元代，漢族之士人亦與普通平民一般被當作奴隸看待。後來長春真人丘處機得成吉思汗之信仰，其徒眾得以免賦役，全真教遂大行其道，文人被蒙古人迫害者多歸信之。
後來元人中有明白漢化者勸告元人當局，漢族士人遂稍得紓解。如元太宗時，淮、蜀士人遭俘虜為奴隸者有四千零三十人，免為奴隸者有四分之一。又如元世祖取得鄂州後，俘虜之士人得以贖還者有五百多人。
元太宗時，耶律楚材說：“製造器皿必須用良工，協助政務者必須用儒臣。培養一位儒臣非易，必須積數十年之經驗。”因此元政府將隨郡考試之儒人俘為奴，以便協助治理政務。於是南方的儒學藉著這些俘虜遂遷到北方去了。元仁宗皇慶二年，舉辦科舉考試，規定蒙古人、色目人考的是《大學》《孟子》《中庸》，名為“經問五條”，用朱子章句集注版本。第二場考策一道，用時務出題。漢人、南人則考明經，亦用上述四本經書，另一場則考經義一道，各治一經，以《尚書》《周易》三經選其一，以朱子之注為主，可兼用古注疏，尚有古賦及考經、史、時務的策。此制直至清代末，科舉以四書義取士便由此時開始。還有行省制，也是此時開始。此兩制度一直影響明、清兩代達六百年之久。
但元代開科取士的次數甚少，舉行時間亦不長。元仁宗開科取士，已在宋亡後近四十年。科場三年一考，至順帝至元元年，科舉即停辦，前後僅二十年。到至元五年再有科舉，總共不過二十次而已。
根據《續通典》一書記載，元代由進士而擔任官職者只有百分之一，由小吏積功升至顯要者反而佔十分之九。至順帝時罷科舉，許有壬向當局爭取，謂白身升職者在是年四至九月達七十三人，而科舉一年只錄用三十餘人，但成效不大。
據《輟耕錄》二十八卷記載，江浙鄉試被揭發有舞弊，已失考試本意矣！
總之，元代統治中國，歷時一百餘年，他們對秦漢以來的傳統文治政權意識，始終未能接受，其政治意識，始終有封建武裝之氣味。蒙古人雖曾雄霸歐、亞兩洲，卻在漢人反抗下，退讓出對中國的統治。