同治九年（公元1870年）九月十八日，歷經幾個月的奮戰，劉錦棠、雷正綰、黃鼎各軍，從東西兩面進逼金積堡，實現了戰略合圍；同日，侵入新疆佔踞吐魯番的阿古柏，率軍向北深入，很快佔領烏魯木齊及周邊大片領土。
消息傳到平涼，左宗棠心急如焚，想盡快將甘肅平定，好騰出手來集中兵力，去對付霸占新疆的阿古柏侵略軍。
為事權歸一，盡快收復金積堡，左宗棠札委三品京卿老湘軍總統劉錦棠，節制圍困金積堡之各路人馬。年輕的劉錦棠受命於決戰之時，自然不敢有絲毫的懈怠之心。
劉錦棠經過慎重考慮，決定採用剿撫並舉的策略來對付馬化龍，以期逐步減弱馬化龍的兵力，達到一戰功成的目的。劉錦棠開始組織當地百姓對金積堡喊話，又設就撫營多座。左宗棠對劉錦棠的戰略方針給予肯定。
一個月後，馬化龍麾下陳林、閻興春二將率部眾一萬三千人，主動到就撫營繳械。劉錦棠對陳林、閻興春二人好言安慰，然後派員將其就撫部眾分三批送往平涼。
左宗棠將就撫回眾分發甘肅各州縣安插，並給土地、賑糧、籽種、牛驢、農具，以使其安心耕墾，不生反心。
左宗棠此舉，在金積堡產生極大影響。事不過一月，又有三萬餘人陸陸續續就撫。劉錦棠見決戰的時機已到，於是傳命各軍縮小包圍圈，決定發起總攻擊。
馬化龍見敗局已定，再次故伎重演，派人帶著美女、白銀、黃金以及二百餘支槍械，舉著白旗來見劉錦棠，請求招撫。
劉錦棠將白銀、黃金交糧台保管，又將二十幾名美女送往就撫局安置，卻將來人打發回去給馬化龍送信。
劉錦棠在信中稱：“馬總戎若真心請撫，可自縛雙臂，親來大營請罪，本官可從寬發落也。”
送信的人被送出大營後，劉錦棠傳命各軍繼續向金積堡推進，並讓各軍將火砲營俱調到前頭，以期轟擊得力。一連幾日，金積堡上空戰雲翻滾，大戰隨時爆發。
馬化龍終於在總攻的前一刻，自縛雙臂，硬起頭皮來見劉錦棠。劉錦棠對馬化龍自然又是一番好言安慰，然後便讓馬化龍傳命堡內所有回眾，分期分批出堡就撫。就撫整整進行了三天，獨不見白彥虎。
劉錦棠只好向馬化龍詢問白彥虎的下落，被告知，早在官軍對金積堡合圍前，白彥虎便帶著三萬餘回眾，離開金積堡，撤到肅州一帶去了。劉錦棠氣得連連跺足，口稱遺憾。
年底，左宗棠在平涼拜發《平毀馬家灘王洪各堡，陝回就撫，馬化龍就擒》一折，折後，又附《密陳馬化龍暫緩伏誅》一片。
馬化龍暫緩伏誅的理由是：一、“關隴安危，機括全在金積。金積一克，全局已在掌中。現在首逆就擒，勒其繳械平堡，而官軍鎖圍如故”。二、“馬化龍稔惡三世，謀逆已久，蓄機甚深，縱有後效，不蔽前罪，暫若從寬，必滋後患。臣早知為國家必討之賊，而此時議暫緩其誅者，王家疃堡牆高厚，存糧極多，非猛攻不可驟得，金積既克，其勢已孤，以馬化龍徇之，宜可速下，若先誅馬化龍，回酋或懷疑懼，必滯戎機”。
該折片拜發的當日，左宗棠即檄飭總統南路諸軍道員周開錫，由鞏郡東赴伏羌，就近調度。週開錫見到檄文，即命提督王銘忠，總兵敖天印，副將張廷秀、李文彪諸將，統率本部人馬向前推進，對王家疃形成包圍之勢。為使王家疃免招戰火焚毀，劉錦棠又命馬化龍派員趕赴王家疃，逼迫所有王家疃一帶回眾就撫。馬化龍只得派遣麾下元帥馬殿魁，持了自己的手諭，連夜奔赴王家疃。
官軍於是未費一槍一彈，便順利收復了王家疃。
收復王家疃的當日，左宗棠密飭劉錦棠，以藏匿槍械為藉口，將馬化龍及其親屬一千二百人，與六百名原回兵大小頭目，共一千八百人，全部逮捕，秘密斬首。
令到自然功成，劉錦棠將馬化龍首級親自送到平涼劉松山的棺柩前哭祭，左宗棠則連夜上折向朝廷匯報戰果。
這時，由湘陰左府遞送的一封家書輾轉來到平涼。
左宗棠展讀之下，不由大叫一聲：“痛殺我也！”口吐鮮血，昏倒在地。侍衛慌忙把他抬進上房搶救。左宗棠醒來之後，又是一頓呼天搶地，不僅軍醫莫名其妙，連香姑娘也摸不著門道。
香姑娘一邊好言相勸，一邊慢慢動問情由，這才知道，原來卻是大少爺孝威，由平涼返回途中，竟然染了瘟疫，於上月去世了！人生的三大不幸，幼年喪母，中年喪妻，老年喪子，左宗棠攤上了兩個。
年近花甲的左宗棠，無法經受喪子的打擊，在平涼再次病倒。
