征服伊比利亞半島戰爭１８０７年提爾西特和約的簽訂使拿破崙上升到歐洲大陸獨裁者的地位。現在，處於權力巔峰的拿破崙越來越明顯地對個人專制和貴族制度深感興趣。 １８０７年８月１９日，他取消了保民院，罪名是保民院中有一種擾亂法國不安定的民主精神。拿破崙有權任命人數不超過８０名的新元老，元老院完全控制在他的手中。立法院幾乎完全不開會了。他還撤銷了外交大臣塔列蘭的職務，表面是責備塔列蘭貪財納賄，而實際上是不能原諒他對自己表示過異議。塔列蘭曾在１８０５年１０月擅自建議寬待奧地利；弗里德蘭戰役之後，他在向拿破崙祝賀胜利時說：他深信這將是最後的勝利。拿破崙不能容忍這樣一個富有獨立性的部屬，於是，外交部長便換成了唯命是從的康配尼。當然，拿破崙在許多重大問題上還得要請教前任外交大臣。
與此同時，拿破崙還規定了帝國的貴族制度。享有貴族權利的是他的各級文武官員。拿破崙慷慨地把宮殿、巨額年金和獎賞賜給他的元帥和高級官員，貴族長子繼承製也恢復了。
這些新顯貴們逐漸腐化墮落，無止境地追求起奢侈浮華的宮廷生活來。
沉醉在巨大成功之中的拿破崙，把一切都不放在眼裡，他深信自己在戰略和謀略方面都是無懈可擊的，他是歐洲最偉大的軍人，他的大軍團也是所向無敵的，任何高明的外交家都不夠資格同他鬥智。他覺得世界就像一副鋼琴的鍵盤，他可以在上面隨心所欲地彈奏狂想曲。他雖已成為歐洲大陸的獨裁者，但這還遠遠不能滿足他的狂妄野心，他要成為全歐洲的主宰。現在剩下的唯一敵人就是英國。
自從法國艦隊在特拉法加海戰中全軍覆滅之後，拿破崙制服英國的唯一希望就是依靠大陸封鎖，從經濟上窒息英國。然而，有個地方讓他放心不下，那就是伊比利亞半島。伊比利亞半島有漫長的海岸線，英國艦隊完全控制了比斯開灣，控制了整個大西洋和地中海。而且，島上的西班牙雖然是法國的同盟國，但貌合神離，尤其在特拉法加海戰後更是如此。島上的葡萄牙人除了少數親法派外，大多數都是站在英國一邊。因此，在沒有佔領伊比利亞半島前，要想島上的國家嚴格執行這個使本國經濟遭受嚴重損害的大陸封鎖政策，簡直是不可能的。他們雖然不容抗辯地接受了拿破崙的"大陸封鎖法令"，但暗地裡卻對走私採取了默許和寬容的態度，有時甚至明目張膽地違抗拿破崙的敕令。為了將英國完全封鎖死，提爾西特和約簽訂三個星期後，拿破崙就決心征服伊比利亞半島。作為征服的第一步，他命令普軍政部長在西班牙邊界巴榮納組成一個２萬人和４０門野炮的軍團。
１８０７年秋天，巴黎宮廷沉溺在奢華的生活中。杜伊勒里宮、楓丹白露宮、馬爾梅松堡都裝飾得如同童話裡的仙境。人們揮金如土，天天相互比賽著舞會和宴會上的闊氣。一對對衣著華麗、渾身珠光寶氣的男男女女在燈紅酒綠之中，逍遙自在地跳著舞。可就在這歡樂聲達不到的幽靜的內宮深處，他們的君主經常站在桌邊，俯身查看伊比利亞半島的地圖。又一個征服計劃在他心中形成。
這時，拿破崙心裡很清楚，把戰爭擴展到伊比利亞半島，犯了兵家之大忌——兩面作戰，因為有跡象表明奧地利正夢想報復兩年前的戰敗之恥。為了避免這種危險，１８０７年８月１２日，拿破崙命新任外長康配尼給奧國駐巴黎大使梅特涅寫了一封措辭慎重的信函，對奧國準備戰爭的行動發出警告。他相信自己強大的實力足以鎮住奧國。拿破崙的自信使他犯了一生事業中第一個重大政治戰略的錯誤。
