到一九四〇年，康生已經對其他人的生活蒙上沉重的陰影，但是他渴望獲得更多的權勢。在接下來的幾年裡，他極其無情地擴展他的權勢，因此他成為共產黨內上下階層幹部心目中的恐怖象徵。
康生在一九三九年強化了他對社會事務部的控制，在四年代的最初五年裡身兼兩個秘密警察機構的首腦，並且是毛澤東最喜愛的人物，這大大提高了他作為一位黨領導人的威望。康生操心著安全和情報事務，在黨校發表演講，出席黨的最高層會議，同毛澤東和江青交往，並有條不紊地運用斯大林的方法來對付延安的共產黨員。
利用不斷增長的獨裁主義的傾向——已經受到“白色恐怖”、長征、抗日戰爭以及對國民黨進攻的恐懼的鼓舞——康生使秘密警察成為什麼是事實什麼是虛構的最後仲裁人。四〇年代初期，理想的機會確實來了，當時毛澤東授權他監督“整風運動”。這場思想改造運動，塑造了共產黨領袖的各種政治手段，並且從那時到現在，在不同程度上獲得了成功。
隨著毛澤東加強他對黨的控制，暗中挖王明牆腳的運動因而加劇。王明則繼續利用他那幫在蘇聯培訓過的支持者和他在共產國際的關係，來向毛澤東作為黨最高領導的地位進行挑戰。有一次，單單一句話就能給康生用來反對他先前的庇護人王明。一九四〇年十二月下旬，毛澤東寫了一篇名口《論政策》的文章，文中如此聲稱，“陳獨秀（和）王明犯了右傾機會主義的路線錯誤。”中央委員會的大多數委員說服毛澤東重新修改那一節，不要使用“路線”這個詞——這個刪節減弱了陳獨秀和王明是一貫錯誤的印象。康生來到毛澤東那兒，告訴他“不寫路線這個詞是個原則問題。”在毛澤東的耳邊低聲敘說他的看法，成為康生最喜愛的手段，這使他能夠在沒有其他領導人知道的情況下起作用，同時也使他自己成為毛澤東值得信賴的顧問。
一九四一年年底，毛澤東開始為一場涉及黨的歷史觀的運動做準備，這場運動會擴大他自己對中國共產主義事業的貢獻。那年九月，政治局討論了長征的初期階段在政治上和戰略上所犯的錯誤，當時王明的追隨者們已經控制了黨的委員會，透過投票壓倒了毛澤東和他的同盟者，制訂了共產黨的戰略決策。政治局斷定那時確實犯了嚴重的錯誤——這本身對於毛澤東來說是個勝利——並決定發起一個運動來純化資深領導人的思想，以及糾正對於歷史的“錯誤理解”。換句話說，即是將毛澤東個人關於黨的歷史觀灌輸給一般黨員。 “整風運動”於一九四二年二月一日正式展開，當時在黨校每年一度的開幕儀式上．毛澤東在演講中將它提了出來。
毛澤東和他的親信們計劃透過“整風運動”，將一種對毛澤東全心全意的忠誠灌輸給全體黨員。在“整風運動”的最初階段，任何懷疑毛澤東地位的人，都承受到來自團體的沉重壓力——並且隨著這場運動愈演愈烈，拷打和監禁也跟著出籠。毛主義者的目的是要使王明和他的親蘇小集團、即二十八個布爾什維克喪失信譽。用中國共產主義晦澀難解的專門詞彙來說，毛澤東的一方，“必須消除由於王明所犯的先是極左後是極右的錯誤，對黨所造成的損害和危險”。毛澤東運用靈活的戰略，將中國共產黨和紅軍從布爾什維克的毀滅性政策中解救出來，因而受到歌頌和讚揚。除了讚揚毛澤東思想策略上的長處，還強調毛給馬克思列寧主義傳統帶來了一種新的、中國式的哲學成就。不像王明依靠共產國際和蘇聯的威望，毛澤東訴諸於中國的民族主義意識和對外國人的畏懼與憎恨。
為了掩飾“整風運動”的黨派動機和野蠻的工作方法，它被描述為馬克思主義教育的一個過程。黨員們必須學習和討論精選的文件，然後參加無休止的批評和自我批評的會議，在會議上，所有黨員都被要求披露什麼時候他們曾經偏離過那些文章裡闡明的思想標準，並且譴責少數需要幫助的同志。這個運動公開宣稱的目的是改進黨的“工作作風”，克服“對思想意識的誤解”（一個黨的政策突然轉變的代碼），並幫助較為年輕的干部“改造資產階級思想”（即要求絕對的忠心）。這種對“整風運動”相對溫和的解釋，在西方依然得到廣泛的認可，許多西方專家繼續堅持，這場運動只不過是試圖使有錯誤思想的中國共產黨黨員屈從於心理上的匪力，而不是清洗他們。套用研究“整風運動”的學者馬克·謝爾登（Mark Selden）的話來說，其目的是對那些正在躊躇不決的干部進行改造，並使他們重新回到黨的懷抱，“而不是把他們當作敵人，通過流放、集中營，甚至開除出黨或者開除公職來消滅他們。”
