蔡元培（1868.1.11—1940.3.5），字鶴卿，又字孑民，乳名阿培，浙江紹興山陰縣（今紹興縣）人。革命家、教育家、政治家。中華民國首任教育總長，1916年至1927年任北京大學校長，革新北大，開“學術”與“自由”之風；數度赴德國和法國留學、考察，研究哲學、文學、美學、心理學和文化史，為他致力於改革封建教育奠定思想理論基礎。曾任教育總長、北京大學校長、人學院院長、中央研究院院長等職。他為發展中國新文化教育事業，建立中國資產階級民主制度做出了重大貢獻，堪稱“學界泰斗，人世楷模”。
1916年9月1日，蔡先生在法國收到北京教育總長來電，說“請我公擔任北京大學校長一席，務祈鑑允”。他立即在10月2日離開歐洲歸國。
1916年12月26日蔡元培被正式任命為北京大學的校長，1917年1月4日蔡元培在北大正式就職，開始了一生最具建樹的高教改革。他根據多年在國內辦教育的經驗與兩次遊學德、法取得的認識，將二者有機地給合起來，從北大的實踐出發，從根本上推行了多方面改革。顧頡剛回憶說：“1917年初，蔡元培先生來北大，逐步使北大發生了巨大的、質的變化”，並“著手採用西方資本主義國家大學的教育方針和製度，來代替北京大學那一套封建主義的腐朽東西”。
在蔡元培任北大校長前，他的許多知心朋友就勸他別去擔任此職務，當時的北大太腐朽，如治理不好會毀掉他的名聲，但孫中山卻認為：“北方當有革命思想的傳播，像蔡元培這樣的老同志，應當去那歷代帝王和官僚氣氛籠罩下的北京，主持全國性教育。”最終蔡元培還是進了北大。
上任伊始，蔡元培就強調在學校內重學術研究。蔡先生第一次向全校師生演說，即指明：“大學學生當以研究學術為天職，不當以大學為升官發財的階梯。”他要求學生“抱定宗旨，為求學而來，入法科者，非為做官；入商科者，非為致富。宗旨既定，自趨正軌”。他倡導教育救國論，號召學生們踏踏實實地研究學問，不要追求當官。在學校內，他則大力扶植各種學術政治社團，培養學術研究、思想辯論的風氣。此外，在學校領導體制、學制及課程上也進行了卓有成效的改革。這些使北大向現代化邁出了最堅實有力的一大步。
為貫徹教育救國方針，蔡元培首先“廣延積學與熱心的教員，認真教授，以提起學生研究學問的興趣”。由於舊北大文科頑固守舊者較多，故整頓工作，先從文科入手。他被任命為北大校長後，迅即訪晤陳獨秀，請其出任文科學長。隨即聘任胡適、劉半農、周作人等為教授。他們和原在北大的錢玄同、沈尹默、沈兼士一起，致力於文科的革新，“文學革命，思想自由的風氣，遂大流行”。除上述數人外，文科尚有陶孟和、顧孟餘、陳大齊、楊蔭慶、錢秣陵、楊昌濟等教授，也熱心於哲學、英文、德文諸門的改革。理科教授，也都是飽學之士。法科方面，雖尚無人講授比較法之類的課程，但已有馬寅初、高一涵等專任的教授。他們絕大多數，都年在30歲左右。其中，胡適、劉半農年僅27歲，最小的年僅24歲。