拿破崙的宮廷開始出現了意見分歧。正在享受著和平快樂的人們已不願再去作戰，帝國宰相康巴塞雷斯鼓起勇氣，用最尊敬的言辭反對拿破崙的決定。拿破崙的許多戰友同樣也不願拋棄豪華的貴族生活，他們不僅反對再發動戰爭，而且還為拿破崙擁有如此巨大的領土而擔心，因為類似的世界王國沒有一個是長壽的。他們認為在奧斯特里茨戰役之後就應該停止戰鬥了，那時的法國就已達到了空前強大的地步。然而，身處榮譽之巔的拿破崙已聽不進去這些意見，依然我行我素。拿破崙決定先解決葡萄牙，再征服西班牙。為了使征服計劃得以順利進行，拿破崙不惜採用政治欺詐手段。拿破崙開始同西班牙首相戈多伊談判。戈多伊既是西班牙國王的寵臣，又是王后的情人，他在１７９２—１８０２年間成為西班牙的實際統治者。談判的結果是法軍取得了通過西班牙領土的權力，其條件是與西班牙共同瓜分葡萄牙，其中一部分作為對戈多伊個人的酬勞。 ９月８日，拿破崙寫信給盟友西班牙國王說：“我們必須使葡萄牙脫離英國的勢力範圍，並迫使該國求和。”同一天，他又寫信給葡萄牙的攝政王，警告他要明了同英國結盟的後果。
這時，英國艦隊炮轟了哥本哈根，因為有消息說，丹麥將參加大陸封鎖。拿破崙聞訊後大發雷霆，他決定立即採取行動。 １０月，他命令朱諾將軍率２７０００人向葡萄牙挺進。
１０月１２日，他寫信給西班牙國王說：“過去１６年來，葡萄牙的行為完全是一個無恥的英國附庸，里斯本港口對於他們而言，也就變成了一個取之不盡的寶庫。……封鎖里斯本和阿波托兩個港口正是時候。我預計朱諾將軍的軍隊在１１月１日可抵達布爾戈斯，以與陛下的兵力會合，那時我們就能用武力佔領里斯本和整個葡萄牙。以後我與陛下會合商討該國的處置，但無論如何宗主權一定是屬於你的。”
１０月２２日，拿破崙正式向葡萄牙宣戰。 ２７日，他與西班牙國王簽訂和約，瓜分葡萄牙的領土和殖民地。其實，這只是一個謊言，西班牙在拿破崙的心目中早已是判了死刑的了。
朱諾的軍隊經過西班牙的領土直趨葡萄牙，葡萄牙的攝政王驚慌失措，急忙請求英國保護。在葡萄牙看來，拿破崙固然可怕，但英國人更可怕，英國能夠很容易地從海上毀滅里斯本，就像毀滅哥本哈根一樣。法軍經過６個多星期的長途行軍，於１１月２９日流入里斯本，葡萄牙王室則於兩天前坐上英國軍艦逃出了首都。
拿破崙輕而易舉地佔領了葡萄牙，下一個該輪到西班牙了。拿破崙毫不猶豫地撕毀了與西班牙國王簽訂的和約，他要把西班牙併入自己的帝國，並立自己家族中的一人為國王，而此時西班牙國內的混亂狀況正好讓拿破崙有了可乘之機。
西班牙國王查理四世是個意志薄弱的昏君，他完全受王后及寵信戈多伊的控制。戈多伊憑著國王與王后賦予他的無限權力，在國內為非作歹，無惡不作。一時間西班牙經濟衰退，政局動盪不安，人民紛紛起來反對戈多伊。王位繼承人斐迪南在人民的支持下，公然與戈多伊為敵。然而，斐迪南勢單力薄，不足以推翻戈多伊的統治，於是，謀士們給他出了一個主意，讓他去向拿破崙的一位親祈求婚。他們以為與強大的法國皇帝聯姻，既能得到巨大的支持進行改革，推翻戈多伊的統治，又能保持國家的獨立，並且在對外政策的一切問題上有恃無恐。斐迪南正式向拿破崙的侄女求婚，但遭到拿破崙的拒絕。與此同時，查理四世也寫信向拿破崙求援，他認為王子反對戈多伊的企圖是想廢黜自己。父子倆都希望拿破崙支持自己來對付對方。可是，拿破崙此時想的是把他們父子二人都除掉，將自己的兄弟扶上西班牙王位。
１１月的第一個星期中，拿破崙命令在巴榮納再成立一支新軍，兵力為３萬人，由杜邦將軍指揮。這支部隊以支援朱諾部隊為藉口進入西班牙。接著，蒙塞元帥的第二軍也進入西班牙。 １８０８年２月，迪埃梅斯指揮的一個軍進入西班牙，並佔領了卡塔盧尼亞。不久，繆拉元帥以皇帝副帥的身份指揮西班牙境內的全部法軍。 ３月９日，拿破崙命令外交大臣康配尼轉告西班牙政府說，法軍５萬人將進入馬德里，其目的不過是假道卡地茲去圍攻直布羅陀。 ３月２４日，繆拉率領蒙塞、杜邦兩軍進入馬德里，拿破崙則在巴榮納親自指揮這次軍事行動。這時，拿破崙在西班牙的軍隊已達１１萬人。
