５月１６日，拉納前鋒抵達秀麗的奧斯塔山谷，其他部隊迅速地接踵而降。到這時為止，拿破崙的軍隊不曾遇到任何抵抗，梅拉斯將軍完全蒙在鼓裡。 １７日，法軍抵達沙蒂隆。在這裡遇上了小股奧軍。面對突如其來的法軍，奧軍驚慌失措，他們做夢也沒想到這個方向也會冒出一支法國軍隊。由於倉促應戰，再加上兵力懸殊，奧軍很快敗北而逃。
５月１８日，法軍繼續向東挺進，不料卻碰上了一個十分堅固的堡壘巴爾德堡，法軍的前進受到阻礙。巴爾德堡位於多臘巴爾特亞河谷的左岸，地勢十分險要，控制著進入皮埃蒙特平原的狹窄通道。 １９日，貝爾蒂埃親自前去偵察，向拿破崙呈上如下報告：“今天我去偵察巴爾德堡，那是一個真正的障礙。它聳立高岩之上，圍有兩道圍牆，裝有兩層砲台，下層１２門，上層５門。通過巴爾德村的道路完全在其控制之下。我們雖能把一些步兵送過去，但必須攻占此堡壘，才能保證砲兵通過。"前衛部隊開始攻打巴爾德堡，但因地形不利，未能攻下，只好繞道而行。 ５月２１日，法軍攻占了伊夫里亞鎮，俘獲３００名奧軍和１４門大砲。然而巴爾德堡的奧軍仍在固守，法軍砲兵無法通過。拿破崙靜等了３天，巴爾德堡仍未投降，他終於按捺不住了，"我等不及了，"他說：“這些蠢才永遠攻不下巴爾德堡，我得自己去。”
２３日，拿破崙親自來到一處可以俯瞰巴爾德堡砲台的高地，匍伏在灌木叢中，仔細觀察砲台。他以不快的口氣指出進攻部隊的幾個錯誤後，下令在他標明的地點構築一座新砲台，他肯定地說：從那裡發射幾發炮火就可迫使砲台投降。命令下達完後，他就下山去伊夫里亞鎮宿夜。 ６月１日，巴爾德堡終於投降。
法軍主力終於走出阿爾卑斯山區，皮埃蒙特平原就在眼前。現在拿破崙有三個作戰方案可供選擇：一是主力直逼熱那亞，以解馬塞納之圍。這可以吸引奧軍主力回救，並可能合擊奧軍而取得勝利，也顧全了與部下的關係。但奧軍有可能退守待援，致使戰事拖長，艱苦的大迂迴不起應有的作用。二是主力進逼都靈，與杜勞軍會合，尋找機會攻擊奧軍主力。但對解馬塞納之圍無濟於事，且難形成戰略包圍之勢。三是主力直取米蘭與蒙塞部會合，迂迴奧軍背後，切斷聯絡線，形成戰略包圍。但局部將受損失，熱那亞的馬塞納部不得不被放棄。
拿破崙權衡再三，決定採取最後一種作戰方案。
這時，一份急報送到拿破崙手中：敵人仍在圍攻熱那亞，並不斷加強砲擊，熱那亞危在旦夕。要向該地進軍，則一分鐘也不能浪費。拿破崙將這份急報棄之一旁，隨即分派各部大軍去佔領指定地點；拉納軍團進逼都靈，掩護主力右翼，並奪取波河上的渡河點。繆拉進占波河南面的皮亞琴察，以切斷奧軍退卻線。主力則直趨米蘭。 ６月２日，主力未受奧軍抵抗便進占了米蘭。
奧軍主將梅拉斯於５月底確信拿破崙已率軍橫越阿爾卑斯山。起初他以為拿破崙的預備軍只有六七千人，可當他知道法軍的數目要比他想像的多得多時，而且在他意想之外的地點和方向出現時，甚為驚慌。梅拉斯判斷法主力會南下都靈，便留下奧特部繼續圍攻熱那亞，自己率主力北進都靈。這時拉納軍正好南下，梅拉斯為自己的"正確判斷"慶幸不已，決定停留待敵。不久，傳來急報，說法軍主力已進占米蘭，梅拉斯這才大呼上當，立刻在亞歷山大里亞集中兵力，準備迎戰法軍。
６月４日，馬塞納軍盼援不至，彈盡糧絕，不得不同奧將奧特談判，以"率守兵全部，不解除武裝"為條件，退出該城。奧特留兵一部據守熱那亞，餘軍向亞歷山大里亞挺進。途中又奉命改向皮亞琴察，以確保波河渡口。
６月７日，拉納和繆拉的部隊分別渡過波河，向亞歷山大里亞前進。 ６月８日，佔領斯特拉德拉西面的伏赫拉。 ６月９日，在芒泰貝洛附近，法奧二軍展開了長達９小時的惡戰。
拉納擊敗了前去佔領皮亞琴察渡口的奧特軍。
同一天，拿破崙離開米蘭。次日，同貝爾蒂埃一起渡過波河，抵達斯特拉德拉。在這裡，組織司令部，調整戰鬥兵力，準備迎接大會戰。這時有個意外消息使拿破崙興奮異常，那就是狄舍將軍從埃及回到了法國。拿破崙命狄舍將軍速來意大利前線報到。 ６月１１日上午，狄舍將軍趕到斯特拉德拉。拿破崙以最和善的態度接見了他。狄舍將軍是位能征慣戰的勇將，１７９８年在上尼羅河谷戰役中表現極佳。雖然拿破崙對一些戰功卓著的將領有些猜忌之心，怕他們懷有野心與自己分庭抗禮，但狄舍將軍從未使他不安，他太了解狄舍的才能和平格。狄舍謙遜沒有架子，既堅定又和平。他只爱荣耀，心中毫無任何野心和追求政治權力的想法。拿破崙當他是最衷心的人，兩人的友情達到熱烈的程度。狄捨一來，拿破崙就同他密談了３個小時。第二天便發布命令通告全軍，狄舍擔任布台那一師的師長。當秘書布里昂對此大惑不解時，拿破崙說：“我同他談了很久，自有我的原因。他將常任我的副官。我一回到巴黎就要任他為司法部長。只要我力所能及，我會立他為親王。我發現他的個性很有些古風。”
這時的拿破崙對奧軍的真實企圖和確切位置一無所知。他派出軍隊在８公里寬的正面上向亞歷山大里亞方向搜索前行，可一連三天沒有遇上奧軍，拿破崙好生奇怪，難道梅拉斯不准備北渡波河與法軍作戰？他根據各種跡象考慮良久，認為梅拉斯可能是向南撤往熱那亞，因為在熱那亞，奧軍可以得到英國艦隊的支援和補給，還可以繞道摩德納返回曼圖亞要塞。
對於一位要避免決戰的將軍來說，撤往熱那亞是最好決策。於是，拿破崙在６月１３日中午作出決定：將法軍的預備隊分為兩個部分，其中莫尼爾師和拉波普師繼續留在原地，充當主力的預備隊；狄舍師向南搜索，切斷亞歷山大里亞至熱那亞的道路。
