耶拿之戰１８０６年１月２６日，拿破崙離開維也納回到巴黎，受到無數狂歡民眾的歡迎。幾天后，一個令人興奮的消息傳來：拿破崙的死敵、英國首相威廉·皮特去世，英國要求與法國簽訂和約。威廉·皮特是第三次反法同盟的創立者和鼓吹者，他希望這個耗費了幾百萬黃金建立起來的聯盟能夠阻止法國向英國進攻。然而，奧斯特里茨一戰使得這一聯盟土崩瓦解。
議員們開始指責威廉·皮特，反對黨要他下野，皮特經受不住精神上的震動，就此一病不起，過了幾個星期便一命嗚呼。格蘭維爾繼任為英國首相，他任命了同情法國大革命的福克斯為外交大臣。福克斯一貫反對皮特的對外政策，他真誠希望法國和英國能和平相處。於是，福克斯派亞爾默思勳爵去巴黎進行和談。
拿破崙向亞爾默思勳爵表示：如果英國在他的條件下簽訂和約，他願把漢諾威還給英王。消息傳到普魯士，整個宮廷大為震怒。普魯士曾用了兩個侯國交換了漢諾威，只是由於英國因此要對其宣戰，才讓拿破崙的軍隊繼續駐紮該地。如今拿破崙又將漢諾威作為與英國和談的籌碼，普魯士政府感到自己受了極大的欺騙。特別是那些在１８０５年曾極力主張加入反法聯盟的人對此更是憤慨，他們斷言，如果當時毅然決然地加入反法聯盟，便會預防奧斯特里茨的失敗，也不致使普魯士今天在同拿破崙面對面的鬥爭中陷入孤立無援的境地。
這時，拿破崙為了鞏固自己對德意志西部和中部部分地區的統治，決定建立萊茵同盟。
１８０６年７月１２日，德意志各國君主根據拿破崙的命令簽訂了相應的條約，萊茵同盟正式形成。參加同盟的有巴伐利亞、符登堡、巴登等１６個西部和南部的德意志國家。這個同盟選舉拿破崙為自己的保護人。為了對皇帝的"保護"表示感謝，同盟有義務在發生戰爭的情況下為拿破崙提供６３０００名士兵。許多以前服從奧地利哈布斯堡王朝皇帝們的獨立小國，現在都要受到萊茵同盟各國君主的管轄，他們的領土也都劃入萊茵同盟各國。整整存在了１０００年的"神聖羅馬帝國"名存實亡。 １８０６年８月，奧地利皇帝根據拿破崙的建議，取消了"神聖羅馬帝國"，廢除了“德意志皇帝"的稱號。
與此同時，拿破崙開始在被佔領地區給身邊的高官重臣、兄弟親戚封王封爵。繆拉元帥為克累弗和貝格大公爵，貝爾蒂埃為納夏泰爾大公，路易·波拿巴為荷蘭國王，塔列蘭為貝涅維特大公，貝爾納多特為本特·科爾諾大公，康巴塞雷斯為巴馬公爵，勒布倫為起亞琴察公爵，這些人是拿破崙在這些地區的全權代理人。
萊茵同盟的成立及佔領區各重要官員的任命使得普魯士極為不安。普魯士看到拿破崙的權力已深入到德意志的心臟，直接威脅著普魯士的領土完整，反法情緒日益高漲。 １８０６年４月８日，普魯士向法國發出最後通牒，要求法軍立刻從德意志土地上撤出。拿破崙根本不予理睬。 ６月，拿破崙公開向立法院宣布，他有４５萬軍隊，而且有足夠的經費來維持，不用借貸，也不會發生赤字。同時他將２０萬軍隊集中到萊茵河兩岸的阿爾薩斯、洛林和萊茵同盟各國。拿破崙的所作所為激起了普魯士主戰派的狂熱情緒，他們咒罵國王是膽小鬼，不敢去碰一碰科西嘉島的小矮子，同時譴責主和派首領豪格維茨是祖國的叛徒。軟弱無能的國王正逐漸受到主戰派的控制。
７月６日，俄國外交官烏布里來到巴黎，名義上是來談判，實際上是來探聽英法之間的和平究竟有多大可能。兩個星期後，塔列蘭與烏布里簽訂了法俄和約的初約。不過，俄皇亞歷山大並不急於批准這項和約，他要看法國與亞爾默思勳爵談判的結果如何。
英法兩國在談判桌上討價還價，互不相讓。這時傳來一個意外消息：外交大臣福克斯去世了。福克斯是英國唯一竭力主張與法國議和的人，隨著他的去世，英法談判也宣告結束，俄皇也就拒絕批准法俄和約。
７月２４日，普、俄就同法國作戰問題達成秘密協定。根據協定：一旦普法戰爭爆發，俄國則用武力援助普魯士。這時期魯士與英國的關係十分微妙，儘管兩國表面上因漢諾威問題處於劍拔弩張的緊張狀態，而實際上，英國正極力慫恿普魯士對法作戰，並保證提供大量英鎊支援。這樣，以俄普為中心、由英國提供經費的第四次反法聯盟又開始形成。
普魯士的軍官們熱血沸騰，磨刀霍霍，決意要為祖國所遭受的侮辱、欺騙討個公道，要對拿破崙的飛揚跋扈進行報復。路易莎王后和費迪南親王成為這一派的首領。普魯士的軍隊開始行動起來，一個個團隊高唱著愛國歌曲經過柏林和馬格德堡，向西方開去。國王和王后騎在馬上檢閱了集中在馬格德堡及其西部地區的軍隊。
對於普魯士的孜孜備戰，拿破崙早已得到情報。 ８月份，拿破崙在德意志南部集中了１９．２萬人的大軍。 ８月９日，普魯士國王宣布總動員。 ８月２５日，普魯士召開了第一次軍事會議，會上決定成立兩個軍團，由布倫瑞克公爵和霍恩洛厄親王指揮。另建立一支獨立軍，由呂歇爾將軍指揮。 ７１歲的布倫瑞克任總司令。此後，普軍及其盟國薩克森軍開始向南推進。 ９月底，他們集結在一條寬７０英里的正面上，中路是布倫瑞克指揮的第一軍團７萬餘人，左路是霍恩洛厄指揮的第二軍團５．５萬人，包括薩克森士兵在內。右路是呂歇爾將軍指揮的獨立軍５萬人，其中包括兩個薩克森師。
普魯士軍隊曾在菲特烈大帝時威震一時，一些宮廷長官、軍事將領以及路易莎王后至今仍對其軍隊的威力深信不疑。他們認為，只要普魯士軍隊給拿破崙以勇敢的一擊，拿破崙的大軍就會一敗塗地，保王黨就可以在後方舉行暴動，拿破崙的政權會因此被推翻，波旁王朝可以輕而易舉地複闢。然而，這些自信的人卻忽略了一個事實，那就是如今不是菲特烈大帝時代，普軍的後勤、武器裝備大多停留在５０年前菲特烈大帝時代的水平，其戰術思想仍固守傳統的"線式戰術"那一套，僵硬的隊形、遲緩的動作和有順序的排槍仍被認為是戰無不勝的，而對法軍寬鬆的隊形和比較放任的射擊紀律不屑一顧。普軍對於法國革命後法軍所發展的機動性和戰術彈性簡直毫無所知。普軍的將軍亦多年老保守者，年輕有才幹的人很難有機會破格提升。這些年老保守者一味以菲特烈時的老將自居，妄自驕矜，對新情況，新戰術漠不關心，且又重視排場、形式而不重實效。更為嚴重的是普將之間互不服氣，指揮難以統一，這必將導致行動遲緩，各行其事。所有這些，已預先決定了這場大戰的勝負。
９月２５日，拿破崙離開巴黎。 ３天后，抵達梅因茲。至此，他對敵人的行動、實力及作戰計劃不甚了解，他所知道的僅為薩克森和普魯士締結了同盟，他必須對付他們的聯合兵力。法國陸軍對這個新戰場很不熟悉，因此，拿破崙堅持在尚未發動作戰之前應盡量蒐集一切有關地形的情報，他派工兵軍官前去偵察從圖林根森林通往普魯士和薩克森的道路。 １０月１日，拿破崙寫信給貝爾蒂埃說：“我希望你把曾作道路偵察的工兵軍官留在符茲堡，因為我要親自詢問他們有關地形性質的問題。……在班堡要建立一個麵包製造廠，能供給８萬人４天的口糧。班堡為一切軍事行動的中心。假使我們被豈不得不如此，則我想能在１０日前發動進攻。”
