朱棣奪取皇位對明朝政治的影響是深刻的，它同時也給明朝的北部邊防留下隱患。為了奪取和鞏固皇權，朱棣借助邊防力量，使之調頭向南，塞王的內遷、北京的經營都是為著鞏固統治和對付國內的反對勢力。朱棣的地位鞏固了，北部邊防卻空虛了。隨著國內秩序的穩定，朱棣把重點轉移到控制四夷的宏偉事業上來，為的是做一個超邁千古的蓋世雄王。然而，他的蒙古政策，並沒有取得預想的效果。北部邊防困擾了明朝近兩百年。
明朝弘治年間的兵部尚書馬文昇說：
太祖高皇帝平一四海之後，以西北邊境與胡虜密邇，慮為邊患，故於甘州設立陝西行都司，寧夏設立五衛所，大同設立山西行都司，宣府設立萬金都司，古營州設立大寧都司，於遼東古襄平設立遼東都司，各統屬衛如臂指之相使，氣脈之相屬，以捍衛夷虜，又分封肅、慶、代、谷、寧、遼六王於甘州、寧夏、大同、宣府、大寧、遼東，凡百軍馬俱聽節制，以藩屏王室。若有寇賊侵犯，就命各王掛印充總兵征剿，各邊初無總兵鎮守巡撫官之設，彼時胡虜遠遁，邊方寧謐。
朱棣的即位，打破了北部邊防的這一格局。
朱棣以一隅之兵爭天下，必須先安定後方，鞏固地盤，並需要擴大自己的力量。安定後方，有兩點十分重要，一是號稱“善謀”、實力僅次於燕王的寧王朱權不要做梗；二是韃靼諸部不要乘機搗亂，如果能爭取他們加入自己的營壘則更好。 《明史》說：
成祖從燕王起靖難，患寧王躡其後，自永平攻大寧，入之。謀脅寧王，因厚賂三衛，說之來，成祖行，寧王餞諸郊，三衛從，一呼皆起，遂擁寧王西入關。成祖複選其三千人為奇兵作戰。天下既定，徙寧王南昌，徙行都司於保定，遂盡割大寧地畀三衛，以償前勞。
這裡講燕王“靖難”之後做了三件事：徙寧王南昌，徙行都司保定，割大寧之地。朱棣不惜削弱北部邊防以奪取和鞏固皇位，這樣的代價實在是太沉重。
關於“盡割大寧之地畀三衛”，明人的記載是很多的。然而《實錄》、《明會典》等官書並無記載。明末清初學者顧炎武說：“靖難兵之起，三衛夷人從戰有功，故畀之(大寧之地)，國史不書，莫可考焉。”茲舉私史數例：
鄭曉：《皇明四夷考》：
靖難初，首劫大寧兵及召兀良哈諸酋率部落從行有功，遂以大寧畀三衛，寧王移封南昌，徙行都司於保定為大寧都司。今三衛歲二貢，貢衛百人。
王世貞：《弇州史料前集》卷十八三衛志：
文皇從燕起靖難，使使以賂請，而兀良哈以騎來從戰有功，……文皇帝乃移王與其軍內地，而以其地畀兀良哈等，使仍為三衛，其官都督至指揮千百戶有差，約以為外藩，歲給牛具、種、布帛、酒食良厚。
嚴從簡：《殊域週諮錄》卷二十三：
靖難兵起，……盡拔大寧諸軍及兀良哈三衛胡騎，挾寧王入松亭關，趣援北平。永樂元年敕諭兀良哈部落曰：……今仍舊制。設大寧、福餘、朵顏三衛，俾爾等統處軍民，鎮守邊境……乃廢大寧鎮，空其地給賞三衛夷人，每歲朝貢以為東北外藩。
朱鷺：《建文書法擬》上：
建文元年十月，靖難兵以寧王權及大寧諸軍、兀良哈三衛胡騎入松亭關，趣援北平，大寧空。 (大寧既破……從官稍稍入城，陰結諸胡並思歸之士，瀕行寧王餞送郊外，伏兵擁寧王去，遂詔諸胡及護衛官校，皆從寧府畢發，而城為之空。其後，大寧棄與朵顏諸虜，而行都司遷保定。)
屠叔方：《建文朝野彙編》：
燕王靖難初，兀良哈騎兵先韃靼來助，遂棄大寧故地與之，以內邊為界。
談遷：《國榷》卷十七：
義旗初建，首下大寧，簡兀良哈三千騎為奇兵，立三千營，不忘其德，盡捐大寧地予之，割雄鎮以資伏莽。
此外，還有相當多的文章奏議均同此說。
在蒙古方面，記載此事的則有《蒙古黃金史綱》。
朱風、賈敬顏譯：《蒙古黃金史綱》：
永樂皇帝統帥自己少數護衛與山陽之六千兀者人，水濱之三萬女真人又黑城的漢人整兵來伐洪武皇帝之孫建文皇帝，捺銀印於頸而廢逐之。於是……永樂皇帝為君……號曰永樂大明。以擁立之功而賜與六千兀者人以三百大都。