蔡元培憑藉這批英年才俊為骨幹，依靠他們帶動全校，共同努力把腐朽的“官僚養成所”朝向昌明學術的最高學府推進。蔡先生說：“我對於各家學說，依各國大學通例，循思想自由原則，兼容並包。無論何種學派，苟其言之成理，持之有故，尚未達自然淘汰之命運，即使彼此相反，也聽他們自由發展。”在兼容並包原則下，對於確有真才實學而學術觀點、政治傾向不同的守舊學者，仍延為教授，展其所長，對他們一視同仁，絕不歧視。例如辜鴻銘，留學歐洲多年，辛亥革命後，仍留蓄長辮，表示效忠清室，但他精通英、法、德及希臘語文，於英國文學深有研究，仍請他講授《英詩》。又如劉師培，曾參與反清革命，後變節為清探，又為袁世凱稱帝效力，但劉于國學造詣極深，故仍聘他講授《中國中古文學史》。
蔡先生還不拘一格選拔與培養人才，24歲的梁漱溟，中學畢業後自修哲學，蔡先生看到他所撰《究元決疑論》一文，認為是一家之言，即聘為北大講師，講授《印度哲學》。和梁同齡的毛澤東，剛畢業於湖南第一師範，到北京襄辦留法勤工儉學，急需就業，蔡先生就通知圖書館主任李大釗，讓他當上圖書館助理員，得以博覽北大藏書，“迅速地朝著馬克思主義的方向發展”。對於學術水平低下、教學態度惡劣的原有中、外教員，一律按約解聘。一個被辭退的法國教員向法庭控告，但有合同為憑，他的無理要求全遭駁斥。英國教員克德萊等被黜退後，鼓動英國駐華公使朱爾典親自到校，要求續聘，也遭拒絕。
北大原是文、理、法、商、工五科並立，沒有重點，蔡元培大膽改革北大學制。他根據教育部關於大學專設文、理兩科，法、醫、農、工、商等科分別成為獨立的大學之新規定，對北大各科做了整頓，例如擴充文、理兩科專業，工科併入北洋大學、商科併入法科等。
蔡元培認為：大學者，囊括大典網羅眾家之學府也。他的“囊括大典”就是大學是包括各種學問的機關，無論何種學派，苟其言之成理，持之有故，尚不達自然淘汰之命運，即使彼此相反，也聽他們自由發展。他的這種做法使新思想、新文化衝進北大，在與原來的舊思想、舊文化的較量中壯大，並得以傳播。當時的北大成為一批激進的資產階級民主派活動的舞台，成為新文化運動的中心，思想上各派並存，形成百家爭鳴的局面，學術思想空前的繁榮，白話文與文言文、唯物主義與唯心主義等爭論不停，在守舊派與革新派的論戰中，蔡元培支持革新派，表現了他鮮明的立場。
1917年11月俄國十月革命的勝利，馬克思列寧主義傳入了中國，社會主義也成了當時世界一股強大的社會思潮，被聘為北大圖書館館長的李大釗在中國最早接受和傳播馬克思主義。 1920年3月，在蔡元培的支持下，北大又成立了馬克思學說研究會，隨後馬克思主義在全國廣泛傳播。北大在中國革命的歷史上產生了不可磨滅的影響，誠如後來曾擔任北大校長的周培源所說：“這些均與蔡先生作校長分不開，要是沒有蔡先生這樣民主，對待革命事業、對待新思想這樣竭盡全力支持的校長，那麼北大也就不會有這麼大的貢獻。”著名的哲學家馮友蘭說：“蔡先生是中國近代的大教育家，這是人們所公認的。我在大字上又加了一個最字，因為一直到現在我還沒有看見第二個像蔡先生那樣的大教育家。”