毛澤東同他的捉刀人陳伯達一起，在“整風運動”期間起草了許多學習文章。然而，康生卻被指派籌劃和實施這場運動。一九四一年八月，在政治局認可這場整風運動的前一個月，康生被任命為“幹部調查委員會”的主席，這是一個像社會事務部一樣極有權勢的機構，負責審查幹部以保證他們符合所需要的政治標準。康生的任命標誌著他已成為最有權勢的中國共產黨領導人之一。三個幫助康生管理這個委員會的副主席，也都具有非同小可的影響力：高崗，中國西北地區黨組織的領袖；陳雲，負責組織工作的政治局委員；還有彭真，華北的一位重要領導人，後來成為北京市長。
“幹部調查委員會”的任命使康生直接參與了“整風運動”，並且在具體工作中同毛澤東站在一邊。康生對“整風運動”的控制和他同毛澤東的關係在一九四二年七月變得更為明顯，當時成立了一個“總研究會”來監督“整風運動”。毛澤東擔任這個委員會的主席，但是委員會的權力一天天落到了它唯一的副主席康生的手裡。康生還是這個委員會中一個最有影響的小組的組長，負責調整黨的中央各機構，並決定誰可以為它們工作。就非正式的權力關係而言，或許當時康生權力之大僅次於毛澤東而已。在毛澤東的幫助下，他逐漸在延安佔據了一些最重要的位置。彼得·伏拉基米洛夫貼切地將康圭描述為毛澤東的“爪牙”。
康生不但利用“整風運動”來攻擊王明，而且他在一樁試圖用水銀毒死王明的傳說中扮演了主要角色。王明在一九四二年生了重病，一位專給共產黨領導人看病的醫生金茂岳給他開了處方，使他的病情更形惡化。到一九四三年三月，王明的健康狀況是如此糟糕，以至於他的生命似乎已危在旦夕，他的妻子孟慶樹向一位前來延安的蘇聯代表團的俄國醫生詢問金茂岳所開的藥方；俄國人告訴她整個治療期間藥的成分中有一種水銀，可能同其他物質起化學反應，嚴重危害她的丈夫。
王明聲稱，受罪惡感驅使的金茂岳曾向他坦承接受組織部一名官員的命令，開一種有毒化合物的藥方。在日記裡記錄下這樁事件的伏拉基米洛夫，斷定是毛澤東和康生設想出毒死王明的秘密計劃。
王明聲稱康生、毛澤東和其他人意圖毒死他的說法，依然是個引起爭論的話題。中國共產黨的歷史學家們根本拒絕考慮王明的指控。對比之下，蘇聯的中國問題專家們相信，確實有毒死王明的企圖，並把這個事件看作是康生“異常殘酷”的一個例子。一些西方專家們持懷疑態度，他們堅持說下令處死對手，是違背毛澤東性格的作為。然而在文化大革命期間，康生大肆地運用醫學上的誤診——開錯誤藥或者根本不給藥——好使剃少奇主席和賀龍元帥那樣的對手遭致可能的死亡。將毛澤東牽扯進這幅畫面並無必要；任何試圖殺死王明的計劃可能都是由康生一個人發起的。沒有人會覺得，這種手段與康生使人遭受痛苦的趣味有不相諧調之處。
這次事件依然處於神秘的氛圍中，但是王明昀指控在黨的委員會裡激起了一陣使人困窘的爭論。為了調查“金茂岳事件”而成立的一個三人小組的委員會斷定，金茂岳試圖毒死王明是根據資深的國民黨特務頭子陳立夫的命令。按照調查員的說法，陳立夫是透過國民黨的紅十字會主席給金茂岳傳送指示的。金茂岳所做的“招供”也證實了調查員們的講法，但是在四〇年代的延安，這樣的招供很少是與真實相符的。金茂岳事件調查委員會的調查結果帶有康生的手印，康生同劉少奇和李富春一起，是委員會的三人成員之一。調查員們判處金茂岳五年監禁，但是同時，又允許他依然可以自由活動和行醫——對於為國民黨情報機構工作而被判處有罪的共產黨黨員來說，這可是不折不扣的特權。一九四五年，當“整風運動”的過火行為得到糾正時，金茂岳推翻了他的招供，堅持說他草擬這個藥方只是犯了一個錯誤，並非蓄意損害王明的健康。
王明依然病了大約三年時間，不能夠參加延安的定期政治討論，或者出席在一九四五年四月舉行黨的第七次全國代表大會。毛澤東最後同意他去蘇聯進行治療。不論金茂岳是否故意開出含有水銀的藥方，對王明虛弱身體的損害，使他無法應付對毛澤東時機良好的進攻，王明的聲望因而黯然失色。
