洪武三十一年閏五月辛卯，皇太孫朱允炆根據太祖朱元璋的遺詔即皇帝位。即位詔書寫道：
天降下民，作之君。我皇太祖高皇帝受天明命，統有萬邦，宵衣旰食，弘濟民囏，凡事有益於天下者，無所不用其心。政教休明，規模宏遠。朕以眇躬纂承大統，恭依遺詔，於洪武三十一年閏五月十六日即皇帝位。夙夜祗懼，思所以克相上帝，以無忝皇祖之大命，永惟寬猛之宜，誕布維新之政。其以明年為建文元年，大赦天下。於戲！德惟善政，政在養民，當遵先聖之言，期致雍熙之盛。百弼卿士，體朕至懷。
這就是明朝的第二位皇帝建文帝。
同一天，安葬朱元璋於孝陵。他被諡以高皇帝，廟號稱太祖。守成之主彷彿都是受命於危難的。老皇帝的死像沉重的愁雲，壓在紫禁城上。那些未能醫好朱元璋病的醫官除一個外都被朱允炆殺了。建文帝下詔行三年喪。群臣請求以日易月。建文帝說：“朕非效古人亮陰不言也。朝則麻冕裳，退則齊衰杖絰，食則羶粥。郊社宗廟如常儀。”他讓禮部製定治喪的禮儀。結果決定，京官聞喪的第二天，身著孝服，頭戴烏紗帽，系黑角帶，赴內府聽遺詔。京官一律在本署齋宿，朝晡詣幾筵哭。越三日成服，朝晡哭臨，一直到下葬而止。自成服後始二十七天之後服除。命婦要身著孝服去掉首飾從西華門進入宮內哭臨。諸王、世子、王妃、郡主、內使、宮人都要斬衰三年，二十七日服除。同時派行人頒遺詔於天下。在外百官，詔書到日素服、烏紗帽、黑角帶，四拜，聽宣遺詔，然後舉哀再四拜，三日成服，每日設香案哭臨，三日除。另外還要分別遣官到京致祭，祭物由禮部置備。
這時建文帝所倚重的有兩人，一是齊泰，一是黃子澄。
齊泰，溧水人，原名德。在洪武十七年舉應天鄉試第一，第二年成了進士，曾任禮部和兵部的主事。朱元璋以九年無過之臣陪祀，齊德被選中，賜名為泰。洪武二十八年從兵部郎中擢升為左侍郎。朱元璋曾經向他問詢邊將姓名，齊泰歷數無遺。又問各種圖籍，泰則從袖中拿出一本手冊請朱元璋覽閱，手冊所載簡要詳密，朱元璋大為驚奇。朱允炆做皇太孫時，很尊敬齊泰。朱允炆做了皇帝，便讓他與黃子澄同參國政，不久提拔他做了兵部尚書。
黃子澄，名湜，分宜人。洪武十八年癸亥貢入太學，明年京闈鄉試第二，乙丑會試第一，進士及第第三，先任翰林院編修，升為修撰。後兼春坊官，在東宮伴讀。朱允炆即位，提升他做太常寺卿，讓他與齊泰同參軍國重事。
另一名重要的謀臣，便是方孝孺。方孝孺，字希直，一字希古，寧海人。少年從學於宋濂，以明王道致太平為己任。以舉止端莊為朱允炆所重。蜀獻王聘其為世子師。建文帝即位召他為翰林侍講，第二年提拔為侍講學士，凡國家大政，都要向他諮詢。
這些人輔佐朱允炆，頗想有一番作為，企圖對明朝政治有所更張。
朱允炆即位不久，朝廷便連連下詔：下令文臣五品以上及州縣官推薦人才；下令省并州縣，革黜冗員；下令赦死罪、寬刑獄、蠲逋祖，賑災荒；下令天下軍戶單丁者放為民；下令天下直言，並舉山林才德之士。這年底，又下令賜明年田祖之半，釋放黥軍民囚徒還鄉里。新政於是次第展開。
朱元璋在遺詔中稱朱允炆“仁明孝友”，並非虛誇。他自幼聰穎好學，秉性純孝，很得朱元璋喜愛。洪武二十三年朱允炆十四歲，他父親皇太子身上長了個大■子，疼痛起來呼天搶地，十分痛苦。他侍候在身邊，含淚撫摩，晝夜不離。朱元璋看到這個情況，感動地說：“有子孫如此，朕復何憂？”兩年多以後，太子又得了重病，朱允炆侍病曲盡了苦心。不久，太子死了，儘管他十分悲痛，還是事事不逾禮制。居喪期間，允炆搞得形銷骨立。朱元璋很是心疼，安慰他說：“毀不失性，禮也。爾誠純孝，獨不念朕乎？”這時，他已經五天沒吃沒喝了。聽了朱元璋的話才吃了一點粥。他又提出要為太子服喪三年，太祖也不同意。但在三年內，他笑不露齒，不飲酒吃肉，不舉樂，不禦內。有人勸他，他說：“服可例除，情須自致。”這時他的三個弟弟都還年幼。他親自撫育他們。白天一塊吃飯，晚上一同睡覺。朱元璋對此十分滿意。有一天他來到了允炆的寢宮，兄弟四人都在，朱元璋便隨口說出兄弟相懷本一身，允炆對道：“祖孫繼世宜同德。”得到了朱元璋大大夸獎。