蔡元培先生主持北大期間，胡適稱之為“北京大學的蔡元培時代”。正如吳玉章所說：“蔡先生被任為北京大學校長……羅致進步人士為北大教授，如我黨出色人物李大釗同誌及主張白話文、大倡文學革命的胡適等，起了新文化運動的革命作用。一時新思潮勃興，學術思想為之大變，尤其是我半殖民地半封建的國家，受了十月革命的影響。社會主義的思潮，洶湧於一般人士，特別是青年腦筋中，使中國苦悶而沒有出路的革命知識分子得到了新生命，獲得了新武器，因而就有衝破舊桎梏而創造新文學、新文化的勇氣，因而就有反帝反封建轟轟烈烈的五四運動。這就為中國歷史開一新紀元。雖然這是時代所產生的必然的結果，而蔡先生領導之功，自不可沒。”
“五四”運動之前，儘管封建禮教已受到了很大衝擊，但“男女授受不親”、“男女七歲不同席”等舊傳統仍根深蒂固。雖然有專為女子設立的高等學校如北京協和女大、南京金陵女大、福州華南女大、北京女高師府等，但是大學男女同校，接受平等教育的事還未曾有過。
蔡元培對這一現實極為不滿。 1919年3月15日，他在北京青年會作了《貧民院與貧兒教育關係》的講演，認為：男女社交公開，尊重女權已是世界潮流，“我們國里還能嚴守從前男女的界限，逆這世界大潮流麼？”此次講演中他產生了試驗大學男女同校的想法。
蔡元培在北大期間，學生運動開始萌芽。蔡元培本人並不支持學生運動，從一開始，他就對群眾運動的負面作用有清醒的認識，對過度參與政治活動傷害學術研究和大學獨立有清醒的認識。
當時的一名北大學生曹建對“五四”時蔡元培的言行有生動的回憶：學生被捕之後，大家聚集在三院禮堂裡，束手無策。突然聽見腳步聲從外面傳來，眾人仰首張望，原來是蔡元培校長。一些學生害怕受到蔡元培的斥責，另一些學生則歡呼，有些甚至放聲大哭。蔡元培從容走上講台，怡言溫詞地對大家說：“你們今天所做的事情我全知道了。我寄以相當的同情。”還沒有說完，全場呼聲雷動。蔡元培接著說：“我是全校之主，我自當盡營救學生之責。關於善後處理事宜也由我辦理，只希望你們聽我一句話就好了。”這句話就是“從明天起照常上課”。
蔡元培反復向學生強調：“五四”運動，同學喚醒民眾救國覺悟，熱情可嘉；然而青年救國不可僅憑一時熱情，主要應靠學識才力，要“讀書不忘救國、救國不忘讀書”才行。這次運動同學們不得以犧牲學業為代價，今後應發揚自主精神，蔡元培認為學生應“以研究學問為第一責任”。
蔡元培在中寫道：“我對於學生運動，素有一種成見，以為學生在學校裡面，應以求學為第一目的，不應有何等政治的組織。其年有在20歲以上者，對於組織有特殊興趣者，可以個人資格參加政治團體，不必牽涉學校。所以民國七年夏間，北京各校學生，曾為外交問題，結隊遊行，向總統府請願。當北大學生出發時，我曾阻止他們，他們一定要參與。我因此引咎辭職，經慰留而罷。”
“五四”運動使蔡元培及北大的學生看到了發動民眾的重要性。因此運動後同學們以比從前更大的熱情舉辦平民夜校、星期日演講會，出版通俗刊物等。蔡元培不僅讚許此舉，而且還從學校角度予以財力、物力上的支持。
教育部在一年前給北大公函中即稱，“國立大學校為社會視聽所繫，所有女生旁聽辦法，務須格外慎重，以免發生弊端。”
欲開女禁的蔡元培公開表示：大學之開女禁問題，則予以為不必有所表示。因教育部所定規程，對於大學學生，本無限於男女之規定，如選舉法中之選舉權者。且稽諸歐美各國，無不男女並收，故予以為無開女禁與否之問題。即如北京大學明年招生時，倘有程度相適之女學生，盡可報考，如程度及格，亦可錄取也。
