病中的左宗棠得知劉錦棠就新疆建省一事拿出了具體的方案，也急忙把起稿師爺傳到榻前，口授《新疆行省急宜議設，關外防軍難以遽裁》一折。
該折這樣寫道：“查新疆地週兩萬里，與陝甘督臣、陝西撫臣治所均相距甚遠。從前分設將軍、都統、參贊、辦事、領隊、幫辦、協辦大臣，換防總兵各員，佈置不為不密。然治兵之官多，治民之官少，已有偏重之勢。”又說：“夫福建之台灣，僅海外一島耳。由省垣至彼，輪船一晝夜可達，其地延袤千有餘里，較之新疆十分之一耳。其文職有道、有府、有廳、有縣。而日本事宜，議者尚有移駐巡撫之請。況新疆為陝甘、山西各邊及京師屏蔽，關係綦重，非僅台灣之比。且地大物博，承平時牛羊、麥麵、蔬果之賤，澆植、貿易之利，金礦、銅礦之旺，徭役、賦稅之簡，哈薩克茶馬、布匹、絲緞互市之利，又皆什伯內地，逐漸經理，可望與腹省腴地齊觀，於度支亦非有所耗也。”
折子拜發，左宗棠因連日勞累病勢增劇，不得不奏懇開缺回籍。聖旨下，照例不准，只賞假三個月，命其在任所調理。
左宗棠此次發病卻大異於前，竟一直調理到光緒九年（公元1883年）三月份，仍未見好轉，於是不得不再次陳情於上，奏懇開缺回籍。
但朝廷此次並未依例賞假，而是下旨就海防一事詢問佈置機宜，蓋因此時法國正對大清屬國越南實行大肆侵犯，並逼迫越南與之訂立了《順化條約》，獲得對越南的“保護權”。此時的大清國朝廷，眼見自己的屬國硬被法國奪走，卻並未派出重兵去與法國在越南軍隊交戰，但又擔心法國趁勢在海上對大清國實行攻擊，故有此一議。
左宗棠接旨不久，即抱病上了《籌辦海防會商佈置機宜》一折，對南洋海防提出自己的看法，認為“將白茅沙視為長江總要門戶，在此安設堅船大砲，力扼此津，並在江陰加強防守”“自古談邊防者，不外守、戰與和，而就三者言之，亦有次第，必能守而後能戰，能戰而後能和。和局可暫不可常，其不得已而出於戰，乃意中必有之事。”
左宗棠上此折時已年高七十有一，又累受病痛折磨，但仍頭腦清醒，反應敏捷。這大概也正是朝廷不肯輕易放他回籍的原因。
左宗棠隨後又給李鴻章急函一封，指出：“法國侵略越南，其意並不在越南，實欲通過越南，進窺我滇粵矣。”函後又讚揚劉永福“在河內大捷，足寒賊膽而快人心”。
信函發走，左宗棠開始全身心地關注起法越戰事，不知不覺中，病勢竟然減輕，竟很快能下地走路了。病魔一撤，精神自然就好，他馬上又給朝廷拜發了《敬籌南洋應辦邊務機宜》一折。
在折中，左宗棠堅稱：“唯越若不存，剝床以膚，將成西南巨患；劉永福一失，越南全境無與支持，倘為法人所用，更貽滇、粵之患。事機紛乘，間不容髮。及今為之，已苦其緩；若再置之不理，西南之禍豈有窮期？”又向朝廷表示：“臣當於巡勘崇、寶海後，率新募各營回湘繼進，以赴戎機，斷不敢置身局外，致負恩知也。”左宗棠的豪氣再次沖天而起。
折子拜發後，左宗棠不顧家人及屬員的勸阻，第再次乘船東下，巡視江海防務，直至崇明、寶山。船過上海租界，左宗棠為示自己身體健康，仍能督兵再戰，竟下船與各國領事見面。各國領事見左宗棠談起戰事來神采飛揚，無不稱奇，皆曰大清之左爵相，真乃戰神轉世也。一時觀者如堵，紛紛傳頌。