查理四世、王后及戈多伊早已被拿破崙氣勢洶洶的部隊嚇壞了，他們決定逃出首都。可在阿蘭瑞茲一地，他們被憤怒的人民攔住了，戈多伊挨了一頓痛打，被關進了監獄。國王為了保全性命，被迫宣布讓位給斐迪南。 ６天之後，繆拉率軍進入了西班牙首都。
這時，查理四世又後悔讓位斐迪南，他宣布退位是違反自己意志的。於是，拿破崙以調停父子矛盾為名邀請西班牙波旁王朝全體家族到巴榮納。 １８０８年４月３０日，查理四世、王后、斐迪南、戈多伊以及王室所有親王都到了巴榮納。父子倆一見面就激烈爭吵，甚至大打出手。正當波旁家族全體成員準備聽候拿破崙的裁決時，拿破崙突然宣布：查理四世和斐迪南二人都必須放棄王位。眾人還沒緩過神來，他又宣布：為了他們個人的幸福和安寧，他已經決定不放他們回西班牙了。結果，西班牙國王和王后被送到楓丹白露，斐迪南和其他親王被送到瓦朗斯塔列朗公爵的城堡。 ５月１０日，拿破崙任命自己的哥哥約瑟夫為西班牙國王，繆拉接替約瑟夫為那不勒斯國王。
拿破崙現在非常得意。西班牙波旁王族如此天真，自投羅網，以致他不費一槍一彈便得到了伊比利亞半島。一切進行得太順利了。正當拿破崙為自己的勝利自鳴得意時，一場風起雲湧的反抗法國侵略者的人民武裝鬥爭迅猛掀起。 ５月２日，馬德里人民舉行起義。儘管起義被鎮壓下去，但起義的火種已遍撒全國。人們到處襲殺法軍士兵，凡涉及拿破崙和戈多伊同黨嫌疑的人都被誅殺。在加的斯、塞維爾、卡塔里納，尤其是在巴崙西亞，街道全被鮮血染得通紅。
拿破崙並不把人民起義放在眼裡，因為展現在他面前的是用砍刀武裝起來的阿斯圖里亞斯的農民；是身穿破爛衣服、手拿生鏽獵槍的摩林納山上的牧人；是手拿鐵棍和長劍的卡塔洛尼亞的手工業工人。拿破崙輕蔑地稱他們為"流氓"。他是歐洲的主宰，他把擁有砲隊、騎兵、皇帝和元帥的俄國、奧國和普魯士的軍隊打得大敗而逃，他的一句話能使所有王國的國境線全在地圖上搖晃起來，難道他還怕這些"流氓"嗎？這時的拿破崙萬萬沒有想到，正是這些"流氓"，最先挖掘他的大帝國的墳墓。
拿破崙仍然若無其事地行事，他相信駐在西班牙的１０萬大軍一定會迅速撲滅各地的反抗烈火。馬德里恢復平靜後，他下令召集卡斯提爾議會，吩咐議會選舉一位新的君主。不言而喻，選出的新君主正是約瑟夫·波拿巴。然後，９３名西班牙知名人士在巴榮納拜見了拿破崙，宣誓效忠於他和一部新憲法。
西班牙人民的反法鬥爭儘管遭到法軍的殘酷鎮壓，但只要一息尚存，他們就要與法軍拚到底。法軍幾乎每天都受到西班牙人的瘋狂報復。一次，法軍進入一個村莊尋找食物，在一位年輕婦女的家裡找出了一些食品，飢餓難忍的士兵很想將這些食品立即吞下，可又怕食品裡被人下了毒。於是，法軍指揮官命這位年輕婦女先吃一些，她毫不猶豫地吃了。法軍還不放心，又命她將這些食品餵她的孩子，她立即照辦了。士兵們開始狼吞虎咽地吃下這些食物。沒過多久，那位年輕婦女、孩子和進食的士兵全都痛苦地死去。
西班牙強烈的愛國情緒受到了海岸上英軍將領的鼓勵，他們不待本國的訓令，就公然支持西班牙群眾的壯舉。 ７月４日，英王就此事向國會致詞說：“西班牙民族這樣崇高地同法國的篡奪和暴政搏鬥，再不能看作是大不列顛的敵人，我承認它是一位天然的朋友和盟國。”
於是，西班牙戰俘被釋放出來，並發給他們衣服和裝備，送他們回國。英國還與伊比利亞半島上的兩王國正式簽訂了攻守同盟條約，武器和金錢源源不斷地運往西班牙和葡萄牙。
