蒙古的軍隊也是分等級的。
最高等級的一種是蒙古軍，其次是由蒙古族人擔任用來鎮守邊境的探馬赤軍，再其次是由中原漢人擔任的漢軍，最後的一級是由南方宋人擔任的新附軍。
蒙古軍與探馬赤軍軍籍嚴密，是不讓漢人知道的。
住家並建立里甲制度，二十家為一甲，每一甲的甲主則必定是蒙古人。並禁止漢人去山澤捕獵；亦同時禁漢人習武藝，持兵器；亦不准有集體的漢人做禱告，做買賣；亦不准漢人夜行。這些都是為了防漢人有異動，使蒙古人易於統治。
蒙古人管理下，又多次搜括民間馬匹。如元世祖至元二十三年，收民間馬十萬二千匹。至元二十七年，收馬九千一百匹。至元三十年，收十一萬八千五百匹。元成宗大德二年，搜括馬十一萬匹以上。元武宗至大三年，收馬四萬多匹。仁宗延祐四年，收二十五萬五千匹。延祐七年，二萬五千匹。天順帝天曆元年，十一萬餘匹。數十年之間，共搜括民間馬共七十餘萬匹之多。蒙古人本為游牧民族，善於騎兵作戰，因此亟需良馬備用，其理甚明。
蒙古人擅長作戰，不善管理財政，故有關錢財賦斂之事，便交給色目、回人辦理。但凡於蒙古軍所到之處，便強搶民戶，作為蒙古人之家奴。如至元十四年，荊湖行省一地方官將三千八百戶降民沒入作為家奴，由自己設官治理之，並每年規定其應繳賦稅。
又如至元十七年，阿爾哈雅等將所俘三萬二千多漢人赦為民，當然亦成為蒙古人的家奴了。政府將此種措施作為對漢人的恩典，其實漢人成了家奴，只是被剝削的苦民而已。
至元十八年，蒙古人平定江南後，將江南之漢人民戶分賜給諸王、貴戚、功臣，此次受賜之諸王共有十六人，后妃公主九人，功臣三十六人。高級的王有受封一二萬戶甚至十萬戶者，功臣受封的自四萬戶以下，至數千戶或百數十戶不等，視其功勳高低而定多少。當時此種奴隸的獻賜、買賣和投靠，是經常發生的。蒙古人一方面擁有漢人家奴，一方面又霸占民間田地。據趙天麟寫的《太平金鏡策》書中記載，當時的王公大人家中，有佔民田近千頃之多者，不耕不稼，謂之草場，專供馬羊吃草之用。於是牧場與農田很難分清界線，便時常發生衝突。據一本《和尚傳》的書中所記，當時諸王的牧地、草場，與民間的耕地混雜一起，於是互相侵奪，有司視何者勢力強大，便讓何者佔用。亦就是沒有道理可講。又在《塔里赤傳》一書中記載說，南北方的民戶的農地好壞雜湊在一起，和蒙古軍的牧馬草地，大家互相爭奪霸占，這些都是元世祖至元年間所發生的事。