聖旨究竟耽擱在哪兒了呢？其實就耽擱在慈禧太后的手上。
慈禧太后收到伊精阿遞上來的訪查結果後，見左宗棠麾下各軍不僅擾民還奸人妻女、燒百姓房屋等事，不由氣得渾身亂抖起來。她當日把恭親王、寶鋆等人傳來，大罵道：“反了，真是反了！你們總說左宗棠會用兵，他當真會用兵！他教唆出的兵，不僅搶人家糧食，還敢糟蹋人家妻女！連百姓的房屋也敢燒掉！你們都說說，他這是去剿長毛，還是去剿百姓呢？”
慈禧太后啪地把伊精阿遞上來的折子摔出來，道：“你們看看吧！”然後便是呼呼地喘粗氣。她聽政至今，最不能忍受的便是“姦”“糟蹋”等字眼，彷彿是在姦她自己。這大概是她獨守空房過久的緣故，多少有些心理失衡。
恭親王小心地把伊精阿的折子撿起來翻開，一頁一頁地看下去。
恭親王小聲說道：“禀太后，伊精阿的折子臣看完了，這左宗棠實在有負太后和皇上對他的聖恩。臣只是不明白，伊精阿怎麼沒有說，左宗棠到大埔之後，是怎樣辦理這事的呢？駐紮大埔的官軍滋事是因為糧米無繼，當時左宗棠在琯溪尚未動身。按說，前路各軍鬧出這麼大動靜，他不可能不知道啊，請太后明察。”
寶鋆這時說道：“禀太后，奴才以為，左宗棠驕妄過甚，如今又節制三省軍務，想必他怕朝廷怪他治軍不嚴，有意隱匿不報也是有的。請太后明察！”
慈禧太后想了想，問道：“恭親王啊，你見到瑞麟折子的時候，左宗棠有沒有奏報啊？”
恭親王答道：“回太后的話，瑞麟的折子到後不久，軍機處還當真接到大埔軍營的一封文書，但裡面卻是空的！不知是何緣故。臣當即便讓軍機處發文，挨站追查，至今未見結果。臣當時收到瑞麟的折子時還想，營裡出了這麼大的事情，左宗棠怎麼一字不提呢？現在回想起來，莫非打大埔沿途遞上來的文書，就是左宗棠的？可不該是空的呀！”
慈禧太后聽後，沉吟了許久才開始講話，但語氣已不似先前的凌厲：“恭親王啊，你先讓軍機處給左宗棠擬道旨過去，問問他兵勇在大埔滋事一事，他如何不奏報？你另外再給曾國藩發道密旨，讓曾國藩派員再到大埔去訪查一番。事關統兵大員治軍不嚴，朝廷慎重些總歸是好。”
一道聖旨很快發往大埔，另一道聖旨則秘密發往曾國藩的剿捻大營。哪知聖旨到的時候，正逢太平軍殘部在嘉應州戰敗，剛巧退到這裡。太平軍打進城池之後，不僅將守城官員全部殺死，還搶掠了上百石糧食以及牛、馬等物，傳旨差官自然也未能保住性命。劉典督軍趕到時，太平軍已撤走多時，留下一片狼藉。
左宗棠沒有接到聖旨，復奏自然也就無從談起。左宗棠收復嘉應州的折子進京的時候，曾國藩的折子尚沒有進京，加之左宗棠遲遲沒有復奏朝廷所要查詢的事情，弄得慈禧太后和一些大軍機們都很有氣。恭親王情知事出有因，但他是乾著急想不出辦法。若非此時官文老病復發，蒙恩在府裡養病，不能出來理事，否則更有左宗棠的難看。
曾國藩復奏的折子進京的時候，兩廣總督瑞麟與廣東巡撫郭嵩燾也相繼有折子送到。曾國藩對兵勇在大埔滋事訪查的結果與伊精阿訪查的基本相同，但只少了奸人妻女和焚燒房屋兩項。伊精阿所報重在兵勇滋事，而曾國藩所報則側重於左宗棠到大埔後是怎樣辦理的善後。兩個人的側重點不同，產生的效果自然也不相同。曾國藩奏摺的後面，附了張當地衙門配合委員平息此事提供的證詞，以及幾份百姓的口供。
