鰲拜被剷除後，康熙終於掌握了清朝的政權，使清朝的政治局勢得到了穩定。此時駐守邊境的三藩勢力開始逐漸膨脹，他們把駐地變成了封地，名義上駐守邊境，暗裡卻招兵買馬，擴充實力。這是康熙除鰲拜後的又一波瀾，三藩的實力已經不僅僅是當初所設想的那樣，以固定的兵力，駐守藩地，抵禦外敵。他們的矛頭隨時都可能掉轉過來，對準清朝。康熙在這種形勢的逼迫下，採取了相應的措施，藩王其中之一的平南王尚可喜看透了朝廷對他們的疑惑，主動申請撤藩，另兩位藩王吳三桂、耿精忠雖然名義上也同意撤藩，卻是做些敷衍，沒有行動。康熙便下了一道手諭，以吳三桂等年事已高為由，勸他們放權。這道手諭惹惱了吳三桂，康熙十二年，吳三桂公開舉兵反清，平靜了三十餘年的清朝又一次經受了嚴峻的考驗。
三藩中以吳三桂的勢力最為雄厚，吳三桂反後，靖南王耿精忠也隨之加入，使吳三桂如虎添翼，江南等地相繼被吳三桂攻占，同時把目標指向中原。康熙沒想到，自己的一封手諭竟然會造成如此嚴重的後果。在自責的同時，他開始分析目前的形勢：耿精忠控制東線，吳三桂居中，陝西提督王輔臣控制西線，他們以三道兵力同時進攻。經過反复斟酌，康熙最終決定，吳三桂的實力最大且在中間，可派重兵將其堵住，把攻擊目標放在兵力相對薄弱的兩翼上，等沒了兩翼，再集中兵力一舉攻破中間的吳軍。康熙想到，這是一場耗時戰。
吳軍勢如破竹，三路大軍直逼中原，因為在先前的作戰部署上，清軍出現了失誤，把主力放在了一條線上，打起來顧此失彼，連連敗退。康熙十七年，吳三桂在湖南衡州自稱皇帝，國號大周，定都衡州。康熙聞之大怒，隨即派了順承郡王勒爾錦為寧南靖寇大將軍，率領清軍揮師南下堵在了荊州，並又派圖海和擴爾泰兩員大將率重兵攻打西線的王輔臣。
荊州是吳三桂軍通往中原的必經之路，堵住荊州，便把吳軍的路給斷了，這是康熙臨行前交代勒爾錦的。康熙叮囑勒爾錦說：“吳軍不容小視，你的任務便是守住荊州，能不打最好，打起來也是以守城為主。”
勒爾錦站在城頭向南巡視，吳軍的營地離荊州不遠，雖然是在夜裡，敵軍營地中星星點點的亮光異常清晰。吳軍顯然已經發現了荊州的情況，在相隔居中的地方駐紮了營地，隨時都會率兵打過來。勒爾錦眉頭不禁皺了一下，心中想道：“從亮光來判斷，敵軍的兵力確實強大，別說應戰，就是守住荊州也不容易啊。現在只能盼著圖海等把敵軍兩翼削了去，再率兵支援自己，這樣便有實力與敵軍一搏了。”想著，他對守城的將士說道：“敵軍隨時都有可能打過來，加強防禦工事，別給敵軍留下一點空子。”
王輔臣和耿精忠在名義上雖然是跟了吳三桂，但和清軍打起來，主要還是靠吳三桂所率領的軍隊。這時候兩人突然聽到清軍派主路部隊打了過來，心里頓時沒了底，不知該如何應對。派去士兵請求吳三桂援助，士兵來報說，吳三桂的軍隊已經被清軍另一支強軍堵截在了荊州，一時半會兒脫不了身。兩人一個在東一個在西，互相援助更不可能，只能暫停進攻的趨勢，轉攻為守。由主動變被動，在更大程度上消減了士氣，作戰能力大大降低。圖海沒有給王輔臣喘息的機會，只利用了半個月時間，王輔臣的防禦體系便全線瓦解，王輔臣在守不能守、援軍來不了的情況下投降了。圖海趁勢又把兵力轉到東側耿精忠部，很快耿精忠部也被迫投降。自此，吳軍的三路大軍已經除去了東西兩側，只剩下堵卡在中間的吳三桂部。
吳三桂稱帝后最大的心願便是揮軍北上直取京都，他認為這並不是空想，而是時日長短的問題，只要給自己充足的時間，清軍必敗無疑。荊州被堵截後，吳三桂頓感不妙，同時也猜到了清軍的打法，照這樣打下去，兩翼的兵力遲早要被清軍給滅了，少了兩邊的援軍，自己的處境可就相當危險了。現在自己唯一的辦法就是突破荊州防線，去援助兩翼。他下了一道死命令，不管付出多大的代價也要把荊州攻下來。吳軍拼死攻城，清軍拼死守城，廝殺戰鼓的聲音響徹荊州。雖然吳軍在兵力上佔了上風，但是清軍佔據了易守難攻的荊州，清除了實力上的差距。雙方均有不同程度的傷亡，吳軍屢攻荊州不破。
