康生被剝奪安全和情報部門首腦的職位之後，依然是毛澤東核心圈裡的成員，但是像劉少奇、任弼時和楊尚昆等人的觀點至少也和康生一樣具有份量。
緊接著日本人於一九四五年八月投降以後不久，主席和最高統帥開始商談建立一個新的聯合政權。在美國全權特使一系列的鼓勵之下，雙方進行了長時間的討價還價，就像沒完沒了的皮影戲。但是毛澤東和蔣介石都不准備妥協；他們運用各種手段，只是為了政治上和策略上的好處，並且等待恢復敵對行動的最佳時機。一九四五年十二月，協商以失敗告終，戰爭似乎追在眉睫。共產黨和國民黨之間早就預期的國內戰爭終於在一九四六年三月猛烈爆發了。
當毛澤東和蔣介石互相迴避時，康生抓住每個機會大肆宣揚他對秘密戰爭的擅長，希望毛澤東認識到他在反對國民黨的鬥爭中是必不可少的，但是毛澤東忽視了他。主席最終將他安排到他以前從未涉入的領域——土地改革。
從二〇年代後期開始，中國共產黨人首先提出，在中國，城市無產階級是否也能像在蘇聯那樣成為革命動力的問題，土地改革的想法遂成為中國共產黨的基礎——沒收富有的地主和富農的土地，將它們分給千千萬萬的貧農、雇農和無地遊民。國民黨和共產黨在土地改革政策方面是不一敢的，事實上，它破壞了兩黨的早期聯盟，並導致了一九二七年的國內戰爭。那一年，毛澤東寫道：“幾萬萬農民……其勢如暴風驟雨，迅猛異常……一切帝國主義、軍閥、貪官污吏、土豪劣紳，都將被他們葬人墳墓。”毛澤東知道，為了召集不滿的貧苦農民，共產黨需要提供給他們一些東西；而最能激勵他們的獎品是土地。
革命黨利用中國農村大片土地的時機已經成熟，人們向無法脫離貧困的農村人口大聲呼籲。在很多地方，地主殘酷地虐待雇農——在他們無法支付所要求的過高地租和榨取過多利息的時候，搶奪他們的妻子和女兒，僱用惡棍毆打任何一個引起麻煩的人。
一九四六年十二月十日，接到來自毛澤東、朱德總司令和共產黨最高民政官員劉少奇的命令，康生與一行七人從延安出發到甘肅省東面荒蕪的邊界地區——隴東，大約在延安以西一百英里處。他的使命是視察共產黨在幾年前獲得控制的地區創立的土地改革計劃。康生在隴東僅度過五個星期，但是這些日子使他對土地改革及其在共產主義革命中的地位持樂觀態度。
共產黨的土地改革政策在不同的地區有很大的不同，在較為貧瘠的地區，那裡經濟艱難，土匪、軍閥和乾旱使農民陷於水深火熱的悲慘境地。共產黨經常運用極端的手段消滅富農，就像斯大林清除鳥克蘭和俄國南方地區擁有土地的富農一樣。在土地肥沃、氣候溫和的地區，中國共產黨很難激發民眾對富裕農民和地主的憎恨；通常土地擁有者失去他們的土地，但是他們的生命得以存活。
康生在指導土地改革時採用最嚴厲的方法是不會令人訝異的。在隴東，他把自己裝扮成對正在進行的土改計劃的批評者，然後，在他退回延安時則指責隴東的領導有“右傾”思想——意思是對地主的一種溫和妥協的傾向。 ～九四七年二月二日，在他回到延安後不到一周，康生就在黨校發表了一篇粗暴的演講，這是他為了激進的土地改革需要所做的一系列講話中的第一篇。他號召使用一種新的民粹主義方法，“喚起民眾，然後把所有的問題交給他們去處理，這種方法能夠解決問題。”
康生的規則轉變成鄉村內無數復仇行動。康生不僅沒收地主的房子和財產，把他們的土地分給農民，而且煽動農民對地主和他們的隨從的仇恨。以社會正義的名義，鼓勵農民通過殺死地主和富農，來結清宿怨。康生豐富的經歷從未抑制他對土地改革的嚴厲措施的熱情：毫無疑問，他在其他方面也是這樣殘酷無情的。無論如何，這次地主不幸成為康生的目標。正如毛澤東在後一年中解釋的：“我們的任務是……消滅地主，把他們當作一個階級，而不是當作個人。”