１３日下午，法軍左翼先頭部隊加爾達師在亞歷山大里亞東南５公里處的馬倫哥附近與奧軍相遇，經過８小時的激烈戰鬥，奧軍支持不住，向亞歷山大里亞退卻。由於天色已晚，敵情不明，法軍停止了前進。
拿破崙於天黑之前趕到馬倫哥。這時他還不能最後斷定梅拉斯的真實意圖，他擔心奧軍會隨時向兵力分散的法軍發動突然進攻。於是，他命令加爾達立即查明馬倫哥西面的博爾米達河上的橋樑情況。沒過多久，偵察兵回來報告說：博爾米達河上只有一座橋樑，而且已被奧軍徹底破壞。這一情報使拿破崙堅定了先前的判斷，認為梅拉斯已經徹底放棄北渡波河決戰的企圖，準備向南撤往熱那亞。因此，不待各軍集中靠近，便下令就地宿營，維克托軍團孤立地駐紮在馬倫哥村。
芒泰貝洛戰役後的亞歷山大里亞一片混亂。奧地利參議會見奧軍同其戰線和軍火庫隔絕，陷入拿破崙軍和絮歇軍之間，茫然不知所措。幾經躊躇之後，梅拉斯在１１日派出一支強大的分隊對付絮歇，其餘的奧軍繼續以博爾迷達河和亞歷山大里亞城為掩護。後來聽說拿破崙的軍隊正向亞歷山大里亞推進，梅拉斯於１２日又召回了那支分隊。 １３日一整天，奧軍司令部都在考慮對策。經過激烈地討論，梅拉斯決定乘拿破崙兵力未集中突破法軍的封鎖，重開與維也納的交通。
這天夜裡，馬倫哥平原上死一般地寂靜，這使拿破崙產生了一個錯覺，以為梅拉斯已經溜之大吉了。於是，他在１４日清晨命擔任預備隊的拉波普師渡過波河，向瓦倫察方向搜索，以阻止奧軍逃竄；同時又派人通知狄舍，令他繼續南進，查明奧軍去向。然而，就在這個時候，一場醞釀成熟的大戰突然爆發了，拿破崙萬萬沒有想到由於自己的判斷錯誤，差點導致法軍徹底失敗。
６月１４日上午９時，駐在亞歷山大里亞的奧軍傾巢出動，像潮水般地湧過了博爾米達河。河上的橋樑不僅沒有破壞，而且又出現了兩座新浮橋。三路奧軍並駕齊驅，銳不可擋，直撲法軍陣地，很快把法軍前衛逼退到馬倫哥。馬倫哥的維克托軍團９０００人受到奧軍２８０００人、１００門砲的猛烈攻擊，情況萬分危急。拿破崙從激烈的砲聲中得知奧軍發起了進攻，大吃一驚，他下令維克托死守馬倫哥，同時派克勒曼的重騎兵旅和拉納軍團從左右兩翼赴援馬倫哥。他還急令已經南下的狄舍師迅速回援。
維克托軍團憑藉博爾米達河支流頑強抗擊著奧軍優勢兵力的猛烈進攻，暫時阻擋住奧軍的前進。拉納的先頭部隊抵達右翼，受到奧特部的攻擊，陷入苦戰。左翼的克勒曼重騎兵旅經過一番激戰，擋住了奧騎兵的攻擊。上午１０時，奧軍再次傾全力展開進攻，法軍力不能擋，節節敗退。 １１時，拿破崙親赴戰場，見情況危急，當即派他的８００名片兵衛隊前去支援拉納，自己則率半個旅親自參加右翼戰鬥。同時，他還將唯一可供使用的預備隊投入了戰鬥。
奧軍主將梅拉斯雖年邁７０，但毫不示弱。他親臨戰場，所乘戰馬連續兩匹被砲彈擊斃，仍揮軍猛擊，終於攻下了馬倫哥。法軍四次反擊，一度奪回陣地，但因寡不敵眾，最後忍痛放騎馬倫哥。下午２時，維克托軍團潰散，拉納軍團亦作有秩序撤退，平原上佈滿了法軍的屍體。整個部隊一起混亂，許多人恐慌地呼喊：一切全失敗了。
下午３時，梅拉斯認為大局已定，欣喜若狂，立即派出一名信使，前往維也納報捷，報告奧軍在馬倫哥平原大獲全勝，曾經是戰無不勝的拿破崙已被徹底擊敗，繳獲的戰利品和捉到的俘虜很多，目前尚未計數。梅拉斯因自己年老力衰，把指揮追擊法軍的權力交給參謀長查赫，自己回亞歷山大里亞休息去了。然而，查赫沒有下令立即追擊，卻讓奧軍整批整批地休息和用飯。酒足飯飽之後，才派出５０００軍隊，排著密集隊形，打著軍旗，吹著軍樂，不慌不忙地去追擊潰逃的法軍。
面對敗局，拿破崙極為鎮定，他堅信戰鬥遠未結束，如果狄舍師能火速返回馬倫哥，法軍仍有獲勝希望。他抱著這種信念，一再強調必須堅持下去，任何人不得繼續後退。潰敗的法軍與奧軍的追擊部隊苦苦地戰鬥著。下午５時，正當法軍接近崩潰的時刻，狄舍將軍率領他的部隊趕到了。拿破崙大喜，他在馬背上與貝爾蒂埃、狄舍匆匆會商了一番，決定由退卻轉為攻擊。
法軍的反擊開始了。狄舍帶來的１３門砲和原剩的５門砲集中在一起，朝敵人猛烈轟擊。奧軍沒料到潰敗的法軍還有這樣一手，頓時隊形大亂。狄舍乘此時機，率領隱蔽在山後的法軍猛撲過去，猶如一股勢不可擋的洪流，奧軍大驚失色，紛紛逃散。狄舍將軍，這位有膽有識的猛將沖在最前面，突然一顆子彈飛來，正中狄舍的心房，這位勇將當場陣亡。長官之死，激起了法軍的憤怒，法軍衝擊更加猛烈，炮火更加密集，克勒曼將軍的８００名重騎兵也勇敢地沖向敵軍的左翼和中央。不到半個小時，奧軍便由一支神氣十足的勝利之師變為狼狽逃竄的烏合之眾，他們有的被霰彈擊中，當場斃命；有的被馬刀砍倒，血肉橫飛；更多的則是成批成批地跪在地上，舉手投降。奧軍這個突然的失敗，馬上導致全線潰退，他們被迫放棄了馬倫哥，繼而湧向博爾米達河，爭相逃命。法軍抓住戰機，一鼓作品，把奧軍趕過河去。直到夜幕降臨，法軍才停止追擊。
馬倫哥一戰，法軍反敗為勝，可付出的代價是高昂的，法軍傷亡約６０００人。拿破崙在這個平生最大的凱旋之一的晚上，愁眉不展，他對狄舍將軍的陣亡感到深切地悲痛，他含淚說道：“法國剛剛失去了一位最優秀的衛士，我失去了一位最好的朋友，誰也不理解狄舍那可貴的心地和天才的思想。如果今天能擁抱狄舍，那該有多好啊！”
