左宗棠被革職的第二十天，太平天國忠王李秀成，趁各路官軍休整的時候，派兵再次攻占了富陽，使剛剛好轉的局面，明顯有些惡化。
左宗棠聞報，不得不帶兵趕到富陽大營，親自指揮劉松山、劉培元兩路人馬攻城。為防李秀成從杭州來援，攻城前，左宗棠將蔣益澧所部調至餘杭，監視杭州城動靜。
官軍激戰兩晝夜，終將富陽城拿下。富陽離杭州最近，左宗棠為就近指揮官軍攻取杭州，遂決定將巡撫衙門移富陽駐節。
不久，左宗棠調在浙各路官軍齊聚杭州，按遠近疏密，將杭州城團團圍住，志在必得。
這一天，左宗棠帶著一應文武官員，趕到餘杭一帶察看形勢，尋找李秀成的破綻，但衙門的報事快馬卻飛至餘杭大營，請左宗棠急速回衙，言稱有旨遞到。左宗棠不敢怠慢，稍事佈置即返回富陽接旨。
旨曰：“內閣奉上諭：照耆齡所奏，浙江巡撫著曾國荃補授，左宗棠毋庸留任。欽此。”
左宗棠心頭一動，他萬沒想到，朝廷將他撤任的聖諭來得這般快，他未及多想，急忙接旨面北謝恩，正要起身，不期二旨又到。
旨曰：“內閣奉上諭：福州將軍著耆齡暫行署理。賞左宗棠頭品頂戴兵部尚書銜、都察院右都御史實授閩浙總督。前已有旨浙江巡撫著曾國荃補授，曾國荃著仍統前敵之軍駐紮雨花台，一意相機進取以圖江寧，毋庸以浙事為念，浙江巡撫著左宗棠兼署。左宗棠身任閩浙總督，浙省系總督轄地，既兼署巡撫，尤責無旁貸，閩事防剿亦須左宗棠從速佈置，莫負聖恩也。欽此。”
左宗棠未及傳旨差官將聖旨讀完，已是淚流滿面，哽咽出聲，感恩之情無法控制。
他接旨在手，面北連連叩頭謝恩不止，口裡哽咽著說道：“臣有何德何能，受朝廷如此倚重！”
當晚，左宗棠浮想聯翩，夜不成寐，一個人坐在書房裡，一邊流淚，一邊草擬謝恩折，無非是向朝廷表示一下自己的忠心。
折子拜發不多幾日，耆齡委派護送總督關防的官員便到了：計送到閩浙總督關防一顆，福建鹽政印綬一顆。左宗棠於是恭設香案，望闕叩頭，接收印綬。
消息很快傳開，各路將領由四面八方各防地騎馬趕回，為左宗棠賀升遷之喜。
左宗棠一時高興，便把剛到任的富陽知縣傳來，吩咐道：“連日攻城，各路將官都疲勞過甚。你帶人籌辦一下，擺幾桌酒席吧，大家都樂一樂。”
富陽知縣諾諾連聲，退出去後，就讓人分頭去張羅，卻哪裡張羅得來？當時富陽新克，十室九空，百姓十去七八，雞、鴨、豬等一應牲畜，都被太平軍宰殺果腹，不要說一下子要籌辦十幾桌酒席，就是一桌，也辦不來。
富陽知縣派人東尋西找，整整忙亂了半日，眼看天將過午，才好歹在一條水溝裡尋到了一條死狗。
富陽縣忙命人將死狗打撈上來，幸未腐爛，馬上便傳仵作就地剝皮破肚，又忙著領人出城去尋找蔬菜，倒真真難為了他。
正在這時，軍兵簇擁著一頂花轎進得城來，卻是胡雪巖背著左宗棠，派人把香姑娘接來了。
胡雪巖預料到富陽新克，一應吃食必奇缺，所以又特從嚴州拉了一車蔬菜和十幾頭豬過來。
富陽知縣聞報，當時把他喜得涕淚橫流，拉著胡雪巖就喊菩薩，當即命人宰豬洗菜，忙將起來。巡撫衙門的這頓喜酒，從午後未時開始喝起，直鬧到夜半子時才休。左宗棠被人扶進上房，香姑娘慌忙把他安頓到床上躺下，又忙著為他更衣、擦臉、濯足。
香姑娘嗔怪道：“老爺，您讓賤妾怎麼說呢？您已年過半百，又補授了總督大員，不比從前，還由著性子做事。傳出去，讓人笑話呢！”