但郭嵩燾與瑞麟所上的折子卻是互相參劾的。
郭嵩燾參了瑞麟大罪兩款：一罪是“總兵卓興、方耀因從前微有勞績，竟至驕怯。而瑞麟仍復遷就優容並不早加參劾，致使兩廣軍務廢弛”；一罪是“兩廣政事不舉，軍務廢弛，蓋因瑞麟重用劣幕徐灝所致”。折子為此列舉了徐灝操縱幕府的五大證據。
瑞麟則參了郭嵩燾大罪四款：一罪是“與洋人拉攏過密”；一罪是“凡事自己做主，不聽規勸”；一罪是“以掣肘為能事”；一罪是“一言不合便意氣用事”。
兩道聖旨終於由軍機處遞出，火速發往嘉應，時間已是嘉應州克復兩月以後的事了。左宗棠聞報聖旨遞到，當即正冠撣衣，率一應文武官員到大廳跪倒聽宣。
這個時候下發的聖旨自然是頒獎令：“福建浙總督左宗棠督辦軍務，調度有方，賞戴雙眼花翎。署兩廣總督、廣州將軍瑞麟，賞還花翎、三品頂戴。署廣東巡撫郭嵩燾，著賞給二品頂戴。江西巡撫劉坤一，著賞給頭品頂戴。浙江提督、一等子爵鮑超，再賞加一云騎尉世職。二品頂戴前浙江按察使劉典、廣東提督高連升，均著賞給雲騎尉世職，劉典並賞給三代一品封典。記名提督婁雲慶，著以提督遇缺盡先題奏，仍交部從優議敘。提督唐仁廉、譚勝達、曾成武、黃少春、福建布政使王德榜，均著賞穿黃馬褂。浙江候補道按察使銜糧台轉運委員胡雪巖，著賞給二品頂戴布政使銜。”後面又對大大小小三百餘位立功的員弁予以獎賞。
二旨曰：“本日據劉坤一奏贛軍進逼嘉應獲勝，會同收復州城，並左宗棠、瑞麟、郭嵩燾奏收復嘉應州城，追剿竄匪，全部蕩平詳細情形各一折。覽奏曷勝欣慰。業明降諭旨宣示，分別加恩矣。”聽到此，左宗棠知道，下面一定是裁軍之事。聖旨果然接著宣道：“所部各軍，自應由左宗棠會同瑞麟、郭嵩燾、劉坤一酌量分別遣留。”
聽宣的所有官員聽到此時，全身均為之一抖，他們最怕的事情終於發生了。
傳旨差官讀到此，有意頓了一下，然後又讀道：“唯現在東南雖已肅清，而捻匪竄擾北路，楚、豫等省到處戒嚴，防剿正當吃緊。鮑超一軍，前本令其馳赴北路助剿，此時粵賊業已辦結，即著左宗棠飭令統帶所部迅速赴楚、豫之交，聽候曾國藩調遣。其江、福建各路得力將弁兵勇，有可調赴楚、豫、江、皖助剿者，並著曾國藩迅速函商左宗棠等酌量調往，以期厚集兵力，早殄逆氛。左宗棠等仍當聽候曾國藩函商調派將士之信，分別遣留，不得先將得力諸軍概行遣撤，以顧全局。”
原來是虛驚一場，蓋因捻軍縱橫數省，朝廷不僅未下裁軍令，還讓左宗棠督飭鮑超等部趕往湖廣、河南一帶堵截捻軍。
聖旨宣完，不僅左宗棠長出一口大氣，所有聽宣的官員均鬆了一口氣。隨後的幾天裡，鮑超、劉典各軍，被左宗棠陸續派往剿捻前線，聽曾國藩調遣，江西、廣東撫、提各標，也都相繼回歸本部。
左宗棠準備在嘉應州過完大年，再由潮州返福建。左宗棠一直不知道聖旨遲到嘉應州的原因，以及大埔兵勇滋事在慈禧太后、京師百官中所造成的震動，乃至負面影響；而軍機處一直也未追查出左宗棠上奏大埔兵勇滋事的折子究竟丟失在何處，成了不了之局。
如今想來，左宗棠及時發出的折子，同朝廷著左宗棠及時覆奏的聖旨一樣，都是流動的太平軍的功勞。
同治五年（公元1866年）正月十六日，左宗棠正在辦事房裡與兩名文案喝茶談閒話，竟突接一旨。