到甘肅後，左宗棠因水土不服，一直患有腹瀉、全身浮腫等症；雖經軍醫多方醫治，時輕時重，但總不能痊癒。此次發病，不僅腹瀉、浮腫加重，且又添了足麻臉腫、眼痛三症。其中臉腫尤甚，已有幾處明顯潰爛。消息傳開，胡雪巖再次在上海請了洋醫，火速趕赴平涼為左宗棠治病。
左宗棠病重的消息傳進兩江後，同樣重病纏身的曾國藩，為使左宗棠早日康復，竟將正在為自己治病的一名老中醫打發了過來。而直隸總督李鴻章得知左宗棠病重後，也在天津請了兩名英國醫生，緊急趕往平涼來為左宗棠治病。
聖旨飛遞進平涼。左宗棠在香姑娘的攙扶下，抱病到官廳接旨。聖旨自然又是頒發獎賞令：一、陝甘總督、一等伯左宗棠，運籌決勝，調度有方，加恩開復降三級留任處分並賞加一等騎都尉世職；二、穆圖善著交部從優議敘；三、蔣志章著交部議敘；四、道員劉錦棠，接統湘軍，克平巨憝，著加恩賞給雲騎尉世職，並賞穿黃馬褂。
朝廷獎賞的雖大多是些空頂戴、黃馬褂以及勇號，但也是人人有份，無一疏漏。
聖旨到後不久，劉錦棠由金積堡大營趕回平涼，拜倒在左宗棠的榻前，哭請左宗棠代為向朝廷告假，想送劉松山靈柩回籍安葬，以慰亡靈。左宗棠於是傳文案於榻前，讓文案起稿。
奏摺很快由平涼拜往京師。
聖旨馬上頒下：“遵照所請，準劉錦棠護送劉松山靈柩回籍安葬，並賞賜祭一壇，賞劉錦棠假六個月，命沿途地方官妥為照料。”聖旨最後又道：“劉錦棠現在請假回籍，並將傷病弁勇撤遣，另行募補。著飭令到籍後認真挑選，假滿即行回甘，以資得力。”
旨抵平涼不多幾日，劉錦棠統帶因傷病遣撤回籍的弁勇，扶著劉松山靈柩，登程趕往湖南湘鄉。
左宗棠則檄飭各路官軍，就地休整，加緊籌糧籌餉，為攻打肅州做準備。
左宗棠此後一連多日，一邊在平涼養病，一邊派員奔赴各地，料理安插回眾的事，並飭西安、蘭州兩地設立書局，刊刻經籍，散發府、廳、州、縣，同時在陝甘遍修府、縣各學堂館，所有經費由其養廉項下撥付，不足部分派員籌措。
明眼人一眼就可看出，左宗棠是在用繁重的事務，來弭消自己心靈深處的喪子之痛。
同治十年（公元1871年）五月十七日，俄國趁新疆形勢混亂之機，悍然出兵強佔了新疆伊犁九城，並欲東侵。新疆的形勢愈加危急。
消息傳進平涼，左宗棠連夜拜發《敬陳進兵事宜》一折，稱：“蘭州東、西、南三面均緊連河州，而河州此時正屯有大量的回兵；河州不靖，蘭州不能解嚴。”左宗棠隨後提出：“據各路禀報，浮橋、渡船已辦，各營芻糧軍用粗備，道路修治已平。乃檄各將領剋期會師而進，進窺河州。”“臣俟諸路佈置略定，即率親兵由平涼而隆德，從隆德趕往靜寧、安定督剿；俟河州大定，乃圖西寧也。”
因尚未接到正式官報，左宗棠在折中沒有提及新疆。
左宗棠隨後親提大軍離開平涼趕往隆德，又從隆德漸次趕到靜寧。在靜寧，左宗棠收到聖旨，正是關於伊犁的。
聖旨說：俄國地方官給俄國駐華公使發電報稱，俄國七河省省長鄂爾帕鄂夫斯基已率軍將伊犁九城替大清國代為收復，俄國還要去代收烏魯木齊。朝廷已命令榮全去接收伊犁，命景廉帶兵去收復烏魯木齊，著左宗棠轉飭烏魯木齊提督成祿，從速出關去與景廉會合；著左宗棠迅速收復肅州，為成祿出關掃除障礙。聖旨又說，已命劉銘傳所部繞蘭州北路節節前進，即將出關去收復新疆各城。
左宗棠接旨後不敢怠慢，當日即飛飭記名提督、哈西巴巴圖魯、賞穿黃馬褂徐佔彪，統所部馬、步十二營，由靖遠防所快速拔營，取道蘭州，逾涼、甘兩郡，趕往肅州，以期收復肅州，為成祿出關打開通道；又諮商淮軍將領、正在原籍養病的提督劉銘傳，商酌進兵道路，以備沿途餉需。
左宗棠佈置完畢，才上《派兵前赴肅州》一折，向朝廷匯報辦理情形。聖旨很快頒下。聖旨先通報劉銘傳病重不能馬上到營一事，又對左宗棠飛飭徐佔彪趕往肅州一事大加讚揚，稱其“實能力顧大局”。聖旨最後又道：“成祿現在出關，糧餉最關緊要，該軍雖有專撥之餉，深慮各省未能如期解到，左宗棠亦當代為籌劃，隨時接濟，俾利師行。”
左宗棠接旨後，頓感兩肩千鈞般沉重。在甘各路人馬餉需，已讓左宗棠備感頭痛，一直處於拆東補西狀態，朝廷如今又責其為成祿代籌糧餉，讓他如何能不備感沉重呢？
成祿原在肅州高台城外一帶屯紮，因兵單勢孤，未敢與肅州回兵接仗。白彥虎到後，守城回軍人數大增，成祿更不敢近前一步，只是一意固守高台，坐等援兵。
徐佔彪督率所部馬、步十二營，歷經兩個月行程，於是年九月中旬抵達高台與成祿會合。