明代廢相後，取消了中書省，保存了中書舍人的官職，只是個七品官，處理文書而已。也取消了門下省，保存了給事中的官，雖是七品官，但有封駁之權。尚書省不再設令、僕的官，升六司尚書成部級官員，秩二品。為了幫助皇上處理文書，另設內閣大學士。當時設立大學士者有四個殿，為中極、建極、文華及武英四殿。另有兩閣，即文淵閣與東閣。
據孫承澤《春明夢餘錄》記載，洪武十七年九月中旬，八天之間，給事中張文輔收到給皇上的奏摺計有一千一百六十件，共三千二百九十一件事。所以君王如要獨裁，一定要龍精虎猛，不然一個月收到的奏摺將達到三千件以上，即平均每天要看並處理一百件公文。每件公文有三件事以上要辦。這個君王要有銅頭鐵臂，不然一定吃不消。
所以，明成祖以後，由翰林院的侍講、侍讀、編修、檢討等官員協助皇上閱卷，稱為“內閣”。
永樂、洪熙兩朝，皇上召內閣密商，但批答仍由皇上親筆。成祖時有解縉、胡廣入文淵閣助皇上閱卷。仁宗以後，有楊溥、楊士奇、楊榮稱“三楊”，以東宮師傅舊臣資格兼內閣學士銜，地位較前為隆，其他百僚地位均在內閣學士之下了。
至宣德時，內閣可用小票墨書，貼在奏章封面代皇上御批，謂之“條旨”。
至於皇上寫詔誥起草，唐時有中書舍人，後由翰林院的翰林即內閣學士代擬。明代的中書舍人只是七品小官，專職書寫而已。明代多數亦由內閣大學士起草。
明代的大臣，如內閣大學士，不易見到皇上。如憲宗成化以後，一直到熹宗天啟，前後共一百六十三年，其間只有孝宗弘治在位數年曾經延訪過大臣，而世宗、神宗二十餘年來並不視朝，大臣也從未見過皇帝。 《萬曆野獲編》記述一個笑話道：憲宗患較輕微口吃之病，所以與大臣很少對話。有一天，召內閣學士萬眉州安、劉博野吉、劉壽光珝等人見憲宗，當皇上與他們談到時政時，他們均不能應對，只懂得叩頭呼“萬歲”而已，因此有“萬歲相公”之謔。明代中葉的帝王多數不見群臣，趙翼的書中也有記述。
所以明代中葉，各君王與大學士諸大臣很少相見，相見也不過視朝數刻，君或不識臣，臣或不與君王交一言，君臣之間只是“章奏批答相關接，刑名法度相維持而已”。總之，明代君王昏惰，明代政情安得不亂也。
由於皇上懶理政事，於是歷朝權臣，時有產生，如世宗時，有夏言、嚴嵩操弄大權。嚴嵩控政弄權達二十年之久。明代君王有的實行重法，有的則荒怠不理政事，這都足以使權臣弄權。內閣學士之權最大是票擬，但不能直接見君王，中間隔著太監。