《中國新報》在1920年元旦的新年號上刊登了這段話。蔡元培實際上已巧妙地繞開教育部的製約，作了破女禁的宣言。
1920年1月18日，北大平民夜校開學，共招男女合班生350人。蔡元培親臨法科禮堂參加開學典禮並發表演說，稱這一天是“北京大學准許平民進去的第一日”。他說：從前這個地方是不許人進去的，現在這個地方人人都可以進去。從前馬神廟北京大學掛著一塊牌，寫著“學堂重地，閒人免入”，以為全國最高的學府，只有大學學生同教員可以去，旁人是不能進去的。這種思想，在北京大學附近的人尤其如此。現在這塊牌已經沒有了。許多旁聽生可以堂而皇之地湧入北大課堂聽課了，北大呈現出一派自由、開放的現代大學景象。
1920年2月，江蘇籍女生王蘭提出入學請求，因已過考期，遂入校旁聽，成為北大第一女學生。隨後又有奚湞、查曉園入學旁聽，至3月11日，北大《日刊》“本校女生”欄介紹已有9人旁聽。 1920年秋季，北大則正式招收了9名本科女生。
首開女禁引起了當局的極度不安。 1920年4月，教育部致函北大，老調重彈：“國立學校為社會視聽所繫，所有女生旁聽辦法，務須格外慎重。”為此向蔡元培提出了“告誡”。
1917年1月4日，隆冬的北京，大雪紛飛，一輛四輪馬車駛進北大的校門，這時，早有兩排工友恭恭敬敬地站在兩側，向這位剛剛被任命為北大校長的蔡元培鞠躬致敬。他緩緩地走下馬車，摘下禮帽，向這些工友們鞠躬回禮。在場的人都驚呆了：這在北大是前所未有過的事情。北大是一所等級森嚴的官辦大學，校長是內閣大臣的待遇，從來就不把工友放在眼裡。今天的新校長怎麼了？
像蔡元培這樣地位崇高的人向身份卑微的工友行禮，在當時的北大乃至中國都是罕見的現象。這不是一件小事，蔡元培希望通過這一行為開風氣之先，使得這所古板的國立大學煥發生機。以後，他每天進學校時，都要向站在大門旁邊的工友們鞠躬致敬。久而久之，這成了他的習慣。他的這一行為，是對北大官氣的一個挑戰，他以自己的言行樹起了一面如何做人的旗幟。
蔡元培將北大當作自己的孩子來看待，北大是他生命的一部分，北大是他的一個輝煌的文化理想。
1927年2月北伐軍攻下浙江，蔡元培等從上海到杭州。
這時一般青年要從軍從政的，都來見蔡元培，從早到晚絡繹不絕，蔡元培一一接見。有求寫介紹信的，則有求必應，請在客廳稍坐，立刻就寫，毫不推諉。他寫信很快，兩三分鐘就寫好一封，而且都是親筆，從不假手於人。
替他代筆的，只是偶爾有人請他吃飯、講演，因時間衝突不能去，他在帖子上批個“致謝”二字。而那些請蔡元培寫介紹信的也不一定是北大畢業的。
有一天晚上，十點多鐘了，有一青年畫家求見。身邊的人禀告蔡元培說有人想見他，是否請來人明天再來。蔡元培說，請他進來好了。那人帶了幾張他自己畫的人物花卉之類，給他看，請蔡元培為他介紹工作。蔡元培問他能否畫宣傳品，他說可以。於是蔡元培就替他寫信介紹給白崇禧的東路軍前敵總指揮總政治主任潘宜之，請求錄用。過了幾天，蔡元培還問年輕人怎麼樣了，蔡元培為人寫介紹信，不是敷衍了事，而是誠心誠意地關懷青年。
