劉章得知陳天龍等人被捉的消息，正要親赴曹相處請予寬大處理。不料行至半道，即有新禁令出，連忙差人去看，才知內容，不由得倒抽一口冷氣，只得打道回府。
曹操親自審問陳天龍等人，最後當場判決：處陳天龍等五人斬首。處其餘八人關監。陳天龍撲通一聲跪在地上，磕頭求饒不止。他萬萬沒有想到曹操居然如此武斷鐵面，連皇親也奈何他不得。他真悔、真恨、真悲哀，竟大聲號啕起來了。
第二日，將陳天龍等五人押至天龍教教祠門外空地上，宣讀罪行，執行砍頭。濟南百姓傾城出動，趕來圍觀，刑場上人山人海，但卻寂靜無聲。宣判之後，執行斬首時，才爆發出歡呼。
為了徹底搗毀天龍教，曹操又令群眾退去，將天龍教教祠一把火當場燒毀。
一邊沖天大火，正在燃燒；一邊即按從祠內得到的納銀上貢名冊，將從教祠沒收的銀兩，按各冊上記數，一一退還原主。凡逃離濟南的人，其銀兩暫由相府保管。
收到銀兩的百姓真是感激涕零，稱曹操為救星。
濟南城發生的這一翻天覆地的變化，使曹操鐵面無私的名聲傳播甚遠。原先，因受天龍教的迫害而背井離鄉遠走他鄉的人，又陸續回到濟南來了。而且，其他地方的一些百姓，也紛紛往濟南遷徙。一時間，濟南成了天下太平之所，人民安居樂業，商店生意興隆。
但是，曹操在濟南肅清貪污、罷黜無能的郡縣官吏的舉措，自然又得罪了不少宦官及外戚豢養的特權階層。特別是天龍教一案，使劉章對曹操恨得要死，便利用他皇親的身份，去京城散佈曹操的流言。於是，朝中上下的既得利益者，就都對曹操極端忿恨起來。
朝中上下這多麼人恨曹操，曹操的好日子自然不會長了。
中平二年，即公元一八五年，朝廷下令，將曹操調為東郡太守。與濟南相相比，東郡太守還更高一級，名義上曹操是升了官，而實際上，是把他從濟南弄開。更有甚者，弄他到東郡任太守，顯然是放在宦官能直接控制的地方，以便找機會加害於他。
曹操生性十分敏感和機智，不會看不出這一陰謀。他左思右想，都沒有更好的對付辦法，於是，決定來一個大膽反常的舉動———辭官，曹操的理由是，近來健康狀況十分不佳，特向朝廷請長假回鄉養病。
曹操為什麼有如此舉措，內心是這樣想的：當此時候，宦官想害他的機鋒已露，必須識時務避其鋒芒，目前只有請假回鄉，不參與政事，才是避其鋒芒的最好辦法。另一方面，他想到，自己年剛三十，和他同年舉孝廉的不少已是五十開外的人，即使日後等個二十年，待天下的亂局較穩定後再出來當官施展抱負也不算遲。
朝中上下都大感意外，以曹操在官場風華正茂、才氣橫溢之時，居然告假回鄉，實在不可思議。但既然曹操態度堅決，朝廷也只得恩准了他。
曹操卸服解印，即日回到安徽老家譙縣。他沒有住到少年時候居住的地方，而是在譙縣東面約五十里的地方，選一偏僻之地，建立了一座小茅屋，獨自一人住在裡面。他的目的是為了清靜，少干擾，以便秋夏兩季讀書，冬春兩季狩獵。如此不問政事，不理俗務，真正過一段獨自靜養的生活。
可是，事實並不如曹操想的那麼單純，不久，就有人來找他了。當然來找他的並不是曹操日夕皆喜的山野之人，而是遠道從京城趕來的。那人帶來一封信，曹操看罷信才知道內情。
原來，冀州刺史王芬、黨錮之禍主角陳蕃的兒子陳逸、名道教法師襄楷、豪使周旌、著名的策士許攸等人共同陰謀政變，廢立靈帝，誅殺宦官，以為陳蕃等人報仇。經許攸建議，他們決定拉曹操加入，因曹操在洛陽城居民間聲望崇高，具有民心號召力。
曹操讀罷密函，頓覺不妥，趕快寫信給許攸，明確表示：
“夫廢立之事，天下之至不詳也。古人有權成敗，計輕重而行之者，伊尹、霍光是也。伊尹懷至忠之誠，據宰臣之勢，處官司讓，故進退廢置，計從事立。及至霍光受託國之任，藉宗臣之位，內應太后秉政之重，外有群卿同教之勢，昌邑即位日淺，未有貴寵，朝乏讜臣，議出密近，故計行如轉圜，事成如摧朽。今諸君徒見曩昔之易，未睹當今之難。諸君自度，結眾連黨，何若七國?合肥之貴，孰若吳、楚?而造作非常，慾望必克，不亦危乎!”
從這封信中可以看出，曹操絕不是漢皇帝的“死忠派”。許攸敢建議找他，可能便已看出曹操的真實心態。因此，曹操的反對並非政治倫理，而是政治利害。他認為要廢立君王，只有在像霍光對昌邑王、伊尹對太甲的情勢下，才有可能成功。那是因為太甲及昌邑均剛上任，權力未穩固。而且內朝的皇親，外朝的大臣都不支持皇帝，反而較傾向元老權臣的伊尹和霍光，所以廢立之事有成功的可能。
像王芬這種由地方發動的政變陰謀，無法在事件開始便控制政權，容易受到中央政府集合各地部隊圍剿，以七國之亂規模之大，都無法取勝，憑王芬以冀州之力，要想成功，機率太小，故不宜冒險妄動。
曹操的分析其實是很有道理的。但是，王芬等人既然意向已決，便決不會因曹操的反對而改變主意。至於曹操，已向來使表示，即使王芬等人不聽他的勸告，要一意孤行，他曹操也不會去告發他們，裝作不知道而已。