實際上，此時的普軍仍未有明確的作戰計劃。 ９月２４日和２５日，普軍諸將會於瑙姆堡，商議作戰計劃。霍恩洛厄的意見是：布倫瑞克主力軍團迂迴圖林根山，由法蘭克福方向前進，以一部守備該山；自己率軍越過法蘭肯森林，經拜律寺、班堡前進；呂歇爾軍在右翼游動，取守勢。總司令布倫瑞克則認為：以霍恩洛厄軍的一個師對付、牽制拜律寺方向的法軍；其餘的師均與主力會合，越過圖林根山，經愛爾富特至維爾茨堡取攻勢，切斷法軍交通線，奇襲其營地；呂歇爾軍則向法蘭克福大道前進，牽制東進的法軍。兩種方案引起了激烈爭論，兩位將軍各執己見，互不相讓。普王見此情景，只好將兩種方案來個折衷，以主力越圖林根山，霍恩洛尼越法蘭肯山，同時進入南德。然而，雙方仍不滿意。這時，又有人提出了第四種方案、第五種方案。命議連續開了１０天，仍然沒有得出結果，只好暫時休會。
１０月３日，拿破崙來到符茲堡，會見了偵察地形的工兵軍官，布萊門上校就是其中之一。布萊門上校曾冒充薩克森軍官，大搖大擺地通過普魯士防線，他經過柯堡、耶拿、薩爾費德，最後抵達瑙姆堡，為拿破崙帶回了大量重要情報和資料。拿破崙聽取匯報以後，估計敵軍主要展開在耶拿——埃森納赫一線，而且左翼是暴露的，只有一支２０００人的小部隊進行掩護。根據這個判斷，拿破崙決定：集中法軍主力於右翼，以繆拉指揮的６個騎兵師為前衛，向拜律寺和霍夫方向實施主要進攻，大膽迂迴普軍左翼；同時，以路易·波拿巴指揮的兵力在法蘭克福方向牽制普軍的行動，並充當法軍的總預備隊。為了實施上述計劃，拿破崙將法軍劃分為左、中、右三路縱隊，分別向前開進。左路為拉納的第五軍、奧熱羅的第普軍，沿科堡、魯多爾施塔特之線開進。中路為貝爾納多特的第一軍、達武的第三軍、近衛軍和騎兵的大部，沿班堡、科堡、珀斯內克之線開進。拿破崙的大本營隨該路行動。右路為蘇爾特的第四軍、內伊的第六軍和巴伐利亞軍，沿安貝克、拜律寺、霍夫之線開進。拿破崙大軍在３０英里寬的正面上以三支平行縱隊前進，各軍都處在可以相互支援的距離內。
負責指如右路法軍的第四軍軍長蘇爾特，在這個迂迴普軍左翼的計劃中處於舉足輕重的位置。為了使他對自己的戰略計劃有著精確的了解，拿破崙不厭其煩地向他詳細解釋自己的意圖。 １０月５日，他特意寫了一封信給蘇爾特，信中道：“我要分三路侵入薩克森，……當你到達霍夫時，其他各縱隊也都會到達與你平行的位置。我通常將在中央縱隊的頭部。以如此巨大優勢的兵力集中在狹窄的正面上，你應能認清我是不允許敵人有任何機會的。不管敵人怎樣部署，我都要以兩倍於他的兵力向他進攻。""我相信騎兵是普魯士陸軍中最可怕的部分，但以你所有的步兵，若能構成方陣，則也就沒什麼可怕了。不過，在戰爭中任何預防措施都是不可疏忽的。在你的各師中務必攜帶３０００到５０００挖拙工具，以便必要時可以構築防禦陣地，甚至一條壕溝也都是有用的。""假如你所遭遇的敵軍兵力少於３００００人，你可以與內伊會合後，再向其作集中攻擊；但假使敵人已據有良好的防禦陣地，則行動必須慎重。到達霍夫之後，你的首要任務是與羅本斯坦、艾貝斯多夫和希萊茲建立聯繫。那時我將在艾貝斯多夫。當你離開霍夫時所獲得的情報可以決定你的下一次行動，或者向中央靠攏，或者再向疲勞恩前進。依照我今天所獲的報告，敵人似乎是趨向我的左翼，因為其主力似乎是在愛爾富特。”“我必須堅持對於你一路所發現的任何事情都應該經常向我報告，以便讓我了解敵情的變化。你也可能會想到運用這樣一個２０萬人的營方陣是一種卓越的成就，那必須有相當的技巧和許多行動。”
拿破崙之所以對自己的戰略計劃作如此詳細的解釋，是因為他把這種"營方陣"即２０萬人的３支平行縱隊以３０英里寬的正面前進看成是戰勝普軍的關鍵所在。一旦在正面上碰到敵人，他可以用一個縱隊迎敵而用品他兩個縱隊來迂迴；如果敵人在側面上出現，兩軍可以立即左右展開迎敵，而其餘兵力則為支援。
１０月７日，拿破崙接到普魯士國王的最後通牒：要求所有法軍撤出日耳曼領土，否則，"西西里島晚鐘事件"①將會重演。這是拿破崙開始戰爭的最好藉口。法軍開始通過人口稀少的圖林根地區向北進發，每人攜帶４天口糧。在符茲堡、班堡和弗赫漢還準備了１０天的補給量。
---------------------------①係指西西里島的巴勒摩人民於１２８２年３月３０日夜掀起的反法運動。當時人們以晚禱的鐘聲為號，群起反抗法國人的專橫，這一運動波及全島。
普軍直到１０月５日才統一作戰方案，其計劃是：主力集結於埃森納赫、戈塔、愛爾富特一線，並向西南前進；左側由霍恩洛厄軍團掩護，費迪南親王指揮的前衛從耶拿向南進到薩爾費爾德，陶恩齊恩的薩克森師則向霍夫挺進；呂歇爾軍於右翼牽制法軍。
普軍的調動十分緩慢，因為當時期魯士人尚未採用軍的編制，總司令的命令必須分傳給１４個師。與此相反，拿破崙的命令只須傳給６位軍長，每個軍團接到命令後，立刻起程，一路上馬不停蹄，晝夜行軍。 ６個軍所組成的營方陣如同壓路機一樣迅速地向前滾動。
１０月８日，繆拉的前衛在霍夫遇上陶恩齊恩的薩克森師。法國旗兵如旋風一般向敵人卷去，薩克森士兵哪見過如此強大的陣勢，沒戰多久便倉皇北退。剛退到希萊茲，又碰上貝爾納多特的前衛。薩克森師腹背受敵，損失慘重。
１０月１０日，拉納元帥逼近薩爾弗爾德城，霍恩洛厄軍團前衛費迪南親王率領的９０００人正駐紮在此地。費迪南親王年輕有為，精力充沛，但缺少實戰經驗，又剛愎自用。他不顧一切向法軍發起進攻，雙方展開一場激戰。由於費迪南親王兵力有限，很快就被法軍打垮。但費迪南親王仍不服輸，親自參加肉搏戰，一位法軍下級軍官大聲喝道：“上校，投降吧，否則就叫你去見上帝。"親王一聲不吭，舉刀便向這位軍官砍去，這位軍官舉刀回敬，刀尖刺進親王上身，親王當場倒斃。
普軍的初期失敗，使得布倫瑞克大為驚慌。尤其是費迪南親王的陣亡，給整個大軍罩上了一片愁雲。這時布倫瑞克猛然發現了自己犯了一個嚴重錯誤：向符茲堡前進恰好使自己的左面和後方暴露在法國優勢兵力之下。於是，他決定立即退到馬格德堡和易北河谷，以便掩護其與柏林之間的交通線。右邊的呂歇爾軍也奉命退回魏瑪，霍恩洛厄軍則奉命將兵力集中在耶拿以西的高原上以保護左翼。
