後來，事態的發展是這樣的：不久，靈帝通知王芬，想到冀州去巡視，王芬認為這是千載難逢的機會，便上書表示，目前黑山賊叛亂攻掠冀州郡縣，靈帝前來，正好可提升官兵士氣。一方面更公開集結州郡兵力，準備靈帝進入冀州便一舉成擒。
正好這個時候，北方出現大片紅雲，太史官卜了卦表示：“北方有陰謀不宜行。”靈帝乃取消冀州行，並下令王芬集結兵力討伐黑山賊前，先到京城述職。王芬接到聖旨後大驚，以為陰謀敗露，乃舉家自殺……
曹操聞知此事，非常惋惜，同時也在心中批評王芬太不冷靜。不過由王芬一事，說明當時反朝廷的氣氛已相當濃厚了。
其實，據曹操所知，自從第二次黨錮事件後，朝臣和士族都恨透了宦官，因此對靈帝也相當地失望和反感。在此之前，便有朝中大臣張均、審忠等因公然反抗宦官，指責皇帝而遇害。而且，曹操還知道另一件秘密的事情，就是冀州信都郡令閻忠，遊說皇甫嵩軍變之事。
皇甫嵩和曹操等人一起大破黃巾起義軍以後，一時威震天下。閻忠便對他說：“至難得時運，時運一到，良機便來，所以聖者順時運而動，智者把握機會發展。現在將軍時運當頭，若放棄此千載難逢良機，如何享天下之至名呢?”
皇甫嵩對他的話表示不解。
閻忠進而說明道：“天下大勢只跟有能力的人走，智者不應受制於昏君。今將軍春來出征，晚秋凱旋，有如天降神兵，天下群雄誰不動心，天下百姓誰不愛戴。即使商湯、周武的壯舉也不如你，你卻依然侍奉昏君，寧不危乎?”
皇甫崧說：“我日夜為國事操勞，內心一點也不敢忘忠誠，如何會危險呢?”
閻忠說：“從前韓信不忘報一餐之恩，拒絕蒯通勸說，失掉了和項羽、劉邦三分天下的機會，最後才後悔死在呂后之手。當今皇上遠不及劉邦、項羽，而將軍勢力遠大於韓信……只要舉兵誅除罪惡滔天的宦官，誰也不會和你正面衝突……等到天下平定，你再向天禱告，取代漢王室，登上天子寶座，這才是順應時勢呀!向衰退的王朝效忠，在昏君底下做事是不能長久的，加上將軍功勳蓋世，難免有讒臣生忌妨之心……如果不早設法，後悔便來不及了。”
皇甫嵩搖頭道：“黃巾賊人怎可比秦末項羽，這次的成功並非是我的才能，而是百姓士兵赤膽報國之故啊，你的建議是逆天而行，計劃有如空中樓閣，是會闖出大禍來的。我就算受到讒臣陷害，最多不過辭職返鄉而已，仍可擁忠義之名，叛逆之說，絕不敢信從。”
曹操知道，皇甫嵩雖然否決了閻忠的建議，但也沒有告發或處罰閻忠。由此也可見，一般朝臣對漢皇室的合法性認同，已相當不穩定了。
曹操雖住在極其偏僻的一個小茅屋裡，但兩耳仍然時聞京城內外的許多事。
後來，曹操聽說閻忠參加了涼州韓遂等人的武裝叛亂，並繼五國之後，被擁立為領袖。不久，卻發現自己只是傀儡，遂憂憤以終。
但由涼州叛亂事件，接二連三又牽引出幽州之變，并州南匈奴內侵，以及益州的暴動事件，漢靈帝不得不重新改組朝政及軍政，並編組京城的五軍團，以隨時應付可能出現的混亂局面。
曹操便在這時候又被召進京城，以典軍校尉之職，指揮軍中第四大的軍團。
身在茅廬的曹操，又得到了要急於召他回京的消息，並知道了是任典軍校尉。他認為，這是他獲得“征西將軍”職位的一個大好機會。因此，便毫不猶豫地結束了隱居生活，趕到洛陽報到。
但不久，曹操又發現自己正捲入一場逐漸嚴重的政治鬥爭中。
大宦官蹇碩有意以新編的軍團來對付何進，但中軍校尉袁紹反而靠向何進陣營，助軍左校尉趙融及右校尉淳于瓊也都傾向袁紹的立場。
身為宦官後代的曹操，面對這場不得不表明立場的抉擇，雖然他一再反對盲目的流血政變，但仍義無反顧地站到他的同鄉少年夥伴，貴冑子弟袁紹陣營，和宦官在洛陽最寒冷的中秋展開了一場政治鬥爭。