雖然，在朱元璋的懷柔政策下，有不少蒙古官民歸順了明朝，甚至在官僚隊伍中有韃官，軍隊中有韃軍；雖然由於明軍的打擊，由於蒙古內部的紛爭，蒙古勢力有所削弱，但從整體上說，蒙古韃靼、瓦剌、兀良哈三部並未正式置於明朝的統治之下。明人說：“成祖以武定天下，欲威制萬方。”對於不肯歸順的蒙古勢力是不會置之不問的。但是，朱棣即位之初，百廢待舉，而處於紛爭中的蒙古各部，一時也還難以給明朝構成威脅，因而，朱棣對蒙古的政策在永樂初期是以懷柔為主，以防守為主，即所謂“來者不拒，去則不追”。凡來歸附的，均以禮接納，不願歸或歸而復叛者，也不強求。
洪武三十五年(建文四年，1402年)十二月“有邊地降虜叛去者，寧夏總兵官左都督何福“請舉兵追之”。朱棣說，“但今朝廷大體，當以誠待之。春秋馭夷之道，來者不拒，去則不追。蓋彼之來，既無益於我，則其去也亦何足置意！況其同類頗眾，其間必有相與為親戚者，今若以兵討叛，其未叛者亦將置疑。不若姑聽其去，但嚴兵備、固疆圉，養威觀釁，順天行事。如造次輕舉，後悔無及。 ”
對於邊外用兵，朱棣還舉漢武帝以為戒。他說：“漢武帝窮兵黷武以事夷狄，漢家全盛之力遂至凋耗。當時雖得善馬，豈足償中國萬一之費？朕今休息天下，惟望時和歲豐，百姓安寧。至於外夷，但思有以備之，必不肯自我擾之以罷弊生民。”
可見，這時朱棣對於邊外用兵十分謹慎，他的這種決策，顯然受到實力的製約。
既然一時還不能臣服韃靼、瓦剌諸部，那麼，只有先求與之通好。朱棣一即位便遣使赴和林敕諭諸部酋長。永樂元年(1403年)蒙古諸部推奉鬼力赤為可汗。朱棣又遣使致意，諭之曰：“比聞北地推奉可汗正位，特差指揮朵兒只恍惚等齎織金文綺四端，往致朕意。今天下大定，薄海內外皆來朝貢。可汗能遣使往來通好，同為一家，使邊城萬里烽堠無警，彼此熙然，共享太平之福，豈不美哉！”
這位鬼力赤可汗，對於已經分裂的蒙古，並不能做到實際的控制，特別是無法控制西部蒙古的瓦剌部。朱棣承認鬼力赤在全蒙古的統治權，也是限於力量無法向北伸延。但朱棣並不是不想對蒙古進行控制，他在永樂二年便向瓦剌等地派出使節，爭取不戰而屈之。其諭瓦剌頭目馬哈木、太平、把禿孛羅及和林等處頭目說：“朕承天命，主宰生民，惟體天心為治，海內海外，一視同仁。今天下底定，四方萬國無不來廷，皆已厚加撫綏，勸忻感戴。惟迤北諸部猶觀望進退，出沒邊境，未有歸誠。今遣指揮完者先那海、百戶亦剌思等往諭朕意。夫天下一統，華夷一家，何有彼此之間？爾其遣人往來相好，朕即授以官賞，今還本地射獵畜牧，安生樂業，永享太平之福。”
我們對比永樂元年和永樂二年的兩通敕書，便會發現其中的矛盾。朱棣既然承認鬼力赤為蒙古可汗，要求通好，便不該再遣使瓦剌頭目及和林等處頭目，望其歸誠；反之，要求瓦剌頭目及和林等處頭目歸誠明廷，便是對其可汗的不友好。朱棣推行如此矛盾的政策，正反映了他的尷尬處境與矛盾心態。他希望統治全蒙古，做個主宰華夷的君主，但沒有力量；他遣使蒙古可汗鬼力赤要求通好，但不真誠，因為他有臣服蒙古之心。這種矛盾的政策使他無法處理好與鬼力赤的關係，鬼力赤等人對朱棣的心計看得一清二楚。另外，可以斷定，朱棣一旦認為自己的力量強大到足以臣服蒙古，便會拋棄這種矛盾的政策。
