同治六年（公元1867年）十月十六日，左宗棠收到福建浙舊時官員的來信，講述吳棠受小人慫恿，極力排擠各員，各員不得不辭缺另投之事。左宗棠雖反复函致吳棠，吳棠仍我行我素。
在各路清軍的層層壓迫下，陝西一帶的回民義軍陸續撤往甘肅、寧夏等地；西捻軍張宗禹、張禹爵及邱遠才各部約六萬餘眾，轉向陝北，幾日光景便攻占綏德、安寨、延川等縣。劉松山提軍追擊，劉錦棠、劉典、高連升等各路將官，率部陸續跟進。
這時，左宗棠收到聖諭，卻原來是各國即將與總理衙門換約，旨令沿江通商口岸的將軍、督、撫陳述意見。左宗棠雖然是陝甘總督，但因船政局的關係，自然也在被詢行列。
顯然，朝廷想知道的是各將軍、督撫對換約的看法，而左宗棠卻想藉機，把憋在心里許久的話說出來，通過此折告吳棠一狀。
在折中，左宗棠所陳吳棠的罪狀是：更改我定的章程，專聽劣員慫恿，導致船局上下人心不穩。
此折拜發的當日，劉松山親率中軍十二營抵達洛河岸邊。當時，中路郭寶昌十營，尚距劉松山有三十里的路程；郭寶昌之後三十里，則是安徽壽春鎮總兵李祥和率所部三營。劉松山見天色尚早，決定先期過河，到洛州縣城等待郭寶昌、李祥和的兩路人馬。
傍晚時分，劉松山率部到達洛州。劉松山一面令軍兵安營扎寨，一面派出報馬去打探郭寶昌、李祥和兩路的進止情況。
當時正值深冬，陝北又極其寒冷，洛河結冰甚厚，光滑如鏡，大軍一轟即過，形如平地。但劉松山在洛州等來的並不是大隊人馬，而是郭寶昌派快馬送到的一封救援文書。
劉松山展信一讀，得知郭寶昌即將過洛河時，忽聽後隊傳來槍砲聲，他便知道一定是李祥和遇到了敵情，便馬上命令後隊變前鋒，開回原路去接應李祥和，哪知就中了捻軍預先設好的埋伏。他一面緊急給前路送信，一面和大隊捻軍交戰。
劉松山不敢耽擱，隨即傳令拔營回援，但還是晚了一步。劉松山趕到時，大隊捻軍經郭寶昌等力戰已經撤走，只留了一地的湘軍傷亡將士。這一戰，記名提督、安徽壽春鎮總兵李祥和戰死，記名總兵劉芸桂身受數槍，命亦難保。
劉松山詳加統計傷亡兵勇，計傷三十八人，亡八十八人，大量糧食輜重被席掠殆盡。
劉松山氣得哇哇一頓亂罵，他卻是如何也想不明白，明明是他劉松山在追擊捻軍，捻軍如何又從後面殺出來了呢？
左宗棠收到劉松山的通報，當即便斷定是劉松山孤軍冒進，讓捻軍鑽了空子，於是就飛檄劉松山、劉錦棠、劉典等各路人馬，只准互相策應齊頭推進，嚴防單軍冒進。
左宗棠當晚拜折向朝廷通報追剿失利的情況，並為陣亡將弁請卹、為出力將弁請獎。
劉松山等各路人馬，接到左宗棠緊急發來的軍命，不敢稍存大意，開始步步為營，互相策應著向前推進，終於在一個月後，將六萬餘捻軍包圍在綏德、安寨、延州等地。
陝西官軍在完成對西捻軍包圍的同時，東捻軍賴文光、任化邦約十萬餘眾，也被李鴻章以長牆之工事，圍困於黃河南岸、六塘河北岸、膠萊河西岸、運河東岸地區內。賴文光率部左沖右突，卻連遭敗績，兵馬損失慘重，形勢極其危急。
為解救被圍的東捻軍，在陝西綏德一帶受困的張宗禹，經與張禹爵、邱遠才等將領商議後，決定出奇兵救之，來個圍京救賴。
經過周密思考，張宗禹決定把突圍地點，選在清軍兵力最薄弱的宜州一帶，擬從壺口踏冰橋渡過黃河，進入山西，再由山西飛馬直奔京城，將統治大清國的兩個女人和一個娃娃生擒活拿，趁勢把滿人逼出關外，重振天國大業，打李鴻章個措手不及，圓自己的一個皇帝夢。
張宗禹此計一出，各將領無不叫絕，當即分頭準備。
同治六年（公元1867年）十二月十七，當晚子夜時分，全部捻軍分由綏德、安寨、延州三地飛出，呼嘯著撲向宜州方向，馬踏塵土揚起的飛沙，賽似陡起的狂風，籠罩得天地朦朧。捻軍此次突圍速度之快，大出各路官軍所料。各路人馬提軍追趕，卻哪裡趕得上？只好架炮猛轟。
捻軍卻全不顧忌炮火，只管一路猛殺猛衝，其勢若排山倒海，其快如閃電雷鳴，轉瞬即逝；眼見著踏冰橋飛過黃河，進入山西境內，把各路清軍，生生甩在後面。