一九四七年三月，康生從隴東回來五個星期之後，一支國民黨軍隊進攻延安，迫使共產黨撤離這座古老的城鎮。當國民黨飛機轟炸和掃射從延安撤離的軍隊時，康生和曹軼毆與共產黨的主力一起西進到黃河岸邊，在那裡，他接到命令去負責東面幾百英里以外的山西省土改計劃。他從共產黨主力部隊中離開，到山西省西北角臨縣的郝家坡建立司令部，康生在那兒待了將近四個月，整個夏季都用於檢查已經十分合適的土地改革計劃，以他自己的方法來糾正當地干部的錯誤。康生採取標準方法，將地主和他們的家庭從土地上分離出來，他下令將他們處決。
在整個共產黨控制下的中國，土地改革與對地主的懲罰齊行並進，但是康生甚至對中國共產黨的同仁也施以恐怖。
在上海，康生曾利用紅隊出賣和暗殺那些支持黨內他的對手的共產黨員；在莫斯科，他曾運用秘密警察的力量來反對蘇聯學習的中國共產黨員；在延安，他曾利用社會事務部，逮捕大批以“拯救”為名而歪曲為敵特分子的年輕中國共產黨員。現在，在山西省的西北部，康生有意識地著手向那些被認為是同情共產黨的地主開刀。
在康生統治下的地區臨縣，有兩個在抗日戰爭中以支持共產黨而聞名的富有大財主，牛友蘭和劉少白。康生命令他的武裝親信去抓牛友蘭，然後當著召集起來的農民的面指責和羞辱他。康生取笑說，因為地主姓牛，應該像牛一樣對待他；為了使他的雙關語取得實際的效果，康生命令他手下的人在牛友蘭的鼻子上開個洞，在洞裡穿上環，在環上綁根繩子，然後強迫牛友蘭的兒子牽著他的父親，鮮血順著他的臉流下來，滴在郝家坡狹窄而多塵土的街道上。劉少白受到牛友蘭命運的警告，趕緊向黨的總部求救，因而逃過一劫。
康生還攻擊那些早在他來到這個地區之前已經在這里工作的共產黨下級幹部。有些足年輕知識分子，向來無心執行康生的錯誤政策，其他一些是在這個特殊區域加入黨組織的單純青年，對共產黨運動的偉大目標理解甚少。康生為他的受害者杜撰了“石頭”這個名稱：壓榨農民的石頭，阻礙調整計劃的石頭，需要清除石頭。在清除“石頭”的名單上，康生清洗了許多當地的共產黨員，將他們交給群眾的“批鬥”會，在會上農民們辱罵和毒打不幸的干部。
康生還調查“土改工作組”的背景——調查人員大多數由目不識丁的共產黨員組成，他們是負責土改進程的機制，並且舉辦“批鬥”會，反對非無產階級或非農民出身的人。他在根除私人所有製的偽裝下，沒收私人的小物品——迫使社會出身較好的干部與其他工作組成員分桌吃飯。
康生乞靈於中國古老的見解，來為他的行動辯護，派往一個地區的官員不可避免地會與富有而有影響的地方土紳結成聯盟。康生爭辯說，除非根除那些官員，否則土地改革將不會起作用。但是康生的記錄顯示，他只是利用這種爭論作為更大的暴行的藉口；他在上海、莫斯科、延安和郝家坡對共產黨同仁的迫害總是說明，他不顧一切地鞏固自己的營壘。
康生提出的石頭理論有力地影響了整個中國的土改機構。五〇年代，當土改政策在全國各地實行時，黨的地方官員往往被當作“土豪”，隨著地主一併消失。 （儘管康生抱有攻擊“石頭”的想法，但是他在文化大革命期間來了個大轉彎，他指責中國的國家主席劉少奇在二十年前的土地改革運動中“搬石頭”；這種矛盾絲毫沒有使康生顯得不安。）
中國共產黨中央委員會下令沒收土地的主要標堆，是看土地的擁有者是否有剝削雇農和貧農的記錄。但是康生認為這個標準過於溫和而不予考慮。他補充了其他三條衡量標準——“歷史、生活和政治態度”——不論多麼含糊不清，這使他很容易將地主和富農，與在蔣介石軍隊中服過役或者與國民黨有其他聯繫的普通農民混淆起來。他的目的是剝奪他們的土地，公開地羞辱、毆打他們，有時把他們槍斃、殺頭或活埋。
