坤寧宮作為皇后的正宮，歷史久遠，相沿不變。宮殿的設計與建造，都是圍繞皇后正宮這個基本功能的。但是，清朝遷都北京後，將滿洲的宗教傳統、民族習俗，也帶到北京紫禁城裡的坤寧宮。為適應宮廷薩滿祭祀的需要，對原明坤寧宮進行了重大的改建。
順治十二年（1655年），清朝按照盛京（瀋陽）皇宮清寧宮的功能與格局，對原明坤寧宮加以改建，使其既適用於宮廷薩滿祭祀，又具有皇后正宮的雙重功能。具體說，有六點。
第一，正門東移一間。坤寧宮共有9個（實際11個）開間，其正門由明代居中而改在偏東一間。大家參觀故宮，到交泰殿後、坤寧宮前，首先看到的是巨大條石鋪設的甬道，在坤寧宮門前的正中。原坤寧宮的門有所變動，在偏東一間另開一個門。所以這個實際開關的門已不在正中，就是不在子午線即中軸線上。我們知道，永樂朝建紫禁城時，南北向主要宮殿殿門，都坐落在子午線即中軸線上。但現在看到的，只有坤寧宮的門不在子午線即中軸線上。
第二，祭祀活動場所。坤寧宮正門開在偏東一間，在宮內這個空間東北角隔出一小間，安設煮肉的三口大鍋，用作煮祭肉；外設包錫大桌二張，用作殺豬、切肉，並設做供品打糕時的用具等；當中空地，為薩滿祭祀時用。經測量：灶台長602.5厘米，寬222厘米，高43厘米；灶台上三口大鍋——西鍋內徑103.5厘米、深33.5厘米，中鍋內徑132.5厘米、深78厘米，東鍋內徑110.5厘米、深77厘米；包錫大案長140.5厘米，寬86.5厘米，高73厘米。
第三，三面連通長炕。正門迤西三間，鋪設西、北、南三面連通大炕，俗稱“萬字炕”。滿洲習俗，西為上，北其次，南再次。關外時期，西炕不住人，牆上奉“祖宗板子”，供祭祀用。北炕為大，長輩睡北炕。這種連通大炕的煙道是連通的。關外冬天寒冷，為節省能源，用這種節能型連通火炕。朝祭在西炕，夕祭在北炕。祭畢，帝后召集滿洲王公大臣等在南炕吃胙肉（祭神後的豬肉）。
第四，宮前設置神桿。坤寧宮門前東南向，安放石座（有孔），石座上插滿洲祭神祭天的神桿。
第五，改變窗戶裝飾。按照關外習俗，窗紙糊在窗外。有句東北民諺：“關外有三怪——窗戶紙糊在外，十八歲的姑娘叼著大煙袋，生下孩子房梁吊起來。”可見坤寧宮的窗戶紙糊在窗外是關外的習俗。同時坤寧宮後牆靠西，矗立煙囪，為宮內祭祀煮肉時走煙用。
第六，帝后大婚喜房。坤寧宮東邊兩間暖閣，稱作東暖閣，為雙層，是皇帝和皇后結婚的喜房，也就是民間所說的洞房。
總之，坤寧宮的內部，按其使用功能，分為三個區間：（1）東區，為皇后正宮，又作為帝后大婚喜房；（2）中區，為薩滿祭祀殺豬、煮肉、打糕的操作間和薩滿祭祀場所；（3）西區，為皇家吃祚肉的宴會廳等。因此，上述建築改造，都具清代皇家宮廷特色：坤寧宮既是愛新覺羅氏皇家祭神祭天的場所，又是帝后大婚的喜房。