６月１５日上午，梅拉斯見大勢已去，派出使節向拿破崙求和。儘管梅拉斯認為拿破崙條件苛刻，特別是要交出圍攻了許多日子、半個月前才投降的熱那亞，不免有些心痛，但也毫無辦法。最後，雙方在亞歷山大里亞達成協議：奧軍退到明喬河以東地區，河西地區包括堡壘等一切軍事設施全部讓與法軍。雙方還同意在明喬河以西地區設立一個非軍事地帶以隔開法奧兩國兵力，雙方停止敵對行動直到簽訂和約為止。梅拉斯的殘餘部隊平安地撤到了曼圖亞的後方。
梅拉斯的兩個信使先後回到維也納，在剛剛報告了馬倫哥的全勝以後，又送回了慘敗的消息，奧地利王室和維也納人民先是歡天喜地，繼而又垂頭喪氣，演出了一場引起莫大轟動的鬧劇。
６月１７日，拿破崙回到米蘭。這次他受到的歡迎比第一次進入該城時更為熱烈，不論他出現在何處，喝彩聲不絕於耳，米蘭人民歡呼拿破崙為自己的大救星，感謝他把米蘭從奧地利人的枷鎖下解放出來。在這裡，拿破崙見到了馬塞納，對他出色的熱那亞保衛戰大加讚譽，並任命他接替自己任意大利方面軍司令。
為了慶祝馬倫哥戰役的勝利，米蘭組織了一場盛大的音樂會。在這次音樂會上，拿破崙被一位女歌手的艷姿迷住了，她就是格拉西尼夫人。數小時後，意大利的征服者決定要進行一次新的行動。第二天清晨，人們看見格拉西尼夫人已在拿破崙的臥室同這位征服者共進早餐了。接著，貝爾蒂埃接到命令，負責照顧格拉西尼夫人，將她護送到巴黎去。
６月２４日，拿破崙從米蘭出發，經蒙塞尼大路返回法國。所到之處，萬眾雲集，歡聲震天。沿途每個城鎮的入口處都豎起了凱旋門，每個鄉鎮都派出一批紳士顯貴前來拜謁，頌揚第一執政的豐功偉績。經過里昂時，歡迎的人們達到了狂熱的程度：居民們傾城出動迎候，第一執政走進人海中，歡呼聲此起彼伏，驚天動地。面對這一切，拿破崙很是得意，一路上談鋒甚健。在行經勃艮第時，他對布里昂說：“再來幾次這樣的勝仗，我也許可以留名後世子孫了。""我在不到兩年內攻占了開羅、巴黎和米蘭，如果我明天死去，千載之後，我也許能在通史上佔半頁篇幅。”
１８００年７月２日凌晨２時，拿破崙一行抵達巴黎。天亮以後，第一執政凱旋歸來的消息傳遍京城，全體市民湧上大街，爭相看一眼法蘭西的救星和意大利的解放者。夜幕降臨時，無論是家有萬貫的富豪，還是一譬如洗的窮人，無不在宅邸內或草房裡張燈結彩，以示慶賀。誰要是對第一執政稍為表示一點冷淡，都會被群眾認為有保王黨的嫌疑。巴黎人民一致認為馬倫哥戰役的勝利不僅是法蘭西共和國對歐洲反法聯盟的勝利，而且也是新政權對保王黨人的勝利。人們對以拿破崙為首的新政權充滿了美好的希望。
外交勝利與和平馬倫哥戰役以後，拿破崙希望歐洲能夠暫時實現和平。這不僅符合法國的利益，也符合他個人的利益。經過８年的戰爭，法國人民已經厭惡打仗，現在獲得了馬倫哥大捷，這種渴望和平的情緒更加發展起來了；拿破崙剛剛執政半年，地位還很不穩固，在他遠征意大利期間，國內的雅各賓派和保王黨人，一刻也沒有停止推翻執政府的活動。再加上連年戰爭使得國庫空虛，財政惡化，拿破崙決定利用外交手段來尋求與歐洲各國的和平。
拿破崙首先想到的是與俄國改善關係。俄國皇帝保羅一世曾瘋狂地仇視法國革命，他積極參加了第二次反法聯盟。他派蘇沃洛夫將軍率領６萬俄軍進攻意大利，另派一支俄軍進入瑞士，同時又將１５０００人交付約克公爵用以攻占荷蘭。這是俄羅斯帝國可供調遣的全部兵力。蘇沃洛夫雖在卡薩諾、特列比亞和諾維等戰役中獲勝，但自蘇黎世戰役以後，在聖哥塔和瑞士各個谷地卻一敗塗地，損失了一半軍隊。 １８００年蘇沃洛夫回到俄國，軍隊只剩下四分之一。保羅皇帝抱怨奧軍和英軍沒有給他的軍隊以支援，致使其軍隊精銳損失殆盡。
他同時責備維也納內閣在攻占皮埃蒙特以後不允許撒丁國王復位，毫無崇高寬宏的理想，全然為自己的私利所支配。他也抱怨英國人佔領了馬耳他以後便攫為己有，沒有讓耶路撒冷的聖約翰騎士團復職。俄國與英、奧的不和沒有逃過拿破崙的眼睛，他決心要使這些不和的種子開花結果。
這時在意大利、蘇黎世以及荷蘭，大約有１萬名俄軍士兵當了俘虜。馬倫哥戰役以後，拿破崙向英國和奧國提議交換俘虜，但遭到英奧兩國的拒絕。於是，拿破崙通過外交部長塔列蘭給俄國政府寫了一封信，信的末尾幾句猶如一顆扔向反法聯盟的重型砲彈：法國表示可以立即和無條件地將俄國戰俘連同他們的軍旗送回俄國。這一許諾很快就付諸了行動，被俘的俄國軍官立即領到了他們的佩劍，士兵們都換上了全套新裝並發給了法國製造的精良武器，他們集中在亞琛等候回國。這一明智的寬宏大度的舉動給本來就不甚和諧的俄英關係以沉重打擊，俄皇保羅一世的滿腔熱情被法國吸引去了，這位法國的瘋狂敵人，忽然間變成了法國的友人，他致函拿破崙說：“公民，第一執政，我寫信給你，並非討論人或公民的權利，每個國家願意如何治理就如何治理。不論哪國，只要我看到擔任國家首腦的人懂得如何統治和如何作戰，我的心就被他吸引去了。我寫此信告訴您，我對英國不滿。……我願意同您聯合以結束英國政府的不公正處置。”
１８００年１２月初，一位為俄國服務而內心親法的芬蘭人斯普蘭波頓將軍到達巴黎。
他送來保羅皇帝的信函並奉命帶領俄軍俘虜回國。俄軍官兵回國後無不稱讚他們在法國受到的善遇和厚待。於是，保羅一世與拿破崙之間的通信就成為常事了。