在康生主管“整風運動”以後不久，他更加努力地在延安清洗所謂的敵特。到一九四三年年底，“整風運動”已經進行了一年半，隨著社會事務部以政治忠誠度的最終審判者出現，康生徹底把這場運動變成了一場政治迫害。康生爭辯說：“我們發現瞭如此多的間諜，以致全體固志都必須時刻保持警惕……現在你們必須提高警惕性……幫助那些願意向黨坦白表示悔悟的人，並把他們從敵人第五縱隊的陷阱裡拯救出來。這是你們的神聖職責。”
一九四二年十二月，康生開始把“整風運動”轉變成一場殘酷的清洗，當時他在陝北公學——一所由社會事務部管理的訓練學校，康生的許多助手和門徒都曾在裡面上過學——逮捕了一名年輕的男學生。這名十九歲的學生張克勤曾經在甘肅省參加共產黨的地下反抗組織。但是康生宣稱張克勤是典型的間諜嫌疑犯，指控甘肅省黨組織是“紅旗黨”一一這是他對於在進步的幌子下、或者在“紅旗”下進行反共產黨活動的團體的專門措辭。康生指出，張克勤的父親曾在甘肅省會蘭州被敵人逮捕過，認為他有“政治問題”。為了證實他對於張克勤是一名敵特的懷疑，康生引用張克勤表露對資深幹部不同意見的紀錄——儘管這種明顯的舉動幾乎不可能是一個搞過秘密活動的人會去做的。
康生沒有反對張克勤的真實證據。但是這並沒有使他止步不前，他利用心理壓力和肉體折磨的標準戲碼來使張克勤屈服。張克勤幾天內就支持不住了，承認他是一個國民黨聞諜。康生立刻召於了公眾大會，逼迫張克勤向大批聽眾重複他的招供。張克勤的蒙恥給康生製造了第一個“拯救”年輕“敵特”的事例——儘管那是具有康生特色的“拯救”。
張克勤案件開始了一場對可以被“拯救”的敵特的廣泛搜查運動。康生宣稱國民黨的秘密特務不但已經滲透到延安每一個部門和組織裡，而且也滲透到在圄民黨統治區和日本佔領區活動的地下共產黨大小組織，並且已把它們變成了“紅旗黨”。康生對間諜的追捕聚集了龐大的力量，使一九四三年變成恐怖的一年。那年的四月一日，封鎖著邊區大門的國民黨將軍胡宗南，派了一位代表到延安。康生利用這位代表的訪問，並以不讓叛徒同這位國民黨代表接觸為藉口，安全機構的特工在一夜之間拘留了兩百多名可疑對象。一些較為清醒的同事提出質詢，懷疑這麼多的秘密特務竟然能夠進入延安工作，於是康生答道：“我們可以在逮捕他們以後再談論這個問題，等他們被關起來以後，我們就可以審問他們了。”
康生法網下更為著名的受害者是王實味，一位從一九三九年開始在延安廣為人知的作家。儘管他早在二〇年代中期在北京大學讀書時就參加了共產黨，他還是使延安許多高級領導人感到惱怒。他是個真誠、嚴肅、熱情的知識分子，除了文學和中國的複興，其他都不感興趣。 “他從不抽煙、喝酒，或者看電影；他的唯一消遣就是散步。”他的妻子說道。王實昧在延安這個菁英統治圈內失去了忍耐力；他開始批評各式各樣的組織的首腦，因為他們使自己得到比普通學生工人所能得到的更有營養的膳食和更好的衣服。他還反對由資深的領導人來選擇整風委員會的成員、而不是通過民主選舉的作法。
王實味一系列談論和牆報以及一篇乾一九四二年三月發表的著名雜文裡，表述了他的異端觀點。王實味的文章一出現，他和他對延安的批評就成為每一個人的話題；但是出名是很危險的。幾星期之內，中央研究院——黨的最高知識分子機構和社會科學院的前身——亦即王實味所茌部門，裡面許多文學工作者，因為他追隨“平均主義”思想而開始譴責他。
康生最初並沒有參與對王實味的批判，但是在發表後不到一個月，中央研究院院長李言向康生匯報這個事件的發展情況，康生的反應使李言感到吃驚。康生了解王實味的所有情況，並警告李言要小心對待他：“王實味是一名托洛茨基分子，他在組織上是個積極分子；他還是個藍衣社特務。他和其他人不一樣。他的問題不是一個意識形態的問題。”
康生的表弟、也是他在上海大學時的同學李宇超，在一九四二年五月二十七日一次文學工作者的座談會上，指控王實味信奉托洛茨墓主義；王實味承認他同中國托派中的許多文人關係友好，但是斷然表示他從來不屬於他們的組織。但他承認自己同意托洛茨基的某些看法：按照斯大林和他的代理人鮑羅廷的政策，共產主義革命在一九二七年四月失敗了。在一個戒律森嚴、極權主義的社會裡，王實味再一次做出了一個危險的挑釁。