洪武二十九年九月，朱允炆被立為皇太孫後，朱元璋便常常將軍國大事交給他裁決，一方面由於朱元璋年事已高，政務繁重，同時也想讓他練習政事。原來在太子在處理章奏時，就常常出於仁厚對刑獄多有減省。皇太孫仍然如此，當時朱元璋行嚴酷之政，朱允炆則濟以寬大。他曾經遍考禮經，參考歷朝的刑法志，將洪武名例律改定七十三條。朱元璋十分高興。他說：“吾當亂世，刑不得不重。汝為治世，刑不得不輕。所謂世輕世重也。”朱元璋臨死前不久，因有病常常暴怒，許多人因此遭到遣戮。朱允炆總是和顏悅色地侍候他。吃藥要親自嘗，如廁則親扶起，唾壺溺器都親手提獻。夜里大家都睡了，朱元璋叫允炆卻呼無不應，應無不起，常常是一夜一夜地不睡覺。這樣，朱元璋的心情也稍稍好些；因此許多獲罪的人得了救。朱允炆的這些品性道德，很得遠近的讚頌。
但是仁厚與柔弱往往相連。朱元璋對此也不是沒有擔心，特別是他有著那麼多強悍的叔父。據說朱允炆生來臚骨稍偏，朱元璋因此常常叫他“半邊月兒”。一天夜晚，明月初升，有如一支銀鉤在雲間穿行，朱元璋正在讀書，恰巧讀到宋太祖詠月的詩。詩有“未離海底千山暗，才到天中萬國明”這樣的句子，很得朱元璋的讚賞。這時太子和朱允炆都在身邊，他想看看他們的才學，便指著天上的新月，讓他們以新月為題賦詩。
太子賦道：
昨夜延陵失釣鉤，何人移上碧雲頭？
雖然不得團圓象，也有清光照九州。
朱允炆賦道：
誰將玉指甲，搯破碧天痕，
影落江湖里，魚龍不敢吞。
雖然他們才思敏捷，但朱元璋對他們的詩都覺得不滿意，既缺少蓬勃的活力，又沒有帝王氣象，特別是“不得團圓”、“影落江湖”更是不吉利，因而慘然不樂。
相反，燕王的氣質在吟詩作賦上，也反映出與他們的不同。一次，朱元璋出句，讓子孫們屬對。朱元璋說出上聯“風吹馬尾千條線”，朱允炆對道“雨打羊毛一片氈”。對雖工整，但仍是柔弱無力。而朱棣在一旁則對出了“日照龍鱗萬點金”這樣氣概非凡的句子。朱元璋不免為朱允炆暗暗擔心。
然而，這樣一個仁柔的皇帝，面對強藩，為形勢所迫，不得不在一即位就把鞏固自己的地位提到日程上來。大臣們也一再提出這個問題。
首先是朱允炆向黃子澄提起。他說：
“先生憶昔東角門之言乎？”
“不敢忘。”黃子澄回答。
於是黃子澄與齊泰便開始策劃削藩。
這時，戶部侍郎卓敬也提出了削藩的建議。他說：“燕王智慮絕人，雄才大略，酷類先帝。北平形勝地，士馬精強，金元所由興。今宜徙封南昌，萬一有變，亦易控制。夫將萌而未動者，幾也；量時而可為者，勢也。勢非至剛莫能斷，幾非至明莫能察。”建文覽疏大驚，連忙將它裝入袖中，退回后宮。第二天，建文帝召見卓敬，問他這件事，卓敬說：“臣所言天下至計，願陛下察之。”朱允炆以為，削藩乃軍國機密，尚在謀議之中，絕不能為外人道。卓敬雖為戶部侍郎，但未令參與其事。再者，當時燕王雄踞北方，勢力已成，徙封於南昌也並非輕而易舉之事，而且齊黃諸人已有成算，因而沒有採納卓敬的建議。
此外還有高巍等人都提出了對宗藩的不同處理辦法。
高巍，山西遼州人，在洪武時為表彰他的孝行，曾命他以太學生試職為前軍都督府左斷事。曾對施政提過一些好的意見。後因斷事不稱旨處以遣戍，特旨許弟程代役。建文帝即位，高巍請求還鄉。不久遼州知州又應詔向朝廷推舉他，他因此赴吏部尚書言事，提出他的對宗藩處理的方案。他說：