劉開渠是我國著名的雕刻家，曾任中央美院副院長、中國美術館館長。他與蔡元培非親非故，他能學上雕塑，完全靠的是蔡元培的培養。可以這樣說，沒有蔡元培的幫助，他不僅不能搞上雕塑，很可能連美術這個專業都失掉了。他在北京美術學校學習了十年，畢業後找不到工作，無以為生，在朋友的幫助下，輾轉到南京，在大學院謀到了一個職業，當書記員，一天到晚就是抄抄寫寫，完全丟掉了自己的專業。
有一次在大學院裡，他向蔡元培提出了一個要求，希望他能幫助自己到法國去學習雕塑。蔡元培微笑著說：“想到法國去學雕塑是好事情，我們中國還沒有派過專人去學，我記著這件事。”
劉開渠是1927年11月向蔡元培提出要求的。這月底，林風眠等人由北京來到南京，蔡元培為他們成立了藝術教育委員會。林風眠讓劉開渠到委員會作辦事員。劉開渠事不多，經常出去畫畫。林風眠想辦個美術學校，找到蔡元培，蔡元培聽了非常高興，他說：“西湖是個風景優美的地方，去看看那裡有沒有房子，如有，就在那里辦。”林風眠看好了房子，美術學校很快就辦起來了。 1928年4月開學，劉開渠任助教。開學典禮上，蔡元培講了話。劉開渠找了個機會，又向他提起想去法國學雕塑的事，蔡元培笑著說：“你的事，我一直記著，有機會就讓你去！”
到5月，劉開渠就接到了大學院的委任書，委任為駐外“著作員”，委任書上還清楚寫明，月薪八十元。劉開渠喜出望外。蔡元培地位那樣高，可他對自己的事一直掛在心上，並能很快給他解決了。劉開渠萬分感激。可他馬上又想到另外一個困難，到法國去很遠，一個窮學生，哪裡有錢買船票？劉開渠到南京找到蔡元培，蔡元培又笑一笑說：“我已經給你想好了，你先提前支半年的工資，接著再預支半年的工資，是一年的了。我還可以給你寫封信給中法聯誼會，轉請法國輪船公司，票價可以打個折扣，這不就解決了？”蔡元培非常忙，仍然為劉開渠想得如此周到，使劉開渠大為感動。
到了法國，蔡元培有時給劉開渠寫信。有一次信裡說：“我不在大學院了，你的工資我已囑大學院照寄。”有時，他太忙的話，就讓許壽裳（蔡先生好友兼秘書）給他寫信。
蔡元培總是這樣，你有什麼要求，他立刻滿足你，體現了他仁厚濟困的一面。
當時北大學費相當低廉，每人每學期僅為十元，不到私立大學的五分之一，且學生還享受補貼，因此辦學經費基本靠財政撥款，計每年七十五萬元。而那時軍閥混戰，財稅來源無保障，到1922年9月，辦學經費已被拖欠五個月，蔡元培聯合其他大學校長向政府屢次交涉，並以辭職為威脅，好不容易索來兩個半月的經費。
這個時候，為了節約經費，校評議會（與教授會並立的權力機構）成員聯合向校長蔡元培提出：學校每年耗費在印刷講義上的費用高達一萬多元，而在購買圖書上的開支卻捉襟見肘；如果把花在講義上的這筆錢向學生收取，節約下講義費來補充圖書，對學校、對學生都有好處。
蔡元培對此很有同感，他還考慮到：因為學校將講義印好下發到學生手中，學生上課就不用功，到考試時再“惡補”講義內容，成了一大弊端。於是他當即決定：以後收取講義費充做圖書經費；購買講義與否，由學生自行決定，如上課能認真聽講做筆記，講義盡可不購。
這個決定應該說還是很厚道，但“講義要收錢啦”的消息傳出，一貫免費享有的東西現在要出錢，頓時在學生中激起了強烈反響。
