元朝滅亡後，整個蒙古族勢力逐漸衰竭，蒙古內部之間經常發生爭奪吞併戰。康熙九年，噶爾丹從西藏趕回當時蒙古勢力最強的噶爾部，打著為同母異父的哥哥僧格報仇的旗號，跟其他部族大戰，得勝後成為噶爾部的首領。在成為噶爾部的首領後，噶爾丹的政治野心逐漸暴露出來，開始朝著統一蒙古，再逐步向中原推進而行動。清政府多次警告，並派兵進行鎮壓，都沒有結果，相反更助長了噶爾丹的野心。他知道清朝是他實現計劃的最大障礙，為了與清朝對抗，他投靠了沙皇俄國。康熙二十九年，噶爾丹率兵侵入科爾沁草原等地進行搶掠，直接威脅到清朝對內蒙古的統治。康熙聞訊後馬上調兵遣將，親自率領大軍親征噶爾丹，大敗噶爾丹軍，但噶爾丹卻逃脫了。
噶爾丹在大敗後，開始對清朝很是帖服，他懇求清朝給予經濟上的援助，願意歸屬清朝。康熙信了噶爾丹的話，隨即贈送銀錢千兩救濟噶爾部眾。但是噶爾丹出爾反爾，收到清朝的撥銀後馬上改變了立場，既不准備投降，也不甘心失敗。康熙三十一年，他上書清廷，索要內蒙古等地區。康熙大怒，決定再次率兵親征噶爾丹。對於這次的作戰部署，康熙有了新的安排。他想到，噶爾丹本性陰險狡詐，跟他用談判招降的法子肯定行不通，只有一舉將其部全部殲滅，才能穩住當前的局勢。於是，他決定兵分三路，征剿噶爾丹。
康熙三十五年五月初，清軍中路和西路大軍在克魯倫河會合，東路軍隊也快到了。康熙很高興，馬上寫了一封信派人送往噶爾丹部，信中說道：“如今朕已經派三路大軍親征到克魯倫河的土喇，為了避免生靈塗炭，減少不必要的傷亡，朕再勸你一次，如果還執迷不悟，要堅持下去，就別怪朕出兵剿滅爾等。”
噶爾丹根本就沒料到清軍會派兵過來，更沒想到康熙會親征。當接到康熙派人送來的信後，不禁大驚失色。慌忙之際，他馬上給康熙回了一封信，說先前自己所犯的罪過真是不容寬恕，如今接到皇上的信，願意接受投降，歸附清朝……這其實是噶爾丹的一個緩兵之計，他趁著康熙等待消息的時間，暗中傳令所部丟棄帳篷等物資逃跑。
噶爾丹這時在心裡盤算，清軍這次的陣勢不容小視，自己跑得再快再急，最後也會被追上，得想個辦法。這時有副將告訴噶爾丹：“咱們走得太倉促，有一半糧草全都丟棄在營中了。不過，目前咱們的糧草還能堅持些時日，到沙俄應該沒問題。”
這話讓噶爾丹心裡生出了一個主意，他並沒有告訴副將要去沙俄，副將怎麼會認定自己要去呢？事實或許證明自己除了投靠沙俄，似乎已經沒有別的辦法了，清軍應該也會這樣想吧。我偏不去沙俄，把兵力朝西行，然後迂迴向南，讓清軍撲個空。
這時三路大軍已經會合，康熙看著噶爾丹的回信，心中不禁疑雲叢生。噶爾丹怎麼會這麼輕易地就投降了，實在是有些離譜，不像他的作風。待又派人過去核實才發現，噶爾丹已經率部眾悄悄逃跑了。自噶爾丹假意投降過一次後，康熙在心裡就已不再輕信他了，噶爾丹的陰險狡詐程度超出一般人的想像。康熙覺得噶爾丹這次逃跑不是單純意義上的逃跑，如果把三路大軍集中起來追剿的話，很有可能會撲個空。噶爾丹既然跑，自然有他的跑法，他不會一直沿著路線朝北跑。康熙想起了曾經看過的一本書，書中所講，有個偷盜的人被官兵追趕，偷盜的人跑到一個岔路口的時候，突然心生一計，把袖子扯下來一截掛在了一條道旁的樹枝上，自己卻跑向了另一條道。官兵追到岔路口上後，發現掛在樹枝上的布條，就認為盜賊肯定是沿著這條道跑了，便追了過去。把這個故事結合到如今的戰事上，恐怕再適合不過了，噶爾丹不會沿著路線朝北撤，那麼就剩下東西兩個方向了，東面是高不可攀的群山，他肯定不會走那條路，那麼就有可能走西線，然後迂迴繞到自己的身後去。想到這裡，康熙心裡立刻閃出了一個計謀，他決定讓其中一路兵力繞行到西線堵截噶爾丹部眾，自己率兩路兵力在沿著路線向北追。
一千名輕騎在小道上疾馳，馬蹄踏起的泥濘，如同下了一場泥雨一般，“淅淅刷刷”配合著馬蹄聲朝小路前方滾去。
“噶爾丹這傢伙真不能跟他來好的，這傢伙是個硬骨頭，心眼卻狡詐得厲害。”將軍薩布素狠狠地說道。
