最強和最富的敵人都被朱元璋除掉了，現在他最大的敵人是元朝，其次需要掃除的是周圍的一些小勢力。同時，朱元璋和他的文武將士也都明白，一直被安置在滁州的小明王其實已經成為籠中之鳥，且對朱元璋已經沒有任何利用的價值，還存留他的名號實在是沒有必要。
朱元璋知道自己多少年來都打著小明王的旗號，扮演忠義之臣的角色，也正是自己的仁義之名贏得了民心，贏得了將士們的忠心。要除掉小明王，那隻有在暗處行動，讓他死於意外，讓天下人覺得小明王的死純屬偶然，和自己沒有關係。
而這個計謀當然不能和劉伯溫商量，也不能和李善長說，並且對朱元璋來說就是設計殺個不經事的小明王，無須周折，只要把事情做得圓滿漂亮就夠了。
想了幾天，朱元璋決定光明正大地行動。
這日早議，朱元璋對文武將士說：“咱在應天也稱了吳王了，可咱的主人還是小明王啊。當初稱吳王也並無犯上之意，不過是為了給對抗張士誠找點事由，長些氣勢。如今強敵除掉了，咱認為是去滁州迎接小明王的時候了。”
眾人聽到要迎小明王，頓時議論起來，尤其是湯和、徐達，他們憤憤地說：“東征西戰，賣命的是咱們的兄弟，死傷的也是這些兄弟，他小明王有何德何能來應天稱王稱帝！”
朱元璋立即喝止道：“不得無禮，紅巾軍自起義以來，信奉明教，忠義為名，才贏得如此形勢，咱認為此時理應前去迎接小明王，以建立大業。”
眾人的議論聲依然沒有停止，在眾人都訝異的時候，只有劉伯溫捻鬚一笑。
朱元璋看在眼裡，心中慨嘆：“劉伯溫果然堪稱小諸葛啊，他太聰明了，但願他這份聰明不要阻擋自己的野心。”
朱元璋起身說：“眾人且不要再議論，當初徽州大學士朱升奉勸咱'高築牆，廣積糧，緩稱王'，這個建議好啊，就是這九字方針，奠定了咱今日的領地城池。明日即去迎接小明王，小明王就是咱應天的君主，各位不要再心存私念。”
第二天一早，朱元璋就派大將廖永忠前去滁州迎接小明王。
廖永忠一到滁州，片刻不歇，即讓小明王收拾些物品，說是日子已經確定，不得不趕路，否則江中起風太過危險。小明王要帶隨身侍衛同去，廖永忠就對他說：“應天比這滁州好多了，你啥也不用帶，就我和你兩人火速乘船前去應天，吳王已經為明王安排好一切了。”
廖永忠和小明王兩人乘著一艘不大的船，前半路倒也安然無恙，只是小明王覺得有些不安，那廖永忠只顧自己喝酒，問話也愛理不理的。船至瓜洲的時候，已經是黑夜，十二月的夜晚，就是穿了棉衣還是寒意襲人，不喝酒的小明王更是倍覺寒冷，望著茫茫夜色，心中忐忑不安，而船上又只有他和一員大將，不禁擔心起自己的安危。
廖永忠也不碰小明王，兩人分坐。 “到瓜洲了。”只聽廖永忠望望外面說了句話，就起身去了船頭。
回到船艙，兩人還是不說話，到了中流時候，船幾乎走不動了，原來是船尾、船頭進了很多水，水正湧向船艙。小明王大叫：“我不會游泳啊，你還不補船！”
廖永忠也不說話，隨即跳向附近的一條漁船走了。
第二天清晨，廖永忠即前去應天府請罪，說行船的時候，不料船撞上暗礁，漏水，恰逢夜黑，無法修補，而小明王不會游泳，天黑夜冷的，自己未能救出小明王，險些喪命，被漁民相救，才回到應天。
朱元璋聽此，大怒道：“小明王是咱的君主，怎能如此疏忽。廖將軍雖屢次立功，但功不抵過，斬首。”
湯和、徐達這些老將出來相勸，朱元璋還是不依。
只有劉伯溫知道這是在演戲，和李善長兩人站出來力勸，方才止住。
朱元璋當即決定在應天為小明王設靈堂，向世人宣布小明王的不幸，朱元璋又在小明王的靈堂上演了一出“忠臣哭英主”的哭戲。
小明王的死，當然是死而有因。其間的緣故當然也不止朱元璋一個人知道。但小明王死後，朱元璋也就不用龍鳳年號了，他成了名副其實的國君，只是還沒有正式宣告天下罷了。
在計殺小明王的同時，朱元璋還有另外的策劃——逼降據守浙東沿海的方國珍。身經百戰的朱元璋知道，經過和陳友諒、張士誠的激烈戰爭，再次發動大規模的戰役是不合時宜的，那就利用休養生息的時機對付周圍較弱的勢力吧。朱元璋把目光放到方國珍那裡，其實除了陳友諒、張士誠、朱元璋，方國珍也算得上一支勢力強大的義軍。方國珍以慶元（今浙江寧波）為根據地，佔領了溫州、台州以及浙東沿海一帶，擁有千艘戰船，掌控豐饒的魚鹽資源，對朱元璋的發展來說是必須要吞併的肥碩之地。