左宗棠噴著酒氣說道：“香兒啊，你們女兒家，哪裡懂得男人的心事啊！沒有破格的天恩，一榜出身的人，是很難被拔擢到總督高位的呀！想那張石卿張大人，在雲南立了多少功勞，才有幸署理了雲貴總督。他老調授湖南巡撫後，正逢長毛攻到湖廣，他老在長沙一年，何曾睡過一個囫圇覺啊，這才又升署了湖廣總督。他老到湖廣還沒把關防捂熱，就轉補山東巡撫了。張大人兩次署理總督都沒得實授，何也？還不就是緣於他老是一榜出身嗎！香兒你說，我左季高有何德何能，敢同張大人比呀！朝廷卻把我從浙江巡撫，直接拔擢成總督，連署理這個環節都省了。這是真正的皇恩高厚啊！我出山這麼多年來，從未這麼高興過，我能不高興嗎？”
香姑娘小聲說道：“老爺高興歸高興，可也不能喝這麼多酒啊。朝廷升授您老做總督，是讓您老去辦大事，可不是讓您老盡著性子喝酒啊！您老口裡常說曾滌生曾大人，他老不僅是兩江總督，還是協辦大學士呢。他就這樣拼命地喝酒嗎？”
左宗棠閉著兩眼，搖頭說道：“香兒此言差矣！左季高無論有多大的能耐，也比不過曾滌生啊！曾滌生是兩榜出身，又是天子門生，不僅可做我大清國的總督，還能入閣拜相。我左老三就不一樣了，我是一榜，按我大清體制，一榜是不准入閣拜相的，滿漢皆然。香兒，我這麼說你還不明白嗎？我率勇援浙不久即署理巡撫，旋又實授，這已是破格；在巡撫任上未及兩年，又升授總督，成了一品大員，這又是破格。要知道，一榜出身得授總督，便已是官至極致，我多喝幾杯不可以嗎？”
香兒無奈地嘆息道：“老爺說的是，老爺多喝幾杯是該的，是香兒多嘴多慮了！”左宗棠滿意地一笑，竟很快睡去。
香姑娘卻小聲嘟囔了一句：“將相本無種，還要看出身！想不到這一榜、兩榜，竟有這麼大的差別！”不久，左宗棠收到軍機處章京潘祖蔭的密函，這才得知他得授總督的實情。
左宗棠看罷潘祖蔭的信，忽然冷笑一聲道：“伯寅倒很會為滌生做人情，朝廷若聽他的話，也就不讓恭親王在軍機處領班了！滌生一心想讓老九補授浙撫才是真的！”
左宗棠馬上含毫命簡，給軍機大臣李棠階書函一封，探問實情。
李棠階很快复函。左宗棠看畢，這才知道潘祖蔭果然所言不虛，他能被朝廷破格拔擢至總督高位，的確是曾國藩上的一篇折子起了作用；而將曾國荃實授浙江巡撫，卻恰恰與曾國藩無關，反倒是耆齡舉薦的結果。
左宗棠握信的手有些發抖，苦苦思索，卻無論如何都想不出其中的奧妙。
當晚，他給曾國荃寫信這樣說道：“麾下所承恩命，撫治是邦，諭旨仍以江寧大端見屬，暫可無須兼顧。具仰聖慮淵深，於緩急輕重之衡，曲盡其理。異時移平吳節，南渡錢江，或者此邦其終有望乎。弟則殫慮竭忠，亦終靡補。”左宗棠在信末接著寫道：“時局方艱，官職愈高，責任愈重。總制之命不敢辭，而亦未敢任，且盡吾心力所能到者赴之。”
左宗棠也想給曾國藩寫一函過去，但思慮許久，卻無從下筆，不知該怎樣寫才好。良久，左宗棠擲筆於案，只將給曾國荃的信封緘，傳人交快馬送走。
左宗棠已經切實感受到，曾國藩不僅是大清國的護身，還是他左宗棠的護身。
同治三年（公元1864年）二月十二日，左宗棠將中軍大帳移至餘杭橫溪頭駐紮，並下令圍城各軍，實施近距離攻城，同時著打援人馬綁紮雲梯，對杭州實行強攻。
左宗棠用兵，愛打巧仗，不喜硬拼，但杭州城守城太平軍防守嚴密，無論如何引誘，堅不開城，左宗棠無奈之下，只好行此下策。
其實，此時守杭州城的太平軍只有兩萬餘人，早在三個月前，李秀成便將在浙的大部太平軍調去解江寧之圍；李秀成、李世賢、汪海洋等首領，也已經離開浙江多時。
杭州城裡的兩萬餘太平軍，其實就是在浙太平軍的全部。