原來是廣東巡撫郭嵩燾參劾總督瑞麟，任用劣員，導致軍務廢弛。朝廷命左宗棠先不要回福建，就近替朝廷訪查一下。
旨曰：“現三省大局稍定，左宗棠暫勿返福建，即就近將郭嵩燾所陳各節確切訪查，該署督撫因何不協，究竟為公為私？據實復奏。左宗棠秉心公正，諒不肯稍涉偏徇，代人受過。郭嵩燾折片四件，均著抄給閱看。欽此。”顯然，朝廷又把一個燙手山芋交給了左宗棠。
送走傳旨差官，左宗棠對著一班幕僚大聲說道：“這是哪個大老給上頭出的好主意？筠仙與本部堂是同里又是一榜同年，他與瑞麟不和，本部堂迴避猶恐不及，怎麼反倒要本部堂出面訪查此事？這不是害筠仙嗎？筠仙所陳各件都是事實，若本部堂據實覆奏，瑞麟必誣本部堂以私情廢公論也。其實，廣東之弊端，筠仙已幾次函告於本部堂，本部堂沒想到兩個人鬧到這麼僵！筠仙官運一直不順，總算做到了一省封疆，偏偏又碰著了瑞麟這個死對頭！”
左宗棠連夜擬就《請將訪查事件另派員查辦》一折。
在折中，左宗棠先談了一下自己對郭嵩燾所參瑞麟各款的看法，稱：“郭嵩燾所陳數誤，自系實在情形。”接著又講了一下郭嵩燾的為人：“郭嵩燾勤懇篤實，廉謹有餘，而應變之略非其所長。”最後才道：“臣於郭嵩燾生同里閈，且與臣胞兄兒女姻親，應請迴避。伏懇簡派妥員查辦以昭核實。”
左宗棠無論如何，都不能去趟這渾水。
折子拜發的當日，左宗棠又給郭嵩燾急函一封。
函曰：“至粵東貽誤各節，尊疏已詳，但言之未盡也。督於撫雖有節制之義，然分固等夷，遇有齟齬，應據實直陳，各行其是，唯因爭權勢相傾軋則不可耳。老兄於毛寄耘，心知其非，而不能自達其是，豈不謂委曲以期共濟，而其效已可睹。茲复濡忍出之，迨貽誤已深。而後侃侃有詞，則已晚矣。諭旨敕就近查辦，已將同里而兼婚姻之故，請旨迴避。至貽誤各節，則彰明較著，無待察訪也。計此書到時，必已奉明諭及之，故不必有所隱匿。弟自揣疏狂婞直，久不見諒於人，行當自陳，以避賢路。唯所事未了，不得不婆娑以俟耳。”
朝廷很快下旨照準所請，著左宗棠離粵回任。但左宗棠寄給郭嵩燾的這封書信，卻大大地傷了郭嵩燾的自尊。
郭嵩燾讀罷左宗棠的信後，竟將信猛擲桌面，隨即拍案而起，對著一班幕僚冷笑道：“本部院的這個同里，把官做到了總督，竟然也學會教訓人了！”
郭嵩燾當日回到書房後，連夜秉燭給剿捻前線的曾國藩寫信。在信裡，郭嵩燾說了許多對左宗棠不滿的話。曾國藩閱信之後，默然無語。
左宗棠於同治五年（公元1866年）剛出正月即開始班師還福建，途中，收到總理衙門建字第十二號咨文，稱：“以英國阿使欲中國僱借外國輪船緝拿海盜一節，已照會各國允辦，屬即函商李鴻章酌籌購買，一面先行僱覓，將各口應用輪船若干，並水手、兵丁、炮械以及控制、訓練、旗號各項，妥議章程具复。”
左宗棠未及將咨文讀完便連連說道：“這個阿禮國，他佔不到大便宜是不肯罷休啊！說什麼僱借洋船緝拿海盜，僱哪國的輪？借哪國的船？還不是他英國的！不行！本部堂一定上書總理衙門，勸阻此事！”
左宗棠與徐宗幹函商後，上書總理衙門，指出：“就局勢而言，借不如僱，僱不如買，買不如自造。而自造一層，雖已商議及之，尚未能確有把握，應俟有端緒，再行奏諮辦理。”