一個民族，進步到達於某一程度之後，就決不會自忘其為一個獨立的民族了。雖然進化的路徑，是曲線的，有時不免暫為它族所壓服。公元1729，即清世宗的雍正七年，曾有過這樣一道上諭。他說：“從前康熙年間，各處奸徒竊發，輒以朱三太子為名，如一念和尚、朱一貴者，指不勝屈。近日尚有山東人張玉，假稱朱姓，託於明之後裔，遇星士推算有帝王之命，以此希冀蠱惑愚民，現被步軍統領拿獲究問。從來異姓先後繼統，前朝之宗姓，臣服於後代者甚多，否則隱匿姓名，伏處草野，從未有如本朝奸民，假稱朱姓，搖惑人心，若此之眾者。似此蔓延不息，則中國人君之子孫，遇繼統之君，必至於無噍類而後已，豈非奸民迫之使然乎？”這一道上諭，是因曾靜之事而發的。曾靜是湖南人，讀浙江呂留良之書，受著感動，使其徒張熙往說岳鍾琪叛清，鍾琪將其事舉發。呂留良其時已死，因此遭到了剖棺戮屍之禍。曾靜、張熙暫時免死拘禁，後亦被殺。這件事，向來被列為清朝的文字獄之一，其實乃是漢族圖謀光復的實際行動，非徒文字獄而已。 1729年，為亡清入關後之八十六年，表面上業已太平，而據清世宗上諭所說，則革命行動的連續不絕如此，可見一部分懷抱民族主義的人，始終未曾屈服了。懷抱民族主義的人，是中下流社會中都有的。中流社會中人的長處，在其知識較高，行動較有方策，且能把正確的歷史知識，留傳到後代，但直接行動的力量較弱。下流社會中人，直接行動的力量較強，但其人智識缺乏，行動起來，往往沒有適當的方策，所以有時易陷於失敗，甚至連正確的歷史，都弄得繆悠了。清朝最大的會黨，在北為哥老會，在南為天地會，其傳說大致相同。天地會亦稱三合會，有人說就是三點會，南方的清水、匕首、雙刀等會，皆其支派。據它們的傳說：福建莆田縣九連山中，有一個少林寺。僧徒都有武藝，曾為清征服西魯國，後為奸臣所讒，清主派兵去把他們剿滅。四面密布火種，緣夜舉火，想把他們盡行燒死。有一位神道，喚做達尊，使其使者朱開、朱光，把十八個和尚引導出來。這十八個和尚，且戰且走，十三個戰死了。剩下來的五個，就是所謂前五祖。又得五勇士和後五祖為輔，矢志反复汨。就是清字，汨就是明字，乃會中所用的秘密符號。他們自稱為洪家。把洪字拆開來則是三八二十一，他們亦即用為符號。洪字大約是用的明太祖開國的年號洪武；或者洪與紅同音，紅與朱仝色，寓的明朝國姓的意思，亦未可知。據他們的傳說：他們會的成立，在1674年。曾奉明思宗之裔舉兵而無成，乃散而廣結徒黨，以圖後舉。此事見於日本平山週所著的《中國秘密社會史》（平山週為中山先生的革命同志，曾身入秘密社會，加以調查）。據他說：“後來三合會黨的舉事，連續不絕。其最著者，如1787，即清高宗乾隆五十二年台灣林爽文之變便是。1832，即宣宗道光十二年，兩廣、湖南的瑤亂，亦有三合會黨在內。鴉片戰爭既起，三合會黨尚有和海峽殖民地的政府接洽，圖謀顛覆清朝的。”其反清復明之志，可謂終始不渝了。而北方的白蓮教徒的反清，起於1793年，即乾隆五十八年，蔓延四川、湖北、河南、陝西四省，至1804年，即仁宗嘉慶九年而後平定，此即向來的史家稱為川楚教匪，為清朝最大的內亂之始的，其所奉的王發生，亦詐稱明朝後裔，可見北方的會黨，反清復明之志，亦未嘗變。後來到1813年，即嘉慶十八年，又有天理教首林清，圖謀在京城中舉事，至於內監亦為其內應，可見其勢力之大。天理教亦白蓮教的支派餘裔，又可見反清復明之志，各黨各派，殊途同歸了。而其明目張膽，首傳討胡之檄的則為太平天國。
太平天國天王洪秀全，系廣東花縣人，生於1812年，恰在民國紀元之前百年。結合下流社會，有時是不能不利用宗教做工具的。廣東和外人交通早，所以天王所創的宗教，亦含有西教的意味。他稱耶和華為天父，基督為天兄，而己為其弟。乘廣西年飢盜起，地方上有身家的人所辦的團練，和貧苦的客民衝突，以1850年，起事於桂平的金田村。明年，下永安，始建國號。又明年，自湖南出湖北，沿江東下。 1853年，遂破江寧，建都其地，稱為天京。當天國在永安時，有人勸其北出漢中，以圖關中；及抵武、漢時，又有人勸其全軍北上，天王都未能用。既據江寧，耽於聲色貨利，不免漸流於腐敗。天王之為人，似隻長於布教，而短於政治和軍事。委政於東王楊秀清，尤驕恣非大器。始起諸王，遂至互相殘殺。其北上之軍，既因孤行無援，而為清人所消滅。溯江西上之兵，雖再據武、漢，然較有才能的石達開，亦因天京的政治混亂，而和中央脫離了關係。清朝卻得曾國藩，訓練湘軍，以為新興武力的中堅。