十月底，普濟寺興建法堂寺，公推弘一大師為“名譽主席”。
十一月，告別普濟寺，先由普濟山中至永春桃源殿，再乘船赴南安洪梅靈應寺，路上由傳貫等法師隨侍。
是月，十六日，南安晉江各縣立小學校長潘北山、林高懷等前往靈應寺請偈，並以教師生活清苦、可否改業一事請教大師。大師言：“小學為栽培人才之基礎，關係國家民族至關重大。小學教師目下雖太清苦，然人格實至高尚，未可輕易轉途。”諸校長聞之深受教益。後大師又向一教師書贈《華嚴經》：“不為自己求安樂，但求眾生得離苦。”
是月，在南安靈應寺作《受八關齋戒法》一文。
一九四一年一月，繼續留住於南安靈應寺。
二月，痔疾發作，仍滯留於南安。
四月，佛誕節後，是大師亡母八十冥誕，大師終日為其母誦經祈禱。
五月，應檀林鄉福林寺之邀，與傳貫、性常法師一行由陸路到福林寺“結夏安居”。
大師於三個月的結夏期間，一方面向僧眾宣講律學，並作題為《略述印光大師之盛德》之講演，同時編撰《律鈔宗要隨講別錄》及《晚晴集》。
秋季，應菲律賓之華僑佛徒之邀，擬赴菲弘法，因太平洋戰爭將起，局勢險惡，在傳貫法師等人的極力勸阻下，決定改期赴菲，因而倖免於難。此後困居廈門鼓浪嶼。
十一月，因泉州佛教界的懇誠邀請，再去泉州，先住百原寺，後居承天寺。
十二月，返回福林寺。九日，《藥師經析疑》編畢。
一九四二年二月，欲在福林寺閉關，因種種原因未成。
三月，大師在浙一師任教時之學生石有紀已由安溪縣調任惠安縣縣長，派曾詞源專程赴晉江福林寺邀請大師去惠安靈端山弘法講經，大師即與之約法三章：“不迎，不送，不請齋。”而後赴惠安講經一個月。
原第２０４頁圖放２７１頁李叔同為王吟笙所製印章
四月，弘法圓滿結束，返回泉州，因身體日漸衰老，赴福林寺閉關已無可能，遂居泉州百原寺。
是年春季，著名文學家郭沫若託人向大師求字，遂書寒山詩：“我心似明月，碧潭澄皎潔；無物堪比倫，教我如何說。”書件末尾署“沫若居士澄覽”。書畢委託李芳遠寄贈郭沫若。
五月，在葉青眼居士及溫陵養老院諸人的請求下，移居泉州開元寺溫陵養老院“晚晴室”。妙蓮法師代替傳貫法師隨侍於弘一大師左右，他是大師最後一任侍侶，大師臨終將一切事宜都交由他代辦處理。
此間，大師著有《持非時食戒者應注意日中之時》一文，對“過午不食”的時間作了具體界定。後又為福州恰山長慶寺手書《修建放生園池記》，這是大師的最後遺作。
七月，為李芳遠第一本詩集《大方廣寶詩初集》題詞。
九月，於中秋之日在開元寺尊勝院講《八大人覺經》及《淨土法要》，由廣義法師為之譯成閩南話。這是大師一生中最後的講經活動。
十月，二日，應轉道、轉逢二法師之請，為其書寫大殿上的柱聯，因過於勞累，舊病突發。病後第三天，為晉江中學的高中學生書寫字幅多幅。六日，宣布絕食。拒醫。此後，大師口述遺囑，由妙蓮法師記錄：
“當我還沒有命終以前，以及生命終了、死後，我的事，全由妙蓮法師一人負責，其他任何人，毋用於預。”並在文後加蓋印章。
原第１６７頁圖放２７３頁弘一大師涅槃相（1942年10月13日·泉州）
大師特意叮囑妙蓮法師兩點——
一、圓寂前後“助念”時，看到眼裡流淚，這並不是留戀世間，掛念親人，而是在回憶我一生的憾事，為一種悲欣交集的情境所感。
二、當呼吸停頓、熱度散盡時，送去火葬，身上只穿這身破舊的短衣。遺體停龕時，要用小碗四個，填龕四角，以免螞蚊聞臭味走上。應逐日將水加滿，以防螞蟻又爬上去，焚化時，損害了螞蟻的生命。
此後兩日，大師每天默念“阿彌陀佛”。
十月十日，上午為黃福海書益大師警訓。下午，書“悲欣交集”四個大字，交付妙蓮法師，是為弘一大師臨終絕筆。
十月十三日，委請妙蓮法師將預立遺囑寄劉質平。是日又委託妙蓮法師向夏尊、劉質平、性願法師分寄預先書寫之訣別信。
農曆九月初四日晚八時，在妙蓮等法師的助念聲中，弘一大師於泉州溫陵養老院安詳圓寂。
大師圓寂七日後，火化於泉州承天寺。
一九五二年，弘一大師之骨灰及舍利分別於泉州清源山彌陀岩及杭州虎跑寺建塔，後者係由豐子愷、葉聖陶等人捐資建築。