七月，伴隨蘆溝橋事變，抗日戰爭爆發。
九月，告別湛山寺諸僧，乘船返回上海。弘一大師抵滬後，會晤摯友夏尊，並合影留念，又與夏尊、豐子愷、錢君等人在覺林蔬食處共進午餐。三天后，不顧友人之苦苦勸阻，毅然返回面臨戰火威脅的廈門，同行者有傳貫、圓拙法師以及由蘇州來的妙蓮法師。
抵達廈門後，大師即居於萬壽岩。不久，大師移居中岩，靜修講律。此間，廈門一帶局勢漸趨平靜。
十二月，大師離開廈門赴泉州晉江草庵寺，妙蓮法師陪同前往。
一九三八年一月，在草庵宣講《華嚴經·普賢行願品》，至二十日結束。
二月，移居泉州承天寺，复講《華嚴經·普賢行願品》。而後，應泉州梅石書院之請，在書院作《佛教的源流與宗派》之講演。
三月，在泉州開元寺講授《般若波羅蜜多心經》。十三日在開元寺慈兒院作題為《釋迦牟尼佛為法捨身》之講演，由吳棲霞記錄並整理。
四月，在泉州城內清塵堂講授《華嚴大意》。
五月，劉綿松居士代表漳州佛教界邀請大師去龍溪說法，大師遂於四日抵達漳州，掛單于南山寺。五月八日，廈門便告淪陷。
六月，離開南山寺，去漳州東鄉瑞竹岩避夏。
七月，十六日在漳州七寶寺作題為《佛法大意》之講演。
八月，於出家二十週年之際，回到漳州城內尊元經樓，宣講《阿彌陀經》。
十月，性常法師來漳州迎請弘一大師回泉州，途經安海，在此弘法一月，在金墩祠宣講《佛法十疑略釋》、《佛法宗派大概》、《佛法學習初步》，此三文後輯成《安海法音錄》問世。
十一月，回到泉州承天寺。是月，在清塵堂、光明寺等處宣講《藥師如來法門略錄》、《藥師如來法門修持方法》。
十二月，大師在浙一師任教時之學生、時安溪縣長石有紀來訪，師生相見，感慨萬端，後大師書唐代詩人李益詩寄贈石有紀。
是年冬，在泉州開元寺作題為《勸念佛菩薩求生西方》之講演。
是年底，泉州防區司令、有“嗜殺之名”的錢東亮來承天寺拜謁大師，大師勸其戒殺向善，錢東亮恭敬領教。
一九三九年一月，在南普陀佛教養正院作題為《最後之□□》之講演。
是月，在泉州城郊清源山的一個石洞中，靜居三十余天，方回到承天寺。
二月，在承天寺閉關靜養。其間著《雲洞岩鶴鳴詞記》一文，以紀念明代大儒蔡鶴峰。
三月，在泉州光明寺作題為《藥師法門修持課儀略錄》之講演。
四月，大師由性常法師陪同，乘車於十四日抵達永春，準備在此入山閉關靜修。十五日，由李芳遠等陪同，遊覽永春著名風景區環翠亭。十六日，在永春桃源殿作題為《佛教之簡易修持法》之講演，李芳遠記錄並整理，後在當地印行流傳。十七日，由性常法師、普濟寺妙慧法師及在普濟寺旁隱居學佛的林奉若居士陪同，弘一大師移居蓬壺普濟寺山中，並未居於普濟寺，而是居於林奉若為其安排的茅篷小屋內。自此，大師於是處安心靜修，共居五百七十二日，編著有大量佛學著作，如《四分律刪繁補缺行事鈔》、《盜戒釋相概略問答》、《南山律在家備覽略編》、《華嚴疏分科》、《受十戒善法》等，並撰《護生畫集續集題詞》等文。
五月，在永春普濟寺作題為《藥師如來法門一斑》之講演，由王世英記錄並整理。
八月，自陰曆六月二十日起，在茅篷內掩關靜修，為期一年。此間各方信件一概原封退回（極重要者由性常法師代為拆閱回复），亦不接待任何人的來訪。
十月二十五日，系大師之受戒紀念日，由性常法師代為約請普濟寺諸僧在寺中會面晤談。
十一月一日（農曆九月二十日），系弘一大師六十壽辰，是間，各方人士紛紛賦詩著文為弘一大師祝壽。廣洽法師在新加坡請著名畫家徐悲鴻為大師作油畫像以作紀念。
十二月，致信李圓淨，探討《護生畫集續集》的出版事宜。
一九四零年一月，繼續於普濟山中閉關靜修，因與外界斷絕音信已久，各地遂風傳“弘一大師業已在永春山中圓寂”，後由林奉若及《覺音》雜誌出面闢謠，謠傳方漸漸止息。
二月，八日（農曆春節）起，恢復向求書者寫贈書件，“凡本月三日前交來之書件現即書寫，本月四日後交來者，須待夏季放香時再寫”。
三月，《戒律系統科表》編著完成。同時擬編著《南山律學苑叢書》，上海哈同花園主羅迦陵願出資為之影印出版，遂將《盜戒釋相概略問答》交之付印，並擬將《南山律在家備覽略編》分《宗體編》、《持戒編》、《懺罪編》三冊，陸續編就出版。
是年春，在編著大部律學要著之餘，還寫有《為傍生說三皈依略儀》等短文。
是年春，大師肺病時有復發，身體狀況每況愈下，每日由兩餐改為早晨一餐。
八月底，掩關圓滿結束，會見王夢惺等來訪道友。
九月一日，在永春普濟寺作題為《普勸淨宗道侶兼持誦〈地藏經〉要旨》之講演，由王夢惺記錄。
十月，請性常法師致函在菲律賓弘法之性願法師，建議在永春普濟寺修建化身窯普同塔。