面對如火如荼的西班牙抵抗運動，法軍陷入了困境。迪埃梅斯軍被卡塔洛尼亞山民圍困在巴塞羅那無法出戰；蒙塞軍被巴崙西亞的居民打得直往後退；杜邦軍則損失更為嚴重，他們在拜蘭受到卡斯塔尼奧斯將軍領導的一支西班牙軍的猛襲，幾經激戰，法軍傷亡慘重，杜邦只好率軍投降。西班牙最富庶的部分從法軍手裡解放出來了，卡斯塔尼奧斯的輕裝部隊繼續推進，勢如破竹，所向披靡。不及１０天，新國王約瑟夫就在馬德里坐不住了，他收拾起行裝，向北逃到了維多利亞。
法軍戰無不勝的神話被打破了，拿破崙大為震怒，他要把杜邦交付軍事法庭受審。在他看來，一切不道德事情中最不道德的就是去做不能勝任的事，如果一位沒有才幹的將軍去擔任軍事指揮，那麼，這種不道德的行為就已變成滔天罪行了。必須要讓杜邦受到懲罰。
１８０８年８月８日，阿瑟·韋爾斯利爵士率領一支１萬人的英國部隊在蒙德戈灣登陸成功。接著，立即向里斯本進軍。 １７日，在羅里薩附近與法軍遭遇。經過一陣刺刀肉搏之後，法軍被迫退卻。不久，朱諾率領４４０００名軍隊向英軍發起攻勢，雙方展開了一場血戰。結果，朱諾損失了１３門砲和２０００多人，被迫撤往里斯本。正當阿瑟·韋爾斯利準備乘勝猛追法軍時，英國政府突然派休·達爾林普斯爵士代替他的司令職位。休·達爾林普斯沒有對法軍進行追擊。幾天后，朱諾派克勒曼前去請求休戰，他提出只要英軍把他的士兵及隨身武器運到羅什福爾和洛里昂之間的任何法國口岸，並允許他們帶走個人財物，則法軍願意交出彈藥、糧秣和戰艦。儘管這時約翰·穆爾爵士又率領１萬名英軍前來海岸附近增援，但休·達爾林普斯還是同意了朱諾的要求。 ８月３０日，雙方簽訂協定，法軍按規定方式全部撤出葡萄牙。這樣，葡萄牙從法軍的統治下解放出來了，英軍在伊比利亞半島獲得了永久的立足點。
這時，拿破崙不斷地收到有關奧國在秘密重整軍備的報告，再加上法軍在伊比利亞半島上的軍事失利，他開始意識到處境的危險。為了不使法軍陷入兩面作戰的困境，拿破崙覺得有必要利用一下新結交的盟友俄皇亞歷山大。他邀請俄皇前來愛爾福特會晤。
兩國皇帝的會晤在德意志引起極大的反響，各王公紛紛前往愛爾福特參加盛會，車駕為之塞途。 ９月２７日，拿破崙到達會晤地點，亞歷山大卻還沒到，拿破崙立即親自前去迎接。兩人一見面就熱烈擁抱，當眾接吻。此後兩週之內，這種動作不斷重複。兩人天天一起去閱兵、出席宴會和舞會、打獵、騎馬蹓躂，相互表達著最誠摯的"友誼"和最深切的“信任”
。巴黎喜劇院的演員為兩國皇帝和王公貴族上演了高乃依、拉辛和伏爾泰的名劇。當伏爾泰的《奧狄浦斯》一劇念出了一句台詞：“和大人物結交，真是上帝恩賜的幸福"時，亞歷山大握住拿破崙的手說：“我在此每天都深深感到這一點。"拿破崙則以同樣的語言向亞歷山大大獻殷勤。兩國皇帝都在極力表現出他們的親密無間，其目的就是要演給第三者看。對拿破崙來說，觀眾就是奧地利，對亞歷山大來說，觀眾則是土耳其，如果奧地利和土耳其沒有看到他們的親吻和擁抱，這些親吻和擁抱就會失去其愉快的感覺。
