除掉小明王之後的朱元璋，已經沒什麼顧慮了，所以他不再用小明王的龍鳳年號，以“吳元年”為自己的新年號，這其實也標誌著朱元璋要成為新的帝王。
站在地圖前，朱元璋望著南北形勢，到底是北上出擊元兵，還是向南繼續征伐弱小的義軍勢力？
劉伯溫說：“北方在表面上還是元朝的天下，但其內部的情況卻很複雜。山東一帶是地主軍王宣在防守，河南是擴廓帖木兒駐守，關內隴右是李思齊、張良弼等人把守，大同是孛羅帖木兒鎮守。而擴廓帖木兒和李、張二將不和，孛羅帖木兒和擴廓帖木兒兩人一直是對立的，他們之間一直紛爭不斷，在打內戰。而且此時元廷統治者之間也在爭奪政權，互相殘殺。”
朱元璋望望南方的形勢說：“這南邊比北方稍顯安靜，四川是夏國明昇的地盤，雲南是元朝的宗室梁王鎮守，福建是陳友定的勢力範圍，但他仍然效忠元朝，兩廣也都是元朝的勢力範圍。”
兩人把南北形勢做了一下對比，覺得北方元將不和爭鬥，元廷統治者又內鬥爭權，其實為向南發展提供了一個良好的戰機。此時元朝的將軍自顧不暇，當然不願向南出兵，且南方對朱元璋來說又比向北出擊更有地利上的優勢。
把目光放在南方之後，朱元璋覺得現在的戰略是先攻打南方的哪個軍事割據勢力。
經過一番分析，朱元璋認為四川的夏國其實國主很年幼，且兵力不強，一直以來群雄紛爭，夏國都無動靜，此時一定不會有什麼野心，而云南在邊疆地區，一時半會兒對中部來說沒什麼威脅，也沒什麼軍事價值，可以不管，所以就把向南的進軍目標定在了福建和兩廣地區。
定下進軍策略後，朱元璋開始進行部署規劃。
在多年征戰中成長起來的朱元璋，對任何一次進攻和防守都用了百分之百的努力和嚴謹。
雖然決定向南進攻，他還是密切地關注北方的舉動，派出了幾個軍事偵探前去偵察情形。
李善長說：“此時進攻福建和兩廣，當重兵出擊。善長認為最好派徐達那些老將，福建、兩廣離應天較遠，老將們身經百戰，可以隨機應對臨陣出現的突變。”
自從劉伯溫到了應天，李善長總處於弱勢，畢竟他的智略不及劉伯溫，且對江南的軍事形勢不如劉伯溫熟知，在對軍事謀劃上劉伯溫也是略勝一籌。當然李善長並不是不明白自己不如劉伯溫的地方，但他氣不過的是，劉伯溫這人喜歡顯示自己的聰明，有時仗才欺人，不給自己留面子。所以這次，眼看朱元璋就要成帝業了，李善長作為淮西功臣，當然要在關鍵時刻再表現一番。
而李善長的一番苦心，並未得到朱元璋的青睞，朱元璋也沒有採用李善長極力攻取南方的建議。他把李善長和劉伯溫的分析綜合起來，他看得更高，也更遠：南方當然是要進攻的，但北方絕不放棄，而同時進軍的壓力又太大。
朱元璋思慮很久之後，召來周德興：“周兄，你跟隨咱多年，身經百戰，按理說，咱也該在應天享受幾天清福了。可是眼下，天下局勢依然不容樂觀啊。”
周德興知道朱元璋肯定是要委自己以重任，他已知道要出擊福建和兩廣，但還不知道具體的作戰計劃，立即拱手道：“天下未定，德興萬無休養之意，德興願為平定天下盡畢生精力，請主公放心。”
朱元璋長嘆一聲道：“你們都是咱的好兄弟啊，跟隨咱多年，從未安寧過，平定天下的時候就快到了。”
朱元璋的一番話，引起周德興許多回憶，那回憶裡有兒時相伴的甜美，也有苦苦作戰的酸澀，更多的是對朱元璋更加忠心的堅定，因為在他心裡，朱元璋雖貴為吳王，但並未忘記兄弟間的情誼。
朱元璋決定把最遠的廣西交給周德興去征服，因為廣西相對偏遠，朱元璋擔心萬一是年輕的將士出兵，難免會有留下不歸的野心，因為在過去的戰役中並不是沒有投降敵人，或有自立門戶之心的將領，所以他派出自己信得過的老將周德興率兵出征。