清軍的只守不戰讓吳三桂感到擔心，王輔臣部投降的消息這時候也傳了過來，驗證了他的猜測。吳三桂年事已高，不能再經受什麼打擊了，如今接到這樣的消息，頓時氣血上翻，腦袋一沉暈了過去。從此一病不起，於同年八月在衡州病死。
勒爾錦得到吳三桂病死的消息後大喜，身邊有副將提議說，趁此機會乾脆把吳軍給滅了。勒爾錦也有這意思，但是皇命不可違，出兵這樣的大事自己是做不了主的。吳三桂病死後，吳軍立刻放棄了攻打荊州，把軍隊撤回了衡州。勒爾錦猜想，吳軍現在肯定正在為即位的事絞盡腦汁，吳三桂的兒子吳應熊身在京師早已被扣留下來做了人質，如此一來，最適合的人選恐怕就是吳三桂的孫子吳世璠了。勒爾錦猜得不錯，果真是吳世璠即了位。
王輔臣、耿精忠兩部投降和吳三桂病死給吳軍造成了嚴重的打擊，戰局驟然實質性轉變了。勒爾錦請示康熙下一步將如何做，康熙馬上做出了決定，批准勒爾錦和圖海率領全部兵力實施反攻。
吳世璠在倉促中即了位，面對清軍的猛烈攻勢一時手足無措。他詢問眾臣有什麼應對之策，宰相胡國柱說道：“衡州不能再待下去了，如今失去了兩翼的護助，我們的實力已經無法和清軍抗衡。目前唯一的辦法是退出衡州，效仿清軍駐守荊州來死守昆明。”
吳世璠根本就沒有什麼主見，胡國柱的話讓他吃了一顆定心丸，隨即便下了命令，撤兵衡州，退守昆明。
吳軍剛撤出衡州，圖海便率領隊伍浩浩蕩盪地趕來荊州。自此，清軍的全部兵力集中起來。
“看來吳軍已經嗅到了危險的氣味，才一個晚上的時間，衡州就變成一座空城了。”勒爾錦說道。
圖海接著說道：“他們這樣做也算明智之舉了，吳軍現在已經失去了攻勢，只有撤防的份兒了。衡州地勢平坦，不利防守。”
勒爾錦沉思了會兒，突然說道：“照這麼說，他們肯定會把兵力駐守昆明，昆明可是個易守難攻的地方，看來我們這次又要耗費些時日了。”
圖海點頭說道：“咱們的時間也不多，得盡快在吳軍沒有在昆明站穩腳跟的時候，打他們個措手不及。”
清軍沒有在荊州停歇，兩軍剛一會合，就開始朝南進發。路過衡州城時，勒爾錦看見的是一副殘破的景象，吳軍撤得倉促，為了不留給清軍一點東西，很多龐大的攻防設備、戰略物資被他們毀壞掉，街道上凌亂地挖了不少壕溝，又布了一層層荊棘，以此來阻擋清軍的行軍速度。清軍在衡州耽擱了一日，吳軍這時已經到了昆明。
昆明確實是個易守難攻的大城，經過三年多的圍困，吳軍才逐漸因糧餉不濟、人力不足等原因抵抗力慢慢弱了下來。康熙二十年二月，清軍發動了總攻，以晝夜戰不停的方式，終於在十月攻破了昆明城，吳軍全軍覆沒，宣告投降。吳世璠自知大勢已去，心灰意冷，服毒自殺。
自此，歷時八年的“三藩之亂”，終於以清軍的徹底勝利而告終。
三藩勢力的逐漸龐大，讓深處宮中的康熙深感不安。他明白如果再不採取措施必定會養虎為患。他採取了相應措施，其中尚可喜感到了危機，率先請命撤藩。耿精忠和吳三桂表面上同意撤藩，但是在行動上依舊和從前一樣。從他們這個做法中，我們應該就已經能夠猜出來，謀反之心，其實在吳三桂心中醞釀很久了，他之所以在先前沒有做出謀反的舉動來，是因為沒有找到謀反的藉口。至於耿精忠完全是順風倒的人，誰對自己有利，就偏向誰，權衡再三，依附吳三桂當然是最好的選擇。康熙的一紙手諭，給吳三桂提供了謀反的藉口。
大戰一觸即發，勢如水火。吳軍以三路大軍直逼中原。康熙吸取了先前失敗的教訓，終於從中找到了一個突破口。所謂斬弱堵強，其實和圍點打援的戰法差不多，只不過從圍勢改為了平面的對擊戰。把兩翼滅掉，再集中兵力攻擊中間最強的部分。康熙在戰略部署上堪稱典範，一個深居宮中的皇帝，竟然能在千里之外只從消息中揣摩，便能找到如何作戰的方法，並且一舉得勝，這和他的軍事才略密不可分。