後又得李鴻章，招募淮軍，以為之輔。天國徒恃一後起之秀的李秀成，隻身支柱其間，而其餘的政治軍事，一切都不能和他配合。雖然兵鋒所至達十七省（內地十八省中，惟甘肅未到），前後共歷十五年，也不得不陷於滅亡的悲運了。太平天國的失敗，其責實不在於軍事而在於政治。它的兵力，是夠剽悍的。其紮實壘、打死仗的精神，似較之湘、淮軍少遜，此乃政治不能與之配合之故，而不能悉歸咎於軍事。若再推究得深些，則其失敗，亦可以說是在文化上。一、社會革命和政治革命，很不容易同時並行，而社會革命，尤其對社會組織，前因後果，要有深切的認識，斷非頭腦簡單，手段滅裂的均貧富主義所能有濟。中國的下流社會中人，是向來有均貧富的思想的，其宗旨雖然不錯，其方策則決不能行。今觀太平天國所定的把天下田畝，按口均分；二十五家立一國庫，婚喪等費用，都取給國庫，私用有佘，亦須繳入國庫等，全是極簡單的思想，極滅裂的手段。知識淺陋如此，安能應付一切複雜的問題？其政治的不免於紊亂，自是勢所必然了。二、滿洲人入據中原，固然是中國人所反對，而是時西人對中國，開始用兵力壓迫，亦為中國人所深惡的，尤其是傳教一端，太平天國初起時，即發布討胡之檄。 “忍令上國衣冠，淪於夷狄？相率中原豪傑，還我河山”，讀之亦使人氣足神王。倘使他們有知識，知道外力的壓迫，由於滿清的失政，鄭重提出這一點，固能得大多數人的讚成；即使專提討胡，亦必能得一部分人的擁護。而他們後來，對此也模糊了，反而到處傳播其不中不西的上帝教，使反對西教的士大夫，認他為文化上的大敵，反而走集於清朝的旗幟之下。這是太平天國替清朝做了掩蔽，而反以革命的對象自居，其不能成事，實無怪其然了。湘、淮軍諸將，亦是一時人傑。並無一定要效忠於滿清的理由，他們的甘為異族作倀，實在是太平天國的舉動，不能招致豪傑，而反為淵毆魚。所以我說它政治上的失敗，還是文化上的落後。
和太平天國同時的，北方又有捻黨，本蔓延於蘇、皖、魯、豫四省之間。 1864年，天國亡，餘眾多合於捻，而其聲勢乃大盛。分為東西兩股。清朝任左宗棠、李鴻章以攻之。至1867、1868兩年，然後先後平定。天國兵鋒，側重南方，到捻黨起，則黃河流域各省，亦無不大被兵災了，而回亂又起於西南，而延及西北。雲南的回亂，起於1855年，至1872年而始平，前後共歷十八年。西北迴亂，則起於1862年，自陝西延及甘肅，並延及新疆。浩罕人借兵給和卓木的後裔，入據喀什喀爾。後浩罕之將阿古柏帕夏殺和卓木後裔而自立，意圖在英、俄之間，建立一個獨立國。英、俄都和他訂結通商條約，且曾通使土耳其。英使且力為之請，欲清人以天山南北路之地封之。清人亦有以用兵勞費，持是議者。幸左宗棠力持不可。西捻既平之後，即出兵以攻叛回。自1875至1878，前後共歷四年，而南北兩路都平定。阿古柏帕夏自殺。當回亂時，俄人雖乘機佔據伊犁，然事定之後，亦獲返還。雖然劃界時受損不少，西北疆域，大體總算得以保全。
清朝的衰機，是潛伏於高宗，暴露於仁宗，而大潰於宣宗、文宗之世的。當是時，外有五口通商和鹹豐戊午、庚申之役，內則有太平天國和捻、回的反抗，幾於不可收拾了。其所以能奠定海宇，號稱中興，全是一班漢人，即所謂中興諸將，替它效力的。清朝從道光以前，總督用漢人的很少，兵權全在滿族手裡。至太平天國兵起，則當重任的全是漢人。文宗避英法聯軍，逃奔熱河，1861年，遂死於其地。其時清宗室中，載垣、端華、肅順三人握權。載垣、端華亦是妄庸之徒，肅順則頗有才具，力贊文宗任用漢人，當時內亂的得以削平，其根基實定於此。文宗死，子穆宗立。載垣、端華、肅順等均受遺詔，為贊襄政務大臣。文宗之弟恭親王奕，時留守京師，至熱河，肅順等隔絕之，不許其和文宗的皇后鈕鈷祿氏和穆宗的生母葉赫那拉氏相見。後來不知如何，奕終得和她們相見了，密定回鑾之計。到京，就把載垣、端華、肅順都殺掉。於是鈕鈷祿氏和葉赫那拉氏同時垂簾聽政（鈕鈷祿氏稱母后皇太后，諡孝貞。葉赫那拉氏稱聖母皇太后，死諡孝欽。世稱孝貞為東宮太后，孝欽為西宮太后），鈕鈷祿氏是不懂得什麼的，大權都在葉赫那拉氏手裡。葉赫那拉氏和肅順雖係政敵，對於任用漢人一點，卻亦守其政策不變，所以終能削平大難。然自此以後，清朝的中央政府即無能為，一切內政、外交的大任，多是湘、淮軍中人物，以疆臣的資格決策或身當其衝。軍機及內閣中，漢人的勢力亦漸擴張。所以在這個時候，滿洲的政權，在實際上已經覆亡了，只因漢人一方面，一時未有便利把它推倒，所以名義又維持了好幾十年。