此時的慈禧太后，正在反复思考李鴻章所上的《籌議海防折》，無法顧及左宗棠。
李鴻章是大學士、直隸總督、北洋通商大臣，涉及海防，朝廷自然對南、北二洋的態度格外重視，李鴻章也自然最有發言權。
李鴻章此次上《籌議海防折》竟達一萬餘字，可見是經過深思熟慮的。李鴻章在折子中一共向朝廷提了六點建議：
一、門戶洞開，江海已成我與各國公共之地，必須加強海防；二、向西歐強國購買鐵甲戰船成立大清自己的艦隊；三、把用於西征的款項移給買船加強海防上；四、新疆不復，於肢體之元氣無傷，海疆不防，則腹心大患愈棘。腹心大患主要針對的是日本；五、抓重點建設。就眼下國家的財力，既要加強東南萬里之海防，又要收復新疆，恐怕做不到；六、暫時放棄塞防，重點加強海防。
李鴻章上折不久，兩江總督、南洋通商大臣李宗義，也就加強東南海防一事拜上一折，所論與李鴻章基本相同。隨後，福建船政大臣沈葆楨、署福建巡撫丁日昌、福建浙總督李鶴年、署河道總督喬松年以及江蘇巡撫吳元炳等人，也紛紛上折，主張專注東南海防及目前急務。日本突然侵略台灣一事，給東南沿海督撫的印象太深刻了。
針對專注海防之論，慈禧太后會同恭親王與一班在京的大學士、軍機大臣，反复議論了兩個月有餘，終覺專注海防，就此放棄新疆，似有欠妥之處。
慈禧太后為穩妥起見，令軍機處給各省督撫遍發詢旨，同時亦將李鴻章等人的折子悉數抄閱，讓大家共同討論，“妥籌密奏”。
詢旨遞進蘭州，左宗棠把李鴻章、李宗義等人的奏摺全部閱看一遍，很快便形成自己的觀點。他贊成李鴻章提出的加強東南海防之議，但對移塞防之餉作海防之餉一說，卻持有不同的看法。
他把劉錦棠傳至蘭州，並會同一班幕僚，決定好好籌議此事。兩宮太后的懿旨卻在這時快速遞進來：年僅十九歲的同治皇帝駕崩了！
左宗棠一面佈置靈堂，一面傳命全城文武官員成服到總督衙門拜祭，又札飭各州縣衙門，國喪期間嚴禁飲酒作樂等事，以維國體。
國喪期間，地方公事雖照辦不誤，但一些督撫上奏的折子，凡與國喪無關的，自然就要拖後了，這也是成例。
很快又有懿旨下來，宣布新皇帝登基，仍由兩宮太后垂簾聽政，國號為光緒，定明年為光緒元年。
這新皇帝年僅四歲，也不是同治帝的兒子，是鹹豐帝之弟醇親王奕譞的兒子，因同治帝無後，由慈禧太后做主，將其過繼給咸豐帝為子，繼入大統。
光緒帝名載湉，從太祖努爾哈赤算起，是大清國第十一位皇帝。
照常理推算，同治帝駕崩無後，應該從皇室的近支中同治的晚輩裡找出一個人過繼過來才對，但那樣一來，慈禧太后就成了太皇太后。按著大清的祖宗家法，皇帝衝齡踐祚，皇太后可以聽政，但太皇太后卻不能聽政。慈禧太后為了控制朝政，達到繼續垂簾的目的，只能這麼做。
光緒元年（公元1875年）三月初七，經過反复論證，左宗棠所奏之《复陳海防塞防及關外剿撫糧運情形》一折拜往京師。
在這之前，左宗棠已陸續收到軍機處轉抄過來的一些大員，就海防塞防一事，上給朝廷的奏摺，自然是談海防重於塞防的多，贊成移西征之餉加強給海防的亦不在少數。只有湖南巡撫王文韶等少數人，以“俄人不能逞於西北，則各國必不致構釁於東南”，主張宜以全力注重西北，認為塞防大於海防，強調海防為輕、塞防為重。