朱元璋知道對付方國珍不需要太緊張，並且早在元至正十九年（1359年），方國珍見朱元璋的發展之勢逼人，就遣使向朱元璋獻溫、台、慶三郡，只是朱元璋不願意接受。因為朱元璋看不過方國珍性情無常，見風使舵，時叛時降，且只說獻地，並無實際行動，不如拒絕。方國珍一直在強勢之間搖擺不定，其實他的日子並不好過，進攻西吳、替元軍運糧，等朱元璋取下杭州之後，方國珍又擔心得要命，派人北面和擴廓帖木兒通好，南面又聯絡陳友定，以抵抗朱元璋的進攻。
朱元璋見方國珍這陣子忙著“外交”，又不忘向自己進貢，心中暗笑：“這就是強大啊，你若強大了別人都敬你三分。”
朱元璋又和劉伯溫、李善長商討，如何以最少的付出讓方國珍主動言降。
李善長認為，對方國珍這樣見風使舵的人，可以直接寫一封討伐信，嚇唬嚇唬他，再據理相勸，不費兵力直接使他歸降。
朱元璋說：“這主意好是好啊，但方國珍這樣的人，心裡時刻都在變化，說不准他哪天又不投降了，趁咱出擊別地的時候，來個突然變卦，在後背插你一刀，也是很有可能的。”
劉伯溫沉思良久方說：“看來征戰是不可避免的，經歷此前的長久戰，此次不宜再派重兵，且方國珍的兵力並不充足，又缺乏訓練，素養差，長久未上戰場。臣認為此次只需在浙東調集駐兵，先從陸地進攻，一方面佔領了土地，另一方面方國珍也無路可逃。”
朱元璋大聲道：“好！方國珍沒路可逃，你這番話正提醒了咱，沒路了，可是有船啊，那方國珍海船千艘，若真逃到海上稱王，還是留有後患啊。”
李善長和劉伯溫相視一望，兩人都不得不佩服朱元璋考慮問題的周全。
商討之後，朱元璋決定先讓李善長執筆寫招降書，看看方國珍的反應，同時謀劃軍事進攻的策略。
與其說以朱元璋之名發出的這封信是在招降，還不如說是在討伐譴責方國珍。信中歷數方國珍的十二條罪過，每條都是他最沒尊嚴的求降告饒、獻禮之舉，說他朝送款於西，暮送款於北，怎是大丈夫的行為。當方國珍收到這封信，氣得差點吐血。
這當然是朱元璋的計謀，他就是要讓方國珍生氣，氣得一病不起最好，他就真的不用費力氣了。但是朱元璋也知道，以方國珍的性情，當然會暴怒，但還不至於氣到重病的地步。
果然不久，朱元璋就收到方國珍的回信，確切地說就是一封乞降信，把朱元璋的英勇和實力讚美了一通，還言辭懇切地表示忠心之意。朱元璋當然不會信他這一套，方國珍也沒招惹自己，出兵還是要尋個理由。
朱元璋思索之後，覺得既然你來投降了，那好，你就進貢吧。朱元璋命令方國珍貢糧食二十三萬石，同時又附了一封信威脅他，若不按時進貢，就武力相對。
方國珍當然沒有那麼多糧食，心中惶惶不安，覺得朱元璋是要把自己逼到絕處了，江浙一帶自己也沒法待了。好吧，那就逃跑吧，早在朱元璋擊敗東吳張士誠的時候，方國珍就做起了海上帝國的美夢——萬一夾在中間，實在沒法混，被人攻擊的話，就舉家遷到船上，率領數千海船，載著金銀財寶，在海上過活。
於是，方國珍一面暗示朱元璋自己在籌糧，一面卻在日夜蒐集金銀財寶，調集海船，準備物資齊備即下海逃亡。
朱元璋得知這一信息後，立即行動。兵分三路，直入方國珍的勢力範圍。
朱元璋命令朱亮祖率兵攻浙江、金華等地，又令水兵攻台州，同時讓湯和、吳禎率領駐紮在常州、長興、宜興、江陰等地的駐軍合攻慶元。在這些老將的指揮下，浙東沿海地區有的是懼怕朱元璋的勢力，不攻即破，有的是一攻即破，很快都被收歸佔領。朱元璋當然不會放過聚集重金的方國珍，就讓廖永忠率領水軍從海路圍守進攻，切斷方國珍逃入海中的後路。
方國珍被多面夾擊，尤其是廖永忠從海上與湯和從陸地的合擊，讓方國珍無法承受，且他的將領大多已經投降，只好送出所有的財產和船艦，徹底投降朱元璋。
從發動進攻到最終佔領方國珍的勢力範圍，再逼降他，前後不過三個月的時間。
這一年，朱元璋徹底擺脫了小明王，又成功地逼降了方國珍，浙江大部分地區都被平定。朱元璋的領地從兩湖到河南東南部，從安徽到江西、浙江，又包括漢水下游和長江下游，而這些地區是當時物產最豐、土地最沃、人口最密的地方，為朱元璋稱帝打下了堅實的基礎。