左宗棠一直以為守杭州城的太平軍不少於十萬眾，所以不敢強取，只能圍困，想通過消耗彼軍糧食的方法取勝。後來左宗棠駐節餘杭後，經反復觀察，終於發現，守衛杭州城的太平軍，並不像傳聞的那樣多，這才下定決心硬取。
太平軍此時已糧草殆盡，目前正在城裡靠宰馬殺牛賴以生存。儘管這樣，當各路官軍強取城池時，太平軍仍拼死抵抗，城頭倒下一批，很快又補充一批，整整激戰了三天兩夜，不僅護城河裡落滿了屍體，連城牆都被染成了紅色，這才啟北門撤退，卻又遭到劉培元所部炮轟、截殺，幾乎無一存活。
劉松山統軍由正門進城，在城內搜剿太平軍餘部；左宗棠則委員隨軍入城，張貼安民告示，穩定杭州局面。
杭州，原本是浙江省省城，住有人口八十餘萬，是閩浙乃至江西一帶最繁華的商埠。此役過後，居民僅存八萬，牛馬亦被宰殺殆盡，不抵湖南一縣城矣。
原浙江巡撫衙門已被太平軍改作侍王府，面積不僅比原來擴大了一倍，各屋的牆上還都被畫上了猴子，極其不倫不類。劉松山命兵勇先將各房屋牆上的猴子圖像全部剷除，又一一粉刷乾淨，重新掛上巡撫衙門的金匾，這才請左宗棠入城視事。
當晚，左宗棠在巡撫衙門大擺酒宴，慶賀浙江全省收復；由左宗棠親筆草擬的收復杭州的紅旗捷報，也於當日拜往京城。隨紅旗捷報同行的，自然是長長的一串保單，和陣亡將弁請卹名錄。
同治三年（公元1864年）三月二十八日，聖旨由快馬遞進巡撫衙門。左宗棠率一應在侍文武官員跪於官廳之上聽宣。
聖旨先依左宗棠所奏將攻克杭州情形複述一遍，然後才道：“閩浙總督左宗棠，自督辦浙省軍務以來，連克各府州縣城池，茲復將杭州省城餘杭縣城攻拔，實屬調度有方，加恩賞加太子少保銜，並賞穿黃馬褂。浙江布政使蔣益澧，提督銜湘軍統領劉松山，自調任浙江以來，戰功卓著，茲复親督各軍克復杭州省城，實屬奮勇異常，著賞穿黃馬褂。”
聖旨隨後又對劉培元等出力員弁給予一一獎賞，可謂皇恩浩蕩，無一疏漏。
各軍稍事休整，又分別補充了兵員，左宗棠這才遣劉松山所部先期入閩征剿閩省太平軍各部。左宗棠則會同蔣益澧、胡雪巖等人，督飭各州縣整修書院，並在杭州、寧波兩地設立印書局，大量刊刻“四書五經”，搶救被太平軍破壞、摧毀的中華傳統文化。
考慮到春耕在即，歷經戰火洗劫的浙江，土地荒蕪，人口流失過大，耕牛、籽種均無從籌措，左宗棠不久又奏上《瀝陳浙省殘黎困敝情形》一折，希望朝廷能幫著想些辦法。
折曰：“浙江此次之變，人物凋耗，田土荒蕪，彌望白骨黃茅，炊煙斷絕。現屆春耕之期，民間農器毀棄殆盡，耕牛百無一存。谷豆、雜糧、種子無從購覓。殘黎喘息僅屬者，晝則緣伏荒畦廢圃之間，擷野菜為食；夜則偎枕頹垣破壁之下，就土塊以眠。昔時溫飽之家，大半均成餓莩。憂愁至極，併其樂生哀死之念而亦無之，有骨肉死亡在側，相視而漠然不動其心者。哀我人斯，竟至於此！臣於去冬曾籌補救十二條，刊發各屬。現复籌採買豆穀種子，購辦耕牛，招集鄰省農民來浙耕墾，冀將來或有生聚之望。唯浙省被難地方極廣，巨富紳民早已避地遠徙，捐無可捐。臣軍之餉，積欠太久，日食尚艱；雖所過地方，每與各統領、營官、哨官共圖分食煮粥，俵散錢米，所獲賊中穀米，亦酌量賑糶煮粥，暫救目前。然涓滴之施，無裨大局。且距新熟之期太遠，災民朝不保暮，難冀生全。”
此折拜發不多幾日，左宗棠又派胡雪巖赴各省籌措銀兩，廣購穀米種子。
胡雪巖知道左宗棠此時最是用銀之際，當下一口便答應下來，轉日就帶上隨員，踏上了籌餉、購種之路。