隨著與拿破崙的友誼加深，保羅一世對英國的仇視越來越烈。保羅一世於８月２９日宣布了一項針對英國所有船泊的封港令，並出面組織了有瑞典、丹麥和普魯士參加的對付英國的保護中立國聯盟，把英國從波羅的海排擠出去。同時，法俄兩國開始考慮建立軍事同盟。
拿破崙對俄皇的代表斯普蘭波頓將軍說：“您的君主和我，我們有責任改變地球的面貌。”
兩國準備聯合起來共同對付英國在印度的統治。保羅一世提出計劃：在俄國的阿斯特拉罕集中３５０００俄軍，同樣數目的法軍應進軍多瑙河河口，然後乘坐俄國船隻向亞速海出發，在里海與俄軍會合，駛往里海南端，登陸後同伊朗人和阿富汗聯合起來，共同把英國人趕出印度。
整個歐洲以不安的心情密切注視著法俄兩國統治者的友誼加深。英國首相對法俄兩國遠征印度的計劃感到十分震驚和氣憤。正當歐洲所有的外交部門和王室惶惶不安地等待俄法兩國採取某種行動時，突然傳來了保羅一世於１８０１年３月１１日在米海洛夫宮被人勒死的消息，整個歐洲長噓了一口氣，一顆懸著的心終於放下來了。拿破崙憤怒到了極點，幾個月間他在爭取俄國政策上所取得的一切成果全都化為泡影。 "英國人雪月３日在巴黎對我的暗算落空了，但他們在彼得堡對我的暗算卻沒有落空。"他這樣喊著，他堅信雪月３日對自己的暗殺與現在的保羅之死全是英國人策劃組織的。至此，俄法同盟宣告破產，他不無沮喪地說：“我配合沙皇一定能給英國在印度的霸權以沉重的打擊。這次宮廷政變推翻了我的一切計劃。”
拿破崙不得不立即大幅度地調整所有外交部署。在這個問題上，他也像調動砲兵部隊一樣，能夠巧妙地迅速地隨機應變。
同奧地利的和平談判在馬倫哥戰役之後就開始了。當時，由於奧地利派往意大利的軍隊被擊潰，它同俄國的關係已經破裂，而且害怕法俄聯盟將使它更加孤立，同意了這次談判。
１８００年１０月間，在巴黎開始了以拿破崙和塔列蘭為一方，以科本茨為另一方的法奧談判。談判進行得相當艱鉅。不久，拿破崙退出談判，讓他的哥哥約瑟夫在洛林省的呂內維耳同科本茨繼續談判。科本茨狡黠頑固，約瑟夫堅定而圓滑，雙方都力圖使出巧妙的外交手腕戰胜對方。這時，英國給奧國提供了２００萬英鎊的津貼，在英國的壓力和誘惑下，奧國又有了重起戰端的念頭。拿破崙對奧國在英國影響下出爾反爾極為憤怒，他多次強調和平的願望是有節制的。然而，雙方還在爭吵不休，看來不通過戰爭是無法取得談判的結果。 １１月５日，拿破崙宣布取消法奧兩國的停戰狀態，命令法軍在德意志和意大利兩個戰場同時轉入進攻。於是，戰火又起。
１２月２日，莫羅將軍率領的萊茵軍團在德國南部大敗查理大公率領的奧地利軍隊，取得了霍恩林登大捷，這次勝利打開了通往維也納的道路。與此同時，麥克唐納率領一支新軍團在意大利出征，於嚴冬季節成功地穿過了施普魯根山口，順利地前進到阿迪傑河上游地區。這一出色行動再次切斷了曼圖亞要塞與奧地利之間的聯繫。奧地利的種種希望因軍事失敗而破滅，現在別無他法，只得在爭取最好條件下締結和約。可拿破崙這時卻指示約瑟夫不要急於簽訂和約，他要奧地利答應滿足他的一切要求。 １８０１年２月９日，雙方終於在呂內維耳簽訂了和約。根據和約，德意志神聖羅馬帝國完全被排擠出萊茵河左岸，這塊領土全部歸屬法國；法國還獲得奧地利所屬的尼德蘭（比利時）和盧森堡；奧地利承認法國庇護下的黑爾維謝（瑞士）、巴達維亞（荷蘭）、利古里亞（熱那亞）、內阿爾卑斯（倫巴第）等共和國；法國繼續佔有皮埃蒙特；奧地利繼續佔有伊斯特里亞、達爾馬提亞、威尼斯和阿迪傑左岸地區，而把阿迪傑右岸地區讓給內阿爾卑斯共和國。
奧地利由於戰場上的失敗，不得不接受拿破崙所給予的相當苛刻的和約條款。但是，正像它不甘心於１７９７年的坎波福米奧和約一樣，它對呂內維耳和約也是不甘心的，它終究要等待時機來改變這種形勢，並再一次出來同拿破崙較量。
拿破崙在戰場上和談判桌上所取得的勝利使得反法聯盟分崩離析，現在只剩下孤零零的英國了。英國既然已經失去作戰夥伴，不能繼續執行用英鎊和艦隊唆使他人火中取栗的政策，那隻能放棄手段，接受和談。 １８０１年１０月１日，英法兩國代表在倫敦簽訂了預備和約的條款。不久以後，在法國東北部的亞眠召開了和平會議。 １８０２年３月２７日，法國全權代表約瑟夫以及西班牙、巴達維亞全權代表同英國全權代表康華里勳爵簽訂了亞眠和約。和約規定：英國除特立尼達以及錫蘭島上荷蘭屬地外，必須將法國大革命以來所佔領的一切殖民地歸還給法國以及附庸國（荷蘭、西班牙）；馬耳他島應歸還給馬耳他騎士團，並保證馬耳他的獨立與中立；英國必須退出它在地中海和亞得利亞海佔領的所有港口和島嶼；法國應從埃及和羅馬撤退，把羅馬和其他教皇領地歸還給羅馬教皇。
這一條約的簽訂，英國深感沉重，他們沒有能夠從拿破崙手里奪得他佔領的歐洲任何一塊地方。然而，英國並不是戰敗國，只是由於孤立，才被迫作出這樣重大的讓步。英國作為海上統治的霸主決不能容忍海上霸權的任何削弱，特別不能容忍削弱它對歐洲大陸的影響，所以，它並不准備履行和約條款。拿破崙心裡也十分清楚，英法和約只是英法長期戰爭中的一個短暫的休戰，他毫不懷疑英國會隨時出來破壞和約。他作好了再次戰爭的準備。
