朱元璋是在馬背上得到的天下，所以他一向很重視對軍權的掌握。開國以後，朱元璋陸續剝奪了許多舊將的兵權，讓自己的幾個兒子直接掌握。對那些在外帶兵打仗的將領，朱元璋則把他們的妻兒家眷接到京城。名義上是保護這些將領的家眷，實際上則是把他們扣留在京城當做人質。
其實在完成對開國老將的“清理”之後，該死的已經都死了，活著的也都知趣地躲得遠遠的，對朝廷已經構不成威脅。可是有一人卻始終讓朱元璋不能放心，這個人就是藍玉。他帶兵多年，在軍中威望甚高，而且現在擁有兵權。
在開國以前，藍玉就已經戰功赫赫，開國以後更是南征北戰，幾經生死。藍玉的軍隊紀律嚴明、作戰勇敢、所向披靡，敵人只要聽說是藍玉的部隊到了，都不戰先怯，有的甚至望風而逃。藍玉也從當初的侯爵變成瞭如今的涼國公。藍玉性格豪爽，喜歡結交朋友，光乾兒子就有幾百個，具體有多少連他自己也記不清了。
樹大則必然招風，本來藍玉帶兵多年，朱元璋就對其不放心，聖恩之下藍玉又昏了頭腦，變得飛揚跋扈起來。朱元璋每想起徐達臨死之前那個生日上藍玉的表現，就火冒三丈，還沒有誰敢對他朱元璋如此無禮過。
這一日，刑部遞上來一道折子。說定遠有一人當街行凶，官府派人前去捉拿，沒想到那人竟派來家丁抵抗，打死官府數十名兵士。朱元璋看完了折子很是納悶，於是便招來刑部侍郎詢問。
“你說說看，我大明律法如此嚴格，卻為何還有這般刁民如此霸道？”朱元璋實在不解。
“皇上，臣之所以把這案子呈上聖裁，就是因為他太棘手了。”吏部侍郎說道。
“這是為何啊？”朱元璋更加不明白了，這案子雖說性質惡劣，但極為好判，確實用不著呈給我啊。
“皇上您注意到沒？這件案子發生在定遠，定遠是涼國公藍玉的家鄉，這案件中行凶之人正是藍玉的義子。藍玉維護手下義子是出了名的，臣怕處理不當會引起涼國公的不滿，所以才交給皇上裁決。”刑部侍郎說道。
“藍玉好大的膽子。他的義子犯案你們都不敢辦，那要是他藍玉自己犯案呢？朕令你把藍玉這個義子緝拿歸案，斬立決。藍玉要是敢橫加阻攔，你就讓他來找咱。”朱元璋道。
刑部辦案效率還真高，不幾日便擒獲藍玉那個行凶的義子。但他們並沒有按皇上說的那樣斬立決，而是擒穫後立即差人通知了藍玉，並告訴藍玉要求情得去皇上那裡。
藍玉是個極講義氣之人，得知後立即前去向皇上求情。
“皇上，末將請求皇上放了我這義子。”藍玉開門見山。
“藍玉，你好大的膽子。你這義子行凶傷人，還打傷官兵。我還沒追究你管教不嚴之罪，如今你卻還敢來替他求情！”皇上激動地說道。這藍玉膽子也真是大。
“皇上，我這義子雖然行凶傷了人，但他在戰場上可是勇猛無比。攻打雲南時，我因不慎被敵箭所傷，是他殺出一條血路把我救回軍中，攻打北元時他更是失去一臂。他可是為大明江山立下大功的人啊。”
朱元璋越聽越生氣，就算你有了功勞，你就可以胡作非為了？義子尚且如此，你藍玉還不知道猖狂到什麼程度。本想下令立即處決藍玉這義子，可轉身一看卻看到了藍玉那雙堅毅的眼睛。朱元璋很快想到，對付藍玉這種驕兵悍將絕不能以暴制暴，得動點心思。
於是朱元璋立即變得和顏悅色起來，對藍玉說道：“藍玉啊，咱念在你陪咱多年南征北戰的分兒上，今天就答應了你的要求。但你以後可要好好管教你的這些義子，下次再犯，定斬不饒。”
藍玉立即跪地謝恩，說道：“多謝皇上，我就知道皇上不會殺了他的。”
“咱的義子才十幾個，藍玉你收了多少義子啊？”朱元璋笑著問道。
“禀皇上，末將也不知道，大概有幾百個吧。他們個個都是以一敵百的悍將啊。末將能打這麼多勝仗，絕少不了他們的功勞。”藍玉喜道。
“都說你藍玉帶兵百戰百勝，你可有什麼秘密啊？”朱元璋繼續問道。
藍玉有點得意忘形，便完全放鬆了對皇上的警惕。 “皇上，末將帶兵之所以攻無不克、戰無不勝，主要是因為末將的軍隊紀律嚴明，將士們絕對服從命令。”
“呵呵，你說你戰無不勝，現在如果把你的軍隊平分我一半，你認為我們誰會贏啊？”朱元璋開玩笑似的說道。