這段話雖未確指以大寧地畀兀良哈之事，但卻有力地證明靖難時朱棣與兀良哈之間有過一筆政治交易。
日本和田清先生對以大寧畀三衛的說法表示懷疑。他認為此說是由於人們對建文帝的同情而將事實演義了。他說“三衛遠在北方的根據地，它既沒有被成祖收買的可能，也沒有脅從寧王的可能”。 “成祖不但沒有得到三衛的援助，反而曾為製馭三衛費盡心機”。而且成祖還說過“今滅此殘虜，惟守開平、興和、寧夏、甘肅、大寧、遼東，則邊境可以永遠無事矣”這樣的話。成祖棄大寧，有“徐圖他策”的打算。只因為他的死，重置大寧的志願才未得實現。
類似的說法在明朝時便已出現，或為和田清之說所本。陳仁錫在《皇明世法錄》中說：
論曰：三衛地界宣、遼，為薊門之肩背，自大寧失而宣遼隔絕，昔人有血脈雍滯，肩背拘孿之恨，豈不信哉！世多以文皇畀虜為口實，爰考永樂、宣德有剿捕之詔，有宣捷之敕，除惡務本，曷嘗不廑門庭之誠乎？且文皇帝嘗語大學士金幼孜曰：今守開平、興和、大寧，邊境可幸無事。當日無棄大寧之意甚明。大寧棄斯開平難守，開平棄斯古北可慮，胡馬雲擾，誰階之厲？初以三衛偵虜，亦略仿漢倚烏桓伺匈奴。或謂喜處之可因以為間，雖藩離失而耳目在，計非全拙。乃市賞無藝，至為東西虜攘臂掛藉，譬養鷹而絛紲去手，又如之奈何！
儘管陳仁錫做了這樣一番辯護，但仍不能否認大寧失於朱棣之手：“兀良哈從征有功，文廟嘉其績，秩以都督，寵以三衛，於是徙鎮入於薊南，而畀其地。”即以“養鷹而絛紲去手”而喻之，其中也不無批評之意，至少得以“不慎”、“決策失誤”歸咎之吧！勞堪則將大寧的丟失，歸於朱棣等過分相信兀良哈的“誠款”所致，“永樂宣德之間，但知兀良哈之誠款，開平之艱遠，東勝之丁口不立，甘心棄土，略不顧惜，非往事之恨乎？”明朝滅亡後，顧炎武曾到北京一帶考察山川利病，他同樣認為大寧是由于靖難而放棄。
不管怎樣，朱棣無法逃脫丟棄大寧的責任。
朱棣以塞王起家，對擁兵守塞的諸王的力量有深刻的認識，因而對之十分戒備。除燕王外，塞上之王以寧王朱權的勢力最大。同燕王一樣，寧王也有爭奪皇位的野心。朱棣做了皇帝，寧王就成了最危險的人物。寧王要求徙封內地，正中朱棣下懷。但寧王請蘇州、錢塘皆不獲准，終於徙封南昌。 《太宗實錄》載：
永樂元年二月己未，以大寧兵革之後，民物凋耗，改封寧王府於南昌。
三月壬午，改北平行都指揮使司為大寧都指揮使司，隸後軍都督府，設保定左、右、中、前、後五衛，隸大寧都司，調營所左屯衛於順義，右屯衛於薊州，中屯衛於平峪，前屯衛於香河，後屯衛於三河。設左、右、中、前、後五所，仍隸大寧都司。
如果不是有意放棄大寧，在內徙寧王之後完全可以保留原大寧都司衛所以戍守之，大寧都司遷於北京城南之保定，其衛所亦散置於北京周圍而於原大寧之地卻完全不設防，顯然是故意放棄大寧。與內徙寧王棄守大寧的同時，朱棣對兀良哈三衛則恩寵有加：
永樂元年五月乙未，敕兀良哈三衛官軍(按：三衛既已歸附，且從戰有功，故稱官軍)，人等曰：朕嗣位之初，已嘗詔喻爾眾，……但有來朝者，悉授以官，俾仍居本地，歲時貢獻，經商貿易，一從所便。前阿哥歹、那海帖木兒、納哈出來寇廣寧，守臣擒送至京。朕矜其遠人，且各有父母妻子之思，曲宥其死，就令尚都等送還並諭爾知之。
不僅授官互市，而且為寇者亦曲宥之。固然，朱棣懷柔遠人的政策是一貫的，問題在於，為什麼明知兀良哈之不可靠，卻還要從大寧撤防呢？朱棣第三次北征，以兀良哈“黨逆”，曾回師擊之，為什麼不因而恢復在大寧的防禦設置呢？和田氏說：朱棣“出師未捷而崩於榆木川，重置大寧之志未得酬現”。我想，以朱棣“五出漠北，三犁虜庭”之威，以南征交阯、遠出外洋之盛，是完全有能力恢復大寧的，不必臨死再為之嗟嘆。他可以遠出漠北，邊防線大大向北推移，因此用不著在大寧再設防，大概可以說朱棣就根本沒有“重置大寧之志”！
