光緒六年（公元1880年）十二月初四，左宗棠將陝甘及新疆各事料理完畢，正式離開蘭州總督衙門赴京。
左宗棠一行人由西安再抵潼關，由潼關渡黃河入晉北上，歷經五十幾天的顛簸，終於轉年正月二十七日從崇文門進京，當晚住進湖南善化會館。
左宗棠到京後，駐英、法兩國公使兼駐俄公使伊犁事件交涉欽差大臣曾紀澤，代表本國政府，在俄國都城聖彼得堡，與俄國外交大臣吉爾斯重新簽訂了震驚世界的《中俄伊犁條約》（又稱《中俄改訂條約》）。該條約雖未將崇厚原訂之約全盤推翻，但總算爭回了以前劃失的伊犁南境特克斯河流域，把損失降到了最低點。這也是晚清歷史上，最讓國人揚眉吐氣的一個條約。
左宗棠當即給劉錦棠書函一封，通報《中俄改訂條約》的簽訂情況：“此次劼剛所議俄事尚無不協，畫押後仍返英都，而令邵小村參贊持所議新約先歸復命。”又說：“栽桑、種樹、養蠶、學織、畜牧、溝洫，均新疆當務之急，各局司事務求曉事之人，明者自己鑑及。”
左宗棠人雖已到京師，最放心不下的還是新疆。左宗棠在善化會館住了五日，感覺精神略可支持，這才依例移住賢良寺，安排進宮面聖的事。五月二十八日，左宗棠抱病隨文武大臣進宮面聖。兩宮太后照例是簾內端坐，前面坐著的是年僅十一歲的小皇帝光緒。
問話自然都是慈禧太后發起，不過是新疆以前怎麼樣，現在怎麼樣，一路是否還安靜等話。左宗棠一一作答。
慈禧太后最後才道：“左宗棠啊，你在外面待久了，現在來到京城，每天上朝都要起得很早，你又有病，想必多有不便吧？”
左宗棠忙答道：“回太后話，臣自到陝甘，身體一直不怎麼好，但每天只睡到五更必起床視事；大軍出關以後，臣每日睡得更少，有時三更天起床，有時四更起床，那才真叫早啊！”
慈禧太后忙笑道：“你能這樣就好。你很能辦事，我們和皇上都知道，你跪安吧。”
左宗棠下來不久，聖旨便頒下：“大學士左宗棠，管理兵部事務，在軍機大臣上行走，並在總理各國事務衙門行走。”
左宗棠接旨的當日就上折以“宿恙舉發，手足拘急痛楚，頭暈耳聾”為由，懇請開缺各差回籍養疾。上自然不准，但賞假三個月在京師調理。
左宗棠在賢良寺養病期間，大內總管、慈禧太后身邊最得寵的太監李蓮英，來看望他。
李蓮英為了能給左宗棠留個好印象，特命人從江南運來野山茭一竹筐，又在京城命人精選上等紅辣椒兩串，作為給左宗棠的見面禮。
但左宗棠並沒有見李蓮英，他讓身邊的侍衛傳話給李蓮英：“老夫此次患的是羞症，不能見生人，更不能吃山茭和辣椒。李總管的心意老夫心領了。”
李蓮英離去許久，左宗棠仍大罵閹奴不止。但李蓮英畢竟不是安德海，他自有對付左宗棠的辦法。
李蓮英是直隸河間人，綽號皮硝李，咸豐時自閹為宦。李生來性狡黠，最會見風使舵，又梳得一手好髮髻，頗得慈禧太后歡心。安德海被丁寶楨誅殺後，慈禧把他從梳頭房太監拔擢為總管太監，漸漸開始紅起來。他從此以後便仗著慈禧的後台，開始廣植私黨，賣官鬻爵，並時不時地在慈禧太后面前干預國政，竟能累累得逞，連恭親王都要敬著他。
一日，李蓮英看慈禧太后心情不是很好，便藉機說道：“老佛爺，奴才聽外面的人說，左宗棠自打進京，整日戴著個黑黑的洋玻璃鏡子，逼著京官請他吃飯、看戲，還讓人送銀子給他花。奴才聽了這話，私下就想，這姓左的，不是要辜負老佛爺對他的那片心嗎？”
慈禧太后聽了這話，當時一句話也沒說，但私下里，卻把恭親王傳進宮來，問道：“左宗棠究竟病得怎麼樣了？我聽人說，他進京以後，一直戴著個黑黑的洋玻璃鏡子，是不是真的呀？恭親王啊，你有時間去勸勸他。京官非比外任，做事啊，不能太跋扈。他對大清的功勞，自己不說，朝廷都記著吶。”
恭親王一時不知如何回答，只能連連稱是。
三個月後，左宗棠病情雖見好轉，但仍不能理事，奏請續假繼續養病，上準。左宗棠養病期間，慈安太后因病歿於宮中。
同年五月十二日，左宗棠頭暈減輕，自恃可以當差，遂銷假到軍機處當值。哪知當值的第二天，就奉命出都到涿州，沿永定河上下，察看水利工程，整整一月方還。