左宗棠卻認為，大清國的海防與塞防，應該並重，並為此談了三點自己的看法：一、西洋各國由海上進入中國，尋求的是商業上的利益，而不是國土；二、加強海防，用不著投入太多的資金，只要購些輪船、購些槍砲、再購些防守器具、修建砲台就可以了；三、現在新疆還未收復，斷無撤兵之理，就算新疆已復，不徵兵也不能堅守。兵既增而餉怎麼能缺呢？如果不加強邊塞防守，國家不可能平安無事；四、停兵節餉，於海防未必有多大幫助，於邊塞則大有傷害。
慈禧太后把一應有關海防、塞防的折子，統統交給恭親王，由恭親王召集在京的一班王公大臣討論，最後決定按著左宗棠所陳的辦理。
當恭親王把討論的結果上報給慈禧太后以後，慈禧太后獨自思考了兩天，終於允准。
一道密旨於是悄悄遞往蘭州。朝廷是向左宗棠詢問一下，就目前關外的統帥及兵力，是否當真便能收復新疆？到底應該怎樣做才能更有把握？這實際上是向左宗棠問計。
左宗棠接旨的同時，大學士直隸總督李鴻章亦收到聖諭，派李鴻章督辦北洋海防事宜，所有分洋分任練軍設局，及招致海島華人諸議，統歸其擇要籌辦。
朝廷是決定對東則海防，對西則塞防，來個兩者兼顧了。
左宗棠性情原本耿介，不會拐彎抹角，加之收復新疆事關國家安危，自不敢稍存私念，只能對現居新疆之帥、將能力，據實陳奏，以供朝廷採擇、參考。
他首先對景廉投了反對票，認為景廉做關外統帥不勝任。
左宗棠是這樣評價景廉的：“景廉為人正派，也有學問，就是太固執，不變通，應變能力差。而他身邊的人，如裕厚等人，阿諛奉承、仗勢欺人，在所難免。額爾慶額剛來新疆時，得罪了裕厚，所以和景廉也少有往來。額爾慶額雖然性情粗莽，有時做事不理性，然而膽力過人，如果能穩住他內心的暴躁，應該是得力的將帥之才。”
談完景廉，又談景廉與金順之間的統屬問題，認為就所擁有的兵力而言，金順為多，景廉為少，讓金順做統帥相對會好一些。
左宗棠接著又談了對西征糧台督辦袁保恆的看法，對其幾乎是大加鞭撻。左宗棠給袁保恆的評價是：“豪侈驕矜，習慣成性”“空言無實”“立意牴牾，意圖牽帥，仍以臣所言為錯誤，而不顧此心所安。又藉購備軍械，覓買物件，任性妄為，並無顧忌，視糧台協款為私計，恣其揮霍。各局糜所適從，臣亦無憑稽核，同役而不同心，事多牽掣”。左宗棠幾乎沒說袁保恆一句好話。
折子隨後又對廣東陸路提督嵩武軍統領張曜等人，作了比較客觀的評價。折後，左宗棠再附《籌借洋款》片。
依折子來看，除了大借洋款，左宗棠實在想不出其他辦法。
折子拜發後，左宗棠對幫同料理文案事宜的幕僚、候補知府、參軍饒應祺道：“老夫也知道，我大清因連年用兵，又多次向洋人賠款，已經是債台高築了。可要收回國土，餉從何出？糧從何來？大量的彈藥怎麼辦？”
饒應祺小聲說道：“老爵相啊，因為向外洋借款，您老捱的罵已經不少啦。下官以為呀，這次商借洋款的折子啊，不該您老上，應該景廉上，他是督辦新疆軍務的欽差呀。挨罵的事，您老還是分給別人一些吧。您老這個年齡，該歇就歇吧。”
左宗棠皺起眉頭望了一眼窗外，忽然冷笑道：“饒太守，你糊塗啊！你以為景廉靠得住嗎？新疆指望他收復？哼！事關國家安危大計、領土存亡與否，老夫為此招多大的罵聲，都值啊！老夫是陝甘總督，我大清開國以來，新疆就是陝甘的轄區。陝甘缺了新疆，那還叫陝甘嗎？”饒應祺知左宗棠決心已定，遂不再言語，雙眼卻漸漸地模糊了。
饒應祺字子維，湖北恩施人，一榜出身。同治六年（公元1867年）起便充左宗棠幕僚，很得左宗棠賞識，因功被左宗棠保舉至四品候補知府。左宗棠已密保饒應祺出任同州知府，只等聖旨頒到，饒應祺就將離開幕府到任所視事。