１０月１１日，蘇爾特的右翼縱隊已經到達疲勞恩，貝爾納多特的中央縱隊在奧馬之北，左翼的拉納已進入薩爾費爾德。蘇爾特在９日夜間送回一個情報，說敵軍正在從疲勞恩退向吉拉，拿破崙斷定敵軍主力會集中在此地，並準備在此地進行大會戰。可不久，繆拉又報告說，他的騎兵已通過吉拉，並未發現敵人踪影，薩克森部隊似乎已向西通過羅達退往耶拿。拿破崙不得不推翻先前的判斷。現在法軍的三支縱隊已相當集中，可拿破崙對敵人的部署還是一無所知。
１０月１１日午夜之後，拿破崙在奧馬接到繆拉的報告，至此，他才對敵軍的位置獲得一點線索。這時，法軍又截獲了一些敵方文件。從文件中分析，拿破崙估計普軍主力在愛爾富特和魏瑪之間。 １２日凌晨４時，拿破崙向拉納發出指示：“所有截獲的文件都顯示敵人已經喪失其頭腦。他們晝夜高談，但不知如何決定。你應能明了我軍正在集中，我要切斷他們到柏林的道路。現在就是要遇著敵人就猛攻，以求將其各個擊破，而不讓他們集中。”
同時，他又給繆拉下命令說：“午前我將趕到吉拉。你知道我還在包圍敵人，但我必須有關於其意圖的情報。在柴茲的郵政局也許可以向你提供若干情報。在前進時，要勇敢地攻擊一切敵人。達武元帥正在把他所有的騎兵直接送往瑙姆堡。憑著你的騎兵你應能橫掃整個萊比錫平原。”
拿破崙此時對勝利充滿信心，他寫信給塔列蘭說：“情況發展完全和我兩月前在巴黎所算計的一樣；我從來沒有錯過，一切都使我深信普魯士人絕無倖免的機會。他們的將領完全是白痴。”
在處理完繁忙的軍務之後，拿破崙總忘不了給皇后約瑟芬寫信，這是他歷來的習慣。 １０月１３日凌晨２時，他給約瑟芬寫信道：“我的事務進行得頗為順利，一切都恰如我所希望的。……我的健康極佳，儘管每天氣馬或乘車要走４５英里到６０英里，但體重反而增加。我８時入睡而午夜起床。”
１３日上午９時，蘇爾特、奧熱羅、內伊、拉納四軍奉命集兵耶拿，準備渡過薩勒河，前去攻擊正集中在魏瑪和愛爾富特之間的普軍主力。同時，拿破崙命貝爾納多特軍和達武軍聽到耶拿炮聲後，立即攻擊普軍左翼。
１３日下午３時，拉納送來報告，說法軍已經佔領耶拿城，並將１２０００人的敵軍趕向魏瑪。另外，法軍還發現有３００００敵軍駐在耶拿以西３英里的魏瑪大道上。拿破崙興奮不已，他斷言一場與其軍主力的大會戰即將開始，普軍是兔子尾巴長不了了。 １小時後，拿破崙趕到耶拿，他徒步登上耶拿城西北１英里半的蘭德拉芬高地，仔細觀察了敵軍前哨所扼守的陣地。他命拉納守住這塊高地，以掩護耶拿附近薩勒河上的渡口。
１３日夜間，大霧籠罩著薩勒河谷及其四周的高地，法軍借助著這濃霧，神不知鬼不覺地整夜沿著狹窄彎曲的小路調動兵力。
正如拿破崙所料，普軍１３日之前在魏瑪、耶拿一帶集結兵力達１８萬人，數量對法軍處絕對優勢。此時若能積極迎戰，尚可與法軍抗衡。然而，大戰即將來臨，普軍的戰守之策仍存分歧。一種意見認為普軍應轉進北方，另一種意見則認為應趁法軍渡河之機發動進攻。
軍事會議在大本營開了９小時，久議不決。在軍情緊急之際開如此冗長的會議，喪失了寶貴的戰機和時間，法軍得以更多地集兵，形成對耶拿的包圍之勢。 １３日，普軍得知要地瑙姆堡被達武軍所佔，頓時震駭。布倫瑞克早無決戰之意，便同意主力轉進北方。普軍臨陣退卻，無異於怯敵逃跑，這使本來就不甚明確、統一的作戰計劃更加混亂，士氣極為低落。
法軍集兵耶拿後，即作準備攻擊。 １０月１４日拂曉，天氣異常寒冷，晨霧越來越濃，拿破崙由一群侍衛簇擁著，騎著馬來到部隊中間，檢查戰鬥前的準備情況。他們打著火把行進，有意大聲喧嘩。拿破崙不時地同士兵和軍官們交談，激勵他們的鬥志，他一再宣稱：今天氣魯士軍隊的處境，就和一年前奧地利軍隊在烏爾姆的處境一樣。拿破崙走到哪裡，哪裡就是一片歡呼聲。歡呼聲穿過濃霧，傳到了普軍兵營，普軍個個心驚膽顫，預感到厄運的來臨。
６時許，拿破崙下令攻擊，法軍乘霧而進。拿破崙萬萬沒想到此時他們面對的只是擔任後衛的霍恩洛厄軍團，普軍主力早已悄悄北退了。戰鬥一開始，法軍就佔了上風，霍恩洛厄的幾個師被打得落花流水。拉納軍繼續攻擊前進，霍恩洛厄命２００００人排成密集的橫隊，向拉納軍團發起猛烈攻擊。拉納見敵眾我寡，命軍隊採取守勢。剎那間，法軍不見了，只見一顆顆子彈、一串串炮火從房屋後、從果園裡、從斷牆邊不斷朝密集的普軍飛來。於是，軍事史上最出奇最不幸的怪事出現了：一個極為壯觀的步兵陣線，在整整兩個鐘頭內，站立在開闊地帶上，任其法軍無情火力的掃射，而毫無還手之力，因為他們根本找不到還擊的目標。普軍死傷枕藉。
霍恩洛厄見情勢危急，急派人向在魏瑪的呂歇爾軍求援。呂歇爾軍距此地僅１０公里，但遲遲不至。薩克森師也未能及時投入戰鬥。與此同時，法軍卻是援兵迭至：蘇爾特軍團的二個師已進至拉納軍團的右翼；內伊軍團精兵一部也已參戰；奧熱羅軍團第二師進至普軍右翼薩克森附近；騎兵軍團五個師亦將集於戰場。 １０時左右，濃霧消散了，和煦的陽光照耀著威武雄壯的法國部隊，顯得那樣精神抖擻，士氣高昂。普軍在法軍的打擊下，已奄奄一息。霍恩洛厄見形勢不妙，終於不顧一切，把所有預備隊都投入了戰鬥，企圖堅持到呂歇爾援軍的到來。
中午１２時左右，拿破崙意識到發起最後攻擊的時刻到了，立即將預備隊、近衛軍、騎兵軍全部投入戰鬥，向已動搖的普軍猛撲過去。普軍抵擋不住，沿著山坡潰逃，法軍窮追猛打，普軍死傷者無數。與此同時，扼守魏瑪公路的三個薩克森師全被圍殲。
這時，霍恩洛厄還抱著最後一絲希望，就是援軍馬上到來，使潰散的部隊躲在援軍後面，以免全軍覆沒。不過，呂歇爾將軍可沒有他那樣焦急。他接到求援信後，不慌不忙地將１５０００人排列整齊，緩緩而行。直到下午２時，呂歇爾的先頭部隊才與法軍遭遇。普軍排著整齊的隊形，邁著穩健的方步，剛剛靠近法軍，還沒來得及排開戰鬥架式，就被蜂湧而至的法軍打得無法招架。 １５分鐘內，損失兵力一半以上，倖存的普軍紛紛掉轉頭來，朝著魏瑪方向猛逃。在法軍旗兵的追擊之下，呂歇爾身負重傷，差點喪命。
下午４時，法軍成縱隊追擊普軍的殘兵敗將。他們如秋風掃落葉一般橫掃著一切，不抓俘虜，不聽求饒，見普軍就殺，潰逃的普軍大都成為法軍的刀下之鬼。夜幕降臨時，追至魏瑪的法軍在一片勝利的歡呼聲中得意地返回了耶拿城。到此時之止，拿破崙仍然認為他所擊敗的是普軍主力。