亞眠和約雖然只是一項停戰１４個月的條約，但這項條約卻鞏固了拿破崙的權力，他得意地看到以前對他態度傲慢的英國，如今也把他當作法國政府首腦對待，他的榮耀和權力在不斷上升。一次他和秘書在馬爾梅鬆散步時，他說：“布里昂，你也將永垂不朽了！""為什麼，將軍？""你不是我的秘書嗎？""告訴我亞力山大秘書的名字。"秘書反問道：“哦，這倒不壞！"拿破崙笑了。看得出，他對這番對話頗為滿意。
和平給了拿破崙餘裕。 １８０２年１月７日，約瑟芬的女兒奧唐斯·博阿爾內小姐與拿破崙的弟弟路易·波拿巴舉行了婚禮。第二天，拿破崙出發去了里昂。在那裡，內阿爾卑斯共和國的議員們在等著他選舉總統。一路上他受到了熱烈歡迎。抵達里昂後，他受到了鄰近各省的立法團和議員代表以及意大利議員的拜謁。陪同前往的波拿巴夫人跟丈夫一起觀看了演出，同他分享里昂市為他組織的盛大慶祝活動的歡樂。 ２６日，拿破崙如願以償地獲得了內阿爾卑斯共和國總統的頭銜，他朝倫巴第主權又大大地前進了一步。
回到巴黎後，拿破崙開始考慮制定宗教信仰法。在此之前，一派有勢力的人曾向拿破崙倡議同教皇決裂，建立一個獨立的法國天主教會，其首腦應住在法國。並指出這樣做可以使第一執政的權力大大增強。可拿破崙卻不以為然，他說：“我相信，法國一部分是要成為新教徒的，尤其是我要贊助那個傾向的話。我也確信，法國大部分仍將信仰天主教，他們會熱情百倍地反對同胞分化。我只須恢復法國原來盛行的宗教，再給少數人以宗教信仰自由，就能使每個人滿意了。"拿破崙本人並不信仰任何宗教，但卻深通心理戰略，他十分清楚地認識到教會仍能左右群眾的情感。法國境內還有４萬名僧侶，他們對人民的心理足以發揮強大的影響。為了使自己的政權獲得強有力的支持，拿破崙決定與天主教合作。 １８０１年７月１５日，拿破崙關於重建天主教信仰一事同新教皇庇護七世達成了政教協議。一個月後，《箴言報》發表了一項告示，措詞如下：“明天，熱月２７日，即８月１５日（星期日）是聖母升天節，屆時，巴黎圣母院教堂和各教區教堂都將舉行感恩讚美詩歌誦會，以示廣施恩德……。"人們不敢相信自己的眼睛，這些曾被革命風暴掃除的歷史垃圾如今重又出現在法蘭西共和國的官方報紙上，人們不由得感嘆革命早已成為往事。
１８０２年４月，立法院通過政教協議和教會組織條例。 ４月１１日，莊嚴的《讚美上帝頌》在巴黎圣母院演唱，這華麗壯觀的儀式吸引著無數聽眾，拿破崙與許多將軍也驅車前往。第二天，拿破崙問起奧熱羅對儀式作何感想，這位將軍答道：“全都非常好，什麼都不缺，只少了為推翻你現在正建立的東西而死去的千百萬人。"拿破崙頗為不悅。
拿破崙要利用亞眠和約所帶來的短暫和平來鞏固法國對殖民地的統治。早在督政府時代，聖多明各島宣布脫離法國獨立，著名的黑人領袖杜桑·盧維杜爾在這個島上建立了鞏固的領導地位。權力日昇的拿破崙決定派兵遠征此島，使其重新歸順。 １８０１年１２月，一支遠征軍浩浩蕩盪地離開了法國海岸。司令一職由拿破崙的一個妹夫勒克萊爾將軍擔任。之所以任他為司令，是因拿破崙對他嫌惡甚深。拿破崙對勒克萊爾將軍說：“這是給你的訓令。現在是你的機會，發財去吧，別再糾纏不休地向我要錢，惹我厭煩。"拿破崙給杜桑·盧維杜爾寫了一封言辭動聽的信函，提出只要杜桑能為聖多明各島歸還母國而賣力，就任命他為副總督。杜桑被這動聽的言辭騙到了法軍軍營，立即遭到逮捕，並被押送到法國。
拿破崙下令把他監禁在一座荒山上的一間單獨密室裡。嚴寒的氣候、殘酷的監禁、不能同親屬會面、不能散步，最厲害的虐待終於使杜桑·盧維杜爾在監禁１０個月以後就命歸黃泉了。
短暫的和平給法國帶來了繁榮和安寧。 １８０２年的巴黎到處是一頻繁華似錦、歌舞昇平的新氣象。每到檢閱日，巴黎人全都湧往遊藝場，興致盎然地參加各種活動。自從三級會議集會以來，各種娛樂場所還從未接納過如此眾多的遊客，各節慶日也從未顯得如此壯觀，首都也從未呈現出如此快樂的光景。人人臉上都掛著幸福的微笑，繁榮安寧的氣氛到處可見，作為其締造者的波拿巴無時無刻不感到榮耀和自豪。尤其是夏普塔爾先生在羅浮宮舉辦的工業產品展覽會，讓拿破崙大為滿意，他為法國工業達到如此高的水平以及展覽會引來眾多外國人的讚嘆而得意非凡。
國泰民安也為拿破崙集中權力、排除異己提供了機會。在這個時期，誰反對他或不尊重他，都會失去寵信。富歇是拿破崙在霧月１８日政變中的得力助手。然而，富歇卻是一個善於玩弄權術的陰謀家，拿破崙很清楚這一點，他說富歇玩弄陰謀如同他一定要吃飯一樣。當時拿破崙的朋友全都反對富歇在政府中佔有席位，可拿破崙捨不得一腳踢開他，因為執政府成立初期國內叛亂迭起，而富歇卻在警務方面有著突出的才能。富歇被任命為警務部長。如今，富歇的權勢愈來愈大，不僅在巴黎，而且在整個法國，富歇以其高超的能力籠絡了一批支持者。拿破崙對這個反复無常、兩面三刀的警務部長早有戒心，他決定趁現在國內太平解除富歇的職務。 １８０２年９月１２日，拿破崙表示他對法國目前的安全和國內平靜具有信心，決定裁撤警務部。富歇的警務部長一職也就此結束。為了不激怒富歇，拿破崙任命富歇為參議員，並在向參議院推薦富歇的咨文中宣稱：“富歇在困難時期擔任警務部長，以其才能、活動和對政府的依附做到了情勢要求的一切。雖然把他安插在參議院內，但如果事態再次需要警務部，政府將再難找到比他更可信賴的人選了。"就這樣，拿破崙巧妙地除掉了這個心腹之患。