進而放眼看去，無論是明人陳仁錫等，還是日本人和田清氏，都忽略了一個前提，即朱棣是以普天下之主自居的。他自認為四海一家，無分內外，兀良哈與任何異族異類一樣都是他的臣民，對於那些殊方遠夷朱棣尚可不分彼此，厚往薄來，對於有功靖難的兀良哈格外眷顧就十分自然了。朱棣自己並不認為是放棄了大寧，因而也便無須有“重置大寧之志”。問題在於，朱棣的這一四海一家的宏偉構想，在國力強盛、君主有為之時尚可維持一定局面，而一旦國力削弱，主暗臣庸，非只“天下一家”不可能實現，就連近在咫尺的邊陲之地也難於控制了。歷史事實已經證明朱棣好大喜功，大而無當反不及朱元璋的穩紮穩打來得可靠。
在蒙古地區脫離中原政權的控制時期，大寧是明朝邊防的戰略要地。顧炎武說：“大寧居遵化之北一百里，沿山海以逮獨石，一牆之外皆其地。獨石、山海離京師皆七百里，與大寧正相等。國初建谷、寧、遼三王，與代朔若運雉，以屏藩東北，其為計深矣！”其時，大寧與宣府、遼東並列為第一道防線，朱元璋又命徐達西自古北，東至山海修關隘一道，為第二道防線。因此，控制大寧，對於製馭兀良哈、女真，遏止韃靼東進是十分重要的。
為了經營大寧，朱元璋曾花費一番苦心。洪武二十年，為了對付納哈出，朱元璋下令築大寧、寬河、會州，富國四城，並駐兵防守，隨之，設大寧都指揮使司及大寧中、左、右三衛，並以木榆、會州、新城等衛隸之。洪武二十四年，寧王就藩大寧，又增置衛所十餘處。朱元璋甚至在大寧衛設立儒學，教授武官子弟，設教授訓導，“仍選識達達字者教習達達書”，並“頒經書，以廣文教”。這些，在朱棣下令拔大寧於保定後，全被取消了，大寧“遂為空城”。朱元璋的心血，被朱棣做皇帝的野心和大而無當的規劃淹沒了。
兀良哈三衛設於洪武二十二年，而“久之皆叛去”。靖難之役後，朱棣雖加意攏絡，“欲使受國恩，永為外藩，共享太平之盛”。但兀良哈三衛“當成祖之世已煩駕馭”，不時剽掠邊地屯堡，甚至與本雅失里合謀寇邊。因此，放大寧雖貽患後世，但永樂年間就已顯出禍端。
大寧之棄，使遼東到宣府的防禦線被切斷了。而且，大寧既棄，開原逼塞不可居，不得不將韓王朱松改封平涼。再加上東勝諸衛遷於內地，開平遷於獨石，北邊第一道防線完全崩潰，只有靠近北京的第二道防線可守。自是“諸夷列我險阻，闖我門庭，要我官員，殘我吏民”，“畿輔之間騷然多事矣”。永樂以後的邊患，不少與兀良哈有關，加之國都遷於北京，其威脅益顯嚴重。後人對此批評甚多！
正統己巳，嘉靖庚戌，諸敵犯內，皆從此(指大寧)至，則(兀良哈)陽順陰逆，亦臥榻鼾睡故也。
泰宁、福餘常與東虜合，而朵顏常與西虜合。弱則乞賞，強則要挾。少則鼠竊狗偷，眾則稱兵入犯。或聯姻於西虜而藉其勢，或鄉導於東虜而假其聲……使我薊邊疲於奔命，此賊寔為之耳。
明朝許多有識之士，看到這種局面潛伏著更大的危險，有練兵振武之謀，有恢復大寧之議。大學士丘濬指出：“京師東北藩離單薄之甚，異時卒有外患，未必不出於此。”明末東北邊警頻仍，完全證明了丘濬的這一預見。
此外，在內遷遼王的同時，朱棣又將谷王從宣府、遼王從廣寧內遷。塞王內遷，固然解除了諸王對皇位可能構成的威脅，但也大大削弱了北邊的防衛力量。這樣，就形成了國都靠近前線，天子坐鎮守邊的局面。儘管朱棣雄心勃勃，長驅遠駕，揚威塞外，但留給後世的卻是北部邊防退縮的格局。
朱棣的措置失當留於後世，極大地影響了明朝政權的穩固。明末清初，不少人追究明朝滅亡的責任，都不免要歸罪於朱棣。傅維鱗說：“太宗定鼎幽燕，居外馭內，南面以臨海宇。獨迫在邊陲，則守禦為艱。然而大寧之內徙三衛之外向，獨石之孤懸，東勝之淪沒，撫今追昔，寧無嘆慨！而況於數千里嚴疆，一旦波沉陸海，則明季邊臣之偷玩，有不忍言者。而跡其始境，寧不罪有所歸哉！”讓朱棣承擔一定罪責是不冤枉的。