拿破崙回到耶拿城時，第三軍一個明托布里安的上尉已在那等候多時。這位上尉向拿破崙報告說：第三軍在奧爾斯塔特擊敗了由布倫瑞克指揮的普軍主力５００００人，普魯士國王和他的大本營也包括在內。拿破崙簡直不相信自己的耳朵，他大聲地對托布里安說：“你們元帥把一個人當成了兩個人吧！"可事實的確如此，托布里安的報告千真萬確。
１３日夜間，普王和布倫瑞克率領普軍主力從愛爾富特和魏瑪向北撤退，途經耶拿西北２０多公里的奧爾斯塔特，普王決定在此地宿營，這時，已佔領了瑙姆堡的達武軍接到拿破崙的命令，叫他選擇最短路線，盡快抵達耶拿以北的阿波爾達，威脅敵軍左翼。達武軍立即行動。 １４日６時，達武先頭部隊抵達奧爾斯塔特東北的漢森豪森村，濃霧之中，正好遇上普軍主力的前衛施美陶的步兵師和布呂歇爾的騎兵師。達武先頭部隊立即構成方陣，集中火力射擊，打退了普軍旗兵的４次沖擊。施美陶的步兵師因受火力阻攔，難以繼續前進，便與法軍形成對峙。 １０時許，達武軍後續兩師先後趕到，但普軍的後續部隊也於此時趕到。普軍５００００多人從左右兩翼猛烈攻擊達武的２００００多人，達武處境十分危險。
這時，就在奧爾斯塔特附近的貝爾納多特軍明知達武處境危險，卻見死不救。貝爾納多特素與達武關係不和，他覺得去協助達武作戰有失尊嚴。幸好普軍仍拘泥於橫隊密集型的"線式戰術"，呆板的方陣很快就受到法軍靈活機動的火力殺傷。普軍總司令布倫瑞克見法軍頑強抵抗，親率一團榴彈兵衝鋒，不想被彈丸擊中雙眼，造成致命重傷，被抬出戰場。普軍群龍無首，各師各自為戰，很快就處於不利地位，普王只得下令向魏瑪方向撤退，準備與霍恩洛厄和呂歇爾兩軍會合，明日再戰。
普王撤退途中，正好與耶拿戰場上的殘兵敗將迎頭相撞，他不禁仰天長嘆道：一切都完了。兩股敗軍合在一起，形成一股混亂的人流，沒命地向魏瑪方向逃跑。法軍旗兵在後面緊緊追趕，戰刀在敗兵耳邊呼呼作響，人人驚恐萬狀。路易莎王后，這位不久前還在疆場上鼓舞士氣的巾幗英雄，這時也騎著馬落荒而逃。兩名法國旗兵舉著馬刀緊跟其後，王后嚇得魂不附體。好不容易來到魏瑪城門前，一支強大的法國龍騎兵又向她疾馳而來。王后見勢不妙，不顧一切地衝進城去。城門關上了，王后終於撿了一條性命。
原想狠狠教訓一下科西嘉窮小子的普魯士國王，在戰鬥打響後一周就遭到了徹底失敗。
特別是１０月１４日這一天，法軍一下子取得了耶拿和奧爾斯塔特兩大戰役的勝利，普軍幾乎全軍覆沒。拿破崙對部下的英勇作戰非常滿意，對達武以２００００人的劣勢兵力打敗５００００人的普軍主力更是稱讚不已。但有一人使拿破崙很不高興，那就是貝爾納多特。他對貝爾納多特不去援救達武非常惱怒。他在瑙姆堡當著一批軍官的面說：“我要是把他提交軍事法庭，他準會被槍決。我不對他說這些，但是他不至於不明白我對他的行為是怎麼想的。他有很強的榮譽感，自己不會不知道他的行為是可恥的。"因貝爾納多特的妻子是拿破崙過去的戀人，是約瑟夫妻子的姨妹，憑著裙帶關係，貝爾納多特沒受重罰。
普軍在繼續潰退，拿破崙估計普軍的自然退卻方向為馬格德堡，於是，１０月１５日，法軍兵分三路，開始了戰史上著名的大追擊。普軍在潰退過程中，人數一天比一天地減少，絕望的驚恐心情一天比一天地加重。 １６日清晨，普軍敗退部隊指揮官美倫多夫在愛爾富特率軍萬人向繆拉投降。普王害怕法軍右路部隊的追擊，不敢回柏林，而是東向俄國求救。 １０月２０日，霍恩洛厄避開法軍，將各軍團近４００００多名殘兵聚集起來，守御馬格德堡。這些殘兵個個赤手空拳，垂頭喪氣，霍恩洛厄料想這支隊伍難以力敵，自率２４０００人分三路退往斯德丁堡。 １０月２８日，霍恩洛厄在普倫茨勞被繆拉軍團團團圍住，不得不率軍萬人、馬１８００匹、炮６４門投降。
就在霍恩洛厄投降的前一天，拿破崙隨同４位元帥、騎兵擲彈兵、近衛輕騎兵得意洋洋地進入柏林。柏林市長畢恭畢敬地把首都鑰匙交給了拿破崙，請求他赦免柏林。拿破崙下令商店繼續營業，生活照常進行。柏林市民懷著恐懼和尊敬的心情迎接了拿破崙，表現出絕對的服從。拿破崙來到柏林市中心廣場，這裡豎著腓特烈大帝的半身塑像。拿破崙壓低劍頭，率先脫帽向腓特烈大帝致敬，軍官們紛紛效仿。在普魯士王宮裡，拿破崙找到了腓特烈大帝的寶劍、他的頸甲以及勳位綬帶和鬧鐘，他讓人把這些東西帶回巴黎，交榮軍院保存，他說：“在繳獲的普魯士國王的珍寶中間，我最喜歡的就是這些戰利品。我要把這些東西送給參加過漢諾威戰役的老兵，他們將會把這些東西作為偉大軍隊的勝利和羅斯巴赫戰役失敗後所進行的複仇的象徵珍藏起來。"同一天，拿破崙還命令把腓特烈大帝為紀念法國人在羅斯巴赫的失敗而建立起來的紀念圓柱運回首都去。
拿破崙進駐柏林後，命令部隊繼續追擊普軍的最後殘餘。這時，布呂歇爾和魏瑪公爵又從四散逃命的敗兵中集合了２００００多人，向北逃去。一路上受到貝爾納多特、蘇爾特和繆拉三位元帥的猛烈追擊。布呂歇爾進入了靠近丹麥國境的盧卑克。丹麥國王出於對拿破崙的恐懼，堅決不准布呂歇爾入境。 １１月７日，三位元帥進入盧卑克，一場激烈的巷戰開始了。布呂歇爾的這群烏合之眾哪是法軍對手，不多一會，就有６０００士兵被擊斃或俘獲。
布呂歇爾帶著１４０００人衝出城去。傍晚時分，在盧卑克近郊的平原上，布呂歇爾及其隊伍被法軍團團圍住，只得放下武器投降了。
在法軍的嚴厲打擊下，普魯士到處籠罩著絕望和沮喪，許多強大的城堡不加任何抵抗，就驚恐萬狀地投降了。馬格德堡是普魯士最後一個尚未投降的要塞，１１月８日，克萊斯特將軍帶領全部守軍向法軍投降，這個號稱第一流的強大要塞落入法軍手中。至此，普魯士戰役全部結束，幾乎所有普魯士城市都在法國當局的控制之下。
拿破崙從來沒有像現在這樣得意過。以弗里德里希大王的尚武精神培養起來的普魯士軍隊，自詡為歐洲最強大的軍隊，被他打得落花流水。在短短的一個月以內，作為歐洲四大國之一的普魯士消失了，整個歐洲為之震驚，德意志各小國更是驚恐萬狀，他們趕忙派人到波茨坦宮向拿破崙表示歸順。他們跪拜在他的面前，祈求寬恕和庇護；他們向他阿諛奉承，保證自己對他的忠誠之心。拿破崙陶醉在勝利之中，似乎整個世界已踩在他的腳下。
普魯士國王、路易莎王后以及他們的小朝廷極可憐地在其他地方流浪之後，躲藏到普魯士王國邊境小城美默爾城。普王沒料到他的各邦在這麼短的時間裡都落入拿破崙之手，很後悔發動這場戰爭。他致書拿破崙請求休戰，拿破崙回答說：“太晚了！但是不要緊，我希望停止繼續流血，準備聽取不至於損害這個國家的榮譽和利益的任何條件。"他召來了迪羅克將軍，告訴他：“代表我看望每一個傷兵，發給他們需要的一切慰問品。然後去找普魯士國王，如果他提出合理的建議就報告我。”