從以下統計例子，可以看到康生政策的效果，臨縣的蔡家崖村五百五十二戶人家中有一百二十四戶人家被劃為富農——超過實際分類的兩倍。雖然他在郝家坡實施暴行，但是康生仍然獲得毛澤東對他工作的讚揚；一九四八年四月，毛澤東指出，“康生同志”克服了阻礙郝家坡土地改革的“右傾”思想。
用這種方式，毛澤東顯示他仍支持他的前安全首腦。在毛澤東公開反對康生和其他人濫用權力的時候，他對康生的稱讚是有特殊意義的。毛澤東知道，郝家坡周圍地區的土地改革失去了控制（在稱讚康生的文章中，毛澤東承認“左傾”已經產生），但是他清楚地表示，他沒有讓康生承擔出現“偏差”的責任。
在康生和其他主張強硬路線的干部的影響下，中國大部分農村地區的土地改革都以血腥、殘忍而聞名。黨內執行土改政策的小分隊被派到雖遙遠的島村，組織當地的農民，組成土改小組，他們發動貧農和雇農去反對富農。當仇恨達到極點時，農民被鼓勵在“訴苦大會”的講壇上訴說在“土豪”手裡受到不公正待遇和侮辱；不論是真實的還是想像的。這些大會經常以土改小組帶頭群眾高呼“槍斃他！槍斃他！”或“殺！殺！殺！”而告結束。負責這介過程的干部會裁決地主犯了嚴重罪行，判處他們死刑，並且下令立即拉出去就地處決。
處決過程與判決過程一樣沒有絲毫憐憫。許多地主被槍決、吊死、殺頭、毆打致死、被釘在建築物的牆上，或者被活埋。一些令人恐懼的行話說明了康生所發明的奇特處死方法：在冬天裡讓人穿上薄棉衣，將水澆在他身上，直到溫度降到零度以下將他凍死，這叫“穿玻璃衣”；把人活埋在雪中，這叫“冷凍”；將他埋在坑里，埋到頸部露出腦子，再弄碎他的頭蓋骨，這叫“開花”。
在山西省西北地區飽受恐懼的四個月之後，康生在河北省的小鎮西柏坡出席了一個有關土地改革的重要會議，西柏坡地處北京西南大約兩百英里，州少奇和朱德撤離延安後，在那裡建立了一個新的共產黨司令部。許多高級幹部出席了這次會議，會議由負責土地改革等非軍事事務的領導人劉少奇主持。會議從一九四七年七月十七日持續到九月中旬，正式批准對地主採取強硬路線，確立了在未來歲月中仍然有效的模式。康生積極地陳述他的極端主義觀點。九月九日，在會議即將結束的時候，他遞交了一份“有關土改和整黨問題的報告”，建議“一種完全平等的土地分配政策”會減少中農所佔有的土地，並且滿足沒有土地的農民和雇農的需求。昕上去像是要求平等和每個人佔有土地，事實上這是為了散佈人類屠殺的計劃。
兩個月以後，一九四七年十一月，當共產黨軍隊準備向國民黨發動最後進攻時，政治局將康生凋離黨的總部和內戰的前線，安排他去視察他的家鄉山東省的土地改革情況。國民黨仍然控制著山東的幾個地區，包括省會濟南。但是共產黨控制了山東北部和訶北東部地區，康生就駐紮在那裡。
康生離開他的家鄉山東有二十多年了，他發現當地的共產黨機構建立得相當好，大規模的土地改革已經完成。面對當地黨組織的干部，他懷疑他們憎惡任何派來監視他們的領導；康生利用他的權威來迫使他們不敢越軌。他以在山西省運用的苛刻標準來衡量山東的情況是不會令人吃驚的。他發現在許多情況下，當地的共產黨員是馬虎而放縱的。他查明他們有偏袒士紳的明顯傾向。一俟康生聚集到足夠的證據，他就宣布了一個預期的發現：山東的共產黨組織是為“地主和富農的黨派”，包括許多需要清除的“石頭”。
他首先處理的“石頭”是一個名叫景曉村的年輕人，他是康生駐紮地西南的渤海地區的共產黨負責人。景曉村在當地頗有影響，但是他很容易成為康生那樣的政治局成員的目標。具有諷刺意義的是，康生髮現他對馬克思列寧主義毫無經驗而且一無所知：“你二十多歲就是黨的書記！你知道什麼叫馬列主義？”康生繼續嘲笑他的名字曉村：“你甚至連自己的本份都不知道，又怎麼能曉得鄉村呢？”
