明室初以遼東兵起事，但在神宗萬曆年間屢次加賦，先後共增五百二十萬兩。毅宗時又加一百六十五萬兩，名為遼餉。後來又增加剿餉二百八十萬兩，練餉七百三十萬兩。先後共加一千六百九十五萬兩。但正統年以前，天下徵收只有二百四十三萬兩，而此時已增加達七八倍之多，因而民窮財盡，流寇等亂源遂起。
且當時又值荒年，陝西延安人民有食榆樹皮、石塊者，甚至有父子、夫婦互相交換小兒為食者。於是有叛卒、驛夫、餓民結夥紛起，造成亂源。最初有高迎祥者，竄擾陝西、山西、河南、湖北四省。
接著又有李自成、張獻忠擾亂甘肅。高迎祥被誅後，李自成繼稱闖王。此等亂黨，到處擄掠十五至四十歲的民人為兵，並有號令法律。
考查以上流寇不能速平之原因，由於地方分省制度不當，因元人盡廢唐宋之製而自行分省建制。總之，元、明、清三代無藩鎮專制之憂，以致平日無準備，而無法禁息亂民之平地突起也。
明代北部既陷，南方則有諸王爭相擁立，計有：福王在南京，唐王在福州，魯王在浙江，桂王在肇慶。但不到二十年，上述諸王相繼破滅。
清軍之入關而能急速滅南明，由於漢奸之助，於是清人論功行賞：
封吳三桂為平西王，居雲南。
封尚可喜為平南王，居廣東。
封耿精忠為靖南王，居福建。
“三藩”不能自安，於康熙十二年自請撤藩，竟得許可，遂作反。當時耿、尚各有藩兵八千，吳三桂則領綠旗兵一萬二千，再加餘丁四千，共有一萬六千。當時清廷要付之兵餉甚重。清廷已內定撤藩，三藩內心實不願撤，於是吳三桂首先發起反清，滇、蜀、湘、桂等六省響應，康熙十七年吳三桂死，不久三藩亂平。
三藩之失敗，主要是吳三桂不得人信仰，且三藩內部不一致。三桂晚年力衰，已無銳氣。又加清主玄燁年少力壯，借漢人之力而平亂，遂由明而轉清代。