沒有咱這個皇上了？”
戶部尚書跪下說道：“皇上息怒，恕臣直言，官員們這麼做也是迫不得已啊。如果查出不符者都發回重做，他們山高路遠，恐怕每年的賬目都做不完啊。”
“混賬！”朱元璋聞聽此言更是震怒。 “你們的馬虎應付可能讓那些貪官鑽了空子，你們是方便了，可你們有沒有想到那些百姓！他們辛辛苦苦一年忙到頭，可能就因為你們的行為而食不果腹、衣不蔽體啊。”
“皇上，微臣明白你是在替百姓著想，皇上真乃聖君。可也請皇上為我們這些官員考慮考慮啊。念在他們也是對大明一片赤誠，還請皇上從輕發落。”戶部尚書跪請道。
“你們這些官員，滿腦子都是如何榨取百姓錢財。你們可以隨便蓋個印。但咱若是不嚴加查辦，你們明天就能把咱這江山給改姓了。”朱元璋狠狠說道。
“皇上，微臣代表各布政司官員及戶部所屬懇請皇上息怒。”戶部尚書想，全國這麼多官員都捲入這空印案中，皇上定然不會個個責罰。
“怎麼？你以為這案件牽涉太多咱就不敢辦了？當年戰場上咱殺的敵人比這多了去了。”朱元璋說完拂袖而去，只留下戶部尚書一人跪在那空空的大殿裡。
“大人，皇上怎麼說啊？”見戶部尚書回來，眾官員連忙問道。
“只怕此次兇多吉少啊。皇上聽說此事後萬分震怒，揚言我們這是欺君罔上，定會重罰。”禮部尚書說道。
“那我們該怎麼辦呢？”眾人問道。
“皇上之所以震怒，一方面是因為他感覺眾臣欺騙了他；另一方面是怕我們利用空印之便，貪了百姓的便宜。”戶部尚書也沒有什麼好辦法。
“我倒有個主意，不知是否行得通。”忽然一人說道。
“都這個時候了，你就別賣什麼關子了。快說給我們聽聽。”眾人道。
只聽那人說道：“皇上無非認為我們騙了他，並有可能佔了百姓的便宜。現在我們找出一人上書皇上，他既能證明我們沒有欺騙皇上，又能證明我們沒有貪佔百姓之財，相信皇上定能饒恕我們。”
“好主意，只是這樣的人一時到哪裡去找呢。”眾人急忙問道。
那人一副胸有成竹的樣子說道：“我就認識一位，此人名叫鄭士利。他不但文筆好，而且還是一位平民百姓，完全符合條件。平時就愛點評時政，這次肯定會願為我們上書皇上。”
不料等朱元璋看完這鄭士利的上書，更加憤怒。朱元璋心道：你們這些官員真以為咱是傻瓜了，什麼鄭士利上書，這明明就是你們為自己開脫，咱豈能上了你們的當。如果真的放了你們，咱的龍威何在？你們以後只會更加放肆。於是下旨，各府、縣、布政司主印官員全部處死，就連那個上書的鄭士利也被罰去做苦力。
在這次空印案中，好多清廉的官員也遭牽連被殺。朱元璋通過此案，表明了自己不惜一切代價整治吏治的決心，而整治吏治就不能不殺貪官。關於殺貪官的案子，在明初影響最大的就要數郭桓案了。
洪武十八年（1385年）三月，御史余敏、丁廷上奏告發戶部侍郎郭桓利用權勢，勾結官吏，貪污太平、鎮江等府的賦稅。
郭桓此時案發，正好撞到了朱元璋全力懲治貪官的槍口上。朱元璋下令一查到底，絕不姑息。
原來太平、鎮江等府是朱元璋的起家之地，這些地區多年承擔著徭役供給。於是，朱元璋就下令將這些地區的夏稅秋糧全部免除，官田也只徵收一半賦稅。但是，官吏張欽勾結戶部官員郭桓，作弊私分了這些賦稅，致使這些州縣無一粒糧食上繳到朝廷。
嚴查之下，還得知郭桓接受官員賄賂，亂徵錢賦，擾害百姓等罪狀。最為嚴重的是郭桓一夥還在糧中摻水，上繳國庫後這些糧食發霉變質，致使整倉糧食全部壞掉。
朱元璋錯殺過好多人，但郭桓卻是個實實在在的大貪官。粗算起來，郭桓盜賣的官糧大概有七百萬石之多。朱元璋嘆道：“古往今來，貪贓枉法者不在少數，但他們和郭桓比起來實在算不了什麼。郭桓太過分了！”
處死郭桓此案並不能算了結，那些貪來的糧食怎麼辦呢？還得還給老百姓。朱元璋命令從戶部開始到布政司，到各府縣，一層層查下來，查到老百姓每家每戶，從哪兒多徵收的，就查到哪兒。查出後，要求官員如實退還。
可上有政策下有對策，那些官員誰也不願到手的東西退回去。他們要求各家各戶攤派，包賠贓款。
朱元璋得知後極為憤怒，道：“都說民刁，我看這些做官的才是最刁。百姓無非是想活命，他們卻不讓。我大明江山早晚會毀在他們手裡啊！”於是下定決心，借郭桓之事嚴懲各級官員和牽連案件的地主們。
郭桓案涉案範圍遍及全國十二個布政司，導致中央六部左、右侍郎以降好幾萬人被牽連處死，掃蕩了整個政壇，全國中等人家也大多因此案破產。
後來朱元璋發現郭桓案的確有些擴大化了，以致引起民憤，導致各級官員人人自危。於是處死了審查郭桓案的右審刑吳庸等人，以平息人們的怨憤。
為了整治吏治，懲罰貪官，朱元璋不得不採用重典大開殺戒。但不論怎麼治理，頂風作案者仍時有出現。這一方面和大明的政治體制有關，另一方面明朝官員的歲俸太低恐怕也是一個重要原因。當然朱元璋覺察不到這些，為了大明王朝的千秋基業，他只好不斷加重刑罰，以懲治那些貪贓枉法者。