左宗棠抱病帶著劉錦棠、徐佔彪等將領，乘轎來到嘉峪關內外視察，考察囤糧之所，然後才拔營向蘭州回返。
劉錦棠、徐佔彪各營留在肅州休整。左宗棠走一路，視察一路，病情竟然日見好轉，隨行人員莫不稱奇。
到蘭州後，左宗棠陸續收到楊昌浚、劉典、劉蓉等人的來信；來信無一例外全是對他拜相一事表示祝賀。這些信後，他又收到一些督撫發來的賀函。幾年不與他通音信的曾國荃，也從湘鄉發來了一信。
一見曾國荃的信到，左宗棠忽然想起曾國藩，心頭就猛地一熱。他含淚把信讀完，決定最先給曾國荃回信。
當晚，左宗棠對香姑娘說道：“沅甫倒真講信守。我不拜相，他便一個字不寫給我；我當真拜了相，他便主動與我握手言和，還自稱晚生！滌生拜相多年，我就從未自稱過晚生，也真難為這個九帥了！滌生去後，沅甫一直在原籍賦閒。攻克江寧，沅甫是立有大功的，朝廷不該如此對待功臣。我當尋機奏明朝廷，敦促沅甫重新出山。沅甫好鬧意氣，但終不失為一代名臣。名臣賦閒，國家言何昌盛！”
這話說過不久，左宗棠果然拜折一篇，奏請起用曾國荃。
左宗棠的折子遞進宮去，慈禧太后一覽之下，彷彿這才想起大清國還有曾國荃這號人物，於是命軍機處擬旨，先授曾國荃陝西巡撫，旋又改授河東河道總督。曾國荃於是得以重新出山。
同治十二年（公元1873年）底，左宗棠從實際出發，再上《官軍出關宜分起行走並籌糧運事宜》一折。大軍孤懸塞外，左宗棠採用的是次第出關的方略，以期更有把握。
折子拜發，考慮到陝甘累遭兵燹，鄉試已中止多年，兩省士子翹盼已久，遂又上折奏請，將原甘肅鄉試與陝西合併，改為甘肅分闈鄉試，並分設學政，每科取中名額由二十一名增至四十二名。
為不誤鄉試屆期，左宗棠派人奔赴各省籌措款項，擬於來年開春在蘭州建造貢院。旨準。
同治十三年（公元1874年）正月，照例，大清國每逢此時，正是衙門封印之時，不辦公事，但左宗棠在這一個大年裡卻忙得不可開交。他百病纏身，自覺去日無多，又受皇恩深重，不敢心存懈怠，極想在有生之年，把自己想辦的事、該辦的事都辦完，以報答破格的皇恩。他得知張曜大軍已抵哈密的消息後，當即給張曜寫信，提出屯田一說。
左宗棠函告張曜，哈密土地肥沃，五穀皆適合種植，氣候也與內地差不多。哈密歷經兵燹，荒地不少，可招募當地人種植，也可軍墾，收穫會很可觀。左宗棠向張曜講述了屯墾的四點好處：“各營勇丁吃官糧，做私糧，於正餉外，又得糧價，利一；官省轉運費，利二；將來百姓歸業，可免開荒之勞，利三；又軍人習慣勞苦，打仗更力，且免久閒致生事端，容易生病，利四。”
給張曜的信剛剛發走，左宗棠又接福建船政大臣沈葆楨來函，言稱已奏請朝廷，建議派出國留學生，除去英、法兩國外，還可赴德國學習製造水雷、水器等技藝。
左宗棠接信大喜，馬上致函總理衙門，對沈葆楨所議表示贊同。
函曰：“遣人赴泰西遊歷各處，借資學習，互相考證，精益求精，不致廢棄。則彼之聰明有盡，我之神智日開，以防外侮，以利民用，綽有餘裕矣。就此一節而論，沈議遣赴英、法，曾議遣赴花旗，竊竟既遣生徒赴西遊學，則不必指定三處，盡可隨時斟酌資遣。如布洛斯槍砲之製晚出最精，其國曾言彼中新制水雷足破輪船，如中國肯挑二十餘人同往學習製造，則水雷、後膛螺絲開花大砲亦可於三年內學得。”
很快，朝廷又頒詔四海，實授景廉為烏魯木齊都統、欽差大臣，督辦新疆軍務；金順為幫辦大臣。大清國武力收復新疆的序幕開始拉開。
左宗棠接詔大喜，儘管他對景廉的能力一直持懷疑態度，但不管怎麼說，景廉畢竟是朝廷倚重的邊務老臣，如今實授欽差，或許當真能扭轉新疆的局面。
左宗棠一面派員出關向景廉齎送欽差大臣關防，一面檄飭各路糧台，加緊籌措餉糧，以利師行。
但島國日本以琉球船員在台灣遇難為藉口，突然發兵侵犯台灣一事，卻打亂了大清國西征的部署。大清國朝廷不得不由專注新疆，轉而兼顧起海防來，並由此引發了一場聲勢浩大的塞防與海防之爭。武力收復新疆的腳步放慢了。
同治十三年（公元1874年）初，經過充分的準備，早已覬覦我國台灣的島國日本，以琉球船員在台灣被當地人殺害為藉口，悍然發動對台灣的戰爭，只用三晝夜便將台灣佔領，其進軍之速大出朝廷所料。日本此次雖只派兵三千，但船堅砲利，士兵手裡的器械精良，極有戰鬥力。
這件事最後雖然仍然通過外交談判得以解決，但大清國不僅允給日本卹銀十萬兩，還對日本軍隊佔據台灣期間所有修道、建房等件，償銀四十萬兩，並承認日本此次侵台是保民義舉。日本侵台事件，無意中顯示了日本海防的強大，也暴露了大清國海防的薄弱。
而就在總理衙門與日本反復交涉期間，左宗棠以餉源頓涸，奏請允借洋款三百萬兩，以支西征大局。又上《附陳開屯實在情形》及《嵩武軍進駐哈密墾荒》二片。
日本侵台事件發生後，左宗棠又連續兩次上書總理衙門，就總理衙門籌議海防一事，條陳自己的意見。
左宗棠指出：“此次倭奴窺犯台郡，西洋各國先未與聞，其竟以相告，示其無他，似近情理。然島族性情貪詐傲狠，不可深信。倭人既捨其舊俗，變其衣冠，以從西人，西人安之素矣。謂此次陰助之者，僅花旗一起，未必盡然。”又說：“輪船已成十五號，洋防可固。更得勁卒萬餘，以次航海繼進，陸路亦有把握。維此事肇端雖在一隅，而事體事關全局。”
很顯然，左宗棠對日本之患還沒有深刻的認識。而朝廷對左宗棠奏請借洋款以及上書總理衙門等事，均未給予答复。