1922年10月17日下午，為抗議講義收費，數十名學生闖進會計室，對職員大肆謾罵恫嚇；10月18日早晨，又有數十名學生群擁至校長室，要求蔡元培廢除講義費。蔡元培將收費決定詳細解釋，並說三日內不收費；但學生寸步不讓，雙方面越談越僵，而且校長室外走廊上迅速聚集了幾百學生，吶喊起哄，局面一片混亂。
蔡元培又急又怒，一下站起身來，捋起袖口，向學生吼道：“我跟你們決鬥！”然後滿臉青筋地步步進逼。包圍著他的學生害怕了，步步後退，逐漸散去。蔡元培對這場風潮深感惱火和痛心，他當天就寫下辭職呈文離開北大，文中說：“……該生等威迫狂號，秩序蕩然。此種越軌舉動，出於全國最高學府學生，殊可惋惜。廢置講義費事小，而破壞學校紀律之事實大。涓涓之水，將成江河，風氣所至，恐使全國學校共受其禍……”
蔡元培辭職後，北大總務長蔣夢麟、庶務部主任沈士遠、圖書館主任李大釗、出版部主任李辛白、數學系主任馮祖荀分別刊登啟事，宣布“隨同蔡校長辭職，即日離校”；北大全體職員也發布《暫時停止職務宣言》，《北京大學日刊》也於當日宣告“自明日起停止出版”。大家都與蔡校長共進退：為了挽留蔡元培，北大召開了教務會議和評議會緊急會議，教育部次長馬敘倫也對蔡元培面勸。最後，蔡元培收回辭呈，講義費則暫緩收取。
蔡元培從小接受的是舊式的文人教育。光緒年間，他先中了舉人，後點了翰林。 1889年，也就是中舉人的這一年，他奉父母之命媒妁之言，迎娶了第一位夫人王昭。當時的婚禮完全是按照中國傳統的舊式結婚禮儀進行的。和大多數人一樣，蔡元培在婚禮之前，從未與王昭見過面。
王昭是浙江會稽人，大蔡元培一歲，婚後兩人的生活，並非如鼓琴之瑟，相敬如賓。由於王昭素有潔癖，什麼都要弄得乾乾淨淨，凡坐席、食器、衣巾等都禁止人觸摸。每次睡覺前必須要求先脫去外衣，然後脫去衣裙之類，再用毛巾擦拭頭髮等等，而且王昭花錢也極為節省；而作為丈夫的蔡元培卻生性豪放、不拘小節，他非常討厭王昭的一切繁瑣之事，因此兩人婚後經常會為一些很瑣碎的小事而發生口角。
在最初的幾年裡，蔡元培似乎難以接受自己的妻子，就更別提愛她了，婚姻的契約只讓他義務性地待在妻子身邊。就這樣一晃過了七個年頭，直到王昭為他陸續生下了兩個兒子，他們才慢慢找到了夫妻生活的感覺。
王昭是舊社會的婦女，在蔡元培面前，總是恭敬地稱他為“老爺”。為此，參與百日維新的蔡元培還時不時地嗔怪她：“你以後可不要再叫我什麼'老爺'，也不要再稱自己什麼'奴家'了，聽了多彆扭啊？”而王昭總是很溫順地說：“唉，奴家都叫習慣了，總是改不過來呢。”
1900年前後，西方民主與科學思潮開始越來越多地滲入古老的中國血脈。這促使身在文化前沿的蔡元培開始對婚姻和家庭進行反思。也正是在這一年，他結合自身經歷寫出了奠定其後來女權思想基礎的《夫妻公約》，詳細地說明男女關係分目交、體交與心交，特重心交。所謂心交，指夫婦同心，兩情融合。蔡元培決定重新調整與妻子王昭的關係，修復情感裂痕，讓大家更和睦地生活在一起。