在康生的授意下，社會事務部把一些特工人員派進中央研究院，蒐集有關王實昧的情報。到一九四三年四月一日王實味被逮捕的時候，指控他的罪名從“藍衣社特務”轉變成“托派分子”。他在棗園的監獄裡一直關到一九四七年，當時面對國民黨的進攻，所有的共產黨團體都撤離了延安；王實味由社會事務部的警衛人員押送到山西省一個荒涼的小城新縣，當地的社會事務部特工人員將王砍頭處決。一般都認為王實味的死刑命令是康生下達的。
到一九四三年七月，康生實施的“突然打擊”已經持續了好幾個胃，並拘留了一千多個“敵特”。七月十五日，在一次中央黨的機關幹部會議上，康生作了題為《挽救失足者》的冗長報告。康生的演說集中體現了他養成的那種受壓抑的歇斯底里的腔調，散發出令人恐懼的氣息，這種氣息像波浪般淹沒了聽眾。他宣稱他是在“一個非常時刻，一個軍事動員的時期……在國民黨……緊緊包圍我們南部前線並等待著進攻命令的時候發言，”康生繼續說道：
在這兒，在三個月以前，我們向每一個人通告，日本侵略者和國民黨訓練了大批的間諜和特務，想要消滅我們……所以，在四月十日以後，黨中央再一次通過了一條寬大政策，並號召那些青年人重新作人，改過自新，擺脫特務們的陷阱。在最近三個月裡，黨員和非黨員的努力鼓舞了許多失足者和受害者；使他們接受黨的號召，挺身而出大聲譴責日本鬼子和國民黨，因為他們扼殺了中國的青年人。迄今為止有四百五十人向黨作了交代並表示了悔改之意。
為什麼共產黨要如此費心地來拯救你們？簡單地說，是因為黨想要你們做一個中國人，而不是被騙去為敵人服務。你們當中那些迷失方向的人，要下定決心，要神誌清醒地向黨表示悔過，拋棄特務的外衣，扔掉第五縱隊的製服，穿上中國人的衣服，大聲揭露你們所蒙受的欺騙、侮辱和損害，坦承你們所犯下的罪行。共產黨歡迎你們這些失足者重新成為中國人，反對日本，為國家服務……你們中誰曾經被日本侵略者和國民黨強姦過和欺騙過、被吸收進第五級隊，由於你們的幼稚和無知，由於你們企求名聲和利益，害怕死亡，陷入了特務的陷阱……我們替你們擔心，害怕你們會去自殺……當一個人向黨交代的時候，我們馬上消除有關他的證據，把他的名字從特務的行列中除去，我們感到欣慰，因為他成了一個有覺悟的人。共產黨又拯救了一個人！ ……
最後，我警告那些不願意坦白的人，我們保持寬大的政策，但是寬大是有限度的……我們警告那些頑固地拒絕醒悟的特務。覺醒吧，盡快地覺醒和轉變。拯救年輕的失足者這件事情上，我們有一顆菩薩的心臟，但是為了鎮壓頑固的特務，我們也有鐵一般的意志，如果他們……寧願選擇充當敵人的第五縱隊，那時我們就將採取嚴厲的方法採消滅他們。
康生的演說掀起了追捕間諜和特務的高潮。大多數黨員接受了“國民黨特務”、“日本特務”、“內奸”、“叛徒”、“紅旗黨”、暗中破壞共產黨各種機構的說法；許多人是以告發同誌或者承認自己的“政治問題”，來預先阻止別人對他們的指控，以獲得安全感。在“拯救”和“坦白”會上，驚恐和慌亂的青年人揭發了家庭或者朋友同國民黨十分遙遠的關係——這種追本溯源的關係在資深共產黨人自己的生活中也是比比皆是——這種現象十分普遍。黨員們被逮捕、審問和拷打，直至做出招供。恐怖使它本身永垂不朽：越多的干部自願坦白，敵人顛覆的危險越真實，就越能證明逮捕和拷打其他受懷疑者是正當的。康生最後宣稱，經過細心的安全工作查證，他計算到延安參加共產黨的年輕幹部中，宥百分之七十到八十在政治上是靠不住的。
有些單位裡，幾乎每一個人都被打成了敵特。在一所軍事通訊學校的二百名學生里，有一百七十人被康生當作特務加以逮捕；一所師範學院裡有八十八名學生參加“整風運動”，其中六十二人被拘留；在另一所培養教師的學校裡，學生和職員中的百分之七十三都被逮捕。逮捕的浪潮也湧進了安全機關本身。隸屬於當地政府的安全保衛單位的延安警衛團，百分之八十到九十的人被當作國民黨特務加以逮捕。在兩星期內，康生在隴東捕獲了一個人數超過二百人的所謂間諜網。逮捕還觸及黨總部的干部，不過最高層幾乎沒有受害者；黨書記處的六十名幹部中只有十人被指控為“特務”。