高皇帝分封諸王，比之古制，既皆過當，諸王又率多驕逸不法，逆犯朝制。不削，朝廷綱紀不立，削之，則傷親親之恩。賈誼曰：“欲天下治安，莫如眾建諸侯而少其力。”今盍師其意，勿行晁錯削奪之謀，而效主父偃推恩之策。在北諸王，子弟分封於南；在南，子弟分封於北。如此則藩王之權，不削而自削矣。臣又願益隆親親之禮。歲時伏臘使人■問。賢者下詔褒賞之。驕逸不法者，初犯容之，再犯教之，三犯不改，則告大廟廢處之。豈有不順服者哉！
這的確是個很好的建議。建文帝雖然表示讚揚，但似乎無意施行。大概他過分相信齊黃的“大小強弱勢不同，而順逆之理異也”之類的話了。
雖然他們提出的對付諸王的辦法不盡相同，但有一點是共同的，那就是他們都看到了強藩給朝廷造成的危險。
削藩怎樣下手？齊泰主張先對燕王開刀。燕王除掉，其他藩王則不在話下了。黃子澄不同意這樣辦，因為燕府的反跡不明。他主張先削除週、齊、湘、代諸王。這幾個親王，在朱元璋時，就多有不法劣跡，“削之有名。”另外，要問罪則應該是從周王下手。因為周王與燕王同母所生，削了周王就是剪了燕王的手足。從理論上說，這未嘗不是一個穩妥的辦法。事情就這樣定下來了。
周王朱■也有異謀。週府長史王翰曾幾次向周王進諫，周王都不聽。王翰眼看禍要及身，便裝瘋逃走了。然而周王的次子汝南王朱有■向朝廷揭發了周王的不軌行為。這正好給朝廷提供了一個機會。朱允炆派曹國公李景隆率師北上備邊，在路經開封時，猝然包圍了周王府。周王被廢為庶人，流放到雲南蒙化，據說當時“妻子異處，穴牆以通飲食，備極困辱”。他的兒子們也都被分別遷往邊遠外地。這事發生在八月，即朱允炆即帝位的第三個月中。後來周王又被詔，禁錮在京師。
六月的北平城酷暑難當，但燕府的重簷下卻涼風習習。自從朱元璋死並用遺詔制止諸王南下奔喪起，朱棣就已經感到不妙了。他渴望權力，想據有皇帝的寶座，但能否達到目的，他沒有把握。他有勇氣，有軍隊，但現在馬上起兵，似乎還不夠成熟。這不僅自己準備不足，同時也不知道朝廷對他到底有怎樣的對策，冒然出師，師出無名，會被指為叛臣賊子的。況且，朱元璋死時，燕王世子朱高熾、第二子朱高煦、第三子朱高燧因朱元璋的喪事都在南京，一旦興師，這些人便會被扣留成為人質。朱棣焦慮不安，心情鬱鬱。不過正好是在居喪期間，樂得說是因為過分悲痛而憂悒成疾。這樣在別人看來，也不失為孝子了。他密切注視著朝廷的動靜，等待著時機。周王被廢，朱棣曾為之震動，朝廷終於下手了。危險就在眼前，然而機會不也就在眼前嗎？大概是為了震懾燕王或讓燕王知罪吧，朱允炆勒令燕王朱棣議定周王之罪。他接到朝廷的詔書，知道這就要輪到自己了，一時不知如何作答。他明白，無論怎樣作答都不會取得朝廷的諒解。但他還是回答了。他希望為周王洗刷罪名。至少是讓人覺得可憐，博得一點同情。他回答說：“若周王所為，形跡暖昧，念一宗室親親，無以猜嫌，輒加重譴，恐害骨肉之恩，有傷日月之明。如其顯著，有跡可驗，則祖訓俱在。”看其前半，用詞極為柔軟，幾近於哀求，觀其末尾，援引《祖訓》則柔中帶剛，顯懷不滿。
建文元年四月，湘王朱柏被廢。有人告湘王朱柏，說他偽造寶鈔，無故殺人。朱允炆派使者到荊州去質詢，且以兵相迫。湘王朱柏害怕，一時無以自明，朱柏說：“吾聞前代大臣下吏，多自引決，身高皇帝子，南面為王，豈能辱僕隸手求生活乎？”便闔宮自焚了。據說朱柏喜歡研究學問，讀書每至夜分。又喜談兵事，膂力過人，善弓矢刀槊，馳馬若飛，尤善道家宮，自號紫虛子。接著，代王朱桂被廢為庶人，幽禁於大同，齊王朱■被廢為庶人囚於京師。到六月，西平侯沐晟奏報岷王有過，於是又將岷王朱楩廢為庶人，遷往漳州。這樣，在一年時間裡，有五位親王先後被廢，真可謂迅雷不及掩耳了。