終身執政勝利與和迫使拿破崙成為一位受到普遍頌揚的英雄。為了表彰拿破崙的業績，１８０１年５月４日，法國議會通過了執政任起再次延長１０年的決議。然而，拿破崙對此並不滿意，他的目標是要成為終身執政。他向參議院提出了這一要求，可遭到參議院的否決。他沒有因此對參議院大加責難，而是對議案作了不動聲色的迴避性答复，他說：“如果人民的願望要求參議院授與這１０年任期，我將服從這新的犧牲。"他希望能從人民那裡獲得更大權力。
１８０２年５月１０日，法國議會順應了拿破崙的願望，決定將下述問題提交人民決定：“是否任命第一執政為終身執政？他能否有權指派繼承人？"佈告張貼在巴黎城內，人們駐足觀看。許多人讀過以後，發自內心地說道：“法蘭西現在和將來能夠獻給執政官的一切，永遠低於他為法蘭西所做的一切。”５月１２日，選舉活動開始。警察局秘書處、每個市政廳、每個法院書記室都擺上了兩個登記簿。贊成拿破崙為終身執政的在一個簿上簽名，反對的則在另一個簿上簽名。警方人員混雜在選民當中，精心地蒐集著選民的反應。可是，警探所聽到的每一句話都是讚揚執政官的。
選舉在興高采烈的氣氛中進行，反對者寥寥無幾。最終選舉結果不言而喻，但巴黎市民還是懷著某種激動心情等待公佈最後結果。 ２個月後，統計結果出來了，３５６８８８５名法蘭西公民贊成波拿巴榮任終身執政官，反對者僅８３７４人。人們沉浸在無比興奮中，似乎法蘭西命運會由此永恆地確定下來。
１８０２年８月２日，拿破崙終於被任命為終身執政。儘管許多效忠共和政體的將軍，如卡爾諾、馬塞納、莫羅都投下了反對票，但那也無濟於事了。
不久，拿破崙又向審議各種新法典的委員會表示贊成羅馬法關於過繼的規定，他說這樣選定的嗣子比親生兒子還要親。人們十分清楚拿破崙是想過繼一個他兄弟的兒子作嗣子，因為約瑟芬已無法為他生兒育女。 １８０２年８月４日，保守的參議院以一項簡單法令授權他用遺囑證書的方式指定執政一職的繼承人。現在連感覺最遲鈍的人都已看清第一執政已大權在握，恢復帝制是遲早的事了。
這兩項參議院法令公佈之後，一些有利害關係的謀士紛紛聚集到第一執政的周圍，提出應恢復古代的各種稱號，說這比共和國的各種形式更能同人民託付給他的新權力相配。然而，老練的拿破崙認為心急吃不了熱豆腐，一切得等待時機。他對布里昂說：“到時候一切自會來的。不過，布里昂，你要明白我必須首先採用尊號，這樣，我要授給的其他稱號就自然有了來源。最大的困難已經克服，無須再瞞騙什麼人。人人都看得明明白白，終生執政同帝位之間只有一步之差。但是，我們必須多加小心，保民院有些愛找麻煩的傢伙，但是我會提防他們的。”
拿破崙要當皇帝的念頭引起了一個女人的嚴重不安，那就是波拿巴夫人。約瑟芬清楚地知道自己再也不能生兒育女了，一旦拿破崙成了法國的皇帝，皇帝難道不應賦予自己的臣民一個屬於自己血統的繼承人嗎？為了有自己血統的繼承人，皇帝難道不會同自己離婚嗎？每想到這，約瑟芬便不寒而栗。不久前，拿破崙的弟弟呂西安曾向約瑟芬暗示，第一執政必須同別的女人有個孩子，以便有個繼位的嗣子。約瑟芬為此抽豈不止，同時又氣憤難忍，她認為這是呂西安給拿破崙出的餿主意。有一天，約瑟芬不待通報便徑自走進丈夫的房間，她紅光滿面，溫柔地坐在拿破崙的膝頭，用手輕輕撫摸他的頭髮和臉龐，柔聲對他說：“我懇求你，波拿巴，不要做國王！是呂西安慫恿你為王的吧？別聽他的。"拿破崙和平地回答她：
“你瘋了，可憐的約瑟芬，是你們聖日爾曼郊區家庭的那些富貴老孀婦，還有你們那幫羅許富科①給你講的海外奇談吧！……好吧，現在別打攪我了，你去吧。"約瑟芬仍然放心不下，"離婚"兩字始終像惡夢一樣縈繞著她。她從拿破崙的沉默寡言和他所流露的表情中，感覺到大禍即將臨頭。拿破崙時而悶悶不樂，默默無語，似乎在疏遠她；時而又像往昔那樣激情漾溢，溫柔體貼，把她緊緊地抱在懷裡，對她說：“我可憐的約瑟芬，我永遠也無法與你分離。"如今的約瑟芬就好像是被允許在屠刀下苟延殘喘的囚犯，隨時都會得到一張死刑判決書。
------------------------①羅許富科（１６１３—１６８０），法國作家。
重啟戰端拿破崙從不指望能與英國長久地和平相處，因為他知道英國是不會心甘情願地執行亞眠和約中的條款。另外，他始終認為征戰的勝利是他穩固統治的一個有效手段。他說：“我的權力有賴於我的榮譽，我的榮譽又有賴於我所贏得的勝利。我的權力如果不以新的榮譽和新的勝利為依據，就會喪失。征戰獲勝造就了現在的我，也只有征戰的獲勝能使我保持我的地位。"這種想法一直在他頭腦中佔上風，成為他行動的主導原則，他不斷夢想新的戰爭，把戰爭的火種撒遍全歐。他經常對人說：“一個新產生的政府，必須使人眼花繚亂，一鳴驚人，否則就會倒台。"他內心翻騰的是進取不息的願望，這樣一個一刻也不能停息的人，是不會長期坐在和平環境中坐享清福的，他時刻在準備著戰爭。
亞眠和約簽訂後沒多久，英法雙方都在破壞和約。拿破崙利用戰爭的間隙，重建法蘭西殖民帝國。 １８０２年６月２６日，土耳其與法國簽訂和約，為法國開放博斯普魯斯和達達尼爾兩海峽；法國著手在地中海東岸各國重建領事館；法國分別同的黎波里的帕夏和突尼斯的貝伊締結了條約；１８０２年８月，法國同阿爾及利亞總督訂立了條約，法國勢力還伸向伯羅奔尼撒半島和塞爾維亞；同年８月底，法國塞巴斯蒂亞尼將軍訪問了的黎波里、埃及、敘利亞，並同當地首領建立了聯繫；１８０３年３月６日，法國軍事代表團起程前往印度。