景曉村被革職，但是他的遭遇遠比康生的下一個受害者要好。地方紅軍指揮員趙季忠忽視了康生的指示，康生以違反紀律為由逮捕他，並且以處決相協。當地的干部目瞪口呆，對康生的抵制瓦解了，每個人都意識到只存在兩種選擇：屈服於康生和遭受監禁，或者是死亡。
康生利用分化和征服的戰術，小心地選擇他的目標。同時他故意壓制一些幹部，召集其他的干部，建立一個聯盟者的網絡，包括當地宣傳部成員王力和關鋒；地區黨的負責人壬效禹；剛從北京國民黨監獄裡釋放出來的劉格平。康生在山東的小集團一直完好保持到文化大革命。
一旦把他的權威強加於省共產黨組織之上，康生就採用了更為激進的土地改革計劃。他宣布了“讓貧農領導一切”的口號，並且著手針對共產黨官員已經實施的土地再分配進行檢查。在康生的領導下，不分青紅皂白地殺死地主成為土地改革的必要組成部分，地主和富農的血再次到處流淌。
共產黨總部公開支持實施土地改革的均衡和彈性，但是康生在山東的工作投有受到任何批評。他的政治命運開始好轉；一九四八年初，他被任命為華東局黨委副書記，華東局是六個高級的地區性機構之一，它們共同管理著共產黨所控制的所有領土。那時，華東局在山東設置它的總部，這是一個日益安全的共產黨根據地，但是華東局對中國整個東部沿海地區負有責任，從靠近北京的華北地區差不多延伸到南方的香港。康生的任命恢復了他在黨內的～些地位，給予他對人民、政策和地區的直接控制權。他不再是一個沒有職務的政治局成員，置身於共產黨統治的鏈鎖之外，執行黨規定的使命，監督土地改革，出席無休無止的會議，對可能值得或不值得注意的事情提供建議。他似乎已經承受住一九四五年爭論的風風雨雨，正在逐步返回高級職位。
然而，康生被任命為華東局副書記，對他個人來說是件丟臉的事。華東局的領導，他的頂頭上司是饒漱石。饒漱石曾與康生一起在上海大學學習，並且同時加入共產黨，而且許多年來都是康生的部下。三〇年代饒漱石在巴黎的《救國時報》工作時，康生已經是政洽局委員和共產黨國際的部級官員。但是饒漱石充滿活力，而且善於交際，他在高級領導人當中平穩地形成了一個範圍廣闊的友人圈。他也在莫斯科待過一段時間，後來到過紐約，在那裡，他在一家中國餐館工作並且幫助經營一家中國報紙。三〇年代末他回到中國之後，擔任新四軍政治委員，那是一支在長江流域出沒的共產黨部隊。雖然他在一九四〇年被國民黨軍隊逮捕，但是他設法逃了出來，並且成功地回到共產黨隊伍中。饒漱石交遊廣闊的人脈幫助他在一九四五年進入政治局，那時正是康生成為政治局委員的十二年之後。
康生私下對饒漱石的成功感到憤憤不平，但是他小心翼翼地掩藏住自己韻情緒。饒漱石對康生的妒忌沒有在意；一九四九年共產黨取得最後勝利的前夕，這兩個人在山東圖謀擴大他們的勢力。他們首先一起計劃攻擊山東的黨的高級幹部。主要的目標是黨的書記黎玉，他是有草根基礎的中央委員會委員；對康生和饒漱石這樣的新來者來說，黎玉的存在妨礙了他們。為了弄垮他，康生和饒漱石指控黎玉遵循“富農路線”。他們還指責他是“地方主義”、“山頭主義”和“獨立王國”——共產黨對於利用地方權力來抵制黨中央指示的政治罪行的行話。對手是難以對付的康生和饒漱石，黎玉無法保護自己，只得被迫忍受六個月的猛烈批評、輪流監管的禁閉以及不斷遭到口頭譴責的迫害方式。然後，他被調離山東。在中國，領導人的下台是經常發生的。而黎玉的垮台並非咎由自取；沒有黎玉的庇護傘，許多地方乾部也受到批評、調離或撤職。