不料，朱允炆讀到燕王上書後，一時頗為難過，“恐害骨肉之恩，有傷日月之明”云云，深中其仁柔之心。他正考慮如此削藩還是否要進行。另外，這時朝中對削藩也出現了反對的意見。比如禮部左侍郎兼翰林學士董倫就一再懇請“親睦宗人”。於是朱允炆打算停止削藩。齊泰與黃子澄據理力爭，反對停止削藩。但仍無結果。二人怏怏地離開皇宮，齊泰對黃子澄說：“今事勢如此，安可不斷。”他們都認為削藩的進程已經開始，如果現在停下來，結果就會是“當斷不斷，反受其亂”。他們甚至認為建文帝不過是“婦人之仁”。第二天他們又進宮勸說朱允炆。黃子澄說：“今所慮者，獨燕王耳，宜因其稱病襲之。”朱允炆仍在猶豫，他說：“朕即位未久，連削諸王，若又削燕，何以自解於天下？”黃子澄說：“先人者制人，毋為人制。”朱允炆又說：“燕王智勇善用兵，雖病，恐猝難圖。”齊泰曰：“今胡寇來放火，但以防邊為名，發軍往戍開平，護衛精銳悉調出塞，去其羽翼，無能為矣。不乘此時，恐後有噬臍之悔。”於是他們採取了逐漸削弱燕王勢力的辦法。早在去年十一月，他們就安排了工部侍郎張昺做北平布政使，謝貴、張信掌握北平都指揮使司，他們接受朝廷的秘密命令，監視燕王的行動。這時，以北部邊防不靖為名，派都督宋忠調緣邊官軍三萬屯駐開平，就此將燕府的護衛軍的精壯選調到宋忠麾下帶出塞外，以斬斷燕王的羽翼。同時召燕府護衛胡騎指揮關童等進京，以削弱燕王的力量。另外又調北平永清左、右衛官軍分駐彰德、順德，命都督徐凱赴臨清練兵，耿■赴山海關練兵以箝制北平。
這些軍事部署都出於齊泰、黃子澄的謀劃。它對於削弱燕王的力量，防止它的造反未嘗不是有力的。
軍隊已經部署到朱棣的家門口了，他是不會甘心束手就擒的，他之所以還遲遲沒有反應，實在是擔心在京師(今南京)的三個兒子會遭不測，這三個孩子是在朱元璋小祥時赴京弔唁的。當時有人勸朱棣不能讓他們一起走，朱棣說，這樣可使朝廷不懷疑我。但朱高熾他們走後，朱棣又十分懊悔，這時憂慮更甚了。他聲稱自己病得厲害，請求朝廷將他的兒子放回北平。這幾個人本來可以用來做挾制燕王的手段，特別是已經在進行對付燕王軍事行動準備的時候，更不應有所顧忌。因此齊泰主張不如就此將他們扣留，朱高熾等三兄弟都是魏國公徐輝祖的外甥。輝祖與燕王妃是同母兄妹。輝祖也覺察出高煦有異志，說：“三甥中獨高煦勇悍無賴，非但不忠，且叛父，他日必為大患。”但輝祖的弟弟徐增壽和駙馬王寧都庇護他。然而黃子澄也說：“不可，恐事覺，彼先發有名，且得為備，莫若遣歸，使坦懷無疑也。”他們想乘燕王不備，襲而取之！其實，這是故作聰明。軍隊已經逼到人家眼前，還說什麼讓彼不疑！燕王面對朝廷的舉措早已在防備突然事件的發生了，而且，即使朝廷不動，燕王也是要起事的。他們剛將人放走，馬上又後悔了，派人去追又沒追上，也只好如此了。放還朱高熾等於解除了燕王的後顧之憂。朱棣大喜，說：“吾父子復得相聚，天讚我也。”事不宜遲，燕王決定起事。
燕府的準備活動很快就被發現了，除張昺等時時在監視燕府外，燕府遣長史葛誠入京奏事，朱允炆也向他了解燕府的動靜，葛誠都坦白地告訴了朱允炆。朱允炆仍將其遣還北平，以為內應。另外，魏國公徐輝祖與燕王妃是同母兄妹。他常常將燕府的內情向朝廷報告。六月乙酉，燕山護衛百戶倪諒報告燕府官校於諒週鐸參與陰謀，朝廷將於諒、週鐸逮捕，處以死刑，同時又下詔斥責燕王，派中官逮捕王府家屬，密令謝貴、張昺對付朱棣，而以長史葛誠、指揮盧振為內應，另外派北平都指揮張信捉拿朱棣。朱棣這時真成了籠中鳥，唾手可得了。