法國這一切舉動嚴重地威脅著英國的殖民霸權。與此同時，拿破崙的歐洲大陸政策也咄咄逼人。他拒絕從荷蘭撤軍，把荷蘭牢牢地控制在手中。 １８０２年秋，他向瑞士宣布，他想在瑞士實行新的國家體制，建立一個"與法國友好的"政府。他在說明這個要求時，特別指出瑞士的地理位置是在法國和法國所屬的意大利之間，他派內伊將軍帶領３萬士兵開往瑞士國境。瑞士不得不屈服。同時，法國還吞併了厄爾巴島、皮埃蒙特。呂內維爾和約以後的德意志各邦，已被拿破崙嚇得心驚膽顫，拿破崙乘機把他們當成奴僕一樣看待，法國勢力在德意志也得到迅速擴展。這一切，英國無論如何也不能容忍，同時它也不想容忍。
英國針鋒相對，拒絕從馬耳他撤軍。顯然，英國也在尋找戰爭，而這一舉動也正好激起拿破崙的好戰情緒，他可以向法蘭西人民冠冕堂皇地解釋：和平破裂是違背他的意願的，立即宣戰是豈不得已的、是合理的。 １８０３年初，英法關係十分緊張。這時，英國國王致書國會，述及法國各港口正在準備武器彈藥一事。拿破崙得知後大發雷霆，他當著別國大使的面，怒氣沖沖地向英國大使惠特沃斯提出了一連串的質問：“你們的內閣是何用意？造謠說我國各港口正在武裝，動機何在？怎麼，這種方式就能使各國輕信，或完全忽視我國的真實意圖嗎？了解實際情況的人誰都會看到，只有兩艘運輸船正在裝備以駛往聖多明各，那個島嶼吸引了我們的全部注意，佔去了我們可以動用的一切資財。你們為什麼這樣抱怨不已？難道和平已經成了負擔，可以甩掉了嗎？歐洲又將陷入血泊中嗎？你們在做戰爭準備！想裝腔作勢嚇唬我們！法蘭西只能被打倒甚至毀滅，但是永遠嚇不倒！"拿破崙講話時盛氣凌人，大叫大嚷，英國大使被這突如其來的一擊弄得瞠目結舌，不知所措。事後惠特沃斯寫信給自己的上司外交大臣霍克斯貝里公爵說：“我覺得與其說是在聽一個歐洲最大國家的首腦講話，不如說是在聽一個龍騎兵上尉講話。”
誠然，這個從小就是傲慢的、陰鬱的、極易激怒的、幾乎蔑視普天下的拿破崙很喜歡暴跳如雷。但是，他有時表現出來的狂怒卻是有著明確的目的，是經過深思熟慮的，而不是由於天生的暴躁。他故意表演一些狂怒的場面，他有著很高的表演才能，裝得逼真，以致只有最了解他的觀眾才能猜出這個喜劇。這次他對英國大使所表演的那場大發雷霆的戲，終於把兩個大國拖入了戰爭狀態。
２月２０日，拿破崙在給立法院的咨文中譴責了英國。 ３月８日，英王在議會開幕詞中駁斥了拿破崙的譴責，議會通過了征召民兵的決議。 ３月１３日，拿破崙在接見英國大使時又一次表現出狂怒。 "總之，你們想打仗，你們還想打１５年的仗，而且你們要逼我這樣做。"如果你們先拔劍出鞘，那就讓你們知道，我要最後一個插劍入鞘；如果你們要進行武裝，我也要武裝起來；如果你們想打仗，那我也打仗。你們也許會消滅法國，但你們要嚇唬它，那是辦不到的，倒霉的將是那些不履行條件的人！要么歸還馬耳他，要么就是戰爭！ ”
３月１５日，英國阿丁頓首相提出要在馬耳他佔領１０年，作為法國進行新的擴張而給予英國的補償。 ４月２６日，英國大使惠特沃斯奉命向法國提出最後通牒，要求拿破崙同意英國繼續佔領馬耳他，如果７天內不表示同意，英國大使立即回國。 ５月初，英國大使離開巴黎，英國艦隊開始襲擊法國船隻，英法之間斷絕了外交關係。
３４歲的拿破崙精力異常旺盛，他在強大的敵人面前充滿勝利信心。他在向參議院、立法院、保民院致送的咨文中指出：“法國千方百計促使英國恪守和約，可是無效。英方拒絕了每一次提議，其要求越來越蠻橫。可是，法國決不屈服於威脅，並將為信守和約和法蘭西的榮譽而戰鬥。而且確信，由於法國的事業是正義的，人民是勇敢的，它有權期望得到應有的結果。”
拿破崙首先佔領了整個漢諾威，這是英國國王在德國的一大塊領地。接著，又佔領了南意大利的一些還沒有法軍駐紮的據點。他命令荷蘭和西班牙提供海軍和陸軍來援助法國。同時，他下令在一切附屬地沒收英國商品，逮捕居住在法國的英國人，一直拘留到英國簽訂和約為止。拿破崙還積極組織法、俄、普反英聯盟，但未獲成功。這時，英國正以大量英鎊開路，籌劃組織第三次反法聯盟。
為了趕在歐洲大陸封建國家聯合向法國進攻之前戰勝英國，拿破崙開始了上台後的最緊張的、規模最大的對英戰爭準備。他在法國西部海岸布倫港建立了龐大的軍營，幾萬工人集中在那裡，夜以繼日地建造新軍艦、運輸船、駁船以及橫渡英吉利海峽所需的一切。這裡還集結著準備在英國登陸的幾萬大軍，"只要有三天下霧，我就可以成為倫敦、英國議會和英格蘭銀行的主人。"拿破崙這樣自信地說著。不言而喻，其計劃是乘"三個霧天"使法國海軍繞過英國艦隊，橫渡英吉利海峽，在不列顛島上擊潰英國，在泰晤士河邊迫使英國締結和約。
拿破崙的登陸計劃一度遭到英國人的嘲笑，英國人認為這不過是拿破崙故意擺出的一種唬人的架勢，因為拿破崙早在１７９８年給督政府的報告中就已指出，沒有製海權而入侵英國是最冒險不過了，而１８０３年法國海戰方面的劣勢並沒有改變，遠比法國強大的英國艦隊始終強有力地封鎖著英吉利海峽。可到了１８０３年底，特別是１８０４年初，英國人再也不敢嘲笑拿破崙的登陸計劃了。這時拿破崙頻繁地巡視著法國西北部港口和沿海城市，緊張地進行著各種備戰工作。在戰爭動員中，他還向當地居民描繪著戰勝英國後的光輝前景。