劉典飛報左宗棠。左宗棠大驚失色，連連跺足道：“捻賊此行意欲何為？莫非想與東捻會合嗎？”
左宗棠一面派快馬給山西巡撫趙長齡通報消息，一面把西捻的去向通報給朝廷。
西捻軍突圍成功的時候，東捻軍大部已被李鴻章所統湘淮各軍所斬殺，僅賴文光一人率領千餘騎，突破六塘河防線，正在沿運河東岸南下尋找突破口。
西捻軍得知東捻軍大部被殺的消息後，幾乎瘋狂了，他們以夜行百里的速度從山西呼嘯而過，直入豫北、冀中北上，兵鋒直達北京盧溝橋。
時任直隸總督的文華殿大學士官文，此時正在保定張羅著過年的事，忽然得到捻軍從天而降的消息後，他竟嚇得一句話都沒說出口，便一跤跌倒在地，直跌得口歪眼斜，更是一句話也說不出了。
駐在天津的三口通商大臣崇厚，連夜把西捻軍突然到來的消息，緊急上報給朝廷。大清國朝野震動，慈禧太后一面令恭親王緊急調派直隸各軍防堵，一面著令軍機處連夜給官文、崇厚、李鴻章、左宗棠等督撫擬旨。聖旨快速飛往各地。
聖旨對所有在事督兵大員都給了程度不同的懲處：“朝廷特命官文署理直隸總督，剿匪是其專責，乃毫無佈置，任令捻逆北趨，日肆蔓延，實屬有負委任。左宗棠於張總愚捻股未能在陝省就地殲除，致令紛竄山西、河南，擾及畿輔，調度無方。官文、左宗棠著交部嚴加議處。李鴻章身任欽差大臣，為朝廷素所倚畀，當此匪踪北擾，宜如何速派援軍同心勦賊？乃迭奉諭旨，既未催令劉銘傳曁善慶、溫德勒克西等軍趲程前進，又日久無一字復奏，是何居心？著拔去雙眼花翎，並褫去黃馬褂，革去騎都尉世職。李鶴年未能迅速出省督剿，會殄逆氛，以致捻逆竄入直境，擾及近畿，所調宋慶等援軍又不遵旨飭令分途前進，失誤戎機，著革去頭品頂戴，並摘去翎頂。”
從聖旨中可以看出，官文、左宗棠是交部嚴加議處，李鶴年革除頭品頂戴、摘去花翎，對圍剿東捻的李鴻章懲罰最重：不僅被拔去雙眼花翎，褫去黃馬褂，還革去騎都尉世職！顯然，慈禧太后是被西捻突然撲犯畿輔嚇壞了。
左宗棠接旨完畢，先派快馬檄催宜州各軍，作速入晉追剿，一面把香姑娘安置到潼關城內居住，便連夜拔營趕往夏縣，擬由聞喜、曲沃、介休直入直隸防堵。左宗棠的這個新年，眼看著只能在途中度過了。
同治七年（公元1868年）正月初九，左宗棠率親兵十營五千人抵達介休，正是連日大雪，草木皆白，積雪厚達尺餘，前路雪阻不能行。
左宗棠冒雪踏察地形，決定改由壽陽走井陘入直隸。大軍頂風冒雪前行，極其緩慢，整整走了八天，才抵達壽陽。左宗棠在此感染風寒，咳嗽不止，但因軍情急迫，不敢休息，仍帶病前行，終於十八天后，由獲鹿到達正定。在正定，左宗棠紮下大營，向朝廷拜折請示進止。
聖旨很快飛遞過來，命其總統現在直隸之各省官軍，並對各路人馬作出詳細部署，同時委左宗棠總統在直隸的各省官軍。
左宗棠接旨，連夜拜發《總統現到各軍籌剿捻逆》折，隨後提軍趕往定州，由定州赴保定督戰。左宗棠行軍途中又得到消息：東捻軍最後一部在揚州被淮軍吳毓蘭部殲滅，首領賴文光被生擒，旨令就地處斬。至此，東捻軍不復存在，李鴻章已親率親兵十餘營到直隸景州督戰。
二月初四，左宗棠行抵定州。當晚，左宗棠接到聖旨。原來是朝廷怕各督撫互相扯皮，為事權歸一，決定派恭親王奕統率神機營出京。各督撫進止，悉歸恭親王一人調派。
旨曰：“現在各路統兵大臣並各省督撫帶兵入直剿辦捻匪，雖經派令左宗棠總統前敵各軍，仍恐各大臣等意見分歧，事權未能歸一，以致呼應不靈。本日已明降諭旨，令各路統兵大臣並各該督撫等，均歸恭親王等節制矣。各該大臣、督撫等，於賊勢軍情俱當隨時具報神機營核辦。唯軍情變幻靡常，一切進止機宜，仍應責成各該大臣等隨時相度辦理，不得專候神機營指示，俾免稽延貽誤。左宗棠、李鴻章均係欽差大臣，現既歸恭親王等節制，自可一事權而免分歧。”
接旨在手，左宗棠長出一口大氣，病情也陡然間好了許多。很快，恭親王的王駕駛出京師，前中左右均有神機營兵勇護衛，地動山搖，很是威風。