處於極端壓力之下的一群群受害者，承認曾為國民黨，為日本人，或者既為國民黨又為日本人工作。康生和他的親信為每一個合作的人提供拯救的前景，但是那些不願意合作的人，則受到心理上和肉體上的殘酷折磨，包括他在一九三九年使用過的那套手段，即剝奪受害者的睡眠，然後用毒蛇來恐嚇他們。其他一般的方法是、單獨監禁、為招供提供酬金，和假處決。尤其突出的是貫穿“拯救”運動所利用的公眾大會。這些會議經常具有一種恐怖的、戲劇般的特性：一把刺刀、一個繩套和一杯毒藥放在嫌疑犯的面前，同時群眾大聲吶喊“坦白你的反革命罪行，否則立即滅亡！”或者“滅亡之路有三條。任選一條！”那些拒絕接受群眾要求的人，便遭受最為痛苦的對待，甚至被處決。
誘出虛假的承認之際，康生知道真相被歪曲了，但是它似乎滿足了他的某些坤動。他掃除異議，評論說如果“虛假的證據是罪犯想要說的，那麼就讓他們去說。”當一個十四歲的女孩坦白曾受特務的訓練，勾引和誘捕黨的干部的時候，康生利用她的聲明宣稱，他的反間諜工作已經“創造了”一種接近敵人的“新方法”。但是他也強調許多招供的不可靠性，警告說既然任何特定的個人真相是無法確定的，那就必須實施進一步的審訊。
儘管他應允過“拯救”，康生卻不願釋放那些遭逮捕的人們，無論他們是否招供。當一名審訊官請示他嫌疑犯一旦承認了他的罪行，是否可以讓他自由時，康生命令他告訴那名犯人，“你不徹底坦白，你不解釋清楚，你的任務就沒有完成。”他告訴另外一名審問官，“問一萬個問題。使得他們任何時候都不可能回答完全。”
康生的“整風運動”將一種新的成分引進中國的政治生活：一種對誘行虛假招供的強調。在長達兩千多年的時間裡，中國的皇帝和大臣都懂得因為政治上的犯罪而處決對手，但是他們很少去搜尋捏造無根據的招供方法。在公元前二一一年，給中國帶來政治上的統一的第一位皇帝秦始皇，活埋了數百名學者，因為他們的理論可能會威脅到他新建立的帝國，但是他並沒有試圖去強制他們承認有罪。中國的法律制度在傳統上是採用拷打的方法來獲取證據的，但大前提是，在強迫下產生的證據是真實的。在康生領導下的“整風運動”，象徵著對這種慣例的嚴重破壞。康生將斯大林主義思想應用於延安，故意引用每一個極其不幸被打成嫌疑犯的人的虛假招供，這些招供使他那關於反革命分子和秘密特務的想人非非的世界，顯得可信許多。
中國共產黨在二〇年代末開始使用粗暴的方法來控制思媳，當時軍事指揮官們在他們的部隊中必鬚髮揚團結一致和承擔義務的精神。但是思想改造在延安達到了一個新的精緻水平，數十年朝著這個方向發展。康生並不是負責把斯大林主義的技巧移植中國的唯一共產黨人，但他是最重要的。他在莫斯科的工作賦予他一個觀察蘇聯的無與倫比的機會，並且作為社會事務部部長和“整風運動”的主將，他被理想地安排在中國實施這些課程。
在“整風運動”中人們所付出的代價是非常高的。杰奎斯·伽利瑪（Jacques Guillermaz），一位法國的中國問題專家估計，在運動期間，有四萬到八萬之間的黨員被開除出黨。許多人發了瘋，與此同時其他人或者上吊，或者投河投井，都自殺了。更多的人則被監禁，一直關到一九四五年第七次黨的代表大會召開，他們中的許多人才恢復正常的生活。儘管降臨到大多數人頭上的只是肉體上和心理上的折磨，但是死刑判決仍然實行到一九四七年。那年三月，當國民黨軍隊進犯延安，迫使共產黨撤退時，康生下令秘密處決了一百名左右自從“整風運動”以來一直關著的犯人。
對於“整風運動”的諸多受害者來說，儘管在一九四五年第七次黨的代表大會後被釋放且恢復了正常生活，卻並不能保護他們自己永久免遭康生的迫害。在文化大革命期間，他找到了他們當中許多人，逮捕他們，重又以內奸和叛徒的罪名指控他們。 “整風運動”期間的逮捕紀錄就成為證明他們不忠的最佳證據——四〇年代的虛假指控，二十年以後競成為一種個人不忠的“證據”，噩現江湖。
受到傷害的黨領導人最後開始秘密反對康生和他的恐怖運動，但是除了最有權勢的人之外，沒有人敢對他的方法表示非議，並同毛澤東討論它們。任弼時，一位有影響且獨立思考的政治局委員，就在一九五〇年他逝世之前，試圖讓毛澤東注意康生濫權的作法，但終告失敗。康生的另一個對手周恩來，當時正在戰時陪都重慶，譏笑康生關於在國民黨統治區的共產黨機關都是“紅旗黨”的聲明。
考慮到異議者的意見，黨在一九四三年八月十五日發布了一道關於“幹部調查”的命令，試圖限制暴力和威脅的使用。但是正在全速向前發展的康生式“拯救”運動，早已導致數以萬計的黨員承認同國民黨有聯繫，於是，這種反敵特的需要對所有人來說就變得很明顯了。不顧八月十五日的命令，在數星期以後召開的一個群眾大會上，作為這場繼續進行的政治迫害的一部分，二百八十名共產黨員承認自己是間諜；另外一百九十人在同志們自發供述後，惟恐受到牽連，也做了坦白。