然而，兩國君主心裡十分清楚：自己需要對方，但不能相信對方。特別是亞歷山大已明顯看出，拿破崙只是以答應給他"東方"、自己要"西方"的諾言來誘惑他，拿破崙根本不會讓他佔領君士坦丁堡，甚至拿破崙寧願讓摩爾達維亞和瓦拉希亞留在土耳僕人手中。所以，當拿破崙提出讓亞歷山大在奧國開始軍事行動前積極反對奧國時，亞歷山大卻不想去履行這一義務。這時，法國前外長塔列蘭在愛爾福特出賣了拿破崙。他與亞歷山大暗中勾結，勸告亞歷山大抗拒拿破崙的霸權，他提醒亞歷山大注意：俄國支持拿破崙反對奧地利並幫助他擴張勢力，毫無利益可圖。俄國應遏制拿破崙，這樣對法國對歐洲都有好處。他說：“俄國的君主是文明的，而俄國的人民不文明。法國的君主不文明，而法國人民是文明的。必須使俄國的君主與法國的人民結成聯盟。"他一再對亞歷山大說：“您應該拯救法國。"在塔列蘭的慫恿和規勸下，亞歷山大最終沒有在拿破崙所要求的對奧作戰的條款上簽字。
１０月１４日，愛爾福特會晤結束。拿破崙沒有取得預期的成功，悶悶不樂地回國了。
現在同盟在形式上依然有效，但不能再指望它了，拿破崙相信奧國及其他附庸國在他們熱烈擁抱和親吻的背後已看出了這個同盟的脆弱性。他必須盡快地解決西班牙問題，並在第二年春天把帝國大軍開赴易北河前線。
拿破崙決定親自率領一支足以掃平整個伊比利亞半島的大軍翻越比利牛斯山脈。在此之前，拿破崙禁止法國報刊上披露在西班牙所發生的一切，現在形勢迫使他打破這種高傲的沉默。他宣布：西班牙的農民對他的王國造反，一個軍團由於叛變而被消滅，另一個軍團為英軍所騙撤出葡萄牙，他必須再徵召兩批各為８萬人的新兵。他想把２０萬久經沙場考驗的老兵部隊從德意志和意大利方面抽調出來增援西班牙，而以新兵補充德意志和意大利的各個軍營。
１０月２６日，拿破崙離開巴黎。 １１月３日，抵達巴榮納。 ８日，到達維多利亞。在這裡，他聽取了有關法國和西班牙兩軍陣勢的詳盡報告，他立刻起草了繼續作戰的計劃。幾個小時之內，整個戰爭機器又重新運轉起來。
這時，西班牙人的部隊狀況給拿破崙的反攻提供了良好機會。西班牙各種正規的和非正規的部隊已達到１１．５萬人，但其裝備惡劣，紀律欠佳。他們的兵力分成五、六個獨立單位，沒有任何集中的指揮或參謀機構。各地方指揮官彼此妒嫉，難以合作。拿破崙相信憑著自己那支訓練有素的大軍，一定能把西班牙的"流氓"部隊打得落花流水。拿破崙的第一步就是收復馬德里以及確保普通過維托里亞和聖希巴斯坦到法國的交通線。他命維克托、蘇爾特、勒菲弗爾三個軍向西作寬廣的掃蕩，把西班牙人全部趕出去。這三軍果然不負拿破崙的重望，一路上如秋風捲殘葉般地橫掃過去，西班牙軍紛紛潰退。 １２月４日，法國終於攻下了馬德里。
與此同時，約翰·穆爾爵士率領３萬英軍進入西班牙。 １２月１０日，穆爾爵士決定向北進擊守衛在布爾戈斯的蘇爾特軍，以切斷法國交通線。當時蘇爾特只有１８０００人，數量上處於劣勢。 １２月２１日，兩國旗兵相遇，法國旗兵敗北。正當穆爾準備乘勝前進時，忽然傳來拿破崙已經北上的消息，穆爾害怕法軍切斷他與葡萄牙之間的交通線，立即命令軍隊向西撤退。原來，法軍重新成為馬德里的主人之後，拿破崙決定乘勝進至塔古斯河谷，把英國人趕出葡萄牙。就在這時，英軍已進入了西班牙，拿破崙立即改變計劃，向西北進軍，準備把英國人趕入海中。他留下約瑟夫國王和第一、第四兩軍駐守塔古斯河谷，自己於１２月２２日，以內伊為前衛，率軍４２０００人去支援蘇爾特。內伊軍團奉命開向薩拉曼卡和阿斯托爾加，穿過風雪交加的瓜達臘馬山，從側面進攻穆爾。在法軍攻擊下，英軍加快撤退速度。 １８０９年１月３日，拿破崙在阿斯托爾加把指揮權移交給了蘇爾特，自己火速迴轉巴黎，因為已有確切消息表明：奧地利將在春天發動進攻。沒有拿破崙的親自指揮，戰果遜色不少。蘇爾特在追擊英軍的過程中，雖使穆爾身負重傷，但未能阻止其主力部隊登船撤走。而且，英軍不久又重新出現在葡萄牙。