事實上也是如此，蔡元培與王昭也維持過一段幸福的婚姻，蔡元培還告訴好友：“伉儷之愛，視新婚有加焉。”可惜好景不長，由於奔波勞碌，身體虛弱的王昭在這一年因病離開了人世。剛剛嚐到婚姻甜頭的夫妻自此陰陽兩隔。蔡元培悲痛不已，作聯哀挽：“自由主義君始與聞，而未能免俗，天足將完，鬼車漸破，俄焉屬纊，不堪遺恨竟終身。”“天足將完，鬼車漸破”，指王夫人理解《公約》後，開始解放纏腳，破除鬼神迷信，不料卻遽然去世，使蔡先生不勝悼亡之慟。
王昭去世時，蔡元培剛滿32歲。這時的蔡元培在江浙一帶的知識界已頗有名氣了，故王昭去世以後，前來給他說親的人絡繹不絕。蔡元培雖與王昭不甚和諧，但故人已去，夫妻之恩卻不敢點滴忘懷。為防媒人擾其清淨，面對紛至沓來的媒人，他磨濃墨、鋪素箋、揮羊毫，寫下了一份奇特的徵婚啟事，張貼於自家的牆壁之上。
第一，是不纏足的（女性），天足；第二，是識字的；第三，是男子不得娶妾，不能娶姨太太；第四，丈夫死了，妻子可以改嫁；第五，意見不合，可以離婚。
“天足、改嫁、離婚”，這些駭世驚俗的字眼竟出自翰林之手。消息傳開，一時間鬧得沸沸揚揚。他這種離經叛道、混淆綱常的做法無異於在向封建陋俗開戰，昔日的媒人們一個個嚇得退避三舍。蔡元培的這份“徵婚啟事”無疑是向社會表示他要為自己做主，求得一個如意自由的婚姻。
1901年，蔡元培隻身離開紹興，到餘杭辦學，受友人之邀，去葉君府上做客。在葉君的撮合下，蔡元培結識了黃仲玉，並大膽追求，兩人你情我願，結婚的事情自然提上了日程。蔡元培要結婚的消息不脛而走，一下子忙壞了遠近的親朋好友。但蔡元培與黃仲玉商定，不在婚事上鋪張，而且一定要免俗。
1901年11月22日，蔡元培與黃仲玉在杭州西子湖畔舉行了他一生中的第二次婚禮。這次婚禮中西合璧，蔡元培用紅幛綴成“孔子”二字，代替懸掛三星畫軸的傳統，並且一掃以往的繁瑣儀式，只舉行了個小型的演說會來代替鬧洞房。
蔡元培的這種做法，實際上就是從“我”做起，以“我”為例，改革社會風氣，衝破封建的陋俗，提倡男女平權，打破中國傳統在婚姻問題上對婦女的束縛。而且這種做法不僅標誌著蔡元培思想上的進步，也反映出當時中國中西文化碰撞下的新思想和新思潮的興起。
1904年，蔡元培組織成立了反清革命團體“光復會”。 1905年，他又加入了孫中山成立的“同盟會”。 1907年，已近不惑之年的蔡元培開始了他四年海外留學的生活。其間，他編著了《中國倫理學史》，書中主張男女平等、婚姻自由。蔡元培從最初具有大男子主義思想的翰林學士轉變成為尋求婦女平等權利的鬥士，他的第二位夫人黃仲玉可謂功不可沒。 1920年底，蔡元培由北京大學派遣去歐洲考察。在他出發之前，黃仲玉已經有病，但她力勸丈夫如期出發。可就在蔡元培到達瑞士的時候，傳來了夫人去世的噩耗。蔡元培悲痛欲絕，含著滿腔的淚水，寫下了那篇不朽的祭文《祭亡妻黃仲玉》：“嗚呼仲玉，竟舍我而先逝耶！自汝與我結婚以來，才二十年，累汝以兒女，累汝以家計，累汝以國內、國外之奔走，累汝以貧困，累汝以憂患，使汝善書、善畫、善為美術之天才，竟不能無限之發展，而且積勞成疾，以不能盡汝之天年。嗚呼，我之負汝何如耶……”