這一次，朱元璋是多線同時出動，周德興出征廣西的同時，朱元璋決定由江西直入福建。
相對廣西來說，福建讓朱元璋放心不下，因為周德興帶兵出擊廣西的元兵，應該說是勝券在握。而福建的陳友定卻沒那麼好對付。陳友定本來是一個貧民，在元至正十二年（1352年）紅巾軍進攻福建的時候，他投靠元朝做了“民兵”，立了不少戰功，此後佔領很多城池，發展壯大，長期佔據福建，雖無大志，飛揚跋扈，卻對元朝盡忠盡責，在福建的根據地也算是比較堅固。
朱元璋在福建的策略是兵分三路，分別是胡廷瑞率領的騎兵從江西出擊，作為正兵，以正面攻擊，讓陳友定誤以為這是主力，誘使他派重兵相對；而另一路則從水路，派湯和、廖永忠從明州以舟師攻福州，作為奇兵，所謂奇兵是讓敵人無法預料，突然襲擊；另外還派李文忠從蒲城去攻建寧，這一路視為疑兵，用來分散陳友諒的兵力。
各軍部署妥當，朱元璋知道這次出擊雖然讓胡廷瑞所屬的騎兵做正兵，但他並未把所有的重托都寄託在胡廷瑞那裡，胡廷瑞不過是個幌子，用來誘惑陳友定，真正的主力其實是湯和、李文忠，這樣的佈局是故意讓陳友定不分主次，無以應對。
湯和與廖永忠從海路到了福州後，並未出擊，先派使者到延平送招降書給陳友定，順便打探陳友定的情形，這招降書不過是宣戰書罷了。
而陳友定則當眾斬了湯和派去的使者，這使得湯和非常憤怒，立即通告兩路將領，看來陳友定是已經做好了備戰的準備。且兵探回來報說，陳友定在福州城，環繞城牆設壘築台多處，並派了勇士相守，福州和延平在軍事上構成椅角，護衛援助。
得知信息後，湯和、廖永忠猛攻福州，同時李文忠攻建寧，胡廷瑞攻延平，三路齊下。最先被攻下的是福州，陳友定的主力軍都在延平，而胡廷瑞則故意邊打邊繞，不集中攻擊。攻下福州後，湯和、廖永忠直奔延平，援助胡廷瑞齊攻陳友定的主力軍，陳友定和他的將士誓死守城，城最外圍的守將和守兵都被打敗了，而最裡面的守護非常嚴實，城門久攻不下，城牆難以穿越。湯和他們一直圍攻十天，最后城內的陳友定兵力不足，難以抵抗，方才城破。
陳友定知道，即便自己投降也不會有什麼好的結果，強命他的兒子與他一同自殺。湯和他們僅僅花了半個月的工夫就攻下陳友定的老巢延平，又用了幾個月的工夫整頓接管福建地區的城池和百姓。
而徵兩廣的軍事策略，朱元璋也是兵分三路前進。周德興和楊璟由湖廣南攻廣西，陸仲亨從韶州直搗德慶，另一路則是平定福建的水師，由湯和、廖永忠率領，從海道直襲廣州。
這一次，朱元璋並沒有讓三路兵士同時出發，而是分時段進行，以減少損失，同時也避免遠方作戰將士混亂的狀態，所謂“將在外，君命有所不受”，而附近都是自己的兵士，並非同時進攻，就容易調度協調，增援進退也都容易指揮。
周德興所率領的兵士最早出發，從衡州推進廣西，先經過血拼佔領了永州，又攻下全州，最後攻入桂林地區。這一路兵所遇到的抵抗勢力最大，障礙也最多，但周德興有絕佳的指揮才能，也有極強的適應能力，最後都成功地達到了目的。第一路軍初步告捷的時候，朱元璋立即讓陸仲亨出兵北江和西江地區（今桂林一帶），切斷廣州和靖江的交通要道，阻止兩廣之間的援助和後退路線。然後讓廖永忠派人向元將領勸降，並把來攻的軍事力量誇大數倍，進行威嚇，最後江西福建行中書省左丞何真歸降。何真一歸降，廣州和附近的州縣不戰而下，都順利收歸。
此時，在兩廣的大好形勢下，朱元璋又讓廖永忠派兵沿著西江進入廣西，與周德興會合，同時圍攻靖江，靖江很快即被攻破，廣西被平定。
朱元璋抓住最好的時機，搶先東征南伐，以他出色的軍事部署能力，很快就平定福建，收歸兩廣，擴大了地盤，也充實了軍力，為北伐元軍打下基礎，也為自己霸業的形成做了漂亮的註解。