於是，普法雙方開始談判。拿破崙提出：將易北河以西的地方全部割讓給法國；普魯士賠償軍費１億法郎；承認薩克森及易北河以西的德意志諸邦加入"萊茵同盟"；普魯士將華沙、波森交還給法國等。後來又提出將但澤等９個要塞讓與法國。儘管條件很苛刻，但因普軍已潰散，普王只好在１１月６日暫時承諾了這些條件。
拿破崙被戰爭的勝利捧到了不可一世的地位，自我意志無限擴張，謀求新的勝利、新的榮譽、新的權力、新的空間已成為他生命中不可缺少的一部分。他決定要給英國以致命的打擊，１８０６年１１月２２日，拿破崙在柏林頒布了著名的“大陸封鎖令"，強迫整個大陸屈從自己的意志，同英國在經濟上打一場殊死戰。
外交大臣塔列蘭被召到波茨坦宮謁見皇帝，皇帝命令他立即向一切附庸國或半附庸國發出"大陸封鎖令"。這一法令宣布英國各島處於被封鎖狀態，禁止歐洲大陸各國同它們有任何通商往來；法國及其盟國軍隊不論在何處發現英國貨物和臣民，將分別予以沒收和監禁；任何違反此令的船隻，都將作為戰利品加以扣留。總之，凡是法國勢力所及之處，都不得同英國有任何交往，否則都被認為是犯罪，是對拿破崙尊嚴的背叛。拿破崙命令元帥們盡可能逐步完全地佔領北海和波羅的海沿岸地方，在那裡派上法國稅吏和憲兵，以杜絕和消滅走私行為。
歐洲以沉默的、恐懼的順從態度接受了封鎖法令。這一法令暫時斬斷了英國和歐洲的聯繫，這對一直用別人的手發動一次又一次反法聯盟的英國是一次極為沈重的打擊。英國還從來沒有同如此強大的對手較量過，它的英鎊暫時失去了作用，它唆使別人為自己火中取栗的政策暫時失去了活動場所，英國第一次面臨著整個歐洲大陸的挑戰。這是一次殊死的搏鬥，英國為了擺脫困境，又一次去找它的盟友俄國，告訴亞歷山大，如果他再恢復同拿破崙的鬥爭以拯救普魯士，英國將給予他財政上的支持。英國也去找了奧國，但奧國仍對奧斯特里茨戰役中的慘敗心有餘悸，而且奧國也極願意看到普魯士的毀滅，因為普魯士在１８０５年沒有參加第三次反法聯盟。儘管奧國在猶豫不決，但在彼得堡，英國如願以償了。
１１月２１日，普王在奧斯泰羅德召開御前會議，討論和約之事。會上意見分歧極大，斯坦因、福克斯和貝米等重臣堅決反對這些喪權辱國的條件，而主和派豪格維茨等則主張忍讓。正在爭論之時，傳來消息說英國已說服俄國幫助普魯士對付法國，俄國軍隊已在西進之中。普王精神為之一振，決定拿起武器再戰，以雪亡國之恥。
１２月１日，普王下詔整頓軍隊，嚴懲失職將領。甚切青、馬格德堡等要塞守將，因不戰而降，被撤職查辦；作戰不力而降、臨陣脫逃者也處以嚴刑；英格爾里本因棄守庫斯特林而被處死。普魯士軍民激於覆軍亡國之痛，也都願意武裝再戰。
法國派往各國的間諜很快將英俄談判的情況報告給了拿破崙皇帝。拿破崙一面實施大陸封鎖的各種措施，一面徵召軍隊，準備將俄國軍隊消滅在西進途中。
波蘭戰役俄國急於報奧斯特里茨失敗之仇，１５萬人的軍隊開進波蘭，氣勢洶洶地朝法軍旗去。
拿破崙也不示弱，立即發出向東挺進的命令，他要在即將到來的冬季裡給俄軍以打擊。他認為不能等待春天再行動，屆時俄國人將會集中一支巨大的兵力，而且奧國也可能會被誘惑加入他們的陣營。然而，在嚴寒的冬季，與尚不知其實力與潛力的俄軍交戰無疑是一次艱鉅而冒險的行動。法國大軍團共１４萬人，要前進１０００裡去打一場艱苦的戰役，不僅要供應軍糧，而且還要重新裝備過冬用具和補給冬衣，同時所經過的地區都是些森林、沼澤等人口稀少的地帶。不過，這些並難不住拿破崙，耶拿戰役之後，他曾發布一道命令，規定了柏林城以及其魯士各附庸所應進貢的物品及數量。這時，各普魯士城市奉命製造２８萬件大衣和２５萬雙軍靴，還要組成６座總醫院，包括一個專門治療性病的醫院在內。柏林要製造６０００床醫院床墊和９０００件醫院床單。
同時，拿破崙積極展開外交活動。首先，他利用波蘭人民的獨立情緒建立了一支波蘭軍隊。波蘭在１７９５年第三次被奧地利、普魯士和俄國瓜分以後，人民一直渴望擺脫被壓迫的困境，結束被瓜分的局面。拿破崙為了取得波蘭人的支持，保障未來作戰中後方交通線的安全，同時也想在與沙俄的衝突中爭取建立一個中間緩衝國，敏銳地抓住了有利的時機和條件，積極支持波蘭人實現獨立的願望。他號召波蘭人拿起武器，與法軍並肩戰鬥，把瓜分者徹底打垮。波蘭人積極響應了拿破崙的號召，迅速組織起一支３００００人的部隊，支持法軍的行動。
拿破崙還煽動了俄國邊境的土耳其和波斯的反俄情緒，這兩個國家在俄國南部邊界製造了不少麻煩。他們出兵侵入了多瑙河下游，在高加索佔領了沙俄的領土，迫使俄國派出一部分軍隊越過普魯特河，去征服土耳其和波斯。這樣，當拿破崙在波蘭紮紮實實地進行戰爭準備工作時，沙皇卻分散了精力，陷入了拿破崙為他準備的兩面作戰的圈套。
拿破崙以驚人的旺盛精力和廣泛的活動才能完成了這一系列的準備工作之後，立即開始了他的軍事行動。 １８０６年１１月，法軍開進波蘭，受到波蘭人民的熱烈歡迎。 １１月末，拿破崙得到消息說，俄軍的先頭部隊已經進入華沙，他命令繆拉和達武立即前往迎敵。
拿破崙的大本營設在波茲南，波蘭貴族紛紛派代表團來到這裡，懇求拿破崙立即重建獨立的波蘭王國。拿破崙出於多方考慮，雖表示支持波蘭人的獨立，但沒有提出任何重建波蘭獨立國家的實質性措施。他知道一旦他立即採取行動重建波蘭獨立國家，奧國會因失去波蘭這樣一個富庶而重要的省區而重上戰場，俄國人也將因失去波蘭領土而作殊死的戰鬥，這與俄國僅僅為履行作為普國的盟國的義務而作戰是不同的。那時，法軍面臨的敵人將是強大的。他對他的後任秘書拉普說：“我喜歡波蘭人，他們的熱忱性格令我高興，我願意使他們成為獨立的民族，但那是談何容易的事，這蛋糕分到手的人太多了，奧地利、俄羅斯、普魯士各得一塊，而且，火頭一經點燃，誰知道大火燒到何處為止。我首要責任是對法國的，我不能為了波蘭而犧牲法國的利益。總之，我們得把這事交給宇宙的主宰——時間，不知時間告知我們該怎麼辦。”
繆拉奉命率６６０００人前去佔領華沙和普羅次克之間的維斯瓦河一線。面對法軍的推進，俄軍前衛指揮本尼格森放棄華沙，向北撤退到納雷夫河上，以待後續部隊開來。 １２月１９日，拿破崙把他的大本營由波茲南遷到華沙。 ２３日，將法軍分成左、中、右三路，開始渡過維斯瓦河，向俄軍發起全面進攻。
面對來勢洶洶的法國三路大軍，年老的俄軍總司令卡門斯基感到有被切斷退路的危險，決定繼續向東北方向撤退，但他手下的兩員大將本尼格森和霍夫頓拒絕撤退，他們堅持要以納雷夫河為依托，阻止法軍東進。於是，俄軍在維希庫夫、普烏土斯克和戈維明一線展開，以待法軍來攻。