朱棣一再遣使鬼力赤，但鬼力赤非但無所表示，反而一再傳言鬼力赤有寇邊的意圖。朱棣對此十分警覺。永樂三年五月庚申，韃靼頭目察罕達魯花遣人歸附明朝，使人言，鬼力赤見在卜魯屯之地。朱棣聯想到不久前山西地方曾報告說云內及天城小尖山有火，因而料定“此必鬼力赤遣人覘我邊也”。他敕諭迤北巡哨武城侯王聰、同安侯火真曰：“爾等可遣精驕密偵其動靜，若來寇開平，即設伏出奇擊之。”朱棣一再通過各種途徑了解蒙古的動靜，並令緣邊兵馬加緊備禦。永樂四年二月丙子，朱棣以書諭趙王朱高燧：“小旗孫成自虜中逸歸，見鬼力赤阿魯台也孫台向東南行。其來寇掠邊境，亦未可知。爾速遣人馳報武安侯鄭亨等，令堅壁清野以待。自黑峪、車坊至魚台領隘口，可塞者塞之，不可塞則鑿深壕以斷其路，仍督兵屯田，且守且耕，寇來則相機用事。爾居守北京，一切邊務皆當究心。”他同時還諭武城侯王聰、同安侯火真率將士往興和同武安侯鄭亨備禦，敕諭甘肅總兵官西寧侯宋晟“訓練士馬，堅固城池以俟，無為虜所乘”。
永樂四年三月辛丑，朱棣派遣指揮哈先、千戶火兒忽答恍惚兒阿忽來齎書再諭韃靼可汗鬼力赤，其口氣已較前大為強硬。
聯嗣天位撫天下，體天心以為治，惟欲萬方有生之眾咸得其所。今海內海外萬國之人番已臣順，安享太平。嘗遣使致書可汗，謂宜通好往來，安為一家，而可汗不晤，拘我使臣掠我邊境，自阻聲教之外。夫天之所興，孰能達之；天之所廢，孰能舉之？昔者天命宋主天下，歷十馀世，天厭其德，命元世祖皇帝代之。元數世之後，天又厭之，命我太祖皇帝君主天下。此皆天命，豈人力之所能也！不然，元之後世自愛猷識里達剌北徙以來至今，可汗更七主矣，土地人民曾有增益毫末者否？古稱順天者昌，逆天者亡，況而之眾甲胄不離身，弓刀不釋手，東遷西徙，老者不得終其年，少者不得安其居，今數十年矣。是皆何罪也哉！可汗聰明特達，宜敬天命，恤民窮，還前所遣使者及掠去邊境之人，相與和好，且用寧息爾眾，同享大平之福，顧不偉哉！若果負倔犟之性，天命之窮有所不顧，必欲以兵一較勝負，朕亦不得獨已。中國士馬精強，長驅迅掃之勢，恐非可汗能支也。可汗其審度而行之。文綺二表裡往致朕意。
永樂五年十月壬辰，朱棣再次致書諭鬼力赤：“前遣使致書可汗，本朝通好，共享太平乃拘留信臣不報，今再遣百戶早花等審求其故。禍福之機，天有顯道，惟可汗省之。”然此次致書仍不獲報。
這時，蒙古韃靼、瓦剌之間攻殺不已。可汗鬼力赤實際在韃靼頭目阿魯台的控制之下，被當作號召蒙古各部的工具。但因鬼力赤“非元種”。 “其臣不肯下”。