正當蔡元培忍著喪偶的悲痛，孤寂地在歐洲大陸考察教育時，國內的政治局勢開始發生變化。 1921年蔡元培考察歸來，一踏入上海，各界名流紛紛前來拜訪，但蔡元培卻無心涉入這混亂的政局，並做好再度留洋、潛心治學的打算。此時，昔日故友浙江興業銀行的總經理徐新六致電邀請他赴宴，蔡元培欣然前往。
徐新六設宴，卻只有他們兩個人。蔡元培覺得甚是奇怪，想這徐先生定有別事。酒過三巡之後，徐新六終於直奔主題。他笑問：“黃夫人仙逝之後，威廉（蔡元培的女兒）亦將另有生活，而夫人所留兩個公子一定無人照料，不知先生清寂幾年之後可有續娶之意？”蔡元培有些驚訝，繼而傷感地笑了一下說道，他已至暮年，何談嫁娶！人生早算是灰冷過了，只盼過一段隱居的生活，遠離紅塵才好。
徐新六還待再說，蔡元培忙舉手攔住說，好意心領，就不勞煩費心了。卻不想這徐新六也是個倔強之人。一是他敬重蔡元培的為人，二是同情他的生活清苦，再者，提親之事乃是受人之託，成人之美亦是善舉。幾日之後，徐新六再約蔡元培，談的還是老話題。蔡元培也非常感激徐先生的仁義之心，便應了他的要求，但同時提出了三個條件：“第一，本人要具備相當的文化素養；第二，年齡略大；第三，熟諳英語而能成為研究助手者。”
蔡元培心想這下可以把他唬回去了。沒想到徐新六一臉燦然地滿口答應下來：“沒問題，沒問題，並且我還可以給您增補幾個條件：第四是賢惠且極賦愛心；第五，相貌可人，親切，勤勉；第六……”徐新六的這幾個條件還沒說完，蔡元培一下子就想起了近日一直伺候在身邊的自己的女學生周峻，此時他的思緒彷彿又回到無盡的往事之中。周峻雖是自己的學生，卻也是個女子，三十好幾的人了，一直待字閨中，倒不知她究竟是怎樣的心思？看她的眼神形態，對自己頗是有意的，但言語之間從未表露，或恐是羞於啟齒吧；兒女們若能得到周峻照料，也算是一種福分；這周小姐不僅聰明賢惠，而且更是才貌雙佳之人，且等一等再說吧……想到這裡，蔡元培就笑著說：“還是算了吧，我已是54歲的老人，不能再拖累別人，但我蔡某還是感謝您的這番美意！承蒙關愛呀！”蔡元培的心情非常複雜，但還是欣然接受下來。
自從徐新六做了媒人以後，周峻倒是不再接近蔡元培。婚期正在一天天臨近，1923年7月10日，蔡元培和周峻最終走進了簡樸而新式的婚禮，這也是蔡元培的第三次婚禮。
這次婚禮完全是現代文明式的。當時蔡元培到周峻下榻的賓館迎接周峻，之後兩人一起到蘇州留園，拍攝了結婚照片。當時蔡元培西裝革履，周峻身披白色婚紗。在婚禮的宴席上，蔡元培還向大家講述了他和周峻的戀愛經過。
忘年新結閨中契，勸學將為海外遊。
鰈泳鶼飛常互且，相期各自有千秋。
蔡元培就是用這樣的文字，記下了他的第三次新婚。
婚後十天，蔡元培攜周峻及子女离滬奔赴比利時首都布魯塞爾，夫人和女兒都進了國立美術學院，而他則開始潛心編寫《哲學綱要》。每臨黃昏，布魯塞爾的林間小道上，總能見到一對老夫少妻結伴而遊，吟詩賞月。名震海內、叱吒風雲的蔡元培，終於過上了恬靜祥和的家庭生活。
1940年3月5日，也就是周峻50歲生日的前兩天，蔡元培在香港因病逝世。一代宗師就這樣靜靜地魂息香港。周峻把對蔡元培的一生之愛傾於一尊作品——蔡元培半身像中，其上刻有蔡元培所題之詩：
唯卿第一能知我，
留取心痕永不磨。