康熙搖頭說道：“看來這場戰爭是避免不了了。噶爾丹心實在是太高了，高得離譜，朕這次就要滅滅他的心高，讓他徹底嚐嚐失敗的滋味。”
薩布素說道：“皇上說得對，噶爾丹這次確實不能再放過了。”
輕騎連奔了五日，眼看就要捕到噶爾丹的“影子”，卻因糧草不足被迫停了下來。康熙隨即改變了作戰方針，由先鋒軍、滿洲火器營兵及親隨護軍組成一支精銳隊伍，由內大臣馬思喀率領，每人帶足二十日口糧急速追趕，後續部隊緊跟其後。
五月三十日，負責繞行堵截噶爾丹的費揚古率西路大軍行到昭莫多時，派去前方的探哨兵快馬加鞭地跑回來報告說道：“前方發現噶爾丹部隊。”
這句話讓費揚古心中激動了好一陣，噶爾丹原本以為清軍會咬著尾巴從後面追，趁機想迂迴過來，跑到清軍的後面。這是多麼狡詐的計謀啊，但是被皇上給算準了，真是天助我大清要滅噶爾丹。
費揚古想到，以自己目前的兵力跟噶爾丹相拼勝算不大，打勝了還行，打敗了或者打個相當都會打草驚蛇，把先前的部署完全打亂。想到這裡，費揚古心中忽生一計，他派出一隊先鋒人馬引誘噶爾丹軍向東撤，這樣正好和皇上派去的精銳部隊頂上頭。等他們打起來的時候，自己再率重兵過去，皇上應該很快就會到，到時候全軍集中，肯定能把噶爾丹軍隊剿滅。
百十來名精騎朝噶爾丹部衝去。
噶爾丹剛甩下一把冷汗，心想，清軍這次肯定中計了。誰知身後突然聽到一陣雜亂的馬蹄聲，接著百十來名騎兵衝殺了過來。噶爾丹身子一震，命令部隊做好應戰準備。他認為或許精騎背後還有大部隊，可是等了好半天，也沒見精騎身後出現一個兵影子。噶爾丹放下心來，命令道：“這是滿軍的散兵，給我殺！”
霎時間，噶爾丹部的騎兵迎了過來，步兵手持弓箭緊跟在後面。清軍的騎兵目的本來就不是來戰的，打了幾個照面，清軍騎兵佯裝敗退，朝東撤去。如果按原路撤，噶爾丹肯定會懷疑，費揚古可算是摸透噶爾丹的心了。果然噶爾丹命令道：“追，務必把逃跑的清兵給我拿下，殺一個、抓一個都有大賞。”
一個逃，一個追，雙方的距離保持均衡。漸漸地，清軍騎兵的馬力快透支了，速度慢了下來。噶爾丹大喜，催促士兵抓住這個機會，一舉把清軍這股小分隊給滅了。
突然在清軍騎兵的前方出現了一隊人馬，正是康熙派來追剿的那支精銳。清軍騎兵幾乎全都喘了口粗氣，隨即把馬頭掉轉過來。這下輪到噶爾丹瞪眼了，清軍騎兵這是要幹什麼？是因為自己跑不動了，做最後的掙扎麼？這個想法在他心裡只一閃，就隨著清軍騎兵身後的大隊人馬破滅了。
“中計了，撤兵！”他喊道。
他哪裡知道，就在他身後，費揚古已經悄悄率兵追了上來，噶爾丹才撤了不到半里，就和費古揚的部隊碰頭了。兩軍開始廝殺，清軍的精銳部隊在這時也趕了上來，頓時把噶爾丹的所有出路給封死了。噶爾丹最終都沒明白自己是怎麼成為清軍的籠中鳥的，他帶兵奮力廝殺。由於沒有做好充足的準備，噶爾丹的士兵多數還處在迷茫狀態，就看著左一路清軍、右一路清軍變戲法似的冒了出來，才拉開弓弩，身上就已中了數箭。
終於噶爾丹冒死衝出一道豁口，率領殘餘部隊朝特勒爾濟山口奔逃。清軍所有兵力此時已經全部會合在一塊兒了，康熙策馬奔了過來，喊道：“戰況如何？”
費古揚說道：“噶爾丹部眾大敗，殲敵三千餘人，其餘的朝特勒爾濟山口逃跑了。”
康熙頓時皺眉說道：“怎麼又跑了？追，不能讓噶爾丹再跑了。”他命令道。
清軍乘勝追擊三十餘里地，直追到特勒爾濟山口，又生擒了數百人，並繳獲牛羊、帳篷、器械上千。不過，噶爾丹還是帶著數名部下跑了。康熙聞訊大喜，決定班師回京，命令費古揚駐守在科圖，招降噶爾丹殘部，如果招降不成就地剿滅，再也不能留下禍根了。
噶爾丹雖然僥倖逃脫了，但勢力卻不能和先前相比較了。噶爾丹西逃後，沿途又集結了部下五千多人，再次征討內蒙古。費古揚追著噶爾丹打，噶爾丹一直都停不下來進行軍務整頓和作戰部署，噶爾丹被逼上了絕路，不少部下投靠了清軍。康熙三十六年，噶爾丹得病死去。噶爾丹的侄兒丹濟拉等攜帶噶爾丹的屍體以及噶爾丹的女兒鐘齊海，率領三百部眾投降清朝。至此，康熙根除噶爾丹集團的目的已經完全達到，駐守清軍在五月十六日凱旋。