董卓見袁紹沒開腔，又接著說：“其實，劉氏種已經傳不下去了，不過現在還是立劉協吧，你看好不好?”
袁紹這才回答道：“漢朝有天下，已經四百多年了，現在少帝剛即位，年紀輕，天下人沒聽到過他有什麼不好。你要是廢了嫡子，立個庶子，這是違反制度的，我怕天下人不能心服。還是請你三思而行。”
董卓沒料到袁紹會唱反調，不由得火起，怒道；“天下大權在我手裡，我要怎麼著就怎麼著，誰敢反對?”為了加重語氣，他拔出寶劍來，又說：“你看，董卓的刀不夠快嗎?”
袁紹又頂他一句，說：“天下強大的人難道只有你董公一個嗎?”他一面說著，一面摸著刀向董卓作個揖，出去了。
董卓並不因袁紹反對而中止廢立之事，又在三公會議室設宴款待公卿大臣及軍政首長，事前更派遣呂布布防京師警衛部隊兩千餘名於三公府附近，儼然擺下鴻門宴。
當天，司徒王允、太傅袁隗率領百官皆到。
酒過三巡後，董卓按劍舉酒致意，並宣佈道：“天下之主，宜得賢明，今皇上懦弱無能，更少智慧，長此日久，何以奉宗廟?吾將依伊尹、霍光故事，廢帝立陳留王。不知諸位以為如何?”
大臣一聽，驚愕了，大家都已知三公府已佈滿董卓軍隊，惶恐不敢對，只得你看我，我瞧你。
這時，群臣們已經知道，袁紹為此事和董卓頂撞之後，已在侍衛隊保護下即日出城，將司隸校尉印係於上東門城上，率領直隸禁衛軍團，奔往原根據地冀州尋求保護。其弟袁術得消息後，也連夜率領本部，返回了故鄉壽春，司隸軍區部隊及其原來勤王的外藩軍團，當天之中便離去了一大半。
連袁氏兄弟都不敢抗衡，唯有躲避，群臣還敢說什麼?一個個皆閉口不言。
董卓更舉劍大聲表示：“吾意已決，有敢表示反對者，以軍法繩之。”
這時，那位生得高大雄偉的盧植站了起來，再度扯起大嗓門說：“古時候，太甲剛即位時做事便糊里糊塗的。昌邑王罪過千餘條，才有所謂廢立之事。當今皇上年紀尚輕，並無失德之事，是不能引用太甲及昌邑王的故事的。”
董卓聽了大怒，拔出劍來要斬盧植。侍中蔡邕忙把董卓攔住，勸他別這樣過激，要能容得人才行。董卓對蔡邕頗為喜歡，就收了劍，宣布暫緩處罪，但是將他革了職，看管起來。
議郎彭伯也私下勸阻董卓說：“盧植尚書是海內大儒，擁有崇高聲望，若害之，恐天下震動，更不利於朝廷的穩定。不如赦免了他，不正可以表示你司空的寬宏度量嗎?這對朝廷聲望的提升也有實際幫助的。”
董卓便放了廬植，但令他從即日起退隱，從此不得再過問天下大事。
盧植被放出後，還怕董卓派人暗殺他，就急急忙忙地繞道逃到本鄉，從此不再出頭露面了。
去了盧植，反對的勢力幾乎完全排除。董卓便將廢立皇帝的議案寫下來，派人去交給太傅袁隗，向他徵求意見。袁隗也只得提送群臣議決。
隔日，董卓再度召集群臣在崇德前殿，正式威脅何太后，廢除少帝。
其議文如下：“先皇在喪，無人子之心，威儀不類人君，今廢為弘農王，立陳留王協為帝。”
於是，逼著何太后下道詔書，立陳留王劉協為帝，就是漢獻帝；少帝劉辯退位，改封為弘農王。
袁隗低垂著頭，去解少帝璽綬，以奉陳留王。少帝臉色煞白，袁隗十分尷尬，含悲不敢言。
這時候，董卓早安排的人出面向獻帝檢舉何太后迫害董太皇太后的罪行，將何進所為，一併嫁禍於她。獻帝豈敢違反董卓之意，乃下詔，言何太后有逆婦姑之禮，著遷永安宮，加以軟禁。
是日，改昭寧元年為永漢元年，這正是公元一八九年。
三日後，董卓派人給何太后送去一杯毒酒，正在永安宮哭得死去活來的何太后巴不得快點死，便一口將毒酒喝下去了。
又一日，董卓派人將舞陽君殺害。至此，何進一族全被誅滅。
十一月，董卓自立為相國，他指使親信向皇上請求，給予他上朝時候三種特權：一、上朝可以不快步走；二、拜見皇上可以不報自己名字；三、上朝的時候，可以不摘下寶劍，不脫鞋子。
皇上當然不能不照準，因為董卓指使親信請求皇上，不過圖個形式而已。於是，董卓在朝中擺出一副僭越的樣子，無視皇上與群臣。大家只有暗中叫苦，連勸阻的膽量也沒有。
由於全國各地州郡沒有擁護洛陽新政權的表示，董卓也深感不安。當時周毖及城門校尉伍瓊，建議以官銜安撫反對派人士。董卓採納了這個意見，便任用穎川人韓馥為冀州刺史，東萊人劉岱為兗州刺史，陳留人孔伷為豫州刺史，東平壽人張邈為陳留太守，穎川人張啟為南陽太守。
這些人都不是董卓的親戚、朋友，也不是原來的部下，就因為他們都有些名望，特地大膽使用，好讓人家知道董相國任人唯賢，大公無私。
只有對於豪門大族的頭頭袁紹及袁術哥兒倆，他是很不放心的。但周毖和伍瓊勸他以恩德去跟他們結交，讓他們都做大官，就不會過不去了。他們對董卓說：
“袁家四世三公，不但名望大，還得人心。這一家的門生和官吏遍天下。如果不籠絡他們，讓袁紹、袁術去招集一批有勢力的人來反對你，那恐怕山東不是你能保得住的了。還不如免了他們的罪，讓他們也做郡守。他們免了罪，當然就高興了，就不至於再生禍患了。”
董卓想了想也有道理，就拜袁紹為渤海大守，拜袁術為後將軍留在京師裡。
董卓的親信，完全不給予顯職，只充當將校裡的軍職而已。