與此同時，元裔本雅失裡的勢力卻在興起。本雅失裡又名完者禿，流亡於帖木兒帝國，居撒馬兒罕之地。蒙古兀良哈部來朝者向明廷報告說本雅失裡欲率其卒合別失八里之眾南掠。雖然別失八里遠在西北，且據說本雅失裡部屬不過百人，但以其元裔的身份，必有相當的號召力，朱棣絕不能掉以輕心。又有消息說蒙古將遣人“迎立之”。於是，他於永樂六年正月甲子派遣太監王安往別失八里，潛察其所向，同時敕令甘肅總兵官何福等遣人往哈密以買馬為名而覘本雅失裡動靜。三月辛酉，朱棣又遣使齎書諭本雅失裡，勸其勿做非份之想。
鴻臚寺丞劉帖木兒不花等回，知爾自撒馬兒罕脫身居別失八里，今鬼力赤等迎爾北行。以朕計之，鬼力赤與也孫台文結肺腑之親，相依為固，今未必能■親就疏矣，況乎握重兵！雖或其下有附爾者，亦安敢與之異志？今爾與鬼力赤勢不兩立矣！夫元運既訖，自順帝之後傳愛由識里達臘至坤帖木兒，六輩相代瞬息之間，且未聞一人遂善終者。此亦可以驗天道。然則，爾之保身誠不易也。去就之道正宜詳察善處。古之有天下者，皆於前代帝王子孫封以爵土，俾承宗祀，如周封舜之後胡公滿於陳，封夏之後東樓公於杞，封商之後箕子於朝鮮，微子於宋。漢唐宋亦皆封前代之後。我皇考太祖高皇帝於元氏子孫存卹保金尤所加厚，有來歸者皆令北還，如遣妥古思帖木兒還，後為可汗統率其眾，承其宗祀，此南北之人所共知也。今朕之心即皇考與前古帝王之心，爾元氏宗嫡，當奉世祀，吉凶二途，宜審思之。如能幡然來歸，加以封爵，厚以賜齎。俾於近塞擇善地以居，惟爾所欲。若為下人所惑，圖擁立之虛名，雖禍機在前有不暇顧，亦惟爾所欲。朕愛人之誠同於皦日，今再遣劉帖木兒不花等諭意，並賜織金文綺衣二襲，彩幣四端，爾其審之。
朱棣的一紙詔書自然沒能阻止本雅失里東來，權位的誘惑力是至為強大的。但有一點則被朱棣說中了，鬼力赤必與本雅失裡勢不兩立，而首先受害的竟是鬼力赤。永樂六年十二月，傳來蒙古迎立本雅失裡戕殺鬼力赤的消息。鬼力赤的被戕殺，也許不都因為他“非元種”，有傳說“鬼力赤欲歸附而未決”是否與其被戕殺有關，亦未可知。
本雅失裡雄心勃勃，甚至要恢復大元帝國。朱棣被迫接受了本雅失裡被立為可汗這一現實。永樂七年三月，朱棣派都指揮金塔卜歹和給事中郭驥出使韃靼，郭驥曾出使帖木兒汗國很可能與本雅失里相識，朱棣在信中說：
邊將得爾部下完者貼木兒等二十二人來，其言眾已推立爾為可汗，爾欲遣使南來通好，朕心甚喜。今遣都指揮金塔卜歹、給事中郭驥等齎書諭意。可汗誠能上順天心，下察人事，使命往來，相與和好，朕主中國，可汗主沙漠，彼此永遠相安於無事，豈不美哉！彩幣大表裡用致朕意，完者帖木兒等朕念其有父母妻子，均給賞賜令使臣送歸，可體朕至意。
朱棣在詔書中表示無意臣服本雅失裡，願意與其平起平坐。他送還了邊將所得之二十二人，對其臣阿魯台等也都有賜齎，真可以說是至為誠懇了。
然而，事實並不像朱棣信中說的這樣簡單、美好。朱棣在爭取通好本雅失裡的同時，仍然在與蒙古瓦剌部頻繁聯絡，朱棣於永樂六年十月丙子接待了瓦剌馬哈木等的使節，並於七年五月封瓦剌馬哈木為特進金紫光祿大夫順寧主。太平為賢義王，把禿孛羅為安樂王，並給賜印誥。既然稱本雅失里為可汗，又相約“可汗主沙漠”，為什麼又封其臣馬哈本等為王？且本雅失裡既為元裔，自以乃祖乃兄繼承者自居，其志焉得囿於沙漠？