左宗棠在徐佔彪拔營的同日，即飛函正在原籍募勇的劉錦棠。
在信中，左宗棠對成祿出關會合景廉收復烏魯木齊一事，不抱一絲一毫的希望，卻盼著劉錦棠早日募勇歸來，替自己分憂解困，挽救局面。
劉錦棠當時所募之勇已齊，計六營三千人，接到左宗棠的信後，知事情緊急，當即率勇成行，無分晝夜趕往安定大營。行前，劉錦棠依例給左宗棠急函一封，約定在安定會師。
左宗棠見信，病勢立刻減去一半。他也顧不得多想，馬上亦拔營，取道會寧，到安定紮營等候劉錦棠。
左宗棠到安定的當日，即上奏朝廷，請調前河南按察使、現在籍丁憂守制的譚鍾麟，赴陝甘練習邊務，遇有缺出，請旨簡用。
譚鍾麟，字文鄉是湖南茶陵州人，咸豐進士，與左宗棠是一榜同年。譚鍾麟在京官至御史，補江南道監察御史。同治三年（公元1864年）繁缺知府用，年底經浙江巡撫馬新貽奏調，補授杭州知府。同治六年賞道員銜，同治七年升河南按察使，旋丁母憂回籍守孝。
左宗棠與譚鍾麟交厚，亦重其為人之誠，為官之清，於是請調他，想讓譚鍾麟取蔣志章而任陝西巡撫，免去後顧之憂。
正在這時，肅州的白彥虎探知官軍援軍來到，便知肅州決難久守，遂統率本部兩萬人馬及一萬餘名普通百姓和大量糧草、牲畜等，秘密出城，撲向西寧，去與馬桂源、馬真源兄弟會合。肅州守城回軍，轉眼間就只剩了馬文祿所部總計約三萬人。馬文祿與白彥虎原本就無深交，白彥虎率兵來到這裡，他雖然接納，但並不是十分歡迎，反倒戒心百倍，唯恐被其取而代之。白彥虎如今突然離去，在他亦不以為憂，心頭反倒放下包袱，竟無比輕鬆起來。
馬文祿乃甘肅河州人，回族，本名馬四，又名馬忠良。原為甘州提督索文部下小兵頭，同治四年（公元1865年）與馬化龍等一同起義，佔據肅州已歷六年，自稱肅王。馬文祿部眾原只有三千，後陸續增至一萬。陝甘各路回兵被左宗棠督兵擊敗後，未降回眾從各地湧進肅州，使人數猛增至三萬有餘。他又通過各種渠道，從俄國購進大量洋槍洋砲，使部眾攻守能力大為提高，很想和官軍較量一番。
成祿久居高台，深知馬文祿目前的實力。儘管他與徐佔彪會面之後，滿口答應，一定配合徐部人馬去攻取肅州，但等徐佔彪率部向肅州進發後，他卻傳命所部各營不得擅動，違令者斬。此次收復肅州，成祿是決定隔岸觀火了。
徐佔彪所部在距離肅州城垣五里左右的地方紮下營盤，想等成祿所部到後再發起攻擊，哪知一連等了三天，也未等到成祿。
徐佔彪知道成祿是不會來了，於是就把各營營官召集到一起，決定獨享收復肅州這件大功勞，也讓成祿見識一下自己的手段。
各營於是開始佈置，於第二天黎明時分，提軍圍向城垣，旋發起攻擊。孰料激戰多時，不僅未向城垣靠近一步，兵丁的傷亡數字反倒加大起來。
徐佔彪低估了馬文祿所部回兵的作戰能力，守城回兵手裡槍械之精良，也讓他大感意外。徐佔彪碰了硬釘子，不得不停止攻城，率各營後退十里紮營。馬文祿見官軍退去，他亦不派兵出城主動來戰，只是手撫鬍鬚冷笑不止。
其實，早在徐佔彪所部抵達高台時，馬文祿就知道，官軍是勢必要來攻城的，他卻早已盤算妥帖，決定靠持久戰法，打敗來犯之敵。馬文祿已經探知官軍缺糧乏餉的內情，知其利在速戰，他卻是一定要反其道而行的。當時，馬文祿在肅州城中，屯有大量的糧食及上萬隻牛羊，他不信缺糧乏餉的官軍能奈何得了他。