胡雪巖離開後，左宗棠又札飭各府、州、廳、縣衙門，密訪當地富紳，或浙籍外地官員，號召他們捐銀捐物、捐糧捐種，以期盡快恢復元氣。
此札發出不久，左宗棠還當真摸到一條大魚。
此人姓楊名坊，字啟堂，一字憩棠。楊坊籍隸浙江鄞縣。初在上海為外國洋行當買辦，發財後，便在洋涇浜開設泰記商行，專幹販賣鴉片的勾當，愈發富不可當，選為四明公所董事。上海小刀會起義期間，他捐官以同知銜為江蘇巡撫吉爾杭阿管理軍需，又奉命與英、美、法侵略者勾結，築圍牆斷絕起義軍接濟。因功由同知升為道員，咸豐六年（公元1856年）又加鹽運使銜。咸豐十年（公元1860年），太平軍進攻上海時，與蘇松太道吳煦聯合，又勾結美國人華爾組織洋槍隊，受命出任洋槍隊管帶，抗擊太平軍。
楊坊出任洋槍隊管帶後，又將其女嫁華爾為妻（實為妾），受華爾百般躪蹂致死。同治元年（公元1862年），署理江蘇按察使，後實授常鎮通海道，未赴任，託病歸籍。楊坊回籍後，運回大批的銀兩及珠寶，二十幾間閑房子裡，亦囤積了大量的糧食等物，真正叫富可敵省。
很顯然，坐擁巨資的楊坊，要在原籍安享自己的風燭殘年。
楊坊回籍初，鄞縣知縣為安撫難民，曾三次登門懇請楊坊，或設粥棚，或拿出幾石糧食，接濟難民。
楊坊自恃自己做過朝廷大員，保護上海又立有大功（他所謂的大功就是組建洋槍隊），頂子又已見紅，根本沒把小小的知縣放在眼裡。
知縣勸他設粥棚救濟難民，他則撫須說道：“拿些銀子造座橋樑，上面能刻老夫的名字。設個粥棚讓大家來吃，總不能把老夫的名字硬刻到人家的臉上。安撫百姓是你地方父母的事，卻不干老夫的事。你若餓得緊，老夫就讓管家給你送上一袋米救急。出力不討好的事，老夫可從來都不干。”
一番話，直把知縣氣得三魂出竅，七孔生煙，卻又不敢奈他分毫，只能一個人走出去想辦法。
知縣見到巡撫衙門發來的札文，自然要把楊坊報將上去，連楊坊說過的幾句話，也一字不落地寫在上面。
左宗棠收到鄞縣知縣的回文，當時就氣得鬚髮皆張，拍案罵道：“這楊啟堂還算個人嗎？你不捐糧捐銀也就罷了，如何還說這麼多不中聽的話呢？你不是坐擁巨資嗎？本部堂偏要查一查你這些銀子是哪裡來的！”
左宗棠連夜把楊坊的情況禀告給朝廷，狠狠告了楊坊一狀，說他為富不仁。左宗棠又傳文案給衢州府知府衙門行文，調衢州府新授知府林聰彝來巡撫衙門聽命。
林聰彝字聽孫，福建候官人，乃前云貴總督林則徐的次子。林聰彝時年四十一歲，是鹹豐年間進士，官至五品郎中。到浙江後，做過一任知縣，一任州同，因收復杭州有功，得賞四品頂戴實授衢州府知府。林聰彝為人率直，為官剛正，極具乃父之風，浙江官場無人能道半個不字。左宗棠調他過來，是想讓他出面來辦理楊坊的事。
左宗棠私下對香姑娘說道：“這個楊坊，不辦他一辦，他是要忘掉祖宗的。他不是想把名字刻在橋上被人千古傳頌嗎？本部堂就成全於他！他還敢自稱什麼老夫，真是太狂妄了！我大清開國至今，老夫是什麼人都敢稱的嗎？”
香姑娘再次被左宗棠說進云裡霧裡，她小聲問道：“老爺，老夫老夫，不是人到了一定的年紀，便可稱的嗎？原來不是這樣的？”
左宗棠撫須笑道：“說起來呢，朝廷倒也沒有明文規定過，但官場上呢，卻就有條不成文但大家都知道的規矩。我大清的官哪，不管鬍子多長，也不管年紀幾何，只要沒有拜相，就不准以老字自居。滌生比我長一歲，他可以稱老，我卻不敢稱老。他楊啟堂算個什麼東西，不過捐了個頂戴，他也配稱老嗎？就憑他的出身，他就算活到三百歲，也只配做晚生！”
香姑娘被左宗棠的一番話說得再次睜大了眼睛。