康生和饒漱石一起工作，但是這段時間他們各自都試圖推進自己的事業。一九四八年末．共產黨奪取了國民黨在山東的最後據點之後，中央委員會同意康生和饒漱石把山東省的四個地區性機構合併在一起的要求。康生被任命為這個新組織的書記，但是他仍然從屬於繼續領導華東局的饒漱石。
那時，康生忙於提升他的妻子曹軼歐，很少關注與饒漱石的關係。他任命曹軼歐為省組織部部長，組織部控制著個人檔案和省內黨員們的政治命運。而且，在他負責山東的黨組織期間，康生濫用他的權力，從那些丈夫遇到政治麻煩的妻子身上得到樂趣，並且向這些女人或她們的丈夫許諾，他們將逃脫可怕的命運。
當康生安排與他前妻所生的兒子張子石重新團聚時，他對特權的堅持更為明顯了。一九四八年末他遇到張子石的時候，張子石已經是個三十出頭的青年了，他正在為青島的國民黨公共救濟組織工作。父子在上一次見面是在一九二五年六月，那時康生在諸城探親訪友。由於通信不易，他們之間的聯繫是很有限的。康生待在莫斯科和延安那樣遙遠的地方，加上日本人的侵略和隨後的內戰所引起的混亂，使數百萬個中國家庭骨肉分離，這些事件幾乎也使通訊成為不可能。
張子石仍然是康生唯一的兒子；曹軼歐從沒有為他生過一子半女。在他們父子重逢之後，康生幫助他成為一名共產黨員，以便使他免受來自國民黨的潛在危險，還為他在光榮的紅色未來中求得一個位置。康生保持偏愛男性繼承人的中國傳統，他對他的女兒張玉瑛毫無興趣，長期以來讓她留在青島捲菸廠工作。
康生在國內戰爭的最後階段一直留在山東，那時國民黨軍隊在戰鬥中逃亡潰敗，蔣介石的繞治崩潰了。一九四九年一月，國民黨衛戌司令傅作義為了避免毀滅性的圍攻，只好投降，共產黨軍隊因而佔領了北京。三個月之後，共產黨部隊越過長江；五月，他們開進上海，這場史詩般鬥爭的結果已是不容置疑。
康生試圖不顧一切地擺脫他在邊遠地區的角色。一九四九年三月在共產黨總部西柏坡召開的中央委員會會議期間，共產黨組成了行政機構，一旦戰勝國民黨，共產黨將取而代之；康生在會議期間遇見了毛澤東、劉少奇和其他領導人。然而，他沒有得到提升；當會議在三月十三日結束時，他除了返回山東之外別無選擇。三個月後，華東局總部重新安置到剛解放的上海，饒漱石被派往那裡。康生反复地向政治局委員暗示，他也應該調往上海，希望領導能接受他的暗示，任命他為華東局的負責人以取代饒漱石。但是毛澤東和其他主要領導人忽視了康生，他們正全神貫注於對國民黨的戲劇性勝利。他被留在山東，擔任自己家鄉省份的統治者，但是他的所有目標和意圖都受到了冷落。
康生在一九四九年八月召開山東止被推選為省政府主席，成為山東省黨和政府的首腦。康生對他徒有其表的勝利，反應難以用喜悅來形容；他得知在投票中，差十票一致同意他當選，他下令暗中調查，確定誰在反對他。北京的共產黨領導層還任命他為中蘇友好協會理事——具有諷刺意義的是，整個四〇年代，康生對莫斯科充滿了敵意——十二月又任命他為華東局軍事委員會委員，山東軍區政委。
康生在一九四九年末所得到的職位會使許多資深幹部感到滿意：山東省黨和政府的首腦、山東軍區政委、華東局高級官員、政治局委員。但是這些成就遠遠低於康生的預期目標。
到那時，局勢已經很明顯了：共產黨將出現一個永久性的轉變。它不再是一個被查禁的造反農民和不滿知識分子的混合體，而是中國大陸唯一的合法政府。但是同樣十分清楚的是，至少在短時間內，康生沒有希望得到任何有意義的職位。作為共產黨陣營中一顆正在上升的明星，差不多度過了二十五個瘋狂的歲月之後，康生髮現自己被遺棄在沒有出路的地方工作。
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