１２月２６日，法軍右翼拉納軍對普烏土斯克的本尼格森陣地發起勇猛攻擊，沒想到俄軍炮火十分猛烈，拉納幾次沖鋒均被擊退，損失慘重。拿破崙又集中蘇爾特、達武、奧熱羅三個軍向堅守戈維明陣地的霍夫頓發起進攻，霍夫頓軍同樣進行了頑強的抵抗。經過一天的激戰，俄軍被迫放棄陣地，向東北方向撤退。這天的天氣十分惡劣，時而下雨，時而飄雪，納雷夫河谷變成了沼澤地，泥濘滿路，有些地方竟至人陷過膝，馬陷及腹，車陷過軸，俄軍放棄了一切火砲，有秩序地撤走了。法軍因損失較大以及道路難行，無法繼續追擊俄軍。
戰鬥過後，雙方都在吹噓自己的勝利。 １０月２９日，拿破崙給皇后約瑟芬寫信道：
“親愛的，我只能告訴你一句話，我現在正住在一間破穀倉裡，我已擊敗了俄國人，並奪獲了３０門砲和他們的輜重，俘獲了６０００人。但天氣極壞，不斷地下雨，而且泥深過膝。”
俄國的本尼格森在給亞歷山大的報告中也吹噓說，他在普烏土斯克將拿破崙打傷了。不管雙方如何吹噓，他們心裡都明白：自己的對手是強大的，是不容易對付的。
面對惡劣的天氣及各種必需品奇缺的狀況，法國部隊已不像往常那樣熱情高漲，而是口出怨言，意氣沮喪。當拿破崙騎馬經過部隊時，再也聽不到"皇帝萬歲"的歡呼聲，聽到的只是長途行軍後的痛苦呻吟聲。北方的嚴冬、路面的泥濘以及士氣低落使得拿破崙認為繼續作戰已不可能，他決定讓軍隊就地宿營過冬，以待來年春季採取行動。
俄軍退到了納雷夫河上游的沃姆日阿及其以北地區。由於卡門斯基年老體弱，力不從心，在前次作戰中遠遠落在戰場後面，沙皇只好免去了他的職務，命令本尼格森接任俄軍總司令。本尼格森見法軍停止軍事行動，也讓俄軍宿營過冬。
這時，一個意外事件打破了拿破崙的冬營計劃。內伊的第６軍宿營在沃斯特魯達地區，由於此地人煙稀少，難以滿足部隊就地補給的需要，內伊擅作決定，派出一支部隊向北面較為富饒的地區進行一次突襲，以取得更多的給養。內伊的魯莽行動給本尼格森造成一種錯覺，以為法軍又開始了作戰行動，於是，他立即率領６３０００人向西前進，企圖將內伊趕過維斯瓦河。 １月２５日，俄軍迅速反攻到莫龍格地區。這一突如其來的反擊，嚴重威脅到法軍左翼和托倫這個前進補給基地的安全。 １月２５日，貝爾納多特的第一軍向莫崙格開進，擋住了俄軍的進攻。
拿破崙對內伊的魯莽行動極為惱怒。此時開戰，對法軍非常不利。可事情既已如此，拿破崙只得迅速作出反應。 １月２９日，他命貝爾納多特軍實施機動防禦，採取誘敵深入的方法，且戰且退，把俄軍誘到維斯瓦河一線，其餘兵力則向敵側後實施大迂迴，切斷敵軍退路，然後加以合圍殲滅。貝爾蒂埃立即派人將皇帝的命令送往各軍。法軍開始頂著鵝毛大雪飛速行軍，拿破崙的大本營也以驚人的速度搬遷著，１月３０日上午６時從華沙出發，３１日中午就到達威崙堡，一天多行程８０英里。 ２月３日，各軍都到達了預定的集結位置，準備對俄軍發起攻擊。
就在這時，貝爾蒂埃派去給貝爾納多特下命令的信使被哥薩克騎兵抓獲了，拿破崙的作戰計劃暴露無遺，本尼格森立即意識到自己的處境十分危險，於是，當機立斷，迅速率領部隊朝東北方向哥尼斯堡撤退。拿破崙見敵軍想溜，立即下令部隊向北追擊。貝爾納多特因未接到拿破崙的命令，留在原地沒有行動。
２月７日，由繆拉的騎兵和蘇爾特的第４軍組成的前衛在艾勞城追上了俄軍後衛。蘇爾特軍迅速迂迴到俄軍後衛的左翼，俄軍後衛見勢不妙，乘黑夜放棄艾勞，退回到主力所據守的陣地——艾勞東面的山脊上。這時，拿破崙的大軍都已趕到此地。
２月８日清晨，炮聲隆隆，戰鬥打響了。奧熱羅率軍勇猛地向敵軍陣地衝去，突然間風雪大作，法軍士兵幾乎睜不開眼睛，根本找不到射擊的目標。而此時的俄軍處於順風位置，他們把火砲架在山崗上，居高臨下地對風雪中迷失方向的法軍實施猛烈轟擊。法軍士兵一批批地倒下，奧熱羅也受了輕傷，這支部隊不得不敗下陣來，俄軍的哥薩克騎兵團乘勢收復了艾勞城。拿破崙見此情景，親自率領軍隊向敵人展開進攻。
這是一場名副其實的血戰。由於氣候惡劣，雙方打的是一場硬拚仗，往來廝殺，急劇搏鬥，屍橫遍野。這時，拿破崙意識到要使士兵在俄軍猛烈炮火下奮勇作戰，毫不退卻，他本人的行動將是關鍵。於是，在洛迪橋和阿爾科拉橋戰鬥中所出現的那一幕又重現了：拿破崙在連續好幾個小時的激烈戰鬥中，始終站在戰鬥的最前沿，俄軍砲彈打斷的樹枝不斷地落在他的頭上，有次他竟差點被落在附近的砲彈炸死，但他毫不畏懼。貝爾蒂埃多次下令備馬，讓他盡快撤離這個死神的王國，都被他拒絕。他站在那裡一動不動，冷靜地發出一道又一道新的命令，還不時地發出"好勇敢呀"的叫喊聲。他身邊的近衛軍換了一批又一批，腳下躺滿了軍官和士兵的屍體，他始終在那沒有移動位置。拿破崙的勇氣鼓舞著他的大軍，英勇的奧普爾將軍策馬奔至皇帝面前，大聲說道：“陛下，等著看我的刀吧，砍敵人的腦袋就像切奶酪一樣快！"他率領一個團隊冒著敵軍的砲火，勇猛地插入敵軍陣地，哥薩克士兵開槍掃射，把他們打得血肉橫飛，死裡逃生只有１８人。被迫揮師後撤的奧普爾將軍不甘失敗，又向敵人發起兩次沖鋒。第三次，他一邊沖向敵軍，一邊吼道：“胸甲騎兵們，以上帝的名義衝啊！勇敢的胸甲騎兵們，衝啊！"可是，敵人無情的掃射又使大批勇士倒下，跟著將軍衝上去的只有寥寥數人。很快，這幾個人也被敵軍擊斃，奧普爾將軍身中數彈，當場陣亡。法軍一批批地倒下，新的軍隊又不斷補充上去，拿破崙依然站在他們中間巍然不動，與敵人展開殊死的搏鬥。
戰鬥進行了一整天，雙方損失極其慘重，拿破崙與本尼格森都有些吃不住勁了，士兵們也已達到了精疲力竭的地步。正在這關鍵時刻，達武軍克服風雪阻撓，成功地迂迴到敵軍左翼。俄軍受到夾擊，防線開始動搖。夜幕低垂時，本尼格森終於堅持不住了，率領全軍向哥尼斯堡撤退。
由於損失嚴重和天氣惡劣，法軍已無力量實施有力的追擊，只是在第二天由繆拉率領少數騎兵象徵性地追趕一段。艾勞一戰是拿破崙自指揮作戰以來流血最多的一次戰役。 ８００００法軍參加戰鬥，損失了１５０００人。俄軍損失更為嚴重，７３０００人中損失了１８０００人。雖然法軍最終成為戰場的主人，但拿破崙心裡很清楚：本尼格森並沒有真正被打敗，他還保持著威力強大的、十分善戰的軍隊。
艾勞之戰後，醫院裡住滿了傷員。在戰場四周好幾公里以內的空氣中，充滿著屍體腐爛的臭味，病菌也在迅速地傳播開來，拿破崙決定離開這個地方，他將法軍向西南撤了幾十公里，準備在帕薩格河西岸休整、補充，宿營過冬。