康生出示那張坦承自己是間諜和特務的名單，藉以證明他的策略是正當的。除此之外，他可以訴諸毛澤東的權威，毛澤東早在一九四O年就已宣稱，“我們必須堅決鎮壓那些頑固的內奸和反共分子，否則我們就不能保護抗日的革命武裝。”在拯救運動的爭論中，毛澤東發表聲明：“不殺一人，不逮捕大多數，這是在這場反對特務的鬥爭中所必須遵守的政策。”然而甚至這些經過仔細選擇的詞句，也承認了對“反對特務的鬥爭”的需要；在這次關於中國的宣傳運動的模棱兩可的談話中，毛渾東反對“逮捕大多數”的禁令，聽在忠心耿耿的黨員耳中，這是對拘留少數人的一種清晰的讚成。毛澤東給康生留下了充分的機會，來安排他自己的逮捕配額；他已經規定不應殺任何人，但是他的命令可能會被自由地加以解釋。
毛澤東身為最高領導人的地位，因為康生的工作而得到進一步的鞏固。根據不斷普及的毛澤東的理論，“整風運動”賦予他一種共產主義學說專家的聲望，這種聲望有助於暗中動搖王明作為馬克思主義權威的地位。同時，康生的行動也正在對王明的地位造成更直接的損害。在康生論敵特之危險性的演說和文章裡，潛藏著國民黨和日本人聯合反對共產黨的見解。這種主張向王明從莫斯科帶回來的統一戰線思想發出了挑戰，並且作為竭力使王明丟醜的“情報”，作用也逐漸顯露出來。與此同時，康生繼續篡改自己擔任王明副手、在上海莫斯科為王明服務的那段歷史。
康生殘酷的整風行動持續到一九四三年年底，但是關於他的工作方法的爭論則持續了很長時間。像聶榮臻和葉劍英那樣的將軍聯合周恩來和任弼時，一起批評康生的過度行為；王明的親蘇支持者中大多數出於報復心態，同聲譴責康生，因為他背叛了他們的領導人，他以前的恩人。
第二次世界大戰的進程本身也對康生不利。他使毛澤東確信蘇聯在德國軍隊的面前將會屈服，但是到一九四四年，隨著蘇聯對德國的節節勝利，毛澤東不能再無視斯大林和蘇聯了。為了準備同伴隨著日本的失敗而緊跟來的國民黨作鬥爭，他需要彌補同莫斯科之間的不和。毛澤東在他的私人隨從中需要一個贊同蘇聯的人，而不是一個批評蘇聯的人；康生對蘇聯的敵意是眾所周知的，因此毛澤雜必須在讚同康生和改善同斯大林及其他蘇聯領導人的關係之間進行選擇。
恰恰就在毛澤東等人需要加強同蘇聯關係的那個時刻，他們發現自己面臨了另一個國家的代表，這個強有力的國家足以在中國的舞台上扮演關鍵性的角色：那就是美國。康生同一九四四年夏天來到延安的美國人建立關係；事實可證，他像同俄國人交往時一樣地狡猾。
隨著抗日戰爭擴展至太平洋，重慶美國大使館的外交官和華人說服蔣介石政府允許他們派遣“一支觀察員隊伍”去延安，這個從一九四〇年起就不對美國人開放的地方。美國人希望中國共產黨對日本戰爭機器的情報能夠加快這場戰爭的結束。到達延安的第一組美國人，即廣為人知的“南方使團”，他們於一九四四年夏天抵達。美國陸軍最著名的中國通之一巴瑞特（David Barrett），領導著“南方使團”的十八名成員：十六名軍人加上兩名大使館的文職人員——謝偉思（John S.Service）和雷蒙德·P·蘭登（Raymond P．Ludden）。
“南方使團”的成員對他們在延安遇到的人們有極好的評價。他們覺得中國共產黨領導人對美國人“是開朗、坦率和友好的。”巴瑞特和他的同事們對“傑出的共產黨士兵和政治家”的品質都留下了極為深刻的印象，他們被一位美國人看作是“朝氣蓬勃、成熟、有實際經驗的人——年輕、在身體上和智能上都極為強韌。”那位美國人把共產黨人描繪成“無私地獻身於崇高的主義，擁有偉大的品質和領導才能。他們並無意使自己成為難以接近掌權的核心集團。”
確實，中國共產黨為美國訪問者舉行了他們渴望的歡迎儀式，同意美國人接近一些最高領導人，包括“最高領導人毛澤東和周恩來”，這兩人為訪問者展示了共產黨綱領的要點：
（1）堅持統一戰線。
（2）全民動員同日本作戰。
（3）承認中央政府和最高統帥（蔣介石）的領導。
（4）國民黨的民主化。