英國政府不斷收到有關拿破崙大規模擴軍備戰的令人膽寒的消息，英國人有點驚慌失措了。
既然拿破崙在１７９８年能夠率領一支強大的艦隊和軍隊繞過在整個地中海上追趕他的英國海軍，並能順利地在埃及登陸，那麼這個人實際上也可以利用在地中海上罕見的而在英吉利海峽很常見的濃霧成功地渡過英吉利海峽，在英國海岸登陸。英國覺得有必要採取堅決的措施來製止拿破崙這個登陸計劃。
如何才能製止呢？一個行之有效的辦法就是不管花多少錢，迅速組織起第三次反法聯盟，從東面打擊拿破崙，從而防止他進犯英國。但被拿破崙擊潰的、至今仍未恢復元氣的奧地利雖有心再戰，卻感到力不從心。普魯士搖擺不定，俄國猶豫不決，談判還在進行。英國雖對反法聯盟的成立抱有信心，但要等聯盟成立後再行動，那就太遲了，可謂遠水解不了近渴。
英國政府想起了俄皇保羅一世的死，精神為之一振，何不讓這齣戲在拿破崙身上重演？
英國政府知道法國保王黨首領喬治·卡杜達爾正在倫敦，他們之間可以做筆交易。
１８０３年８月的一個晚上，海面一片漆黑，喬治·卡杜達爾及其一夥乘坐一艘英國船隻，悄悄地在諾曼底海岸登了陸，然後立即前往巴黎。喬治·卡杜達爾是個十分狂熱的人，他在旺代曾幾十次將自己的生命孤注一擲，幾次瀕於死亡的邊緣。這次他毫不猶豫地接受了倫敦給他的密令，回國刺殺拿破崙。在他看來，拿破崙是他所憎恨的革命獲得勝利的象徵，是妨礙合法的國王路易·波旁登上王位的篡位者。
這些保王黨人一直與巴黎保持著聯繫，他們有秘密的聚會地點，有安全的避難所。為了使刺殺陰謀獲得成功，他們想找一位在軍隊中享有威信的將軍來協助他們。他們選定了莫羅將軍。莫羅將軍是法國最有才幹的將軍之一，他對大權獨攬的拿破崙十分不滿，認為拿破崙背叛了法國革命原則。特別是看到拿破崙有意於恢復帝制，這種不滿就大大加深了，從此，他對拿破崙政府採取了沉默的反對立場。保王黨早已了解這一點，他們決定把他拉入這場陰謀中來，利用他幹掉拿破崙。參加陰謀活動的還有另一位將軍旗什格魯。皮什格魯在果月１８日以後被流放到圭亞那島，後來逃了回來，現在正秘密住在巴黎。皮什格魯充當了保王黨和莫羅將軍之間的聯繫人。莫羅向皮什格魯表示：同意採取行動反對拿破崙，但不願為波旁王朝服務。他拒絕同卡杜達爾會談。正當這些保王黨人積極策劃推翻拿破崙的陰謀活動時，拿破崙派到敵人內部的間諜探明了陰謀的全過程。 １８０４年２月１５日夜，莫羅將軍在自己的住宅中被捕。他的副官們亦受牽連，一一落網下獄，甚至連不在巴黎的副官也未能倖免。 ８天后，皮什格魯的房東接受了３０萬法郎賞金後向警察當局告了密，皮什格魯也被捕了。不久，皮什格魯用自己的領帶勒死在監獄的地牢裡。
全部陰謀分子陸續被捕。拿破崙對這一陰謀事件暴跳如雷，他知道這是英國人指使乾的，也知道波旁王朝的人在密謀中起了領導作用，他大吼道：“波旁王族以為我不會對他們的謀殺活動進行相應的報復，那是妄想。"塔列蘭聽見了，為了阿諛奉承，也為了向憎恨他的保王黨報復，他在一旁添油加醋道：“顯然，波旁家族以為，您的血沒有他們的血那樣高貴。"拿破崙被這句話氣瘋了，他要找一隻波旁家族的替罪羊以洩心頭之恨。
這只替罪羊很快就找到了，他就是居住在中立國巴登的當甘公爵，他是當時唯一能加以綁架的波旁王室的重要成員。這時法國已支配著德國的西部和南部，這給逮捕當甘公爵提供了很大便利。 １８０４年３月１４日晚，一隊法國憲兵部隊闖入巴登，進入埃登海姆城，包圍了住宅，逮捕了當甘公爵，並連夜將他押往法國。 ３月２０日，當甘公爵被押至文森斯城堡，軍事法庭連夜開庭審判，罪名是他參與了謀殺拿破崙的陰謀。當甘公爵在審訊中承認自己起望看到新的反法戰爭和拿破崙政權的覆滅，但他堅決否認參與謀殺拿破崙的陰謀。儘管毫無當甘公爵參與陰謀的證據，他還是在當晚深夜２點４５分被判處死刑。當甘公爵給拿破崙寫了一封信，請求法庭一定要將這封信交給拿破崙本人。軍事法庭庭長於蘭將軍也想以法庭的名義給拿破崙寫一份呈請減輕判刑的信件。這時，從杜伊勒里宮特別派來的監督審判的薩瓦利將軍從於蘭手中奪過筆，說：“您的事情已經做完了，剩下的應該由我來辦了。"凌晨３點，當甘公爵被拖至文森斯戰壕，在那兒結束了生命。
拿破崙明知當甘公爵沒有參與陰謀，但他就是要通過波旁王室一位著名人物的鮮血來為自己的被刺報復，他要藉此表明同舊王朝決裂的決心，為自己建立新王朝掃除障礙。當甘公爵的死震動了巴黎，拿破崙的恐怖令人驚駭喪膽，拿破崙性格中殘酷的一面暴露無遺。正如他自己所說：“我有時是狐狸，有時是獅子。進行統治的全部秘密在於知道什麼時候應當是前者，什麼時候應當是後者。”
在槍斃當甘公爵的前幾天，終於逮捕了卡杜達爾。在逮捕這個高大的布列塔尼人時，他進行過拚命抵抗，打死打傷了好幾個密探。最後，他和他的同黨全都被送上斷頭台。莫羅將軍被逐出法國。
槍殺當甘公爵引起了舊世界的仇恨，加速了新的反法聯盟的建立，同時也給拿破崙帶來了與舊制度鬥爭堅決的聲譽。再加上國內宗教和平的建立，民法典的頒布與貫徹，經濟繁榮的出現，拿破崙的威望在不斷提高。這一切為波拿巴王朝的建立鋪平了道路。