“皇上，不是末將誇口，如果真如你所說，那敗的那個人肯定是皇上。”藍玉極為自信。 “是嗎？還沒打，你怎麼就那麼自信你一定能贏？”朱元璋不解地問道。
“皇上有所不知，末將的軍隊只會聽從末將的調遣。皇上你的命令，恐怕他們也未必肯聽。”藍玉自豪地說道。
“是嗎？那我真要好好見識一下。”朱元璋將信將疑，同時藍玉的話也勾起了他的好勝心。他決定要親眼看看藍玉的軍隊到底有多厲害。
第二天一早，在藍玉的陪同下，朱元璋早早便來到了點將台。台下早已集結了若干士兵，他們一字排開，個個精神抖擻，槍明戟亮。一陣鼓聲之後，藍玉高居點將台揮動手中軍旗。再看台下的那些士兵，無論怎樣左右游走，前衝後突，陣形絲毫不亂。朱元璋看了心中不禁暗嘆，怪不得藍玉的軍隊誰見誰怕。藍玉帶兵果然不同凡響，自己親自訓練也不過如此而已。
操練完畢，藍玉又領著二十多人來見朱元璋。 “皇上，這幾個都是咱藍玉的義子。看看不錯吧？上了戰場，他們個個可都是驍勇無比啊。”藍玉笑道。
朱元璋忽然想起昨天藍玉曾說起，他藍玉的軍隊只聽藍玉的命令，今天剛好見證一下這話的真假。於是對藍玉的義子們說道：“諸位將軍都是好樣的，你們為咱大明的江山出血流汗，咱不會虧待你們的。你們先退下，我和藍將軍還有些話說。”
等朱元璋說完，再看藍玉的義子們卻絲毫沒有動靜。藍玉也覺察出了不對，連忙大聲說道：“退下！”
眾義子得令，趕忙退到一旁。藍玉趕緊向皇上說道：“皇上莫怪，這些將士聽慣了末將的命令，一時不慎，還請皇上恕罪。”
“哈哈，看來咱如果分你一半軍隊，果真和你交起手來，那咱必敗無疑啊！”朱元璋假裝笑道，心中卻是暗驚。這藍玉的軍隊果然只聽從他藍玉的命令，有朝一日藍玉若反，那可是太危險了。於是暗暗下定決心除掉藍玉。
洪武二十六年（1393年），錦衣衛指揮蔣獻告藍玉“謀反”，說他與景川侯曹震等公侯企圖趁朱元璋出宮舉行“藉田”儀式時，發動兵變。
於是，刑部在朱元璋的暗示下開始網羅藍玉的“罪證”。當初鄉里的一個染匠張仁孫供到，他們出征回家，前去拜見藍玉。藍玉對他們說，要舉兵反明，讓張仁孫等備好兵器，準備接應，如日後事成，都封他們大官。
給藍玉家打魚的蔣富招供，說藍玉打仗回來，請他喝酒，其間，藍玉對他說：“你跟隨了我這麼多年，我有句話想和你說，但你千萬不可洩露了消息。如今我要領兵反明，已與朝中各位大臣都商量好了。你回去到家打聽著，若我們成功了，你就來找我，我封你個官噹噹。”
一時牆倒眾人推，狀告藍玉謀反者每天都絡繹不絕。
在如山的“事實”和大刑面前，藍玉不得不承認准備夥同景川侯曹震、鶴慶侯張翼、吏部尚書詹徽等，準備在皇上舉行“藉田”儀式時發動兵變，刺殺皇上，趁機謀反。
“我冤啊，我要見皇上。皇上最清楚我了，是你們私用大刑我才不得不招的。”藍玉在獄中一直不停地在喊。
“不要再喊了，還是歇歇吧。留點力氣在去刑場的路上喊，那里人多，在這裡喊誰能聽到啊？”景川侯曹震道。
吏部尚書詹徽喃喃自語道：“古往今來，冤死的人比活著的還要多。欲加之罪，何患無辭。君要臣死，臣不敢不死，只可惜我們臨死才能真正明白這個道理啊。”
“朱元璋，你這個小人！咱出生入死替你打天下，如今你坐穩了天下，就把咱送進這大牢裡來。老天不公啊！”藍玉喊道。
朱元璋怕在行刑的路上出現差錯，命人在獄中處死藍玉，並滅其九族。
藍玉一案牽涉一公、十三侯、二伯，連坐、族誅達一萬五千人，幾乎殺光了所有能威脅到朝廷的人，朱元璋牢牢掌握了朝廷的軍政大權。為了彰顯君威，震懾世人，朱元璋特地下手詔，頒布了《逆臣錄》，這一年朱元璋六十六歲。
藍玉案結束後一年，穎國公傅友德被誅。朱元璋終於完成了誅殺開國功臣、清淮西勳貴、整治吏治、收回兵權等一系列使命，成為集軍事、政治權力於一身的君王。朱元璋希望經過他半生的努力，可以交給後世之君一個可以萬世長存的大明王朝。
五年後，即洪武三十一年（1398年）六月二十四日，七十一歲的朱元璋病逝於西宮。