（5）在全中國建立言論和政治活動自由的製度（共產黨領導人相信“共產主義”這個詞會使人誤解他們的綱領，他們正在考慮放棄它，並用它的中國名字“共產黨”來談論他們的黨。）
“南方使團”的成員們相信，共產黨不斷提供給他們的都是極有價值的情報。共產黨同意在華北建立幾個氣象站，這樣就能幫助以昆明為基地的美國空軍編隊，突襲日本，進行轟炸。儘管共產黨未能提供美國人原來希望他們能夠提供的日本人的戰鬥序列，但是巴瑞特自信他已經完成了他的使命。
事實上，巴瑞特和他的小組的工作是很不完全的。 “南方使團”的一個最初目的，是同中國共產黨的情報系統發生聯繫，但是沒有一個美國人在任何時候遇到過中國共產黨的情報頭子康生。如果美國人把他們的使命看作是探聽共產黨的秘密機構，那麼共產黨有完全不同的想法。對於他們來說，“南方使團”提供了一個操縱美國政策的機會，即假裝滿足他們的願望和需要，使這些訪問者產生錯誤的印象。
即使共產黨將“南方使團”的成員同康生隔離開，他還是不能永遠不露面。一九四四年十二月十四日，在中國官員的建議下，來自重慶美國大使館的約翰·K·愛默生（John K.Emmerson），一位正在延安做短期訪問昀日本事務專家，拜訪了康生（在愛默生的紀錄裡是Kon Seng先生），討論抗日戰爭，並隨之引出其他的問題。與共產黨擔心允許局外人接近情報機構的想法相一致，康生被介紹為“中央執行委員會的委員”；他從未費心去告訴愛默生他的實際角色是什麼。
在簡短地討論了抗日“政治戰”以後（康生建議“改造過的戰俘”可以從延安派遣到美國或者其他地方，以幫助準備對付日本的入侵），愛默生問康生，中國共產黨是否已經“成功地解決了農民社會的問題”，統治大城市是否會有困難。康生告訴愛默生他很欣賞這個問題，他說這個問題對共產黨具有極大的利害關係。至少有三種因素會幫助共產黨管理城市地區，康生說道：他們已認識到這個問題的重要性；即使是現在，他們已經在訓練市政管理方面的干部；許多共產黨幹部由於生活在城市裡，從而已經獲得管理城市的經驗。總是具有文化和文學意識的康生，向愛默生提到一本由激進的作家兼學者郭沫若寫的書，這本書“描繪了一個把在農村已經成功的策略，照搬到城市的革命英雄的失敗過程。”
康生轉向下一個問題：同國民黨的關係。國民黨和共產黨之間的和解大概不可能實現，他告訴愛默生，因為“蔣介石拒絕放棄他的一黨專政的原則。”但是康生聲稱內戰未必、可能爆發，因為“共產黨不要它，中國人民不要它，聯合國也不要它。”
在中國的許多美國人不理解共產黨同國民黨合作的態度，康生對此表示關心。 “即使蔣介石在軍事委員會或執行委員會裡提供位置給共產黨，也將會遭到拒絕。”在這個基礎上共同參與，他解釋道，不會帶來一個真正的聯合政府。蔣介百正在指望美國抗擊日本取得勝利。 “他在等待，”康生預言道：“他不會放棄一黨專政。”如果共產黨在那些條件下加入蔣介石的聯合政體，那麼他們就會失去他們的“目標：一個民主化的中國。”
在清楚地說明了共產黨所提出的目標以後，康生讚許地對愛默生說，“美國人是坦率的。”——說話時帶著一副沒有表情的臉，就好像他在說謊一樣，聲稱坦率是“一種他喜歡的品質。”他向愛默生保證，他認為許多中國共產黨人也都是坦率的，然後又補充說他希望美國的技術專家在戰爭以後能夠來中國，幫助發展中國的工業，使它實現現代化。
受到康生的“坦率”的十足迷惑，愛默生向他提問同蘇聯的關係，指出“許多人都相信中國共產黨是受蘇聯控制的。”康生用純粹的毛主義者的措辭回答道：“馬克思主義的特色之一（是）它必須同當地的、個別的環境相適應。在一個地方起作用的東西，絕不能夠移植到另一個地方去，並期待它會有好處。”他繼續說道，“中國共產黨總是獨自製訂出自己的政策、綱領和歸納問題，不同外界協商，也不接受外界的指示。這甚至在共產國際解散之前就已經是事實了。”他陷入了事事稱讚他的庇護人的習慣，康生繼續說道，“毛主席經常告誡黨的領導人，告誡他們必鬚髮展適合人民和本地區的實踐綱領；舉例說吧，即使他們如此期望，在延安實現共產主義將還是不可能的。”