此時的拉納軍正在圍攻薩拉戈薩城。該城已堅守了幾個月之久。 １８０９年１月２７日，拉納佔領了該城的外圍工事，並攻入城中。但在城中，拉納又遭到前所未有的英勇抵抗。每一棟房屋都變成了堡壘，每一間茅舍、馬棚、地下室、頂樓都必須經過戰鬥才能佔領。這種激烈的戰斗在這個已被法軍佔領的城市中整整進行了３個星期，法軍士兵不分青紅皂白屠殺了一切人，包括婦女兒童。然而，只要法軍士兵稍一疏忽，婦女兒童也會殺死他們。法軍屠殺了２萬名守衛部隊和３萬多名城市居民。拉納元帥是位驍勇的騎兵，他曾參加過拿破崙指揮的所有激烈的戰鬥，在他的頭腦中幾乎沒有"恐懼"二字，然而，他卻被眼前可怕的情景震動了，無數具男人、女人和兒童的屍體並排躺在血流成河的街道上，整個城市死一般的寂靜。拉納不無感慨地對身邊的人說：“這是怎樣的一場戰爭啊！我們被迫要殺死這樣勇敢的人們，即使他們是瘋狂的人們，這場胜利也只能使人感到憂傷！”
西班牙的戰爭遠未結束，反法烈火在１８０９年春仍在熊熊燃燒。英勇無畏的西班牙人民拖住了拿破崙３０万精銳部隊，拿破崙從此不得不承受由於自己的野心所造成的沉重負擔。
第四次對奧戰爭奧地利於１８０５年奧斯特里茨戰敗後，一心不忘復仇雪恥。維也納宮廷任命查理大公為陸軍部長，全面進行軍事改革。經過一段時間，奧地利已編成４萬常備軍，２４萬預備軍，後來又編成３４萬新軍。軍事力量已逐漸恢復的奧地利見拿破崙忙於西班牙的戰爭，便蠢蠢欲動。可懦弱的弗蘭西斯皇帝雖受主戰派的極力慫恿，還是不敢跨出開戰的第一步。最後，在英國的公開要求下和俄國的暗示中，奧皇毅然決然地宣戰了。不過，首先不是向法國宣戰，而是向其盟國萊茵同盟宣戰。 １８０９年４月９日，擔任奧地利部隊總司令的查理大公向巴伐利亞法軍總司令致送照會如下：
“我遵照奧地利皇帝陛下向拿破崙皇帝發表的宣言，特此通知法軍總司令：我奉命率領部隊前進，凡是同我敵對的人都以敵人對待。”
信使將這份照會的抄件飛速送往斯特拉斯堡，再從該地以快訊傳往巴黎。 ４月１１日，拿破崙在聖克魯接到這個消息。對此消息，拿破崙感到意外，但不驚慌。兩個小時之後，他就登程去了德意志。戰爭的緊迫性再次激發了他的活動能力，１５日，他就率軍越過了萊茵河。 １７日，他在多瑙沃耳特設立大本營，並向該地士兵發表了一篇簡短有力的宣言，他說：
“士兵們！萊茵同盟的領土已遭到侵犯，奧地利將軍希望我們看到他們的部隊就逃跑，把我們的盟國丟失給他們，可我卻像閃電般地到來了。
“士兵們！當奧地利君主上次來到摩拉維亞營地的時候，我就在你們的環繞之下，你們都曾聽到這位君主哀求我寬大為懷，並且向我發誓要同我建立永恆的友誼。作為三次戰爭的勝利者，我們給予奧地利寬大之恩，可它三次違背了誓約！我們過去的成就是我們現在期待的勝利的可靠保證。
“因此，讓我們勇敢直前，讓敵人一看到我們就承認我們是他們的勝利者！”
拿破崙從未經歷過如此危險的軍事情況：他的３０万精銳部隊被牽制在西班牙戰場上，他不得不提前在法國征召新兵，同時又從德意志各國強迫徵兵１０萬，來補充他的軍隊，普軍隊質量因此而下降。而奧地利則集結了自己的全部力量，他們同心同德，立志要把拿破崙打垮。不過，拿破崙仍對勝利充滿信心，他在出征前這樣說：“兩個月以後我要讓奧地利放下武器，那時如果需要的話，我將重新完成在西班牙的旅行。”這又是一次拿破崙發揮普軍事才能的好機會，他所喜愛的詩人奧西安喜歡向暴風雨的呼嘯聲撥弄豎琴，拿破崙也同樣需要政治風暴和敵對因素來表現他的非凡才能。
法奧的第一次大戰是在巴伐利亞的阿本斯貝格進行的，奧軍被擊退，損失１３０００多人。第二次戰鬥是４月２２日在艾克繆爾發生的，查理大公損失慘重，被迫北退累根斯堡。