馬文祿此次料想得果然不錯。此時的徐佔彪，存糧的確無多，偏偏硬攻無力，巧取無門，駐守高台的成祿又不肯撥一兵一卒，分明有些騎虎難下。
一貫剛強的徐佔彪，不得不派出快馬，火速向左宗棠求援。左宗棠此時手裡的大部分兵力都在圍攻河州，抽不出更多的兵力去助攻肅州。左宗棠反复謀劃了兩天，好歹湊成三營步隊、一營馬隊，單委董福祥為統帶，押著兩萬石軍糧，星夜趕往肅州城外的徐佔彪大營救急。
董福祥雖滿心地不願意，但礙於軍情緊迫，也只得硬起頭皮上路。
俄國在新疆發難，肅州攻剿受挫，河州戰事亦極其不順，而對左宗棠打擊最大也是最讓他傷心的，還是曾國藩在兩江病薨和朝廷將裁撤福建船政局二事。
就在前不久的同治十一年（公元1872年）二月初四，正是甘肅最寒冷的季節，就是這一天的午時三刻，為大清國立下汗馬功勞的一代名相曾國藩，病薨於兩江總督任所，年僅六十二歲。
消息傳來，無異于晴天霹靂，病勢剛有好轉的左宗棠再次昏厥，被擊倒在病榻之上。兩天后，左宗棠含悲為曾國藩擬輓聯一副，聯曰：謀國之忠，知人之明，自愧不如元輔；同心若金，攻錯若石，相期無負平生。
輓聯送出不多幾日，左宗棠在病榻之上接到朝廷擬停辦福建船政局的詢旨，這更讓病中的他雪上加霜了。裁撤船政局的折子系內閣學士宋晉所上。
宋晉上折的議題只有一個：福州船政局糜銀太重，所造輪船工期既長，又和洋船無法媲美，當此國庫乾涸之際，必須停止製造。
左宗棠接旨之後，一面大罵宋晉目光短淺，一面把身邊幾名得力的文案急傳到病榻之前，讓幾人會商起稿，務必勸阻此事。
左宗棠喘息著說道：“船局歷經幾年摸索，剛出成果，正可一蹴而就，全力辦之。此時停辦，不僅前功盡棄，亦讓外國人恥笑。我大清欲圖振奮，非倡辦洋務不可，此乃大勢所趨。無論怎樣，船局都不能裁撤。”
幾人下去後，開始會商起稿，歷經十幾天的修改、推敲，終成一萬字左右的一篇大奏摺。稿子交上來後，左宗棠不敢大意，又開始抱病反復修改，一直壓縮到五千字以內，這才派人謄寫。
該折先據理駁斥了停造輪船的言論，稱：“製造輪船，實中國自強要著。臣於福建浙總督任內，請易購、僱為製造，實以西洋各國恃其船炮橫行海上，每以其所有傲我所無，不得不師其長以製之。”折子最後又道：“竊維此舉為沿海不容已之舉，此事實為國家斷不可少之事。若如言者所云即行停止，無論停止製造，彼族得據購、僱之永利，國家旋失自強之遠圖，隳軍實而長寇仇，殊為失算。”
幾乎就在此折拜發的同時，直隸總督協辦大學士李鴻章，也與左宗棠遙相呼應，上了《籌議製造輪船未可裁撤》一折。李鴻章在折中向朝廷發出呼籲：“臣愚以為，國家諸費皆可省，唯養兵設防、練習槍砲、製造兵輪船之費，萬不可省。求省費，則必屏除一切，國無與立，終不得強矣。左宗棠創造福建省輪船，曾國藩飭造滬局輪船，皆為國家籌久遠之計，豈不知費巨而效遲哉！唯以有開必先不敢惜目前之費，以貽日後之悔。該局至今已成不可棄置之勢，苟或停止，則前功盡棄，後效難圖，而所費之項，轉成虛糜，不獨貽笑外人，亦且浸長寇志。”
福建船政局裁撤之議終未得通過。