左宗棠乘船南返途中，不期突遇特大暴風。一時間，舟在浪尖上跳躍，似野馬脫韁，好像在空中飛舞。船上一干人眾無不東倒西歪，無法把持，左宗棠亦暈倒過去，風息後方醒。醒來後，左宗棠不僅舊患悉數盡發，左眼亦從此失明。
左宗棠回到督署，連夜上折，向朝廷匯報自己的病情及左目失明的情況；在奏懇准予開缺回籍的同時，又附片請擇裕祿、楊昌浚、曾國荃三人中一人出任江督。
光緒十年（公元1884年）正月十二，聖旨遞進兩江總督衙門：“左宗棠著准其開缺，賞假四個月，回籍安心調理。曾國荃署理兩江總督，兼辦理通商事務大臣。”
越六日，左宗棠又接一旨：“內閣學士周德潤奏勳臣不宜引退，請旨責以大義，令其在任調理等語。左宗棠勤勞懋著，朝廷倚任方殷。當此時局艱難，尤賴二三勳舊之臣竭誠幹濟，豈肯任其功成身退，遽賦歸田？只因該大學士目疾增劇，而兩江地大物博，政務殷煩，又難靜心調攝，是以降旨准其開總督之缺，仍賞假四個月回籍。原欲其安心調理，俾得早日就痊，出膺重寄。該大學士素著公忠，諒不至稍耽安逸，著即趕緊調治，一俟稍愈，不必拘定日期，即行銷假，以副委任。”聖旨只給左宗棠賞假四個月回籍養病，仍不准開缺。
左宗棠於是讓孝寬督促家人打點行裝，料理回籍各事宜。曾國荃很快來到江寧接印。
從咸豐十一年（公元1861年）十二月左宗棠署理浙江巡撫算起，左宗棠與曾國荃已經二十三年沒有見面了。相見之下，兩個人竟然抱在一起，許久不肯放手。
曾國荃抱著左宗棠，一邊流淚一邊說道：“好哥哥，沅甫一直想著您啊！”
左宗棠哽咽著說道：“九弟，您要對我還有氣，就罵我一頓吧。有些事情，我不是有意的呀！我三年前回籍省墓，特意到滌生的墓前磕了三個響頭。我對滌生說，我左宗棠能有今天，全是他一手托起來的。可他臨走的時候，我竟然沒有和他說上一句話！九弟，我左宗棠對不住你曾家兄弟呀！”
曾國荃一邊替左宗棠擦眼淚，一邊說：“我們是兄弟！我們永遠都是兄弟！過去的事，就不要再想了。您的身子骨可不能大意呀。您哪，聽我一句勸，先不要忙著回籍。我明兒找個好些的洋醫生給您瞧瞧。等病好了以後啊，您再回籍也不遲。”
左宗棠鬆開手，讓人給曾國荃放了座，這才說道：“在京期間，我發現，得罪誰也不要得罪小人！否則他們會絞盡腦汁使壞，像蒼蠅一樣煩人。現在，我已經病入膏肓了，熬不幾天。九弟，我離開後，您也要注意自己的身子骨啊。我聽說，劼剛賢侄的身子骨不大強壯？”
曾國荃答道：“都是讓俄國人氣的！”
當晚，有消息紛傳，說法國遠東艦隊有可能襲擊南洋水師。鑑於這種情況，左宗棠第二天便抱病與曾國荃辦了交接，並就南洋海防的情形，對曾國荃做了一番交代。
交印的第五天，左宗棠即率家人抬著棺櫬乘船南返，曾國荃率一應僚屬親自護送至碼頭方回。船行中途，左宗棠忽接一旨，言稱越事愈棘，命左宗棠快速入京覲見。
左宗棠只得與家人分手，改道進京，仍居賢良寺。左宗棠的棺櫬單放進寺裡的一間空屋子裡。
稍事歇息便陛見，陛見的當天便有旨下來：“左宗棠仍在軍機大臣上行走。該大學士卓著勳績，年逾七旬，加恩毋庸常川入直，遇有緊要事件，豫備傳問，並管理神機營事務。所有應派各項差使，均毋庸開列，以示體恤。”
左宗棠接旨以後，認為朝廷是準備讓其終老京師了，許多王公大臣也有此觀點。但李蓮英卻還沒有把左宗棠戲耍夠。