大批法軍遠離本國幾千里，既缺乏糧食，也沒有過冬裝備，傷病員充滿醫院，還需要補充新兵。拿破崙騎著馬，踏著泥濘的道路，到醫院裡慰問傷病員，到部隊中和士兵談話，他總是盡最大努力解決一切困難。為了激勵艱苦環境中的士兵，拿破崙沒有到奢華的華沙宮去舒舒服服地過冬，而是留在前線與士兵同甘共苦。他寫信給哥哥約瑟夫說：“在１５天中，我沒有脫過一次鞋。我們生活在雪和污穢之中，沒有葡萄酒，沒有燒酒，沒有麵包，我們吃馬鈴薯和肉。長途行軍和後撤，沒有一點舒服的地方。作戰通常是進行血刃戰，或者冒著槍林彈雨，受傷的人被放在敞篷的雪橇裡，運到５０里路之外……我們盡全力作戰，也受盡戰爭的折磨。”
為了準備來年春天的戰爭，拿破崙撤銷了在艾勞戰役中損失嚴重的第普軍，提前徵召了１８０８年度的８００００名新兵，把其中２５０００人補充到前線各軍。同時，積極採取外交手腕，誘使土耳其對俄國採取更有力的進攻行動，迫使沙皇亞歷山大一世不得不把更多的部隊調到同土耳普軍隊作戰的前線。拿破崙還向波斯派去一個使團，希望波斯國王能在俄國東部各省區給俄軍以打擊。西班牙也接到了拿破崙的一份文件，文件要求西班牙支援法軍１５０００人，西班牙國王不敢稍有遲疑，立即將１５０００人送到拿破崙軍中。拿破崙還簽訂了不少條約，根據這些條約，法軍中又補充了不少德國人、意大利人和荷蘭人。
這幾個月強制性的軍事上的沉寂，是拿破崙活動最緊張的時期。他以其旺盛的精力和堅強的意志解決了許許多多各式各樣的問題。幾乎每隔三四天，就有來自巴黎、阿姆斯特丹、米蘭、那不勒斯和柏林的信使們求見。他們帶來大臣們的奏摺及元帥和地方長官的戰鬥報告，請求拿破崙過目，然後，再帶走拿破崙作出的最後決定。拿破崙有時住在穀倉裡，有時住在農舍中，不知疲倦地閱讀文件、口述命令和決定。在一天當中，他草擬了關於加強稅關檢查的命令；簽署和修改了為軍官兒女設立學校的章程；申斥了自己的弟弟、荷蘭國王路易；命令了巴伐利亞國王加強在提羅爾的監督。他還注意到了文學，他對《法蘭西水星》雜誌上的文學觀點十分生氣，命人立即改變這個雜誌的全部文學見解，順便挑選新的編輯，讓新的編輯放聰明些。他也熟悉里昂絲業的生產情況，也知道巴黎國家劇院的演員們為什麼彼此勾心鬥角。他命令把斯塔埃爾夫人趕出巴黎，因為她具有自由主義的思想方式。他審查財政部的報表，發現了其中的錯誤和不准確的地方。他任免了意大利的官吏，發出關於密切注意奧地利及其軍事準備活動的指令，還規定要在普魯士城市和鄉村進行人口調查。
如此眾多紛繁複雜的事情，都被拿破崙迅速而明確地解決了。人們對他的工作狂熱態度感到驚訝，他可以幾天不睡覺，毫不倦怠地擬訂著各種政策和計劃，有人曾這樣評價他：他的毅力遠比他的智力更可怕。
１８０７年５月２６日，但澤的普魯士守軍經過長期的圍困後，終於向法軍投降，法軍不僅拔除了側後的這顆釘子，而且還在那裡發現了大量糧食和各種物資。糧食問題在春天明顯好轉起來。
與此同時，俄軍也在加緊補充兵力和物資。亞歷山大一世為了在將來的戰鬥中更有把握取勝，他在集中俄國人民的物質力量的同時，還準備集中俄國人民的一切精神力量。他向東正教的領袖們發出了求援信，牧師們立即起來響應，他們宣布拿破崙是惡魔的先驅，是基督教信仰的兇惡敵人，因為他頂禮膜拜穆罕默德，拒絕信奉基督教。他發動對俄戰爭，目的就是要摧毀東正教。牧師們號召俄國人民行動起來，同反基督教的惡魔進行聖戰。可是，亞歷山大一世還沒來得及把人民的宗教情緒煽動起來，一場大會戰已悄悄地拉開了序幕。
５月初，隨著天氣的變暖，拿破崙命令前線各軍開始集中，充分做好戰鬥準備。 ６月５日，俄軍巴格拉季昂部首先發起進攻，直逼內伊的第六軍，因為此軍離俄軍駐地最近。由於眾寡懸殊，內伊且戰且退。拿破崙本打算６月１０日向俄軍展開進攻。現在，敵人突然進攻，拿破崙也不慌張，他立即草擬了一個新的計劃，命第一、三、四、八軍和第五軍迅速發動反攻，俄軍在來勢兇猛的法軍打擊下，被迫退進海爾斯堡要塞。
海爾斯堡深溝高壘，是普魯士多年經營的重點要塞之一。 ６月１０日，雙方在海爾斯堡展開了一場激烈的戰鬥。法軍連續攻打一天，未能取勝，而且傷亡慘重。俄軍經過一天的頑強抵抗後，也已精疲力盡。正在這關鍵時刻，法第三、四兩軍從俄軍右翼向其側後迂迴，準備切斷要塞守軍與哥尼斯堡的聯繫。要塞中的俄軍驚慌失措，主動放棄海爾斯堡，朝哥尼斯堡退卻。
６月１２日，法軍轉入追擊。拿破崙決心在敵人進入哥尼斯堡要塞之前，拿下這個普魯士的最後據點。雙方軍隊都在冒著大雨行軍，為搶先到達目的地進行了一場意志和耐力的競爭。
６月１４日凌晨３時，法軍第五軍趕到弗里德蘭。這時，俄軍也已到達這裡，正準備利用阿勒河上的唯一一座橋樑渡河。拉納立即命令已到達的部隊就地展開，搶占有利地形，架好火砲，進行射擊，以阻止敵軍渡河行動。拉納以１００００人的兵力頑強地抗擊著俄軍５００００人，俄軍欲進無路，欲罷不能。戰鬥從凌晨一直打到下午５時，每個法軍都在咬緊牙關，堅持到生命的最後一分鐘。就在這時，拿破崙率領著第六、第八、第一軍和近衛軍趕到了，疲憊不堪的拉納軍歡呼雀躍起來。這一天正好是馬倫哥會戰七週年的紀念日，拿破崙向歡呼的士兵高聲說：今天是大吉大利的日子，是馬倫哥大捷的紀念日，俄軍將在這一天重蹈奧軍的覆轍。法軍士氣更加激昂。
拿破崙立即對戰場進行了一番勘察，他發現俄軍犯了一個致命的錯誤：俄軍急於渡河，５００００人全部集中在狹窄的阿勒河灣，而背後只有一座橋樑。於是，拿破崙一面將法軍分成三路前去包圍弗里德蘭陣地，一面集中炮火向俄軍猛射。拿破崙親赴戰場指揮戰鬥。俄軍非常勇敢地進行自衛，俄軍砲彈不斷落入法軍陣地。有一次，砲彈從拿破崙頭上飛過，與他站在一起的一個士兵慌忙地趴在地上，拿破崙對這位驚慌失措的士兵說：“如果這顆砲彈是命定要擊中你的，你就是躲到地底下１００英尺，它也會找到你的。"儘管俄軍十分頑強，但指揮官的致命錯誤把他們全毀了。面對猛烈的砲火和前來包圍的法軍，俄軍無路可逃，被擠壓在三面環水的口袋裡。數千門大砲隆隆吼叫，驚天動地，俄軍唯一的生路——大橋被轟斷了，拿破崙站在前沿激動地大喊：“就這樣再堅持兩個小時，這里站的全是法國士兵了！"俄軍困獸猶鬥，拚命頑抗，拿破崙命令老近衛軍精銳部隊朝敵人開火。法軍愈攻愈猛，俄軍精疲力竭，無法繼續抵抗，只得跳入阿勒河中，溺死者無數，倖存者向北倉皇逃去。
