他並沒有把自己看成是中國的救星，但他有自己的觀點，而這些觀點又常常偏離黨的路線。然而，毛做了很多努力並多次做出讓步以便留在黨的機構中。
1929年，毛得了瘧疾。這場大病持續了三個月，有好幾次是在生與死之間徘徊。江西搞不到奎寧，等了好久，上海的交通員歷盡千辛萬苦才把藥送到(共有兩個人護送這些寶貴的藥瓶，其中一個在半路上被砍了頭，另一個總算闖關過卡回來了)。
毛在福建境內的一座草舍裡養病，這裡距江西東部較遠，可能是信仰基督教的傅醫生救了毛的命。傅連璋醫生是被紅軍爭取過來為紅軍做事的。在長汀，一位英國浸禮會教徒給他取了個教名叫尼爾森。
李立三路線的影響是毛在江西時面臨的主要問題，這一點可以從朱德在毛生病期間的舉動得到說明。朱德好像失去了舵手，開始對李立三半推半就。在“流動游擊”喊得最響的時候，他也離開瑞金去“發動群度”了。
誰也不知道毛在聽到朱德的這種無益的妥協時有何感受。無論如何，朱德的從命收效甚微。幾個月後，他又回到毛的路線上來了。
到1929年末，毛又復出，他已從疾病和對朱德的失望中解脫出來。他準備在福建的集鎮古田召開一次重要會議。支撐在山里的稻草床上，他草擬出時今著名的《古田會議決議》。
毛像一個雜耍演員，他把幾個球同時拋至空中，在較為熟悉的問題上和李立三展開了論戰。
他對如何管理軍隊提出了強硬的觀點，他對一些人的“單純軍事觀點”感到痛惜。毛堅持說：“軍事是完成政治任務的一種手段。”實際上這是對朱德的批評。一些效忠於黨的中央的地方人士對毛是個問題。古田會議並不是一帆風順，自始至終都充滿了權力之爭。為了取勝，毛巧妙地運用了他鍾愛的手段，他開始轉向秩序和紀律。
紅軍已不像在井岡山時那樣是一支兄弟隊伍，官兵也不再坐在一起討論政治問題了。有些官長對政治原則似懂非懂，甚至連一點政治思想都沒有，卻被吸收為黨員，只因為他們是官長。毛批評了這種做法，但是，他有時也只得聽之任之。
在《古田會議決議》中，他主要強調的是紀律。他批判了“極端民主化”和“絕對平均主義”。官長應允許騎馬，司令部應比連隊配給較大一點的房子。
他又提出了一個新的想法，這就像打向李立三和一些年輕留學生的一記耳光。合格黨員的一個標誌應是“必須沒有發洋財的念頭”。可如此多的人靠獎學金留學去了，又有如此多的黨的領導人到外鍍金。把一半的時間浪費在橫穿西伯利亞的火車上，他從未放棄自己的觀點。在他給林彪(當時是春風得意的年輕軍官)的一封信中充分說明了這一點。此信後來取名為《星星之火，可以燎原》。這封寫於1930年1月的信，既表達了他對未來的堅定信念，又清楚地表明了毛對一些具體問題的看法。
這時的毛是相當樂觀的，他認為，革命的希望就像“躁動子母腹中的快要成熟了的一個嬰兒”已可觸摸得到。是不是毛已開始贊成李立三形而上學的高潮論?而就在此時，李和中央都十分悲觀。毛為此責備他們，他的推理比他的樂觀主義更具有打擊力。
鬥爭隨著整個形勢的變化而變化，它的漲落不僅和自己的力量有關，同時也取決於敵人的力量。這是一個簡單而又基本的道理。
1928年初，毛一度十分謹慎，因為軍閥之間還沒有相互殘殺，所以當上海命令他多方出擊時，他感到十分吃驚。到1930年，他已敢大膽地行動了。因為這時蔣介石受到兩個軍閥的攻擊，同時日本人也正向中國施加壓力。
1930年3月，共產國際的官僚機構拋出了一條荒誕的消息。他們出版的新聞簡報《印象通報》(Imprecorr)上刊登了一則毛的訃告!訃告中說毛死於肺結核，並稱毛是“中國無產階級的先驅”
這一過失並不是克里姆林宮在中國問題上犯的最嚴重的錯誤。
隨著1930年的過去，起始象蛤蟆一樣把自己吹得脹鼓鼓的李立三的牛皮也吹破了。他和毛之間奇特的拔河賽搖動了每個人的立場。
具有諷刺意味的是，毛在江西的成功使他與李立三之間的關係更加惡化，儘管李立三為紅軍逐漸擴大的影響也有所觸動。朱毛軍事武裝(主要是紅軍第四軍)是當時左派在全國范圍內最有力的武裝。但這一事實並沒有使李轉向毛的建立長期農村根據地的思想。他說，“在山里”建立政權純粹是“開玩笑”。
不管怎樣，李確實想利用朱毛的軍隊來進一步實施他的攻擊幾個主要城市的計劃。他很快就取得了這種權力。
彭將軍攻占了長沙，徒勞無益地堅守了十天，最後被趕了出來。賀龍將軍(他的生活不久就和毛的生活交織在一起)被派去攻打武漢，但他沒拿下這座大城市。
毛和朱的目標是南昌。他們徒勞地佔領江西省府24個小時*，工人沒有起來，國民黨沒有垮台，軍閥的軍隊也損失不大。