閏五月初七，左宗棠因用內閣印行文讓提督黃少春率所部赴鎮南關抗法，遭御史參劾。
慈禧太后本打算把御史的折子留中不發，但李蓮英卻對慈禧太后說：“奴才聽外間傳說，左宗棠此次是藐抗祖制，不重處無以服人。外間還說，左宗棠在陝甘的時候啊，就是想怎麼著就怎麼著。奴才有時就想啊，左宗棠功勞是大，但他功勞再大，還能大過曾國藩嗎？曾國藩就從來不做違制的事。奴才是真怕外間誤解朝廷啊！左宗棠也真是的，他怎麼就不知道朝廷對他的好呢？”
慈禧太后思慮再三，第二天就頒下懿旨，將左宗棠以違制罪被降二級留用。
十日後，在奉旨保薦人才時，左宗棠因保薦曾紀澤出任兩江總督，魏光燾亦堪任督撫重任，再次被人以體制不合參劾，折子雖被留中不發，但再次被降調二級。
同年七月初六，是光緒壽誕，依例京師大小臣工均須進宮參拜。
左宗棠因為三日前法軍襲擊馬尾，福建船政局悉被轟毀而舊病復發，臥床不起，未往參拜，又一次被參劾。朝廷下旨將其交部議處，並比照禦門大典不到罰俸一年例，罰俸一年。這都是李蓮英的“功勞”。
同時，大清國頒詔四海，被迫對法國宣戰。
這時，李蓮英又抓住機會對慈禧太后進言道：“老佛爺，奴才上日聽去賢良寺給左宗棠瞧病的太醫講，左宗棠臥房的門旁貼了一副對子，挺有意思，奴才就問他是什麼對子，他一說，奴才一聽，還當真挺有意思，奴才就記下來了。”
慈禧太后就問：“什麼對子值得你記下來呀？你說說看。”
李蓮英便道：“這副對子的上聯是'天下衣冠京邑盛'。”
慈禧太后便笑道：“他這對子說得不差，這沒什麼大驚小怪。京師是我大清的都城，原本就該京邑盛。他的下聯呢？”
李蓮英忙道：“這意思就在這下聯裡頭，是：中興人物楚材多。聽太醫講，左宗棠那日跟他解釋說，他這副對子的前一句，是說京城裡皇親國戚都是衣裳架子，什麼大事都辦不了，只是擺設。後一句是說，只有湖南才出國家的棟樑之材。”
李蓮英未及把話說完，慈禧太后就一愣道：“他怎麼這麼說呀？他眼睛裡還有誰呀？看樣子，京師還是太小，裝不下他呀！”
見自己杜撰出來的這則故事，竟當真把慈禧太后惹惱了，李蓮英的內心自是歡喜異常。就是當晚，病中的左宗棠接到聖旨：“大學士左宗棠，著授為欽差大臣，督辦福建軍務。”
左宗棠知道如今法艦縱橫南洋海面，福建、台灣勢危，遂不敢以病辭，只得在接旨的第二日早上，抱病扶杖進宮請訓，很快抬著棺櫬由通州、德州、濟寧南下赴福建。
恭親王早在中法交戰之初便以“用人不當，委靡因循”，被慈禧太后罷去一切職務，回家賦閒。軍機處領班此時是禮親王世鐸，總理衙門領班則由慶郡王奕劻出任。這兩個人都對左宗棠不懷好感，自然不可能上折去為他講話。
同年九月三十日，大清國頒詔中外，宣布新疆正式設立行省，詔賞劉錦棠頭品頂戴兵部尚書銜出任首任巡撫，魏光燾出任首任布政使。
眾所周知，大清國的一省巡撫一般都例兼二品兵部侍郎，只有總督才例兼一品兵部尚書。劉錦棠是截止到目前為止，唯一的一個兼署一品兵部尚書的巡撫。
一個月後，左宗棠抵達福州，當日即抱病在福州將軍穆圖善、署福建浙總督楊昌浚的陪同下，赴馬尾查看船政局被毀情況。福建浙總督何璟因“臨事昏庸”被革職勒令休致，已離開福州回籍。