當康生同約翰·愛默生會見時，他作為共產黨秘密警察和情報機構首腦的地位還沒有受到挑戰。但是他在“整風運動”期間的殘暴行徑所激起的反對崽見繼續纏著他。一九四五年年初，康生感到自己處於日益增大的壓力之下。對他的殘酷，他從未表示過絲毫的自責，並且牢牢執掌著已遭削弱的權力。
康生真正的危機是在一九四五年四月早該召開的第七次黨的代表大會上暴發的。自一九二八年莫斯科的那次代表大會以來，首次召開這次代表大會；由於毛澤東的緣故一直延期，直封他確信能夠擊潰王明和他的留蘇派勢力。這次代表大會的主要目的，是為了讓黨正式承認毛澤東的最高領導地位，這份成功的果實部分來自於重寫中國共產黨的歷史，來迎合毛澤東創造的神話。
代表當中沒有人敢於詢問毛澤東對黨史的重新解釋，但是出現了對其他問題的激烈爭論。康生的對手們對他在“整風運動”中的所作所為怒氣沖衝。康生在這次代表大會上講了兩個問題——黨關於農民的路線問題和軍事情報部的工作問題——但是沒有提到這場出於“拯救”需要而進行的反敵特運動。幾名代表對他的忽略提出了抗議；他們要求大會公開討論這個問題。伏拉基米洛夫描繪了康生的反應：“他的樣子活像是個受到冒犯的知識分子。富有表情地在眼鏡後面抬起眉毛，姿勢優美、文雅，緊抿著嘴唇……一副極為清白無罪、受到冒犯的樣子！”為了擋開他的對手，康生爭辯說他所做的一切都是為了貫徹“毛澤東路線”；這種辯解引起了那些早已憤怒的批評者更大的怒氣，場內需要毛澤東本人出面乾預，使他們平靜下來。
康生最公開的對手之一是黨的前任鐵腕人物李立三，就在一九三七年離開莫斯科之前康生下令逮捕的人犯——他的告別陰謀的受害者，關於康生在莫斯科的活動，李立三知道很多事情，他試圖揭露康生在蘇聯時對中國同志的口是心非和殘酷。但是這次代表大會太專注於其他事務，而沒有認真處理他的控訴。
康生還有毛澤東的支持，衝著他的所有反對意見，都不能阻擋他重新入選中央委員會和政治局。但是關於“拯救活動”的爭論卻一直盛行不衰。為了抒解來自高級幹部逐漸增大的壓力，黨的中央領導於一九四五年年底將康生從社會事務部和軍事情報部部長的職位上調離。他的副手李克農，代替他擔任這兩個部的首腦。
在他調離安全和間諜機構以後，康生實際上從黨的中央機關流放了。這一次，他沒能適應那個時代的時勢。毛澤東還是共產主義運動的主帥，但是那時候他有許多其他的支持者，並且能夠擔負起剝奪康生的權力所造成的影響。一直陶醉於一種使他成為毛澤東的“陰影、意志、慾望”的親密關係之中，康生如今嚐到了失寵的滋味。他依然是主席的同伴之一，繼續同他一起出現在公共場合上，但是毛澤東不再讓康生控制那些組織，那些組織使他在過去六年多時間成為一個權勢炙熱、令人害怕的人物。
儘管康生失勢了，但是他在安全和情報系統的影響數十年來卻是日見明顯。他在延安推廣的方法和公安工作的形式，一直延續到文化大革命及以後的年代。他那種將間諜活動的問題融人日常政治生活中的傾向經常復發。康生被調去做其他工作，但是那些在他的庇護下升官的人，根本從未打算廢除秘密警察制度；他在社會事務部的親信和門徒，依然控制著這塊黑喑的地方。許多由康生幫助創建的其他制度只作了小幅度的變動，依然保存了下來。
在新中國，還沒有任何持續的努力把康生的方法視為過時加以拋棄。整個五〇年代，當時康生同安全和情報工作並沒有直接的聯繫，但是幾千個海內外的中國人同許多一九四九年以後繼續留在大陸的外國人，被指控為“外國特務”，甚至更壞，是“國民黨間諜”。其他數百萬人只因為被劃進不好的社會類別而遭到逮捕。
中華人民共和國至少有兩千萬居民被監禁或者送進勞改營，在一九四九年共產黨接管大陸以後不久，按照新華社在一九八四年的一份報告，有兩千萬人被宣判為四類分子——地主、富農、反革命分子和“壞分子”——中的一類，並為了改造和“拯救”而遭監禁。之後由於鄧小平和他的改革派盟友發動否定文化大革命的運動，最後一批七萬九千五百零四人在一九七九年（康生死後四年）撤去了他們身上的四類分子稱號。但是對於在共產黨執政頭十年的群眾恐怖的受害者來說，兩千萬隻是個最低數字。
延安的政治生活導致了康生在一九四五年的黯然失色，但是他已經把一種痛苦的、血淋淋的、永久的遺產贈給了中國的二十世紀。
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