這是左宗棠自到京後首次辦差，興致頗高。回京不久，竟然就不顧年邁體衰，連上《前赴涿州履勘水利工程商定修浚事宜》和《复陳涿州工作已可就緒情形》二折，算是複命。
但兩折遞上後便沒了下文，顯然是遭了留中不發的命運。左宗棠納罕了多日，卻又不能問，真正把他急得不行。
還有一點也讓左宗棠不解：每逢上朝，慈禧太后竟與以前大不相同，竟然不再給他好臉子，也不再向他問話、討主意，分明是把他當成了一個閒臣、庸臣來對待。
左宗棠愈發不解，終於又一次病倒在賢良寺裡。這一病，竟病到農曆九月份，仍不見減輕；偏巧這時，兩江總督劉坤一任滿，上折奏請入京覲見。
慈禧太后於是就把恭親王召進來，吩咐道：“左宗棠從打進京，就一直鬧意氣，許多大臣都對他有成見，他這京官是不能再做了。好在劉坤一任滿，就把他放到兩江去吧，順便讓他整理一下沿江防務，練練兵。”
恭親王明知道這麼做對左宗棠大是不公，但沒敢反駁。
說起來，這都是閹奴的可恨，慈禧太后把左宗棠有病說成是鬧意氣。聖旨當晚便下到賢良寺：“大學士左宗棠，著補授兩江總督，兼充辦理南洋通商事務大臣。”
說也煞是作怪，聖旨到前，左宗棠尚頭痛胸悶不止，接旨後，倒忽然有些輕鬆起來，當晚就睡得極其安穩；五日後，竟然能下床走路了。
左宗棠於是先上《病痊銷假》一折，隨後又上《懇賞假回籍省墓並查閱長江水師會商上游佈置事宜》一折。折子遞進宮去，慈禧太后冷笑了兩聲，提筆照準。在太后的心裡，這左宗棠在京里鬧意氣，已是鐵案如山了。這件事，不僅左宗棠蒙在鼓裡，連恭親王也始終蒙在鼓裡。
事隔八天后，左宗棠陛辭出京，取道直隸、河南、湖北，過洞庭湖，順利抵達一別二十一年的湘陰。
沿途自有各省督撫與當地地方官接送，次子孝寬率兩個弟弟孝勳、孝同，親到湖南省城長沙迎候。
一見到齊齊跪在自己面前的三個兒子，左宗棠一下子想起了長子孝威，眼裡不由自主便流出淚來。
左宗棠此次榮歸故里，雖是衣錦還鄉，但內心的傷感卻大於喜悅。昔時老友，如今只剩郭嵩燾一個，也是皓首銀眉、滿目滄桑。
郭嵩燾是大清國的第一位駐外公使，也是第一位受人彈劾最多的公使。他駐外不足一年，便被迫回國，退居故里，每日與青山綠水為伴。
一妻兩妾原本是左宗棠的驕傲，如今只剩了一妾，卻又有病在床多時，眼見也是去日無多了。一妾的壽材早已備好，左宗棠本人的壽材，也在他離開肅州前便已運了回來。
左宗棠省墓之後，沒有在家多耽擱，便包租了一艘大商船，帶上一家大小，趕往兩江任所。湘陰的田產房屋等物，只委了幾名下人照料。
左宗棠已到垂暮之年，他是應該好好享受一下天倫之樂了。郭嵩燾扶杖趕到碼頭為左宗棠一家送行。
左宗棠到江寧的當天就拜印視事。一個月後，又出省城到瓜州、揚州、清江、高郵等地閱兵，並查看南運河、淮河水利，提出“引淮歸海”的治水方案。
光緒八年（公元1882年）四月十一日，左宗棠身體恢復如常，遂決定乘船東下，在鎮江、常州、福山、蘇州、太湖、吳淞等地，視察一下江海防務。
左宗棠的官船在通過上海租界時，各國軍、商兩界人物為睹左爵相風采，都持中國龍旗迎接，一時觀者如堵。
六月初十，七十歲的左宗棠乘船到江北閱兵後，不期在南行途中舊病復發，且愈演愈烈，回省後不僅連連咯血，頭目亦開始腫爛。
但他身躺在病榻之上，心卻仍系新疆。他把文案傳到床前，為劉錦棠口述一函，提出：“新疆改設行省，冀可長治久安，否則邊地多於腹地，武官多於文官，轉瞬不堪設想。文卿、和甫諸公只顧目前，敷衍完事，以無暇謀及久長。都中人士能深知此事原委者少，恐無復議論及之者矣。麾下所處頗難，唯有靜聽廷論一法，然隨眾畫諾，卻似不可。弟上年在樞垣，曾以伊犁復後必須置省，機不可失，為賢王誦之，不知仍能記憶否？遇有機會，或當補牘。”
劉錦棠接到左宗棠的書信不久，即向朝廷遞上一折，提出新疆建省的具體方案。