法軍因受大拉比爾河的限制，未能及時追擊。次日，拉納元帥在完成迂迴之後，開始強攻累根斯堡，拿破崙親臨現場指揮。這場戰鬥進行得異常激烈，拿破崙的腳部被敵軍砲彈打傷，他脫下靴子，命人將傷口迅速包紮好，然後又端坐在馬上，若無其事地指揮戰鬥。身邊的將領勸他下陣休息，他回答說：“朋友們，難道我不該戰鬥到底嗎？"他嚴禁任何人談論他受傷的事情，以免擾亂軍心。累根斯堡終於被攻下了，奧軍主力撤至多瑙河左岸。拿破崙進入累根斯堡時，忍著劇烈的疼痛，微笑著向那些對他歡呼的士兵還禮。與此同時，法軍在泰根、蘭次胡特也取得了勝利。五天當中，拿破崙贏得五次血戰的勝利。
奪佔了累根斯堡之後，法軍主力經多瑙河右岸直趨維也納，只留下達武軍監視奧軍主力退卻。 ５月８日，拉納軍團首先抵達維也納近郊，城郊守軍不戰自降，可城內馬克西米利安大公率領的奧軍還在負隅頑抗，他們緊閉城門，從城樓上猛烈地向下掃射，法軍傷亡慘重。
為了減少傷亡，拿破崙委派拉格拉熱上校前去敦促大公投降，不想遭到城中軍民的一頓痛打，馬克西米利安大公回复說：他誓死保衛維也納，直到最後一口氣。拿破崙忍無可忍，立即下令構築兩組砲台。一小時後，砲彈像雨點似地向維也納城傾瀉而去，維也納頓時淹沒在火海之中。 ５月１３日，維也納的大門終於向拿破崙敞開了，市長將維也納的鑰匙恭恭敬敬地呈獻給法國皇帝。
奧軍雖在幾次血戰中連連敗北，卻未受到致命的打擊。他們在查理大公的指揮下，有秩序地撤到多瑙河左岸，炸掉了河上所有橋樑，準備與拿破崙作曠日持久的周旋。而拿破崙則想再打一次奧斯特里茨戰役，所以，他決心渡過河去，尋求與奧軍決戰的機會。
拿破崙將渡河地點選在維也納東南的凱撒埃比爾多夫。此處河床較寬，河中央還有個較大的羅堡島，島上樹木叢生，可掩護部隊渡河。法軍用６８條大船和９個大木筏在多瑙河右岸與羅堡島之間架起一座堅固的浮橋，在羅堡島至多瑙河左岸的阿斯佩恩和埃斯林之間，則架設了一座比較輕便的舟橋。為了迷惑奧軍，拿破崙命達武軍團進至維也納北面的諾斯多夫，佯裝架橋渡河。
５月２０日１６時，浮橋架設完畢，法軍立即開始渡河。拉納和馬塞納兩軍團最先渡過河，並佔領了附近的兩個村莊阿斯佩恩和埃斯林。夜間，河水漸漲，再加上浮橋其材不善，法軍渡河出現了困難。 ２１日拂曉，拿破崙與貝爾蒂埃、馬塞納、拉納等軍官一同去阿斯佩恩察看地形，全力組織渡河。但多瑙河仍在漲水，渡河行動只得中止。這時渡過河的部隊僅３萬人。
此時的奧軍正好駐紮在阿斯佩恩和埃斯林兩村莊後面的高地上，法軍渡河行動簡直就是在奧軍眼皮底下進行的。查理大公見法軍在羅堡島與左岸之間只架設了一座輕便的舟橋，心中暗自高興，他認為拿破崙已給自己布下了死亡陷阱。在他看來，龐大的軍隊從唯一的一座舟橋上越過湍急的大河，各部隊只能緩緩地依次行進，一旦軍隊被迫退卻，此橋必不能應急。若是此橋被毀，則法軍的退路完全被切斷。另外，輕便的舟橋一點也不牢固，步兵過橋尚且小心翼翼，騎兵和砲兵渡河就更加困難。鑑於這種分析，查理大公決定：先不忙於發動攻擊，待一半法軍渡河以後，再迅速毀掉舟橋，殲滅已經渡河的法軍。他下令上游部隊準備好裝有載重物和引火物的船隻，以便在適當的時候破壞橋樑。同時，命令主力注意隱蔽，避免暴露，只以部分騎兵佯作抵抗，並逐漸後退以引誘法軍。