與此同時，蘇爾特元帥率軍朝哥尼斯堡加速前進，很快就成了哥尼斯堡的主人。潰敗的俄軍再也不能進入哥尼斯堡，只得繼續逃跑，猶如決堤的河水，一瀉不可阻遏。他們渡過普雷格河，還是一步不停地向北敗逃，直到跨過涅曼河為止。
弗里德蘭一戰，俄軍損失１５０００人，其慘狀絲毫不亞於奧斯特里茨的情景。俄軍已經喪失了再戰的信心，６月１９日傍晚，在涅曼河南岸的法軍前哨陣上，俄軍巴格拉季昂部的一位軍官舉著白旗，送來了總司令本尼格森請求休戰的公函。拿破崙立即表示同意。
俄皇亞歷山大一世直到最後一分鐘還不相信自己的失敗。早在６月１２日，俄軍慘敗於海爾斯堡的消息傳來後，俄國宮廷的意見就發生了分歧。沙皇的弟弟康斯坦丁·巴夫洛維奇用尖銳的措詞勸說亞歷山大與拿破崙休戰，他大叫道：“陛下，如果你不希望和平，那麼，最好給每個俄國士兵一支實彈手槍，命令他們全體自殺。當前這次新的戰鬥將帶給您同樣的結果，這次新的戰鬥必然會為法軍打開您的帝國大門。"１５日早晨，涅曼河邊的提爾西特到處都在流傳著一個悲慘消息：俄軍的三分之一在弗里德蘭被消滅了，總司令本尼格森驚慌失措，倖存的士兵已不願再戰。亞歷山大起先不相信，但這一流言很快就被無情的事實所證明，俄國上下一片恐懼，似乎世界的末日即將來臨。
法軍已經打到俄國大門口了，亞歷山大的心情比奧斯特里茨戰鬥之後的心情還要糟。他在沙弗里同庫拉金公爵談到：“我們損失了多得驚人的軍官和士兵，我們所有的將軍，特別是優秀的將軍，不是受了傷就是得了病。當然，普魯士會受到很大的痛苦，但是在某些情況下，主要應該想到保存自己，想到自身，並且只以國家的幸福這一條準則為行動歸依。"不難看出，此時的亞歷山大與以前那個瘋狂的亞歷山大判若兩人，戰爭使他乖巧起來。為了本國利益，他可以拋棄普魯士，甚至可以和自己的敵人站在一起。所以，當本尼格森請求亞歷山大同意簽訂和約時，亞歷山大立即應允了。
６月２２日，亞歷山大派洛巴諾夫公爵去見拿破崙，拿破崙在提爾西特的行宮裡接見了這位公爵。在同洛巴諾夫談話時，拿破崙走到一張地圖前，指著維斯瓦河說：“這就是兩個帝國的邊界，在邊界的一邊應該由你的君主統治，另一邊則由我統治。"洛巴諾夫立刻心領神會：拿破崙已打算把普魯士消滅掉，而且還要瓜分波蘭。
亞歷山大呆在沙弗里，忐忑不安地等待著洛巴諾夫公爵的消息。在沙皇周圍，聚集著許多宮廷人員，他們個個都像秋天裡的樹葉似的瑟瑟發抖，生怕拿破崙的先頭部隊會攻來。不久，洛巴諾夫公爵帶回了消息：拿破崙同意停戰和簽訂和約。整個宮廷欣喜若狂。亞歷山大馬上命人告訴法國皇帝：他熱切地希望同拿破崙訂立親密的聯盟，並且只有法俄聯盟才能給全世界帶來幸福與和平。最後，他還通知說，他想親自會見法國皇帝。
１８０７年６月２５日下午兩點鐘，兩國皇帝舉行了第一次會見。為了使亞歷山大皇帝不必走到法軍所佔領的涅曼河岸，而拿破崙也不必走到俄國的涅曼河岸，拿破崙下令在河中央安置了一排大木筏，木筏上構築了一間裝飾華麗的房屋，兩邊各有一門通向室內。屋頂上高踞兩隻風信雞，其一隻代表俄羅斯之鷹，另一隻代表法蘭西之鷹。在法軍佔領的岸邊，排列著拿破崙的全部近衛軍；在俄國岸邊，站立著亞歷山大為數不多的侍從人員。
在禮炮的轟鳴聲中，兩國皇帝同時出現在岸邊。霎時，熱情的歡呼聲和叫喊聲震耳欲聾。兩國皇帝同時上船，但拿破崙搶先一步進入房間，他打開房間的另一扇門，站在木筏邊，迎接亞歷山大皇帝。
兩國皇帝進行了熱情地擁抱。隨後，屏退左右，進入房間，開始了長談。拿破崙問：
“皇帝，我們該為什麼打仗呢？”亞歷山大答道：“我和你一樣痛恨英國人，你對他採取各種措施時，我是陛下的一名助手。""這樣，一切都容易解決了，和平已經確立。"拿破崙高興地說。接著，他又說：“我們直接會談，不通過我們的部長，這樣我們會更好地相互了解。我們一小時的活動會比他們幾天的談判所取得的進展還要大，我們兩個人，不要有第三人。"隨後，兩國皇帝相互恭維。分手時，雙方都表現出親善和信任的表情，人們已看不出這兩人曾是多年針鋒相對的敵人和對手，人們覺得他們倒像是遊樂會上相逢的老朋友。亞歷山大事後對人說：“我對任何人從來沒有像對他這樣有過那麼多的偏見，但是，經過三刻鐘的談話，這些偏見有如夢幻，完全消失了。要是我早一點見到他就好了！隔閡已經消除，誤解已成過去。"拿破崙對亞歷山大也有較高的評價，他說：“剛剛見過亞歷山大皇帝，我對他很滿意。他的智力比一般人所說的要高。”
拿破崙與亞歷山大長達兩小時的會晤急壞了等在涅曼河岸邊的一個人，那就是普魯士國王弗里德里希·威廉。戰鬥已停，國土被佔，威廉顯得萬分傷感，他唯一的希望寄託在戰勝者的寬宏大度上。他等在岸邊，希望拿破崙也召他去，可是一直沒有。直到第二天，拿破崙才允許同他會見，而且是以十分鄙視的態度對侍他。分別的時候，拿破崙邀請亞歷山大共進午餐，卻沒有邀請他，只是對他勉勉強強地點了一下頭，然後就轉過身去。此後，拿破崙與亞歷山大幾乎天天見面，他們輪番舉行著豪華宴會，他們一起騎馬巡遊和狩獵，根本不去理睬普魯士國王。即使有幾次拿破崙允許普魯士王來見，也不談正事，而是申斥和痛罵威廉。
“卑下的國王，卑下的民族，卑下的軍隊，這個國家欺騙所有的人，它不值得存在下去。"拿破崙曾如此尖刻地對亞歷山大談其他的朋友普魯士，亞歷山大對這些咒罵卻報以親熱的、文雅的微笑。當然，微笑之後，他還是小心翼翼地請求法國皇帝多少給普魯士留下一點東西，儘管它有這些應該受到懲罰的毛病。
處於絕境的普魯士國王想起一條美人計來，他寫信叫如花似玉的路易莎王后前來提爾西特，他希望拿破崙在同美人會談時能減輕對自己的憤怒。當然，人們也知道拿破崙極少受女人影響，即使是他所迷戀的女人。所以，有人提醒這位美人不要胃口太大，所提的要求要適可而止，哪怕只歸還馬格德堡也好。於是，婀娜多姿的王后來到提爾西特，她不放棄女性的任何一個嬌媚動作來引誘征服她丈夫的人。兩位皇帝都被花容月貌的王后吸引住了，競相向她獻殷勤。有一天，拿破崙贈給王后一朵漂亮的玫瑰花，王后猶豫片刻後接過花朵，帶著迷人的微笑說道：“至少應該同時贈給我馬格德堡。”拿破崙爽快地答應與王后商談此事。拿破崙與路易莎王后在宮中單獨會談了很久，普王威廉三世在外面忐忑不安地等待著。最後，在群臣的注視下，威廉三世再也忍受不住自己的這種可恥境地，他壯著膽子走了進去，皇帝和王后的親密談話被打斷了，而路易莎王后還未取得預期的結果。後來拿破崙與自己的元帥們開玩笑說：“假如普魯士國王再遲一點走進房間，我就會不得不讓出馬格德堡。”
經過兩個