本雅失裡心中十分清楚朱棣的誠意有多大。他絕不會接受朱棣為他劃定的範圍的。而且，迎立本雅失裡的主要是韃靼頭目，瓦剌與之勢不兩立，朱棣封瓦剌頭目為王，只能會給韃靼頭目帶來反感。果然，本雅失裡等拒絕了朱棣的要求，永樂七年六月辛未，百戶李咬住及韃靼伯蘭等從漠北帶來了給事中郭驥被殺的消息。其時，本雅失里阿魯台為瓦剌所敗，居於臚朐河，“欲驅敗散之卒，掩襲兀良哈諸衛，遂襲邊境”。朱棣無法忍受如此的侮辱，怒曰：“朕以至誠待之，遣使還其部屬，乃執殺使臣，欲肆剽掠，敢肆志如是耶？逆命者必殲除之耳！”他決心用武力剷除逆命之寇。
朱棣對蒙古的政策從此發生一大變化，從“去則不追”變為“逆命必殺”。從此，他為殲除“逆命”之寇耗盡了精力，一直到死於北征蒙古的歸途。
從表面看來，朱棣是在一再忍讓，求和不成才怒而決定用武的，實際上，朱棣對蒙古政策的變化還有更深刻的內在原因。首先，明朝國內的形勢已遠非朱棣即位時可比了，政治反抗已經大體平息，社會秩序已經穩定，另外安南的戰爭從永樂四年開始至永樂五年告一段落，明廷在安南設置了郡縣，篡殺逆命的黎季犁、黎蒼等已獻俘京師。朱棣已經可以騰出力量把目光投向北方。朱棣說“逆命者必殲除之”的話是在永樂七年六月，而在這一年的三月朱棣已經從南京來到北京。難道朱棣此次北行只是為了巡幸他的龍飛之地嗎？他是否對在北邊用兵早有成算呢，且本和田清先生說：“在這期間，四月，所以派郭驥等出使蒙古，如果不是為了冀求萬一僥倖詔撫收效，也只是為了獲得出兵的藉口。”是肯定朱棣早已有了出兵的決定的，但這方面的證據還不足。然而，我們從朱棣的北巡、營山陵、封瓦剌馬哈木等為王，以及赦免曾助其靖難的將士及北京人民之罪這些事來看，朱棣確已用更多的精力注意北邊的工作，可以說，朱棣用兵蒙古從而使之臣服也是久有醞釀的。
永樂七年七月，朱棣以淇國公丘福為徵虜大將軍，率師十萬徵韃靼。八月，丘福敗績臚朐河，全軍覆沒，《明實錄》等書多以為丘福指揮失誤，並說丘福辭行時，朱棣曾授以方略，丘福臨陣背棄朱棣所囑云云。這顯係為朱棣開脫之辭，明軍失敗的根本原因在於朱棣的輕敵。朱棣在郭驥被殺以後僅一個月，便命十萬之師倉卒遠征，準備不足是顯然的。當時海內大定，經濟已經得到恢復，明軍又在安南取得新勝，朱棣方在志得意滿之時，又過低估計了韃靼“殘虜”的力量。他的這種情緒，很可能也傳染了丘福。清初史學家談遷說：“本雅失里之初，眾心未附，降胡接踵。謂垂敗之虜，尺組可縛。故淇公揮劍無前，滅此朝食。迨警塵沸天，捐十萬之甲以填臚朐，猶未塞也。嗟呼，蜂蠆有毒，況冒頓之馀腥乎，上(朱棣)在潛邸，數出塞北，自後陰山斷牧者十馀年。兵有時而變，不得以前事為準也。”朱棣錯誤地估計了形勢，對這次失敗是要負責任的。
朱棣志得意滿，方欲用“四夷來朝”、“天下一家”來誇耀於國人，然而遣使被殺，命將敗績，“逆命者”仍然逍遙漠北。高傲的大明皇帝無法忍受如此巨大的恥辱，絕不能讓潛在的政治反對派在暗中窺笑。為了保住尊嚴，只有一種選擇，親征，而且必須取勝！