２１日中午１２時，查理大公覺得進攻的時機已到，他親自率領９萬餘人，分五路向阿斯佩恩和埃斯林進發，企圖圍殲已渡河的３萬法軍。一場激戰開始了。此時法軍正是背水而戰，退卻已不可能，拿破崙斷然下令以寡敵眾。經過幾番較量，法軍旗兵受挫，奧軍進一步向河邊壓來。與此同時，查理大公按其預定計劃，利用不斷上漲的河水，從上游放下裝有重物和縱火物的船隻，毀掉了法軍與羅堡島之間的唯一的舟橋，法軍退路被完全切斷。身處險境的法軍毫不畏懼，依然頑強地戰鬥著。激戰持續了一個下午，阿斯佩恩先後易手達七次之多。直到夜幕降臨，雙方仍未分勝負。
這天夜晚，法軍利用夜色的掩護，迅速地修復了舟橋。滯留在羅堡島上的法軍很快地過了河。到天亮時，北岸的法軍已增至７萬人。拿破崙重新部署軍隊，準備對奧軍發起猛攻。
可部署未完，激戰又起，奧軍再次猛攻阿斯佩恩和埃斯林。雙方短兵相接，用刺刀衝殺，兩地處於反复爭奪之中。
２２日７時，拿破崙親臨戰場觀察，發現中央的奧軍並未發動攻擊，這時又聽說達武軍已開始渡河，於是，他決定依靠強大的援軍擺脫守勢，實行中央攻擊方案，對敵中央進行殲滅性的打擊。他命令拉納軍團向布萊屯里方向進攻。拉納率步兵２萬人、大砲２００門及龐大的騎兵縱隊，直撲奧軍中央。拉納軍攻勢兇猛，步兵隨炮火速進，奧軍第二、四軍團的接合部被突破，形成了一個很大的缺口。法騎兵迅速突入，直驅奧軍預備隊的陣地。這時，查理大公沉著冷靜，挺身危地，穩定士氣，他調來預備隊的擲彈兵急驅突破口。擲彈兵排成許多方隊，以密集炮火射擊，壓住和殺傷了中央法軍。奧軍的騎兵也及時趕來，穩定了陣勢。
拉納部隊被阻，雙方互射。在奧軍的砲擊下，法軍只得倉皇后退。奧軍乘勝追擊，並集中炮火猛擊通往羅堡島的橋頭，成批成批的法軍倒斃於橋頭。
當奧軍步步進逼、法軍逐漸後撤時，一名副官心急火燎地前來報告：多瑙河洪水咆哮，奧軍放下的樹木和裝有重物的船隻沖毀了羅堡島與多瑙河右岸的浮橋，後備軍的車輛、一部分重騎兵和達武軍被阻隔在河對岸無法投入戰鬥。元帥們聽到這一消息後，大驚失色，唯有拿破崙一人不以為然，他毫不起餒，沉著鎮定，用自己鋼鐵般的意志穩定了部隊，繼續指揮戰鬥。奧軍攻勢越來越猛。由於浮橋被毀，法軍失去後援，拿破崙不得不下令全軍退往羅堡島。
奧軍乘勢而進，奪佔了阿斯佩恩和埃斯林。奧砲兵利用已佔的兩個村莊，對羅堡島與左岸的舟橋交叉射擊，法軍且戰且退，傷亡慘重。拉納元帥也在退卻中受了傷，他的雙腿被砲彈打飛，被人用擔架抬出戰場。擔任後衛的馬塞納頑強地阻擊著奧軍的追擊。這位英勇的元帥看見士兵和軍官成批地倒在自己的身旁，毫不畏懼，一直率領部隊戰鬥到夜慕四垂，他不時地大聲喊道：“只要有一點亮光，我就不願撤走。否則，這些奧地利無賴傲氣大盛。"馬塞納經過堅韌抗擊，終於成功地掩護了最後一批法軍撤上羅堡島。
法軍被困在羅堡島，十分危險。如果查理大公乘勝猛攻，定能將法軍全部趕下河。但是，查理大公雖是奧地利最傑出的軍事指揮官，可他擅長的不是進攻而是防禦，他過分拘泥於傳統戰略，他的目標不是殲滅敵人，而是要攻城略地。更為嚴重的是他為人優柔寡斷，缺乏指揮官所具有的那種鋼鐵般的意志。雖然他才３８歲，但健康狀況不好，而且缺乏熱情和主動精神。查理大公這一性格上的弱點，使他在具有火焰般性格的拿破崙面前相形見絀。在戰爭一開始時，他在巴伐利亞打了幾次敗仗就驚慌失措，趕緊給拿破崙寫求和書。如今取得了第一次勝利之後，又表現出猶豫不決。他沒有乘勢擴大戰果，他對法軍仍心存畏懼，企圖等待更為有利的時機再戰。因此，他沒有繼續攻擊困在島上的法軍，而是按兵不動，與法軍隔河對峙。他甚至想像著拿破崙在此敗局之下會與奧國談判，他期待著談判桌上取得更大勝利。可他萬萬沒想到這正好給具有鋼鐵般意志的拿破崙以時間，拿破崙乘機整軍再戰，改變敗局。